1913年12月11日早7時，黎元洪乘車自鄂抵達北京。車行至保定時，袁先期派出的人員即登車以示歡迎。在北京本站，迎黎的儀式十分隆重。
袁世凱派出自己乘坐的金漆朱輪雙馬車去迎接。當時北京還沒有汽車；馬車已屑奢侈品。當年孫中山派出的迎袁專使蔡元培到北京時，乘坐的也是這駕金漆朱輪雙馬車。北京政府的內閣成員、袁世凱的總統府的侍從武官長蔭昌、禮官黃開文及內閣各部部員代表都到車站迎接。
袁世凱的大公子袁克定代表袁世凱迎黎。車站之外由軍警守護，站台上有北洋軍一營，列隊持槍致意，到達北京後，黎元洪戎裝佩劍，人總統府拜見袁世凱。中午，袁世凱在總統府宴請黎元洪，由內閣全體閣員作陪當晚，黎下塌於南海瀛台。這是戊戌政變後，慈禧太後幽禁光緒皇帝的地方。
黎的居室中，就懸掛著一幅署名“全忠”的條幅，即是光緒幽居之時所寫。這種安排使黎元洪感到再回湖北的希望已近渺茫。所以，在到京後不幾天，黎元洪便上書袁世凱，請求辭去湖北都督兼職，並表示要“追隨鈞座，長聽教言，汲湖水以澡心，擷山雲而煉性。
幸得此身健在，皆解衣推食之恩，倘遇邊事偶生，敢忘擐甲執兵之報”。這就等於告訴袁世凱：不必疑忌我黎元洪，可盡管放心了，說不定什麼時候出了亂子，我還可以像平定“贛寧”之役那樣，再替你效力。
這次，袁世凱也不管什麼“鄂省為中厚脊膂之要樞，稍有動搖，恐全國人心聞而解體”了，很快就準免黎元洪所兼任的湖北都督的職務。因為這個“中原脊膂之要樞”現在已是北洋的天下。段棋瑞代理鄂督後，馬上采取各種措施，實現北洋軍閥對湖北的全麵控製。
1914年2月，段棋瑞卸職，由袁世凱的另一親信段芝貴接任。段芝貴更是變本加厲。“二段督鄂”不但將湖北殘存的一點革命力量甚至是革命遺“名”掃蕩殆盡，”而且將黎元洪的勢力也清除得利利索索。
虎人牢籠，便不妨每天多喂一點肉，以示主人的優容。袁世凱對黎元洪，正是這樣一種姿態。袁世凱規定副總統月俸一萬元，每月公費二萬元，黎所兼任的參謀總長和後來的參政院長的薪水另計。而且黎的實際所得，遠不止此，在瀛台的一切開銷，都由袁世凱的總統府支付。
公費本為辦公費用，但據黎元洪的親屬回憶，黎是無公可辦，每天以散步、讀書、閱報、寫字消磨時日。黎元洪的家眷來京住進瀛台後，袁世凱更是對黎元洪親密異常，不僅常在飯後約黎散步或暢談，而且還派他的子女來瀛台拜謁，以示親密無間。此時袁世凱已有了帝製自為的居心，為了獲得黎元洪的讚同，袁又要與黎“政治聯姻”，提出與黎家換親以黎之女紹芳嫁袁的第九或第十子，以袁之女嫁黎的長子黎紹基，但黎的夫人吳氏不願袁世凱的女兒嫁與黎家，稱：“袁世凱的女兒要做我的媳婦，我這個婆太太吃不消。”
但又無法全部回絕，便決定將女兒紹芳嫁給袁家，與袁的第九子克玖定了親。這樁政治婚姻終釀悲劇。黎之女紹芳訂親時僅8歲，隨著年齡的增長，越來越對自己的婚姻不滿，鬱鬱不歡，最後發展為精神病。1934年成婚後病情有增無減，終死於精神病醫院。
對於袁世凱來說，黎元洪並不僅僅是一個僅供觀賞的“檻中之物”，還有一定的利用價值。“首義元勳”的招牌仍能迷惑不少人。黃遠庸就稱許黎是“德望並隆、中外欽仰之偉人。”
1913年月11月15日國會被迫停會後，袁世凱又於26日下令成立所謂的“政治會議”，名義上是谘詢機關，實際上是要充當袁世凱解散國會、改造約法的工具，給袁的獨裁披上一件民意與法律的外衣。
政治會議以清末曾任雲貴總督的李經羲為議長，以曾在南北議和時任湖北代表、與黎元洪有淵源的張國淦為副議長，黎的親信、“文膽”饒漢祥也列名政治會議中由袁世凱直委的8名委員之中，這種安排用意是拉攏黎元洪，讓黎再為袁效力。12月15日，政治會議開幕。委員們先到總統府聽受袁世凱的訓辭，然後在北海團城舉行開幕式。李經羲致辭說：“本日大總統訓辭，兢兢以共同報國為言，而救國之道，則以扶植強有力政府為歸。”這番話道出了政治會議的目的，就是要加強袁世凱的獨裁。