第三部分（第四章） 通過對環境經濟手段的比較分析，揭示其在改善農村環境方麵的局限性，並由此提出“激勵相容”機製的概念。我們認為，“激勵相容”機製通過其內生的利益紐帶，變被動為主動，可以降低外部監督成本，是最“經濟”的，因而也是可持續的。其主要內容包括：（1）環境經濟手段的比較；（2）“激勵相容”機製的內涵；（3）“激勵相容”機製的實現途徑。
第四部分（第五章） 主要研究促進實現中國農村經濟與生態環境良性循環實現的對策與建議。其主要內容包括：（1）推進農村環境資源製度的改革；（2）加快農村環保技術的開發、應用和推廣；（3）扭轉市場化進程中農村環境汙染治理的低效率；（4）運用市場取向的措施治理汙染。
目前國內外學術界對農村生態環境問題的研究存在著三個局限：
（1）對“市場失靈”的經濟矯正思路和方法隻有“庇古征稅”與“科斯產權界定”兩種，而對建立在內生利益驅動基礎之上的“三重激勵相容”尚缺乏清晰的理論框架；（2）視生態環境為“公共產品”，難以由私人來提供；（3）對市場經濟發展相對成熟條件下的資源、環境經濟間已形成了一套理論與政策體係，但對在轉型經濟下的農村生態環境問題尚沒有現成的具有現實針對性、可操作的、成本較低的對策體係。本項目作為一個新的前沿性課題，將對以上三個難點進行探索，並試圖取得突破。
二、本項目的研究思路和方法
本項目研究的基本思路是通過調查研究，闡明當前中國農村經濟與生態環境的現狀、存在的問題及發展趨勢，並從中提煉出中國農村經濟與生態環境惡性循環和良性循環兩類典型互動模式，揭示這兩類互動模式的形成過程和運作機理，在此基礎上探索打破惡性循環、促進良性循環的有效途徑和對策體係。研究路線可概括為：調查、收集資料→反映問題→揭示問題的本質和根源→提煉理論模型→理論創新→構建解決問題的對策思路。
本項目研究注意運用以下研究方法：（1）注重各個層次的典型案例市場化進程中農村經濟與生態環境的互動機理及對策研究分析。本項目將針對我國各種不同類型的農村生態環境，以及處於市場化進程中不同階段的各個典型案例進行深入解剖，所選案例力求具有較好的代表性，且有一定的數量，同時注意運用典型案例分析與麵上的整體數據資料相結合。（2）注重理論研究與實證分析緊密結合。本項目既要對中國農村經濟與生態環境的互動機製從理論高度進行一般化的抽象、概括和總結，又要緊密結合中國轉型經濟的國情和各地市場化進程不同步的實際情況進行剖析，從而因地製宜地提出並論證針對不同狀況的特殊對策。本項目所作的分析力求能緊密地配合新理論框架的構建，能為有關的理論創新提供有說服力的根據。