（三）地方保護主義
20世紀90年代以後，國家財稅體製改革推動了地方經濟的快速發展，由於GDP增長速度被視為地方政府政績的主要指標，經濟增長的環境代價實際上未被納入決策框架之中，地方政府單純追求經濟效果，不重視環境保護的現象十分普遍。企業是地方政府稅收和財政的重要來源，眾多的鄉鎮企業是當地閑散勞動力就業的主要渠道。根據利益主體分析，太湖治理行動必然會在近期對地方政府的稅收、財政帶來很大影響；關停一大批小企業也會給地方政府增加很多工作負擔。因此，在太湖治理過程中出現地方保護主義是必然的事情。隻有當治汙行動給地方政府帶來利益時，比如因削減汙染而減少了社會不穩定因素，關停小企業擴大了地方效益好的企業的原料供給和市場需求，增加了政府領導任期內的地方財稅收入等，地方政府才具有控製汙染的內部激勵。正是由於這種“理性選擇”，使得環境政策的執行和環境保護政策的績效大打折扣。有不少企業的“達標”是在地方政府的庇護下實現的，事實上並沒有完全達標，而環保部門拘於自身的職權限製，對此也力不從心。這個問題有時可以通過流域內各級地方政府相互監督來解決。但由於企業點多麵廣、布局分散，況且，相互監督需要上級部門的協調和幹預，因此，地方政府實行相互監督，在短時間內和某些方麵是可行的，但長期堅持下去是困難的，因為這樣做的交易成本實在太大。
（四）現行水環境資源管理體製的缺陷
我國至今尚未在不同層次上建立各級統一的水資源管理機構，因此對水資源缺乏統籌規劃，存在著“多龍治水”的現象，割斷了水資源保護和利用過程內在的統一性和連貫性。這種分散的管理體製影響了水資源的綜合開發利用和水環境質量保護工作。如前所述，流域水體一般具有多種功能，如納汙、運輸、農業灌溉、水產養殖、發電、旅遊觀光等。我國目前尚未對主要的流域水係明確規劃功能區，流域水資源開發利用較為混亂。
水利部門為我國的水行政管理機構，但同時還存在其他較多的涉水部門，如環保、城建、交通和農林業等部門，這些部門在水環境保護、水環境安全和水汙染防治上都有責任，但其職權範圍和所負責任的大小在法規上並沒有明確的劃分（即事權與財權的明確合理界定），從而形成了在水環境資源管理過程中，多部門職能重疊，利益關係錯綜複雜的局麵，管理績效低下。環保部門往往能夠較為全麵地提出流域環境目標，並能客觀公正地進行督察，但通常缺少足夠的財權，在汙染治理和資源保護方麵的利益疏導能力較差。我國目前的水環境管理體製不清晰，部門之間條塊分割，權責不明，配合協調作用較差，從而導致在水資源開發利用和水環境管理上各自為政，這顯然違背了流域管理的整體性原則。總之，現行流域水環境管理的體製性障礙對水資源的開發利用、優化配置和有效保護帶來多重負麵效應，加大了流域水環境治理的難度，因此理順水務管理體製應作為下一階段太湖治理著力解決的一個重要問題。
二、改善太湖流域水環境管理的思路
環境問題源於市場失靈和政府失靈。市場失靈主要由產權製度缺損、信息不充分和壟斷因素引起，進而導致各種環境問題。而政府失靈主要表現為尋租現象、項目決策失誤以及區域政策失調等方麵。所以環境問題的解決，不能完全依靠政府或完全依靠市場，而應該是政府宏觀引導（利益導向），製定法律和政策，規範產權體係和公眾輿論導向；而微觀層次的具體運作過程，應引入市場機製，使環境資源的保護、汙染治理等“公共產品”也可以通過私人部門或社區提供。環境保護有賴於建立一種政府-市場（企業）-公眾（社區）相互製約的社會製衡機製，而這個機製的建立和運轉，受製於政策法規的完備程度及其執行情況。這是解決環境問題（包括流域環境問題）的一般性指導思想。以下從幾個方麵提出改善太湖流域水環境管理的思路框架，以改進汙染治理效果。