張居正死後第三天，一場由萬曆帝暗中授意，張四維在暗中主導的無情的大清洗就展開了。最先是禦史雷士禎上書彈劾張居正,臨死前舉薦入閣的潘晟能力平平不足以委以重任，請求皇上收回成命，不要擢升潘晟為內閣大臣。雷士禎的上奏彈劾被萬曆帝準許後，其他本就反對張居正的官員敏銳的察覺到風向後，立即聞風而動，開始紛紛列舉張居正的罪名，彈劾張居正,李太後和萬曆帝隨即密令張四維羅列張居正罪名，正是對張居正展開清算。
張四維為了給張居正編織罪名也是絞盡腦汁煞費苦心，但是礙於張居正之前做的很多事情都是李太後、萬曆帝所同意的，自己也曾親自參與其中，張四維也不好拿來做文章,無奈之下，他竟然拿著高拱臨死前寫的《病榻遺言》，拿裏麵的內容當做了攻擊張居正、給他編織罪名的理由。
並堂而皇之地竟在朝堂上念道：“人情洶洶，科道官各具本欲言，荊人乃隻稱病不出，科道以閣中無人姑待。
而荊人出則即語科道曰：‘今後內邊事不要說他。’眾方觀望，而荊人已上揭帖考察百官。既命下，則科道皆聽處分，誰敢聲言？於是，但異己毫發者悉去之，一網打盡，而留者又示恩以收之……而彼則引用奸黨，布滿朝廷，盡反我所行之事，笑吟吟掌定三台印，裏迎外合，挾天子以令諸侯，乾坤世界任其翻弄，無複誰何之者......”
借住高拱的《病榻遺言》，張四維給張居正安上了三大罪名，一是壓製言路，打壓異己,二是爛子登科，攜私弄權為自己兒子索取功名,三是威權震主，有挾天子以令諸侯之嫌。
聽到張四維給張居正羅列的罪名，萬曆帝心裏有些猶豫，他隻是想借助給張居正羅列罪名,推翻張居正之前的某些施政舉措，一來借此向世人證明皇權威嚴,二來他自知沒有張居正的能力和魄力,繼續頂住天下士紳的反對壓力繼續推行一條鞭法，所以想要依靠推倒張居正之前的作為來討好天下士紳。
但是從心底最深處來說，萬曆帝也並無意將自己的恩師張居正的名聲搞得那麼不恥,然而，事已至此，看到朝堂上多半官員都群情激奮的支持張四維的建議，萬曆帝騎虎難下，本就毫無主見的他也隻能妥協。而張四維不止要給張居正羅列罪名推翻他之前的施政舉措，還打算清算張居正的家人。
得知消息的馮保,馬上跑到李太後麵前為張家人求情,李太後道：“哀家也是不得已呀，張太傅生前為了推行他的改革變法舉措,得罪了太多太多人，他生前靠著他的威勢尚能威懾住那幫人。可是如今他死了，誰還能壓住那群官吏呢？為了朝堂穩定，哀家和皇上也隻能對不住張太傅了。”
馮保見李太後已經決心如此，隻能退而求其次，繼而道：“那太後，可不可以隻問罪已死的張太傅，放過他的家人呢？”
李太後搖頭道：“恐怕當年被張居正抄家的官員也未必會同意呀！”
其實對李太後無比了解的馮保比誰都清楚，李太後急於去抄張居正的家，目的就是為了用抄家得來的錢財，為她那個寶貝兒子璐王置辦奢華大婚，馮保苦心勸說無過後，心灰意冷離開。
幾天後，馮保也被萬曆帝奪取司禮監掌印太監之職，趕去應天祖陵守陵。
李太後原以為，會在張居正的府中至少查抄數百萬兩白銀，可是抄家官員把整個張府翻了數遍，可僅僅隻搜查出來了兩千兩黃金、十萬七千兩白銀，這點財產對一名做了十幾年一品大員的高官來說簡直不值一提。不甘心的張四維，又到處說張居正一定把絕大部分財產都轉移到了江陵老家，隨後萬曆帝又下旨命丘橓帶著楊廷相、張誠以及一隊錦衣衛前往張居正的江陵老宅進行二次抄家。丘橓、楊廷相、張誠這幾個人，無疑都跟張居正素有恩怨，萬曆帝此舉足可見其用心歹毒。
申時行自知難以勸說萬曆帝收回成命，隻能私下裏去找丘橓通融，希望他可以在對張居正江陵老宅抄家的時候，適當的手下留情，不要做的太過分，給張家上下留下一些謀生之銀。
丘橓表麵答應了申時行，然而一到江陵立刻就露出了殘忍可恥的嘴臉。他們把整個江陵老宅翻了個底掉，就差掘地三尺，到最後，連錢帶各類物品，總共加起來也就抄沒了不到五萬兩銀子價值的東西。不甘心的丘橓又把張居正的幾個兒子綁在烈日下暴曬，逼問他們張家財產的去向，張居正長子張敬修不堪受辱，在當夜憤然懸梁自盡，臨死前留下一封血書，大罵：丘橓狠辣，萬曆無情。
丘橓看到張敬修大罵自己的血書後，異常氣憤，竟私自決定把張敬修的妻子賣入妓院，張敬修妻子無比剛烈，憤然刺瞎自己一隻眼睛，嚇得丘橓慌忙打消了這個主意。事情傳到京城後，朝中嘩然，申時行、餘慎行、張學顏等原先張居正的親信，紛紛站出來指責丘橓太過分，為張家人求情。
餘慎行在朝堂上激動無比道：“張閣老生前常常以王安石自比，常常以改革變法蓋世之功自豪，絕不會自甘墮落，行那下三濫的斂財之舉。”