對建文帝而言，北方局勢的惡化速度之快，無疑超出了他的預計，在朱棣拉起“奉天靖難”大旗之前，黃子澄和朱允炆曾做過的最壞的預測，也不過是朱棣公然對抗北平布政使，導致北平城大亂。卻不曾想，北平布政使竟被朱棣斬首，連同暗中向朝廷通報信息的燕王府長史葛誠也被斬於燕王叛軍陣前。僅僅一日，偌大的北平府便落於朱棣之手。
同年七月初，就在朱棣反叛的消息剛剛傳到京師之時，北平府周邊的通州、薊州、密雲、遵化等縣盡數歸附朱棣，這姚廣孝與袁珙多年以來的布局，在此刻正發揮巨大的作用，一夜之間，北平周邊各府縣文武官員紛紛改換門庭，皆聽從燕王號令，也就短短半月時間，燕軍不費一兵一卒，便掌握了縣城十餘座，節製兵馬總數超過十萬人。隨著北方的消息陸續傳到京師，朱允炆這才意識到，這些年來，他一直將權力博弈想得太過天真。這無疑是一場決定天下歸屬的戰爭，朱允炆以為這場戰爭，是你來我往的棋盤對弈，卻沒想到，他的叔叔竟會選擇一把掀翻棋盤扣在自己腦袋上。
驚慌失措之下，朱允炆急召黃子澄、齊泰和徐輝祖入殿商議對策。
對於朱棣的驟然謀反，黃子澄也大感意外，一再表示朱棣此舉實在突然，不符合他對朱棣的認知，一旁的齊泰則暗自冷笑，認為今日之事本可避免，隻要在數月之前徑直對朱棣動手，其倉促之下，絕無可能像今日這般應對自如。黃子澄聞言反唇相譏，稱數月之前若打草驚蛇，則朱棣起兵的速度又會快上幾分，且周王湘王也會趁機響應，朝廷將更為被動。
朱允炆在殿上聽了許久，隻感到額間一陣刺痛，思前想後，他終於意識到問題的症結所在。無論此前幾位大臣如何渲染朱棣對朝廷的威脅，從始至終，包括黃子澄和自己在內，眾人都不曾相信，朱棣真的會起兵造反。
就在黃子澄和齊泰爭論不休之時，冷眼旁觀許久的徐輝祖大步上前，大聲打斷倆道：“兩位大人，不必再爭了！這朱棣謀反已成事實，此舉，無疑辜負了太祖皇帝對他的信任，這朱棣啊，不配再為大明宗室子弟！”
徐輝祖擲地有聲的定論，讓朱允炆的眼中恢複了幾分光亮，他如同抓住救命稻草一般，盯住徐輝祖道：“燕王起兵一事，魏國公可有良策啊？”
徐輝祖朗聲道：“燕王既已反叛，陛下自然應當發兵平叛。眼下燕王掌握之地，不過北平一隅，兵馬錢糧皆不足，何以對抗朝廷大軍？陛下隻需振臂一揮，召集天下精兵北上討伐，以天軍威勢，區區燕王豈能阻擋呢？不過以卵擊石罷了！”
一旁的齊泰連忙附和道：“魏國公所言極是！以實力對比來看，朱棣絕無可能與朝廷抗衡。朱棣以為，自己可以效仿七國之亂舊事，那便讓他看看，漢初七國的下場又是如何！”
朱允炆微微平複了心緒，滿意地點點頭，意識到局勢並沒有到失去控製的地步。
接著，朱允炆麵向三位重臣，耐心問道：“朕已決心武力平叛，昔日漢景帝平七國之亂，尚有周亞夫為兵馬大將軍，卻不知如今朝中哪位大將可做朕的周亞夫呢？”
齊泰思索片刻，高聲回道：“臣以為，長興侯耿炳文可擔此重任。”
朱允炆聞言一愣，臉上閃過一絲猶豫之色，耿炳文作為最早跟隨朱元璋征戰天下的老將，資曆在朝中的確無出其右，尤其是在朱元璋晚年，以藍玉案清洗了大批功臣宿將之後，能從洪武初年活到現在的老將，無一不是萬裏挑一的鎮國神器。但唯一的問題是，耿炳文年歲已六十有五，滿身傷病，若北伐途中有何閃失，於軍心而言也是沉重的打擊。
黃子澄見朱允炆多有遲疑，上前一步說道：“以朱棣的身份，尋常將領，恐怕不足以與之抗衡，唯有長興侯的資曆，可以壓過朱棣一頭，臣以為，以長興侯出戰恰是穩妥之舉。”
朱允炆眉頭皺了又皺，無可奈何道：“看來隻能委屈老將軍了。”
建文元年七月十六，整合了北平府周邊城池和兵馬的燕軍大舉北上，接連攻克了懷來、開平、居庸關，主持三地防務的正是北平鎮守兵都督宋忠，此時宋忠麾下的兩萬兵馬麵對燕王的十萬大軍反倒顯得勢單力薄，又需分散防守各險要之處，軍力更顯捉襟見肘。
同年七月十八，隨著北平府周邊最後堅持抵抗的懷來被燕軍攻克，親自率軍守城的宋忠也選擇飲劍自刎，最終以鮮血向大明朝印證了自己的忠誠。消息傳到燕軍大營時，朱棣並無特別的反應，倒是一旁的姚廣孝猶豫片刻，請求朱棣將宋忠屍骨予以厚葬，無論從什麼角度來說，宋忠都是一個值得尊敬的對手，隻是各為其主罷了。就在懷來淪陷的同一天，朱允炆換上祭祀用的盛服前去太廟，向朱元璋祭告，即日起削去朱棣的宗室屬籍，將之廢為庶人。