就校勘學言之，劉師培三代祖先皆以校書知名，他的校勘工作實為承繼家學，隻不過他校書的範圍超過先祖，用力的重點在於諸子，這裏有汪中的影響。他校書的基本做法是效仿前賢之著，如仿盧文弨的《群書拾補》、王念孫的《讀書雜誌》、俞樾的《諸子平議》、孫詒讓的《劄迻》，體現出揚州學者兼采眾長的特點。
由上可見，劉師培的學術規模和治學特色可謂深得“揚州學派”之精髓，即長於會通，兼容並包。在這個意義上，他完全可稱得上“揚州學派”之殿軍。
再從清代學術發展大勢來看，劉師培的國學研究也與之相合，恰是學術潮流的反映。
清代學術以漢學為中堅，由小學入手以通經，顧炎武可謂先驅，至乾嘉時蔚為大觀。漢學與宋學一向有爭論，嘉道時，漢學日過中天，盛極將衰，弊端愈益明顯，不僅宋學中人不斷詆斥其病痛，而且漢學中人對自家積弊亦多有反省，淩廷堪、焦循、王引之諸人皆有這方麵的議論，隨之“揚州學派”的其他人物也有此認識，基於其兼容並包的精神，對宋學也開始有一定的包容，即在學術上有不同程度的非宋非漢趨向。這一趨向在阮元身上體現得尤為明顯。阮本為漢學家，但隨著主持各省的教育、行政和大區軍民政務的閱曆日增，就越發傾向於調和漢宋。[29]以阮元的地位和影響，漢宋調和或曰漢宋兼采漸成一學術潮流，在揚州學者中更是具有廣泛性。也是在嘉道之際，隨著時勢、學風之變，劉逢祿公開打出恢複董仲舒、何休傳統的旗幟，認為發揮《春秋》微言大義來達到“撥亂反正”目的，才符合孔子的“道”，由此今文經學不再如往日那般沉寂，而是若異軍突起，漸成顯學，這亦成為一新的學術潮流。同時在古文經學內部，學者們已不滿足於以往各人專治一經的局麵，而欲總結前賢成就或在總體上梳理群經，如阮元主持編纂的《十三經注疏校勘記》、《皇清經解》，劉寶楠、陳立、劉文淇等相約為十三經作新疏，都是這種潮流的體現，可稱之曰群經彙釋。此外，部分學者更是另辟蹊徑，他們由經學而旁及周秦諸子，始於校勘訓詁，進而研究其思想內容，可謂經子貫通。這方麵汪中倡於前，嘉道及其後逐漸發展壯大，蔚為風氣。可以說，漢宋調和、今文崛起、群經彙釋、經子貫通這些基本共時性的學術潮流構成了自嘉道迄清末的學術大勢。
在劉師培的著述中，這些潮流都有不同程度的反映。如前所述，他對宋明人之經說並不一筆抹殺，而是看到它們的長處，且主張“薈萃漢、宋之說，以類區別，稽析異同，討論得失，以為研究國學者之一助焉”，[30]反對“並有宋一代之學術而廢之”；[31]他不屏斥今文經說，曾援引《公羊》學說以申己見，後期又受到廖平一些影響；他治經主張“通群經”，雖以《左傳》、《周禮》為重點，但亦旁及《尚書》、《詩經》、《爾雅》，並為《春秋》經本身作箋注，還撰有《群經大義相通論》，為數經並治之作，以實踐自身主張；他亦由經及子，曾主《荀子》與《毛詩》、《春秋》三傳相通之說，其校勘學著作以校訂諸子為主。這些都說明他的國學研究不僅在學術領域上橫跨數科，而且也順應了學術潮流之變化，與學術大勢相合。
三、清末的學術新潮流
上述嘉道時期形成的學術潮流固然對劉師培之為學產生了某種製約或導向作用，使得他的國學研究特色鮮明，但他的學術研究非僅於此，他還有現實關懷層麵上的新學問，其重要性不亞於甚至高於他的古典學術研究，而這方麵的成就又得益於他進入學壇時已成潮流的新學術趨向。
王國維曾以“國初之學大，乾嘉之學精，道鹹以降之學新”來概括有清三百年學術。[32]他所謂“道鹹以降之學新”固然是指道鹹以來之經、史、地理之學不同於乾嘉專門之學，“務為前人所不為”，但如將其意擴展開來，卻也可用其指代道鹹以來一切學術新變化。的確，道鹹之時，世事劇變，外敵壓境，內亂頻仍，學術文化也隨之產生了—係列新變化。迄至清末，這種變化愈益劇烈，並漸次成為影響巨大的學術潮流，使學界麵貌為之一新。綜觀清末學界實況，最具影響力並對學術有根本導向作用的潮流當為中西交融和經史地位的轉換。
在晚清，西學東漸是個明顯的曆史事實。熊月之曾把晚清西學東漸進程分為四個曆史階段：1811—1842年、1843—1860年、1860—1900年、1900—1911年。[33]在這四個階段裏，隨著時間的推移，中國輸入西學呈急速增長趨勢，20世紀初達於極盛，亦即第四個階段是輸入西學最多的階段。在這一階段裏，中國知識分子成為傳播西學的主體，人文、社會科學譯著的比重明顯超過自然科學與應用科學，
以1902年到1904年為例，3年共譯文學、曆史、哲學、經濟、法學等社會科學書籍327種，占總數61%。同期翻譯自然科學112種，應用科學56種，分別占總數21%、11%。譯書從多到少的順序為社會科學—自然科學—應用科學，與此前幾十年的譯書順序正好相反。這表明中國輸入西學，已從器物、技藝等物質文化為主轉為以思想、學術等精神文化為主。[34]
新學科、新名詞被大量引入，表明西學影響空前深入，具體而言：
今人習用的許多名詞、術語，諸如社會、政黨、政府、民族、階級、主義、思想、觀念、真理、知識、唯物、唯心、主體、客體、主觀、客觀、具體、抽象等，都是那時確立的。這為五四時期的白話文運動打下了基礎。[35]
更為重要的是，與漢晉之際佛教東來和明清之際耶穌會士來華輸入西學時的情形相比，此時中國知識分子接受西學抱的是積極、主動的態度，欲抓住一切機會汲取西方新知，從而使得西學能成建製、成體係地進入中國。若進一步比較，和明清之際西學輸入有所不同的是，當時所謂“西學”，既包括基督教教理，也包括一些倫理格言和科學知識，但到了清末，宗教教理與科學知識已完全分開，前者被稱為“西教”，後者才稱為“西學”。
如果說17世紀傳入中國的是它的信仰、神聖和超越的一麵，那麼到了19世紀，世俗的和經驗的知識成了影響中國社會的最主要因素。正是因為這後一種知識與實際的政治、經濟和軍事力量息息相關，所以它對一直關心自己國家獨立、民族強盛的中國人就特別有吸引力。[36]
當然，西學進入中國，遭遇中國古典學問，雙方相激相蕩，相通相融，是自然的事情。中學、西學代表的是兩種文化，兩種文化相逢，必有矛盾衝突，同時也必有會通融合。所謂會通融合是指異質文化間的相互滲透、相互吸引及一種文化對另一種文化因素的吸收、消化。[37]這種會通融合在學術界的表現，即如梁啟超所言，一些先覺之士“欲以構成一種‘不中不西即中即西’之新學派”，[38]姑不論這一“新學派”是否形成，僅這種努力的方向便可證明中西學術交融已成為學界一潮流。揆諸史實，確也如此。
中國古典學術發展到清末，自身也發生了新變化，這除了因西來思潮的衝擊，主要還是內在理路演進的結果。所謂新變化，集中體現在學術的多元化上麵，其中最明顯的變化是經學地位下降，史學相對凸顯。
經學自出現之日起，大多時候處於學術核心位置，這從經、史、子、集四部的排列次序便可看得很清楚，而且經學在一定時期還起著意識形態的作用，非純學術可比。相對而言，處在第二位的史學則很難有經學這樣的政治功用，而是基本以學術來定位（《春秋》之類頗具政治功用的史學著作已上升為經）。所以，這裏談經史地位的轉換，完全是從學術層麵加以探討，如此才有可比性。
眾所周知，經史關係一直是中國經學史和史學史研究中的一個基本問題。周予同先生認為，經史關係的演變經曆了四個階段，即史附於經時期（兩漢時代）、史次於經時期（魏晉至隋唐、北宋）、經等於史時期（南宋至清末）、經屬於史時期（五四運動以後）。[39]他雖把清末劃入經等於史時期，但同時又認為清末是中國史學“轉變期”的開端，“轉變期”的史學可稱為“新史學”；[40]轉變的重要象征，是史學繼文字學之後逐漸脫離經學的羈絆而獨立，並且運用進化論研究中國曆史；從思想方麵給予中國史學以轉變動力的，是今文經學。[41]依周氏觀點，無論是把清末視作經等於史時期的結束，還是視作中國史學“轉變期”的開端，總歸清末是經史關係發生重要變化的時期，史學脫離經學羈絆而獨立，在這之後則為經屬於史時期，封建經學退出舞台，經典及其注疏變成了史料。周的這些見解確實反映了清末學術的一個新變化，即史學凸顯而經學淡化。至於說史學此時才脫離經學羈絆而獨立和此後經學退出曆史舞台，則值得斟酌。周氏承認自己傾向今文，所以較看重今文經學尤其是康有為《孔子改製考》對經史關係變化所起的作用。若從古文經學路向來看，反映經史關係的“六經皆史”說在清末也比以往引人矚目。“六經皆史”表達的是經等於史的觀念，類似說法早就存在，但直到明李贄才正式界定為“六經皆史”，清代章學誠更對此作了係統條貫的論述，龔自珍亦曾深入闡發此說。不過，在今古文兩派中，古文經學家一向以六經為周公舊典，視六經為古代史實的記載，故而“六經皆史”的觀點相對更易為古文經學家接受。清末，章太炎力主此說，認為“六經都是古史”，“經外並沒有史，經就是古人的史，史就是後世的經”。[42]研究經學是為了弄清古代曆史實際，“說經者所以存古，非以是適今也”。[43]章氏是一位淵博的學者，論學所涉及的範圍十分廣闊，在思想上所散布的影響麵要比康有為來得大。[44]故他的“六經皆史”說得到不少學者的認同和響應，愈加促使人們更關注史學，從而有益於史學地位的上升。值得辨析的是，與章學誠倡“六經皆史”相比，章太炎等人再倡此說時立意已有所不同。章學誠“雖有經史並列之心，其基本立意還是希望提高史學（到近於經學）的地位”，章太炎等人雖也認同此點，但在當時民族危機的情勢下，史學“榮其國家，華其祖宗”的功用較平日凸顯，“隨著曆史對國家興衰重要性的增加，‘六經皆史’說的社會學意義也與前大異”。[45]史學已取得“道德提升”的地位。此外，“西學的東漸及其在士人心目中逐漸樹立起優越感”和“晚清經世風氣的興起”，都曾“有助於史學的提升”。[46]
作為一種學術趨勢，史學地位上升主要體現在清末史學革命或曰新史學運動上。1900年，章太炎在手校本《訄書·哀清史第五十九》所附《中國通史略例》中，最早提出要編撰一部不同於舊史的新的中國通史。1901年，梁啟超在《清議報》發表《中國史敘論》，也說明擬編一部新的中國通史。1902年，梁啟超又在《新民叢報》發表《新史學》，自命為“新史氏”，呼籲“史界革命不起，則吾國遂不可救。悠悠萬事，唯此為大”；[47]留日學生侯士綰翻譯日本學者浮田和民所著《史學原論》，比較係統地介紹西方史學理論和方法，1903年出版時特改書名為《新史學》。1903年，上海鏡今書局又出版一部新近史學著譯文集，題名為《中國新史學》。類似著譯，還有很多，不勝枚舉。由此可以看出，20世紀的帷幕一拉開，主張史學革命，建立新史學，便已成為一股生氣勃勃的學術潮流。在提倡新史學的同時，一些學者也在努力實踐這一新主張。1903年，留日學生曾鯤化編輯出版《中國曆史》上卷，1904年續出中卷，該書打出“新曆史旗幟”，強調曆史要重視進化因果關係的同時，突出了“國民”在中國曆史上的地位。[48]1904年，夏曾佑開始編寫最新中學教科書《中國曆史》，到1906年，陸續出版了一至三冊，他認為曆史應該記載“民智”進化的過程，揭示曆史發展不同階段國民的文化狀況，實則他是用進化的觀點來解釋中國古代社會曆史的發展。曾、夏等人的新史學著作在當時引發熱烈反響，好評如潮，而且行銷量極大，尤其夏的著作幾十年後仍有較大影響。與新史學運動廣泛開展同時，學術界也在反思和檢討自己所走過的道路，以便借“辨章學術，考鏡源流”獲取前進的方向，以為新史學之助。以是之故，學術史的研究漸成顯學。這也是從章太炎開始的，[49]其他學者繼之。