吾嚐觀泰西學術史矣。泰西古國以十計，以希臘為最著。希臘古初有愛阿尼學派，立論皆基於物理（以形而下為主），及伊大利學派興，立說始基於心理（以形而上為主），此學術變遷之秩序也。（見西人《學術沿革史》及日本人《哲學大觀》、《哲學要領》諸書）
吾觀炎黃之時，學術漸備，然趨重實際，崇尚實行，殆與愛阿尼學派相近。夏商以還，學者始言心理。[30]
《論文雜記》是劉師培對中國曆代文辭詩賦之流變進行係統闡發的論著。他以進化論的眼光看待文學的變化，認為文學變化是一個自然的曆史過程，不同曆史時期必然會有不同的文學形式。其借以立論者，為斯賓塞學說，即：
英儒斯賓塞耳有言：世界愈進化，則文字愈退化。夫所謂退化者，乃由文趨質、由深趨淺耳；……然天演之例，莫不由簡趨繁，何獨於文學而不然！故世之討論古今文字者，以為有淺深文質之殊，豈知此正進化之公理哉！故就文字之進化之公理言之，則中國自近代以來，必經俗語入文之一級。[31]
1905年3月25日，在《國粹學報》第2期上開始發表並連載劉師培的《論古代人民以尚武立國》、《南北學派不同論》。
《論古代人民以尚武立國》借甄克思《社會通詮》所言人類社會進化分圖騰、宗法、國家三階段之學說以立論，“圖騰之民事遊牧，宗法之民事耕稼，然圖騰之民莫不從事於戰鬥”。反觀中國，亦是如此，“炎黃以前民群尚武，與後世流為文弱者不同”。[32]
《南北學派不同論》考析曆代南北各派學術之異同短長、功過得失，其立論基礎有地理環境決定論色彩，如謂：
山國之地，地土磽瘠，阻於交通，故民之生其間者，崇尚實際，修身力行，有堅忍不拔之風；澤國之地，土壤膏腴，便於交通，故民之生其間者，崇尚虛無，活潑進取，有遺世特立之風。故學術互異，悉由民習之不同。……此說本之那特硜《政治學》諸書。[33]
5月23日，《國粹學報》第4期開始連載劉師培《古政原始論》。該文追溯國土、氏族、君長、宗法、田製、階級、職官、刑法、學校、禮俗、古樂、財政、兵製等“古政”之來源，多次征引《社會通詮》以立論，並提及法國人拉克伯裏之說，“迦爾底亞為中邦祖國，故所奉宗教仍沿迦爾底亞之遺風”[34]。該說應取自拉克伯裏的《支那太古文明西元論》（蔣觀雲在1903年9月至1905年1月間連續於《新民叢報》上撰文介紹此書），這是主張中國文明西來論的代表性著作。
6月23日，《國粹學報》第5期開始連載和發表劉師培《小學發微補》、《東原學案序》等文。
《小學發微補》對語言文字之起源及與小學相關之問題作了精辟闡發，一方麵在乾嘉學者研究基礎上提出“字義起於字音”說；另一方麵以中國文字證明社會學者所闡發的古代社會之狀況，進一步發揮了《論小學與社會學之關係》所言之精義。全文征引西書有《社會通詮》、岸本能武太《社會學》、拉克伯裏《支那太古文明論》（即《支那太古文明西元論》）等，其中數次引用拉克伯裏之說，如：
西人拉克伯裏著《支那太古文明論》，以易卦為古文，於一字之中包含眾多之義。……試用拉克伯裏氏之例解坤、屯二卦。[35]
西人謂伏羲畫卦，出於巴比倫鍥文（西人拉克伯裏氏說）。[36]
可見對拉氏之說很是信從，不僅認同其中國文字西來說，而且以其例解釋中國古文。另外文中還曾提及：
英斯賓塞爾之言曰：有語言然後有文字，文字與繪畫無二理也。[37]
可見亦參考過斯氏著作。
《東原學案序》是對戴震學術、思想的綜合評論，圍繞以《原善》、《孟子字義疏證》為代表的戴震義理思想進行闡發，內中以《穆勒名學》和日本井上圓了所述“唯心論”作注，即：
古人之所謂理，即《穆勒名學》之所謂倫，皆由對待而生，故理亦必由比較分析而後見。
日本井上圓了雲：唯心論者，由物心兩象，總由一心而起。然物對心而可知，心對物而可知，二者缺一，亦不能存。心能知物，物因心而被知，一稱主觀，一稱客觀。[38]
井上著作應為《哲學要領》、《哲學原理》諸書，當時譯本較多，在知識界廣為流傳。
9月18日，《國粹學報》第8期開始連載劉師培的《理學字義通釋》和《古學起原論》。
《理學字義通釋》通過對理、性、情、誌、意、欲、仁、惠、恕、命、心、德、義、敬等字義的詮釋，闡明漢宋之儒所言之義理。文中數次用西方生理學、心理學、倫理學所述之理以為佐證，如：
西人倫理學多與心理學相輔，心理學者，就思之作用而求其原理者也；倫理學者，論思之作用而使之守一定之軌範者也。[39]
還提及“日本人福澤諭吉以中國之禮為束縛身體之具”。[40]
《古學起原論》探究古代學術之發端，認為源於二端：宗教和實驗。內中征引了《社會通詮》以及西人若柏黎等人的中國文化西來說，即：
若中國文字、文化之胚胎，則漢族東遷，已傳播西方學術（近世以來，西儒若柏黎諸人謂中國文化鹹導源加爾底亞、巴庇倫）。[41]
11月16日，《國粹學報》第10期開始連載劉師培《兩漢學術發微論》。全文以中學比附西學，這從其子目即可看出（兩漢政治學發微論、兩漢種族學發微論、兩漢倫理學發微論），雖未具體引證西書，但時見將兩漢政治比附西政的說法，如“西漢之時，凡國有大政大獄，必下博士等官會議，此即上議院之製度也”[42]，並認為漢儒倫理學“與西洋倫理學其秩序大約相符”。[43]
1906年5月13日，《國粹學報》第16期開始連載劉師培《中國哲學起原考》。該文借用西方“哲學”概念縱論中國古代“哲學”之淵源，內中追溯西人最初之宇宙觀念，征引布列氏、磨特氏、比多古羅氏、揚可拉茲氏之說，這些率多出自於井上圓了《哲學要領》、《哲學原理》（王學來譯，閩學會1903年出版）諸書。另外文中還提及西儒“效實”、“儲能”之義，顯係采自嚴複譯述《天演論》時所造之詞。[44]
6月11日，《國粹學報》第17期發表劉師培《孔學真論》、《補古學出於史官論》。
《孔學真論》對孔子學說進行了公允的評價，認為：
周室既衰，史失其職，官守之學術一變而為師儒之學術，集大成者厥唯孔子。[45]
文中將孔子之學與古希臘梭格拉氏（即蘇格拉底）之學進行比較，並提及柏拉圖弟子亞裏士多德，認為“今太西科學大抵出於亞氏”，還說：
太西當近世以來，培根主實驗，笛卡兒主窮理，二派並行，而西人之學遂日以進步。[46]
這類議論，足以看出其對西學之了解及識見。
《補古學出於史官論》是對前已發表的《古學出於史官論》的補充，仍持“上古之時，學掌於史”的基本觀點，[47]內中征引了彌兒《自由原理》（即《彌勒約翰自由原理》，馬君武譯，上海開明書局1903年出版）中的個別論點。
12月5日，《國粹學報》第23期開始連載劉師培《論孔子無改製之事》。該文主旨在反駁今文家的孔子改製說，認為：
以庶民而操改製之柄，始於漢儒言孔子改製。然孔子改製之說，自漢以來未有奉為定論者，奉漢儒之言為定論，則始於近人。夫以庶民而改製，事非不美，特考其時，度之於勢，稽之於書，覺孔子改製之說，實有未可從者。[48]
文中再次征引拉克伯裏的中國文化西來說，言明采自日本白河氏（白河次郎）《支那文明史》，還提及柏拉圖、康德、赫胥黎之學，以證明學術與宗教不同，孔子之學非宗教。
1906年，劉師培完成並已出版之關涉西學的著作尚有《倫理教科書》、《經學教科書》、《中國曆史教科書》等。
《倫理教科書》（二冊）是劉師培以西方倫理學觀念闡釋中國倫理之作。書中開首即言：
西人之治倫理學者，析為五種，一曰對於己身之倫理，二曰對於家族之倫理，三曰對於社會之倫理，四曰對於國家之倫理，五曰對於萬有之倫理，與中國《大學》所言相合。[49]
故第一冊“所言皆倫理學之大綱及對於己身之倫理”，第二冊所言為“家族倫理”和“社會倫理”。全書對西方倫理學、心理學、社會學成果有所借鑒，但明確提到的西方學者僅有笛卡爾和斯賓塞，還言及日本井上圓了將西方倫理學“析為二十餘派”。[50]
《經學教科書》（二冊）是劉師培闡述中國經學發展曆程的著作，第一冊述“經學源流”，第二冊“發明易例”，專講《易經》。第二冊又引用拉克伯裏《支那太古文明論》（即《支那太古文明西元論》）中“以易卦為古文”的說法，[51]同於《小學發微補》之所引，而且提及斯賓塞的《群學肄言》，並在《論易學與科學之關係》、《論易學與史學之關係》、《論易學與政治學之關係》、《論易學與社會學之關係》、《論易學與倫理學之關係》、《論易學與哲學之關係》諸子目下率多中西學比附之論。
《中國曆史教科書》（二冊）是劉師培概述中國從遠古迄西周的曆史發展進程的著作。他在“凡例”中便言明：
今日治史，不專賴中國典籍，西人作中國史者，詳述太古事跡，頗足補中史之遺。今所編各課於征引中國典籍外，複參考西籍，兼及宗教、社會之書，庶人群進化之理可以稍明。[52]
以是之故，該書較重視征引西書，所征引者有白河次郎、國府種德《支那文明論》（即《支那文明史》）、拉克伯裏《支那太古文明西元論》、甄克思《社會通詮》、威爾遜《曆史哲學》等，其中對《支那太古文明西元論》、《社會通詮》皆反複征引，一再強調中國民族西來，“漢族初興，肇基迦克底亞……厥後逾越昆侖，經過大夏，自西徂東，以卜居於中土”，且認為，“拉氏（拉克伯裏）為法國考古大家，則所言必非無據，按以中國古籍，亦多相合，而人種西來之說，確證尤多”[53]，並多方論證《社會通詮》所言進化之理，合於中國曆史實際。此外還認為“周代之製多與西政相符”，[54]故以西方三權分立之說比附周代政治。
1907和1908兩年，劉師培基本生活在日本，所寫作品以政論居多，尤以宣傳無政府主義思想為主，但在這一過程中也涉及一些社會主義思想。這方麵的論著主要為發表在《天義報》、《衡報》上的《人類均力說》、《論種族革命與無政府革命之得失》、《歐洲社會主義與無政府主義異同考》、《無政府主義之平等觀》、《〈總同盟罷工論〉序》、《論新政為病民之根》、《亞洲現勢論》、《苦魯巴特金學術述略》、《〈共產黨宣言〉序》、《議會之弊》、《共和之病》、《論共產製易行於中國》、《論中國資本階級之發達》、《論中國宜組織勞民協會》、《無政府革命與農民革命》、《論農業與工業聯合製可行於中國》等。其中征引了盧梭《民約論》、羅列《總同盟罷工論》、馬爾克斯（馬克思）、因格爾斯（恩格斯）《共產黨宣言》、苦魯巴特金（克魯泡特金）《無政府主義之哲學》、《訴青年》、《互助》、《自由合意》、《麵包掠奪》、《田野製造所及工場》、《代議政體》、達爾文《種源》、《物種由來》、因格爾斯《英國勞動階級狀態》（今譯《英國工人階級狀況》）、馬爾克斯《困貧之哲學》（今譯《哲學的貧困》）、《萬國勞民同盟宣言》（今譯《國際工人協會成立宣言》）、杜爾斯特（托爾斯泰）《致中國人書》、斯密亞丹《原富》、布魯東（蒲魯東）《何謂私有財產》、母耶（莫爾）《無何有鄉》（今譯《烏托邦》）、科比耶（康帕內拉）《太陽之都》（今譯《太陽城》）、哈林枯頓《太陽洲》、馬爾克斯《由空想的科學的社會主義之發達》（按即恩格斯《社會主義從空想到科學的發展》，劉師培誤為馬克思所作）、拉薩爾《勞動與科學》等論著，並提及柏拉圖、阿理斯多德（亞裏士多德）、甄克斯、斯賓塞、霍布斯、康德、海克爾（黑格爾）、赫胥黎、伯倫知理、斯撒納爾（施蒂納）、巴枯寧、撒西門（聖西門）、布利奧（傅立葉）、拉美納（拉梅耐）、康拜（卡貝）、握恩（歐文）、露易·佛蘭（路易·勃朗）、們斯禿（蒙斯特）、維特林替（魏特林）等人的思想學說。此外，亦通過短篇序、跋及譯作的方式介紹無政府主義、社會主義等西方思想。除上麵提到的《〈總同盟罷工論〉序》、《〈共產黨宣言〉序》，還為民鳴譯恩格斯《〈共產黨宣言〉1888年英文版序言》作跋文，為怪漢譯《俄國第二議會提議之土地本法案及施行法案》作序，為周作人、吳弱男譯馬拉泰斯塔《無政府共產主義之工人問答》作序，翻譯了克魯泡特金的《快愉之勞動》、《未來社會生產之方法及手段》、《麵包掠奪》等著作，並撰文簡介托爾斯泰的《人道主義》一書。
除政論外，這兩年劉師培涉及西學的學術著作比以往大為減少，僅有以下篇章：《中國古用石器考》、《荀子名學發微》、《論中土文字有益於世界》。
《中國古用石器考》發表於1907年4月2日出版的《國粹學報》第27期，文章開篇即言：
近世以來，西人言社會學者，考社會進化之次序，分為三級，一曰石器時代，二曰銅器時代，三曰鐵器時代。[55]
全文通過考證中國古人用石器的情況，來證明中國古代也是先經曆石器時代，再進入銅器時代，合於進化之秩序。
《荀子名學發微》發表於1907年8月28日出版的《國粹學報》第32期，該文以西方邏輯學概念釋荀子名學，如篇首所言：
中邦古代學術，其確守秩序者，厥惟名學。言名學者不一端，而精析其理者，厥惟荀子。夫名學之大要，不外歸納、演繹二端，而《荀子·正名篇》早明斯義。[56]
《論中土文字有益於世界》發表於1908年10月14日出版的《國粹學報》第46期，文中言：
中土史編，記事述製，明晰便章。惟群治之進，禮俗之源，探賾索隱，鮮有專家。斯學之興，肇端皙種。英人稱為Sociology，迻以漢字，則為社會學，與Humanism之為群學者，所述略符。……皙種治斯術者，書籍浩博，以予所見，則斯賓塞爾氏、因格爾斯氏（即甄克思——引者）之書為最精。[57]