清末，包括劉師培在內的國粹派學人和其他學者在探討中國學術發展史時，關注的重點是清代學術。這是很自然的事情。因為對他們而言，清學不僅屬“本朝”史的範圍，與現實息息相關，而且更重要的是，這一代學者是在清學的滋養下成長起來的，無論每個人成長後的發展方向如何，都離不開清學這一豐厚的土壤。
在劉師培的學術史著述中，論清代學術的篇幅最多，也最分散。檢視之下，大體可分為三類：通論性著述、學案體著述、傳記類著述。三者在內容上有重複之處，但基本各有特色。
一、通論性著述
劉師培通論清代學術之由來、變遷以及流派衍化的著作以《近儒學術統係論》、《清儒得失論》、《近代漢學變遷論》為代表，另外在《國學發微》、《南北學派不同論》等著作中也有這方麵的論述。
清代學術以考據學為核心，不少人相信這是學術界厭倦宋明理學之空談而轉向經史考證的結果。經史考證以考經為主，是接續漢代經學而來，故考據學亦被稱之為漢學。劉師培總結清代學術就是從對這類問題的論述入手的，因這關涉到清學來源和界定等清代學術史上的根本問題。一方麵，劉氏不太讚成宋明學術全為空疏的看法，更強調考據學與宋明學術的曆史連續性。他曾說過：
宋元以降，士學空疏，其尋究古義者，宋有王伯厚，明有楊慎修、焦弱侯。伯厚博極群書，掇拾叢殘，實為清學之鼻祖。[1]
明人之學，近人多議其空疏……錢大昕曰：“自宋以經義取士，守一先生之說，而空疏不學者皆得名為經師，至明季而極矣。”又曰：“儒林之名，徒為空疏藏拙之地。”阮芸台曰：“終明之世，學案百出，而經訓家法，寂然無聞。”江鄭堂曰：“明人講學，襲語錄之糟粕，不以六經為根抵，束書不觀（此語出於黃黎洲）。”此皆近人貶斥明人學術之詞。然由今觀之，殆未盡然。[2]
實則“明儒經學亦多可觀”，其可貴處至少有十條，率皆為清儒學術之濫觴，所以“近儒之學多賴明儒植其基，若轉斥明學為空疏，夫亦忘本之甚矣”。[3]從這些言論來看，劉師培承認宋元以降之學術有空疏之風，但不認為全係空疏之學，尤其不能說明學為空疏之學，而且恰是宋明篤學之士開啟了清學，這是一種承繼關係。另一方麵，劉氏對何為漢學，有自己的界定。他認為：
古無漢學之名，漢學之名，始於近代。或以篤信好古該漢學之範圍，然治漢學者，未必盡用漢儒之說，即用漢儒之說，亦未必用以治漢儒所治之書。是則所謂漢學者，不過用漢儒之訓故以說經，及用漢儒注書之條例以治群書耳，故所學即以漢學標名。[4]
關於清學源於宋學的看法，早在清代中葉業已出現，章學誠即持此論。他認為考據學的奠基人顧炎武、閻若璩都是朱熹的第五代傳人，戴震的學術“實自朱子道問學而得之”。[5]嘉道時，江藩著《國朝漢學師承記》，嚴分漢宋學之界限。龔自珍致書商榷，批評其“以漢與宋為對峙，尤非大方之言”，認為“宋人何嚐不談名物訓詁？不足概服宋儒之心”。[6]龔自珍之後，著名學者陳澧、朱一新也有類似看法。[7]這些先於劉師培的論述在當時廣為士林所知，想必會對劉氏產生一定影響。但可貴的是，劉氏關於清學由來的主張卻並非襲用先人成說，而是有自己的獨創。他眼裏的清學鼻祖是宋代王伯厚（應麟），而非章學誠等盛推的朱熹，盡管他也極推崇朱熹，[8]認為朱學“崇義理而兼崇考證”，[9]但並未將其與清學聯係起來。雖然在章學誠看來，王伯厚也屬於朱熹傳人係統，[10]但王為清學鼻祖不等於朱為清學鼻祖，劉師培所注意的是王“博極群書，掇拾叢殘”，開清考據學之先河，而非其理學層麵上的建樹。實際上，與宋學相較，劉氏強調更多的倒是明學對清學的開啟之功，而這是前人所不大注意的。
除從學術淵源上考察清學由來外，劉師培也從學術士節相關聯的角度，通過對明儒與清儒的比較，看考據學如何走上學術前台。他認為“明人多行”而“清人多病”，具體來說：
明庭雖屈辱臣節，然烈士殉名，匹夫抗憤，砥名勵行，略存嫴直之風。及考其學術，大抵疏於考古，切於通今，略於觀書，勤於講學。釋褐之士，莫不嫻習典章，通達國政，展布蘊蓄，不貳後王。或以學植躬，勇於信道，尊義輕利，以聖自期。……若夫不求致用，而惟以求是為歸，或假借經世之說，以釣聲名，則固明代所無也。
清代之學迥與明殊。明儒之學用以應事，清儒之學用以保身。明儒直而愚，清儒智而譎；明儒尊而喬，清儒棄而濕。蓋士之樸者，惟知誦習帖括，以期弋獲。才智之士，憚於文網，迫於饑寒，全身畏害之不暇，而用世之念汩於無形。加以廉恥道喪，清議蕩然，流俗沈昏，無複崇儒重道，以爵位之尊卑，判己身之榮辱。由是儒之名目賤，而所治之學亦異。然亦幸其不求用世，而求是之學漸興。[11]
這裏把清儒舍經世之學而群趨“求是之學”（考據學）歸於“文網”、“饑寒”、“廉恥道喪”、“清議蕩然”等因素，確也道出了考據學興起的一個根源，盡管這一看法不無片麵。而在離開純學術標準，把學術與士節相關聯的視野下，劉師培對此“求是之學”的評價並不高，相對於明儒之“多行”，學術“用以應事”，清儒便是“多病”，學術“用以保身”。他還進而言道：
明儒之學以致用為宗，而武斷之風盛；清儒之學以求是為宗，而卑者或淪於裨販。其言詞章經世理學者，則往往多汙行。惟篤守漢學者好學慕古，甘以不才自全，而其下或治校勘金石以事公卿。然慧者則輔以書翰詞章，黠者則侈言經世，其進而益上，則躬居理學之名。蓋漢學之詞，舉世視為無用，舍閉關卻掃外，其學僅足以授徒。[12]
作為清學的繼承者而對清學有如此評價，值得深思。實際上，就是到了辛亥後，已“趨於循舊”的劉師培仍對清代漢學有譏訕之辭，他曾對蒙文通說：
清代漢學未必即以漢儒治經之法治漢儒所治之經。
前世為類書者（《禦覽》《類聚》之類），散群書於各類書之中；清世為義疏者（正義之類），又散各類書於經句之下。[13]
可見其看法前後沒有大的變化。
劉師培既對清代漢學評價有限，故在總結其變遷曆程時認為大體呈每況愈下之勢。他把漢學之發展分為4個時期。一為懷疑時期（“懷疑派”）。順康之交，漢學萌芽，
其征實之功，悉由懷疑而入。如閻百詩乏於《古文尚書》，始也疑其為偽作，繼也遂窮其作偽之源；胡渭、黃宗炎之於《易》、《圖》，始也斥其為曲說，繼也遂探其致誤之由。
這一期總的特點是：
始也疑其不可信，因疑而參互考驗，因參互考驗而所得之實證日益多。雖穿鑿之談，叫囂之語，時見於經說之中，然不為俗說所迷，歸於自得。[14]
二為征實時期（“征實派”）。
康雍之間，為士者雖崇實學，然多逞空辯，與實事求是者不同。及江、戴之學興於徽歙，所學長於比勘，博征其材，約守其例，悉以心得為憑。且觀其治學之次第，莫不先立科條，使綱舉目張，同條共貫，可謂無征不信者矣。……即惠氏之治《易》，江氏之治《尚書》，雖信古過深，曲為之原，謂傳注之言堅確不易，然融會全經，各申義指，異乎補苴掇拾者之所為，律以江、戴之書，則彼此二派，均以征實為指歸。[15]
可見征實期即皖、吳二派興盛之期。三為叢綴時期（“叢綴派”）。
自征實之學既昌，疏證群經，闡發無餘。繼其後者，雖取精用弘，然精華既竭，好學之士欲樹漢學之幟，不得不出於叢綴之一途，尋究古說，摭拾舊聞。此風既開，轉相仿效，而拾骨襞積之學興。[16]
即以搜集、校讎各種佚書佚文為主。四為虛誣時期（“虛誣派”）。
嘉道之際，叢綴之學多出於文士，繼則大江以南工文之士，以小慧自矜，乃雜治西漢今文學，旁采讖緯，以為名高。故常州之儒莫不理先漢之絕學，複博士之緒論，前有二莊，後有劉、宋，南方學者，聞風興起。……於學術合於今文者，莫不穿鑿其詞，曲說附會；於學術異於今文者，莫不巧加詆毀，以誣前儒，甚至顛倒群經，以伸己見……經術支離，以茲為甚。[17]
可見“虛誣派”即今文學。
對這四個時期或曰四派的總體評價，劉師培也有論述，即：
懷疑學派由思而學，征實學派則好學繼以深思，及其末流，學有餘而思不足，故叢綴學派已學而不思，若虛誣學派則又思而不學。四派雖殊，然窮其得失，大抵前二派屬於進，後二派則流於退，叢綴學派為征實派之變相，而虛誣之學則又矯叢綴而入於懷疑，然前此之懷疑與征實相輔，此則與征實相違。[18]
從這裏可以看出，劉氏心目中的清代漢學是走下坡路的學問，愈發展愈走向末路。而他對“虛誣派”（今文學）的評價，更可看出其古文經學的立場，這不能不影響其立論的客觀性。[19]
清代學術雖以漢學為核心，但整體麵貌相當複雜，非漢學可蔽之。江藩等人曾試圖概括清學流派，但其著作並不成功，劉師培就批評道：
甘泉江藩作《漢學師承記》，又作《宋學淵源記》，以詳近儒之學派，然近儒之學，或析同為異，或合異為同，江氏均未及備言，則以未明近儒學術之統係也。[20]
鑒於此，劉氏便以《近儒學術統係論》一文概括以漢學為主的清學流派及其衍化過程，欲補江著之不足。該文把清代學術大體分為理學、漢學、史地之學等幾類，但並未像江藩那樣把學者強分漢宋，而是根據清學發展實際，據實以論。理學方麵，他認為：
明清之交，以浙學為最盛。黃宗羲授學蕺山，而象數之學兼宗漳圃，文獻之學遠溯金華先哲之傳，複兼言禮製以矯空疏。傳其學者數十人，以四明二萬為最著。[21]
其他如孫奇逢、李顒、顏元、陸世儀等皆各有傳承，使得清初之理學呈繁盛局麵，就連顧炎武也以“躬行禮教之說”相倡導，推動了理學的繁盛，故不能隻將顧視為漢學家。漢學是清代主體學問，該文以主要篇幅論之，其中首先指出：“漢學以治經為主，考經學之興，始於顧炎武、張爾岐。”閻若璩、胡渭等皆繼之而多有創獲，且“胡渭治《易》，多本黃宗羲”，即黃宗羲亦不能僅以理學家視之。接著文中論及吳、皖和常州之學的興起與衍化，說：
東吳惠周惕作《詩說》、《易傳》，其子士奇繼之作《易說》、《春秋傳》。棟承祖、父之業，始確宗漢詁，所學以掇拾為主，扶植微學，篤信而不疑。厥後掇拾之學傳於餘蕭客，《尚書》之學則江聲得其傳，故餘、江之書言必稱師。江藩受業於蕭客，作《周易述補》，以續惠棟之書。
此乃吳學之傳承。至於皖學，則起自江永，