戴震之學亦出於永，然發揮光大，曲證旁通，以小學為基，以典章為輔，而曆數、音韻、水地之學鹹實事求是以求其源。於宋學之誤民者，亦排擊防閑不少懈。徽歙之士，或遊其門，或私淑其學，各得其性之所近，以實學自鳴。……及戴氏施教燕京，而其學益遠被。聲音訓詁之學傳於金壇段玉裁，而高郵王念孫所得尤精。典章製度之學傳於興化任大椿。而李惇、劉台拱、汪中均與念孫同裏，……及從念孫遊，始專意說經。顧鳳苞與大椿同裏，備聞其學，以授其子鳳毛。焦循少從鳳毛遊。時淩廷堪亦居揚州，與循友善，繼治數學，與汪萊切磋尤深。阮元之學亦得之焦循。淩廷堪繼從戴門弟子遊，故所學均宗戴氏。……近人俞樾、孫詒讓則又確守王、阮之學。
這是皖學的傳承情形。值得注意的是，劉氏在這裏提及的學者多為揚州人，但他並未將其視為一個學派，而是認為其所承均為戴震之學，這再次證明他不認同揚州學派之說。關於常州學術，他僅扼要論之，說莊存與“喜言《公羊》，侈言微言大義。兄子綬甲傳之，複昌言鍾鼎古文。綬甲之甥有武進劉逢祿、長州宋翔鳳，均治《公羊》，黜兩漢古文之說。翔鳳複從惠言遊，得其文學，而常州學派以成”；其後龔自珍“從劉申受遊，亦喜言《公羊》”，“仁和曹籀、譚獻均篤信龔學”，德清戴望“受《公羊》於宋翔鳳”。[22]這是常州今文學之傳承。經學之外，該文對全祖望、章學誠、徐鬆、張穆、何秋濤等人的史地之學以及桐城派古文等分別有所論列，但過於簡要，乏善可陳，茲不贅述。
總之，劉師培對以漢學為主體的清代學術從其來源、變遷、流派衍化等各個角度分別作了較為係統、翔實的闡釋，其體驗之深刻、見解之獨到，可謂獨步一時。
二、學案體著述
劉師培用學案體縱論清代學術史的著作有《近儒學案序》、《習齋學案序》、《幽薊顏門學案序》、《並青雍豫顏門學案序》、《東原學案序》，其中以《近儒學案序》為主。
自黃宗羲以《明儒學案》創下學案體後，這種以“人”為主條理學術流派的體裁便為後人所重，頗有一些效仿者。劉師培擬作《近儒學案》一書，也是出於對《明儒學案》的仿效，[23]盡管他對學案體有微詞，如認為它非“以學為主，義主分析”，[24]不利於從學科分類角度對學術發展史作義理上的探析，但他還是選擇了這種體裁敘述清學曆史。也許是因學術使命感所驅使，他要以《近儒學案》接續《明儒學案》，使明清兩朝學案體學術史成一完璧。
終其一生，劉師培並未寫出《近儒學案》，留下的僅是幾篇序文。但從這些序文中已可看出他擬著《近儒學案》的大體規製，反映出他對清代學術格局的總體構想。《近儒學案序》所列目錄便足證此點。該目錄為：夏峰學案、二曲學案、蕺山學案、餘姚學案、東林學案、薑齋學案、亭林學案、桴亭學案、仁和學案、南豐學案、山西學案、山東學案、楊園學案、晚村學案、徽州學案、習齋學案、安溪學案、長州學案、西河學案、東原學案、寶應學案、桐城學案、山陽學案、常州學案、諸儒學案上（偽儒）、諸儒學案中（新派）、諸儒學案下（調和漢宋者）。這一目錄基本涵蓋了清代學術的各種領域和各個流派，而且各案下所列人名亦表現出各派的學術傳承關係，學案體以人為主條理學術流派的特色顯露無遺。值得注意的是，劉師培在劃分清儒流派時有迥異於人的做法，如未列出吳派，而將惠棟歸於“東原學案”下，雖以“別出”之名單列，但畢竟是在皖學名目之下；不列揚州學派，將阮元、焦循列戴震名下，而將汪中、王念孫列“別出”之惠棟名下。這種做法，固然顯示出劉氏對戴震皖學的推崇和不以揚州之學為“派”的一貫主張，同時也顯現出他對如何評價考據學內部之流別甚至高下有自己的獨立見解。盡管他在《近儒學術統係論》中對吳派惠學之衍化有所議論，但基本無評價，而在這裏將其列“東原學案”下，卻透露出他心目中兩派高下之端倪。至於將汪中、王念孫尤其是王念孫列惠棟名下，則殊不可解。另外，目錄中將江永列入“亭林學案”中，使人不易看出他與戴震的關係；又將閻若璩列入“諸儒學案中（新派）”，而未與漢學家放在一起。類似做法，也許反映出劉氏的某些卓異處，但給人以敗筆的感覺。
《近儒學案序》之外，劉師培已完成的幾篇學案序文都是關於顏元（習齋）和戴震的，可見對這兩家學問之推重。
顏元、李塨之學（顏李學派）是經世致用之學，所謂實學。劉師培之看重該學，固因其這一特征，同時很大程度上也因其具民族氣節、與戴震之學相關以及吸納西學，正像他所指出的：
自宋儒區分體用，政學以歧，講學之儒，漸舍實功。惟習齋先生以用為體，力追三代，教學成法，冠昏喪祭，必遵古製。從遊之士，肄力六藝，旁及水、火、兵、農諸學。倡教漳南，於文事經史外，兼習武備、藝能各科，較之安定、橫渠，固有進矣。又以建夷宅夏，非尚武不克樹勳，思以武健之風轉易民俗，其旨與皙種借民為兵同。蓋先生以用為體，即以用為學，身體力行，一矯講學空虛之習。至先生論學唯存性一編，辟宋儒氣質之說，實開東原學派之先。[25]
有明中葉，西教益昌，士習其學，尊為西儒，故宣教之徒聚萃輦轂重地，以西法相授。習齋先生生長博野，地邇燕京，吾意先生壯年必親炙西士之門，備聞緒論。事雖失傳，然證以先生所學，則禮、樂、射、禦、書、數外，並及水、火、工、虞。夫水、火、工、虞取名雖本於虞廷，引緒實基於皙種。[26]
這裏所說的水學即水利之學，火學即製造火器之學，工學主要指工藝之學，虞學即林學。“先生生明代鼎革時，崇此四科，默契西法，用則施世，舍則傳徒，律以古代學術，則道藝並重。”[27]可見在劉師培眼裏，顏李之學既無宋學之空疏，又具西學之實效，還有濃厚的現實關懷意味，所以值得推重。除學案序外，劉氏還專門撰有《顏李二先生傳》以闡揚其學，指出：
習齋生於明末，崛起幽冀，恥托空言，於道德則尚力行，於學術則崇實用。而分科講習，立法尤精。雖其依經立說，間失經義之真，然道藝並崇，則固岐周之典則也。剛主（李塨）繼之，顏學益恢。乃後儒以經師擬之，嗚呼！殆亦淺視乎剛主矣。[28]
此可見出他對顏李之學評價之高。
至於戴震之學，劉師培一向推崇備至，自謂“予束發受書，即服膺東原之訓”。[29]戴震本以漢學為學界矚目，劉之《東原學案序》卻基本不談其漢學，而以其超邁宋儒的義理學為闡釋對象。此種做法，蓋因其考據訓詁之成就已廣為人知，相反其義理之學如《孟子字義疏證》之類著作不僅“當時讀者不能通其義”，而且也不為其門人所理解。[30]所以，劉氏要通過自己的努力為戴震之學畫上圓滿的句號，不使其光輝有所遮蔽。《東原學案序》首先指出：
近代以來，鴻儒輩出，鄞縣萬氏、蕭山毛氏漸知宋學之非，或立說著書以與宋儒相詰難，而集其成者實惟東原戴先生。東原之書，以《原善》、《孟子字義疏證》為最著。[31]
劉氏對《原善》評價甚高，認為它“訓詁彰明，縝密嚴瑮，其說信美矣”。相對而言，覺“《孟子字義疏證》一書則瑕瑜雜見”，如書中對“理”的解釋遠超宋儒，“解理為分，確宗漢詁。複以理為同條共貫也，故以理字為公例，較宋儒以渾全解理字者迥不同矣。至謂理在欲中，亦非宋儒所可及”。但從西方心理學和唯心論的視角來看，“事物之理，心能別之”，“在物在心，總名曰理”，而戴震所言之理僅指“在物之理”，這是其“言理之偏”；書中之論“性”，發明不多，基本無異於宋儒之說，有所偏失；至於“訓道為行，訓權為變，立言雖當，然言詞隱曲，必假引申。唯才訓為能，誠訓為實，析詞明辨，遠邁前儒”。盡管戴震之學非十全十美，但總體而言：
小疵不掩大醇。義理必衷訓故，則功在正名；講學不蹈空虛，則學趨實用。凡小儒迂墟之說，足以害政蠹民者，鹹掃除肅清，棄如苴土。信夫聖人複起，不易斯言矣。[32]
這裏值得注意的是“義理必衷訓故，則功在正名”一語，這是戴震義理學超越宋儒的關鍵所在，因宋儒知義理而不知訓詁，“不識正名之用”，所以其義理疏漏較多，常為後人所譏。戴震於自身著述極看重《孟子字義疏證》，曾說：“仆生平著述之大，以《孟子字義疏證》為第一。”[33]但和者寥寥，少有人解其意。劉師培能對以該書為代表的其義理之學作出上述評價，可謂其百年後的知音。而且劉氏還能以西學眼光看待其學，指出可改進之處，不啻將其學推進了一步。
除《東原學案序》外，劉師培又作《戴震傳》以闡揚其學，傳中再次對《原善》、《孟子字義疏證》給以很高估價並進而全麵總結了戴震學術之特點，說：
《原善》、《疏證》二書互相印證，而格物、親民、中和諸說尤足補先儒所未言，則先生之言性理，殆所謂特立成一家言者歟。蓋先生之學，先立科條，以慎思明辨為歸，凡治一學著一書，必參互考驗，曲證旁通，博征其材，約守其例。複能好學深思，實事求是，會通古說，不尚墨守。而說經之書，厚積薄發，純樸高古，雅近漢儒。
探賾索隱，提要鉤玄，鄭、朱以還，一人而已。[34]
如此評價，足見戴震學術在劉師培心目中的至高位置。
三、傳記類著述
與學案體的以“人”為主條理學術流派有所不同，用傳記體敘述學術史雖不利揭示學術流派之衍化，但更能突出個人在學術發展進程中的地位與作用，而且會使得學術與人的生活經曆緊密相連，令學術之根紮於社會生活的基石之上。以是之故，傳記體一向受學者歡迎，劉師培也不例外。他撰寫了一係列清代人物傳記，以學術傳記為主，力圖通過這種體裁透視清代學術的某些麵貌。除前已言及的《顏李二先生傳》和《戴震傳》外，他這方麵的著述主要有《全祖望傳》、《戴望傳》、《崔述傳》、《孫蘭傳》、《朱澤沄傳》、《徐石麒傳》、《蔡廷治傳》等。這些傳記大體可分為兩類，一為學界名家傳記；二為揚州先賢傳記。
所謂學界名家傳記即《全祖望傳》、《戴望傳》和《崔述傳》。全祖望之學術與吳、皖正統漢學不同，他所承襲的是黃宗羲所開創的浙東史學傳統，如傳中所言：“浙東學派承南雷黃氏之傳，雜治經史百家，不複執一廢百。鄞縣萬氏承之，學益昌大。若祖望之學，殆亦由萬氏而私淑南雷者歟。”其為學“淵博無涯涘，於書靡不穿貫”，而且“雖以博學聞，然觀書具卓識”。[35]可以說，博聞多識是劉師培推崇其學的一個關鍵所在。戴望是晚清的重要學者，劉師培評價其學曰：
自西漢經師以經術飾吏治，致政學合一，西京以降，舊製久湮。晚近諸儒，振茲遺緒，其能特立成一家言者，一為實用學，顏習齋、李剛主啟之；一為微言大義學，莊方耕、劉申受啟之。然僅得漢學之一體。惟先生獨窺其全。故自先生之學行，而治經之儒得以窺六藝家法，不複以章句名物為學，凡經義晦蝕者，皆一一發其指趣，不可謂非先生學派啟之也。況複明華夏之防，……不欲以曲學進身，亮節高風，上躋顏李，豈若近儒詁麟經者，飾大同之說以逞其曲學阿時之技哉！[36]