在清代學者和學派中，劉師培最推崇的便是戴震和皖派。他自承“予束發受書，即服膺東原之訓”[44]，認為戴震之學“探賾索隱，提要鉤玄，鄭、朱以還，一人而已”[45]。相對而言，顧炎武、惠棟、王念孫、引之父子等清代考據學的中堅人物都未受到這樣的重視和得到類似評價。至於皖派，劉師培通過對清代考據學者的比較，以獨標其長。他曾說過：
大抵漢代以後，為學之弊有二，一曰逞博，二曰篤信。逞博則不循規律，篤信則不求真知，此學術所由不進也。自毛奇齡之徒出，學者始誤篤信之非，然以不求真知之故，流於才辯。閻若璩之徒漸知從事於征實，辨別偽真，折中一是，唯未能確立科條，故其語多歧出。若臧琳、惠棟之流，嚴於取舍，立例以為標，然篤信好古，不求真知，則其弊也。惟江、戴、程、淩，起於徽歙，所著之書，均具條理界說，博征其材，約守其例，而所標之義、所析之詞，必融會貫通以求其審，縝密嚴栗，略與皙種之科學相同，近儒考證之精恃有此耳。[46]
如此高估皖派，即等於稱讚皖派的創始人戴震。劉氏有這種看法，自然與他的學術傳承和學術體驗密切相關。他一向認為揚州學者之學是繼承戴震之學而來，近於皖派，[47]而且自認本身學術也是承這一傳統而來。他曾幾次征引戴震《與是仲明論學書》中的幾句話：“經之至者，道也。所以明道者，其詞也；所以成詞者，字也。由字以通其詞，由詞以通其道，必以漸求。”對此他表示認同和遵循，並在學術實踐中作為基本方法手段加以運用。可以說，他之推崇戴震，是出於自身的學術追求，而非受到章太炎的影響。
除對戴震和皖派考據學的強烈認同與稱譽外，如前所述，劉師培還是戴震義理之學百年後的知音。他不僅對其以《孟子字義疏證》為代表的義理學成果給以充分肯定和多方闡釋，而且用學術實踐發揚其義理學，他的《理學字義通釋》實為仿《孟子字義疏證》之作。還值得一提的是，他對《孟子字義疏證》的彰揚對梁啟超這方麵認識的變化起到影響作用。梁啟超1904年發表《論中國學術思想變遷之大勢·近世之學術》時，對《孟子字義疏證》為代表的戴震義理思想評價不高，認為：
人生而有欲，其天性矣，節之猶懼不及，而豈複勞戴氏之教猱升木為也。二百年來學者，記誦日博，而廉恥日喪，戴氏其與有罪矣。[48]
到1920年他著《清代學術概論》時，態度發生了根本變化，不僅詳細摘引《孟子字義疏證》，而且認為：
《疏證》一書，字字精粹。
實以平等精神，作倫理學上一大革命。
實三百年間最有價值之奇書也。[49]
顯然，劉師培發表於1905年和1906年的《東原學案序》、《戴震傳》等著作給了梁啟超以啟示。當然也不排除梁氏從章太炎等人的有關論著中得到其他一些啟示。
平心而論，戴學的複興與走紅，確有章太炎的開啟之功以及20年代後胡適等人的闡揚之力，[50]但其間劉師培所起到的關鍵作用絕對不能忽略，在回顧20世紀中國學術、思想史尤其是回顧戴震研究史時，這一疏漏應當補上。
上述幾個論題是劉師培論清學最有特色的方麵。除此之外，還有一個劉師培、章太炎、梁啟超幾乎同時都提出的命題值得關注，即清代考據學略與西方科學相同，富有科學精神。胡適後來對此命題做了多方闡釋。這一命題從嚴格的學術意義上講恐有牽強之處，或可說考據學與科學隻是形似，而非神似，但它卻能引發一種思考：傳統學術中是否存在著導引學術走向現代的資源，從而有助於中國現代學術的建立？就此而言，這一命題相當有意義。
[1] 劉師培：《周末學術史序·總序》，見《遺書》，504頁。
[2] 傅斯年：《中國學術思想界之基本誤謬》，載《新青年》，第4卷，第4號，1918-04-15。
[3] 劉師培革新史書體裁的努力還在於他用“章節體”編撰《中國民族誌》、《中國曆史教科書》等著作（《中國曆史教科書》中每一“課”相當於一章或一節），與夏曾佑1904年至1906年所編最新中學教科書《中國曆史》一道，成為中國近代較早運用“章節體”編寫中國曆史的成功之作，且劉氏《中國民族誌》1903年便已完成出版，早於夏氏之作。
[4] 章太炎：《訄書（重訂本）》，《清儒第十二》，見《章太炎全集（三）》，154頁。
[5] 梁啟超：《論中國學術思想變遷之大勢》第一章《總論》，載《新民叢報》，第3號，1902-03-10。
[6] 胡適：《諸子不出於王官論》，見《中國哲學史大綱·附錄》，353頁。
[7] 劉師培：《古學出於史官論》，《左盦外集》卷八，見《遺書》，1478頁。
[8] 有人甚至認為“章太炎在1906年發表《諸子學略說》，提出諸子出於王官……應該是受劉師培的影響”。見方光華：《劉師培評傳》，211頁。
[9] 周予同認為，康有為《孔子改製考》的一個作用是“破壞儒教的王統與道統，夷孔子與先秦諸子並列”。（周予同：《五十年來中國之新史學》，見《周予同經學史論著選集》（增訂本），523頁。）康氏之作是借經學以談政治，不能以純學術著作視之，而劉師培《古學出於史官論》則為學術探討，重在學理闡發，故其雖在康書之後出現，其所倡儒家與諸子並列之說，仍具有學術上的革新意義。
[10] 江藩：《國朝漢學師承記》卷1，4、5、6頁。
[11] 皮錫瑞：《經學曆史》，64、274頁，北京，中華書局，1959。
[12] 龔自珍：《與江子屏箋》，見《龔自珍全集》，第5輯，347頁。
[13] 劉師培：《兩漢學術發微論·兩漢倫理學發微論》，見《遺書》，535頁。
[14] 劉師培：《漢宋學術異同論·漢宋義理學異同論》，見《遺書》，541、542頁。
[15] 劉師培：《漢宋學術異同論·總序》，見《遺書》，541頁。
[16] 錢穆：《中國近三百年學術史》，1頁。
[17] 餘英時：《清代思想史的一個新解釋》，見《中國思想傳統的現代詮釋》，218頁。
[18] 胡適：《複陳之藩》，見耿雲誌、歐陽哲生編：《胡適書信集》，下冊，1309頁，北京，北京大學出版社，1996。
[19] 梁啟超：《論中國學術思想變遷之大勢》，《飲冰室合集》第一冊，《飲冰室文集之七》，78頁。
[20] 梁啟超：《清代學術概論》，《梁啟超論清學史二種》。
[21] 章學誠：《文史通義》內篇三，《朱陸》、《書〈朱陸〉篇後》，倉修良編：《文史通義新編》，73、77頁。
[22] “伯厚博極群書，掇拾叢殘，實為清學之鼻祖。”見劉師培：《南北學派不同論·南北考證學不同論》，見《遺書》，555頁。
[23] 劉師培：《國學發微》，見《遺書》，501、502頁。
[24] 《四庫全書總目》卷119，子部·雜家類三.方以智“通雅”條.1028頁，北京，中華書局，1965。
[25] 錢穆：《中國近三百年學術史》，150，151頁。
[26] 胡適：《費經虞與費密——清學的兩個先驅者》，見《胡適文存》，第2集，50頁，合肥，黃山書社，1996。
[27] 劉師培之後，柳詒徵所編著之《中國文化史》在論及清代考據學時，多據劉《近代漢學變遷論》、《近儒學術統係論》以立論，同時也以陳第、焦竑為例證明考據之學“明代學者已開其端，非清人所得專美”。（見柳詒徵：《中國文化史》下卷，東方出版中心1996年重印本，740～745頁。）此為劉之看法具有影響之一證。
[28] 章太炎：《清儒》，《訄書（重訂本）》，見《章太炎全集（三）》，156頁。
[29] 梁啟超：《論中國學術思想變遷之大勢》，見《飲冰室合集》，第一冊《飲冰室文集之七》，102頁。
[30] 梁啟超在《近世之學術》文中附識說：“以上敘傳授派別，頗采章氏《訄書》而增補之，且自下斷案。”《論中國學術思想變遷之大勢》，《飲冰室合集》第一冊，《飲冰室文集之七》，93頁。
[31] 皮錫瑞：《經學曆史》，341頁。
[32] 一般所說漢學指以考據為特色的古文經學，不包括今文經學。這裏籠統言漢學，則將東西漢古今文學皆包容在內，因劉師培《近代漢學變遷論》便是在廣義上言漢學，不把今文經學排斥在外。
[33] 皮錫瑞：《經學曆史》，341頁；梁啟超：《論中國學術思想變遷之大勢》，《飲冰室合集》，第一冊《飲冰室文集之七》，102、103頁。
[34] 梁啟超說：“南海言孔子改製創新教，且言周秦諸子皆改製創新教，於是於孔教宗門以內，有遊、夏、孟、荀異同優劣之比較；……於孔教宗門以外，有孔、老、墨及其他九流異同優劣之比較。凡所謂辨，悉從其朔。”《論中國學術思想變遷之大勢》，《飲冰室合集》，第一冊《飲冰室文集之七》，100、102頁。
[35] 劉師培：《近代漢學變遷論》，《左盦外集》卷9，見《遺書》，1541、1542頁。
[36] 劉師培：《近代漢學變遷論》，《左盦外集》卷9，見《遺書》，1542頁。
[37] 梁啟超：《清代學術概論》，《梁啟超論清學史二種》。
[38] 參見鄭師渠：《晚清國粹派論清學》，見《晚清國粹派——文化思想研究》，367頁。
[39] 劉師培：《清儒得失論》，《左盦外集》卷九，見《遺書》，1535頁。
[40] 錢穆：《中國近三百年學術史》，396頁。
[41] 侯外廬：《近代中國思想學說史》，379頁，上海，生活書店，1947。
[42] 《學隱》一篇最初刊在《訄書》初刻本所附《訄書補佚》中，朱維錚認為此補佚本可能是在1900年夏秋之間出現（見朱維錚為《章太炎全集》（三）所作之《前言》），後又收入《訄書》重訂本。
[43] 收入1904年出版的《訄書》重訂本中，寫作時間當在此之前，因此時章太炎正在上海坐牢。
[44] 劉師培：《東原學案序》，《左盦外集》卷17，見《遺書》，1763頁。
[45] 劉師培：《戴震傳》，《左盦外集》卷18，見《遺書》，1823頁。
[46] 劉師培：《崔述傳》，《左盦外集》卷18，見《遺書》，1825頁。
[47] 見前文所引劉師培在《南北學派不同論》、《近儒學術統係論》中對此問題的詳細論述。
[48] 梁啟超：《論中國學術思想變遷之大勢》，見《飲冰室合集》，第1冊《飲冰室文集之七》，93頁。
[49] 梁啟超：《清代學術概論》，見《梁啟超論清學史二種》，34、35頁。
[50] 1923年，胡適、梁啟超、錢玄同、朱希祖等人發起戴震誕生二百周年紀念會，掀起了戴震研究高潮，胡適且有《戴東原的哲學》等論著為戴震張目，使戴學成為顯學。