劉師培一向敬仰章太炎，“尤佩仰章太炎學術”。[22]章太炎也素來欽仰儀征劉氏的世代經學，自身又是經學大家，故與頗具經學素養的劉相識後，惺惺相惜，極為投契，引為知己。兩人商討了古文經學研究的各種問題，交換了對古文經學與今文經學關係問題的看法。不久，章太炎因“蘇報案”入獄，但雖身陷囹圄，仍兩次致書於劉。第一封信以《章太炎致劉申叔書》為題收入1905年2月23日出版的《國粹學報》第1期，錢玄同將其以《與劉光漢書一》之名收入《遺書》，標題下注“民元前九年癸卯”。[23]該信首先關注劉的身體，因知其“忽患失血”（劉師培所患肺病大概肇始於此），囑其“少自珍惜，遊心物外”，接著問及其家傳之學，並談及自己多年從事《春秋左氏傳》研究的情形，以“保存國粹”之願與其共勉。第二封信以《章太炎再與劉申叔書》為題收入《國粹學報》第1期，錢玄同將其以《與劉光漢書二》之名收入《遺書》，標題下注“前九年癸卯”。[24]該信是對劉氏來書的答複，因寫信前一天收到劉師培手劄並所撰《駁太誓答問》、《小學發微》兩文。信中主要內容是討論《左傳》和小學的問題，並給劉氏所撰兩文以極高的評價，認為《駁太誓答問》“條理明帶遰，足令龔生鉗口”，《小學發微》“以文字之繁簡，見進化之第次，可謂妙達神指，研精覃思之作矣”。
《駁太誓答問》，發表於1905年3月25日出版的《國粹學報》第2期，作《駁泰誓答問》（未完），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷一。
《小學發微》，疑已佚。錢玄同認為《小學發微》與《論小學與社會學之關係》（刊於《警鍾日報》1904年11月21日至12月3日）為異題同文，“蓋此篇初名《小學發微》，登報時欲求意義明顯，故改題為《論小學與社會學之關係》……而內容亦必不盡相同”。[25]實則二者非同文。其證有三：一是劉師培本人非以二者為同文，而是視作獨立的兩篇文章，如在《周末學術史序》夾注中，他幾次分別提及“見舊作《小學發微》”、“見舊作《小學與社會學之關係》”；二是兩文宗旨迥然不同，《小學發微》所述之義在於“以文字證明社會進化之理”，《論小學與社會學之關係》則以社會學考中國造字之源；三是從《論小學與社會學之關係》所征引的譯著看，該文脫稿的時間不可能早於1904年1月，因其所引用的嚴複譯《社會通詮》一書在1904年1月由商務印書館首次出版，且其與嚴複沒什麼往來，在嚴譯正式出版前讀到其手稿的可能性微乎其微。而《小學發微》則是1903年的作品。[26]
本月，作《包慎伯說儲跋》，是為家藏包世臣《說儲》一書所作的跋文，文末屬“癸卯四月”，故知作於此時。收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
6月12日，發表《創設師範學會章程》於《蘇報》上，署揚州劉師培訂。
6月22日，發表《論留學生之非叛逆》於《蘇報》上，署名申叔。
6月25日，刊《亭林先生佚詩》於《江蘇》第4期上，佚詩為《羌胡引》和《井中心史歌》，係反映顧炎武排滿之誌與興亡之歎之作，詩後附有百字左右的記，署儀征劉師培記。
6月30日，“蘇報案”發生。上海租界當局迫於清政府壓力，將在《蘇報》上發表《駁康有為論革命書》等文以倡反滿革命的章太炎逮捕。此前，劉師培已回到家鄉揚州。
7月11日，在揚州撰《黃帝紀年論》（附大事表），文末署“黃帝降生四千六百一十四年閏五月十七日書”。發表於《國民日日報》上，署名無畏，見《國民日日報彙編》第一集；又刊於本年底印行的《黃帝魂》篇首，作《黃帝紀年說》（附大事表）；收入《遺書》之《左盦外集》卷十四，仍題名《黃帝紀年說》。此文影響頗大，“不啻為輿論矗立一指明方向之界牌，使天下之士分途奔集而無歧誤”。[27]因當時革命、立憲兩派爭勝，前者以黃帝紀年，後者以孔子紀年，該文是國內報刊最早倡黃帝紀年說者，而且成為民元前革命黨人共用的紀年方法，[28]故錢玄同稱其“為民國開國史上之重要文獻也”。錢氏在將此文編入《遺書》時，誤認為其“曾否登報，無從稽考”，[29]今當指正之。
夏，再度來到上海。
來上海的緣由，一說因“政嫌”。章士釗曾回憶：“申叔於光緒癸卯夏間，由揚州以政嫌遁滬，愚與陳獨秀、謝無量在梅福裏寓齋閑談，見一少年短襟不掩，倉皇叩門趨入，囁囁為道所苦，則申叔望門投止之日也。時年且不足二十耳。”[30]一說因“家貧不能自給”，[31]生計所迫，來上海謀求教席。不論什麼緣由，總之這次來上海後，思想愈趨激烈，“主張攘除清廷，光複漢族，遂更名‘光漢’。用‘光漢’之時期，約有五年，為前九年癸卯夏至前四年戊申秋也”。[32]
此時在上海，除與章士釗、陳獨秀、謝無量等人往還外，還與因憤於清廷幹涉留日學生革命活動而剛從日本歸國的林獬攜手共撰《中國民約精義》。該書序言所署日期為甲辰四月。[33]即甲辰四月（1904年5月）印刷出版。署名儀征劉光漢、侯官林獬。[34]已收入《遺書》。全書分上古、中古、近世三篇，從《周易》、《詩經》、《春秋》、《論語》、《孟子》等上古之作直到近人魏源、龔自珍等數十人的作品中輯錄出與民約之義相關的議論，加以案語解說之。
8月7日至12月初，《國民日日報》在上海發行，由陳獨秀、章士釗、張繼等人主編，陳去病、蘇曼殊、林獬、謝無量等均任撰述，發行未久，即風行一時，人稱《蘇報》第二。劉師培亦曾為該報撰稿，除在該報上發表《黃帝紀年論》外，還發表過《王船山史說申義》和詩《讀王船山先生遺書》、《雜詠》。
《王船山史說申義》，載《國民日日報彙編》第二集，無署名；又刊於本年底印行的《黃帝魂》中；收入《遺書》之《左盦外集》卷十四。錢玄同在將此文編入《遺書》時，誤認“《黃帝魂》中之《王船山史說申義》一篇，亦係錄自《警鍾日報》者”。[35]查《黃帝魂》印成於1903年12月19日（農曆十一月一日），而《警鍾日報》是1904年2月26日從《俄事警聞》改版而成，《黃帝魂》不可能從晚出之《警鍾日報》中選錄文章。章士釗則說該文是他的作品。[36]因該文發表時無署名，難以稽考。
《讀王船山先生遺書》，載《國民日日報彙編》第二集，署名申叔；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》。
《雜詠》，載《國民日日報彙編》第二集，署名申叔；又見於1905年2月18日出版的《政藝通報》乙巳第1號；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》，個別詞句有異。
10月20日，在《江蘇》第7期上發表文《揚州二百六十年之紀念》、詩《書顧亭林先生墨跡後》和《詠晚村先生事》，署名申叔；《書顧亭林先生墨跡後》收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》。
11月，所撰之《中國民族誌》由中國青年會出版，署名光漢子；收入《遺書》。錢玄同在將其編進《遺書》時，係其出版之年為民元前七年，即1905年，並注明：“此書係鄭君向倫哲如君借得原印本錄印，而未錄原書末頁所記之出版年月及處所，故今不能確知其作年。考宋漁父君（教仁）之《我之曆史》（即其日記，一名《宋漁父遺著》），於民元前七年乙巳陽曆八月二日記有鄂友寄來中國民族誌之語，則此書殆作於前七年乙巳或前八年甲辰也，今姑係之前七年。”[37]今在北京大學圖書館得見此書原印本，末頁所記內容為：癸卯十月出版，著作者：光漢子，發行者：中國青年會，發行所：上海棋盤街恒德裏二十世紀叢書社；封麵亦標注：癸卯十月，中國青年會出版。故係於此。
12月15日，蔡元培等人創辦日報《俄事警聞》。“因是時俄國駐兵東三省，我方正要求撤退，情勢頗緊張，人人注意，故表麵借俄事為名，而本意則仍在提倡革命。”[38]同時，蔡元培聯合劉師培以及陳競全、葉瀚、陳去病、林獬等人發起成立“對俄同誌會”，“以研究對付東三省問題之法”，[39]簽名入會的達200人。
12月27日，發表詞《滿江紅》於《俄事警聞》上，署名申叔。
本年還撰有《國文典問答》，《遺書》未收。錢玄同在《遺書》總目後記中言及此書，謂：“此書編於民元前九年癸卯，為小學校之課本，上海開明書店出版，內容頗多錯誤，蓋不經意之作，故不印。惟附錄之《中國文字流弊論》及《國文雜記》兩篇，陳義甚新，今收入《左盦外集》卷六及卷十三。”
另外，詩《癸卯夏遊金陵》和《癸卯夏記事》，從標題和意旨來看，當為本年之作。《癸卯夏遊金陵》刊於1906年3月9日出版的《政藝通報》丙午第3號，署名光漢；《癸卯夏記事》刊於1906年2月13日出版的《國粹學報》第13期，署名劉光漢；兩詩均收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》。
本年，鄒容《革命軍》、陳天華《猛回頭》《警世鍾》相繼出版。
梁啟超撰《近世第一大哲康德之學說》，連載於本年及下年《新民叢報》上。
嚴複譯甄克思《社會通詮》成；又譯出《穆勒名學》半部。
劉鶚《鐵雲藏龜》石印出版，為著錄甲骨文字之第一部書。
王國維致力於康德、叔本華哲學研究，作《汗德像讚》（汗德即康德）。
蘇曼殊（20歲）翻譯雨果《悲慘世界》。
光緒三十年甲辰（1904年） 21歲
1月12日，“對俄同誌會”決議將《俄事警聞》定為該會機關報，並擴大篇幅，改名為《警鍾日報》，正式改版則在2月26日，篇幅增加一倍，蔡元培負責編輯。不久汪允宗接任編輯，夏秋間又由劉師培與林獬接辦，直到1905年3月被清政府查禁為止。劉在《警鍾日報》上發表大量詩文，主筆政時“尤能針砭時政，闡揚革命，深博社會稱許”。[40]
1月17日，在《中國白話報》第3期上發表詞《滿江紅》，署名申叔。
1月31日，在《中國白話報》第4期上發表詩《昆侖吟》，署名劉光漢。
本月，撰成《攘書》，隨即出版。該書目錄釋題曰：“攘，《說文》雲，推也，段注以為即退讓之義。吾謂攘字從襄得聲，辟土懷遠為襄，故攘字即為攘夷之攘，今《攘書》之義取此。”“豕韋之係，世秉麟經，我生不辰，建虜橫行，鑒於前言，扶植人極，炎黃有靈，實憑實式。黃帝降生四千六百十四年十二月，劉光漢識。”[41]由此目錄釋題可知《攘書》之義和撰成時間，黃帝降生四千六百十四年十二月即癸卯年（1903年）十二月，亦即公曆1904年1月。1904年1月31日至2月12日的《俄事警聞》連續刊登廣告：“空前傑著，《攘書》上卷，共十六篇，月內出世，劉光漢撰。”可見該書撰成後迅即出版。按《攘書》全書共十六篇，並無下卷。已收入《遺書》。
另外，從《攘書》所載來看，劉師培此時與夏曾佑有交往，夏氏曆史觀念對其產生一定影響。[42]
2月16日，在《中國白話報》第5期上發表文《長江遊》和《中國理學大家顏習齋先生的學說》，署名光漢。
2月28日，致信於時任湖北巡撫、署湖廣總督的端方，縱談華夷之防、清廷暴政，明言“漢族光複，此其時矣”，勸端方“舍逆從順”。[43]署名劉光漢。原件存中國第一曆史檔案館藏“端方全宗檔案”中。
3月1日，在《中國白話報》第6期上發表《黃黎洲先生的學說》，署名光漢；在同期上還發表《論激烈的好處》，署名激烈派第一人。
3月13日，參加“對俄同誌會”第二次會議。與會成員以時局變化，“非複可以對俄二字為吾人唯一之責任”，議決改名為“爭存會”，“以養成國民資格，抵製外界壓力為宗旨”。[44]
3月17日，在《中國白話報》第7期上發表《王船山先生的學說》，署名光漢。在《江蘇》第9、10期合本上發表《中國對外思想之變遷》，署名申叔。又《警鍾日報》1904年6月20、21日刊有《論中國對外思想之變遷》，內容和文字與刊於《江蘇》上的近似。錢玄同在《遺書》之《左盦外集》目錄後記中說：“前八年甲辰，劉君在上海任《警鍾日報》主筆，所撰文字為餘今憶及者，有《思祖國篇》、《論中國對外思想之變遷》諸篇。”[45]錢指的是發表在《警鍾日報》上的那一篇，但未注意到《江蘇》雜誌上已先發表類似之文。
3月31日，在《中國白話報》第8期上發表文《西江遊》，署名光漢；發表詩《元旦述懷》，署名申叔。
4月7日，《警鍾日報》刊登《爭存會變更議案》，其中有劉師培之議案。因對俄同誌會改名為爭存會後，入會的人很少，故劉提議將爭存會並入中國教育會，認為“擴張教育會之範圍，即以實達爭存之目的”，不必另立機構，以分教育會之力。議案未被通過。
4月16日，在《中國白話報》第9期上發表《學術》和《劉練江先生的學術》，署名光漢。
按《中國白話報》“曆史”欄中，分類連載了談中國曆史的文章，其中前三章《人種》、《政體》、《交通》為白話道人（林獬）作，第四章《學術》起主要為劉師培之作。
4月24日，在《警鍾日報》上發表詞《水調歌頭·書王船山先生龍舟會雜劇後》，署名光漢。
4月25日，在《警鍾日報》上發表詞《壺中天慢·春夜望日［月］》，署名光漢；又刊於1905年6月23日出版的《國粹學報》第5期，文字有所改動，題目改為《元宵望月》，署名劉光漢。《遺書》據《國粹學報》所刊收入《左盦詞錄》。
4月25、26日，在《警鍾日報》上連載《論白話報與中國前途之關係》，未署名，但文中提到的本人舊作《小學釋例》、《小學發微》均係其作品，可見該文為其所作。
4月30日，在《中國白話報》第10期上發表《論中國地理的形勢》、《軍國民的教育》，署名光漢；同期和第13期（6月23日）、第14期（7月3日）連載《孔子傳》，署名光漢。
5、6月間，回揚州探親，攜未婚妻何班（字誌劍）返上海，何班進愛國女校就讀，改名震（也作“振”），並為顯示爭取男女平等起見，將姓氏也改為從父母兩姓，自署何（殷）震。兩人6月結婚。（據《警鍾日報》1904年7月26日何震《贈侯官林宗素女士》詩，林宗素“附識”說，“何女士為劉申叔先生夫人，結婚才逾月……”，則劉何結婚當在6月。）
何震亦是儀征人，生於1887年，[46]其父何承霖曾中過舉人，任常州武進縣學教諭。劉何兩家一向有交情，何承霖的長子何家輅曾娶劉師培之叔劉富曾的女兒為妻。
5月4、5日，在《警鍾日報》上發表《論孔教與中國政治無涉》，未署名。考其《甲辰年自述詩》中有自注“著《孔教與中國政治無涉論》”，故知此文乃其作品；《東方雜誌》本年第3期和《萃新報》本年第4期轉錄；收入《遺書》之《左盦外集》卷九。
5月11、12日，在《警鍾日報》上發表《論中國階級製度》，篇末署名申；《東方雜誌》本年第6期轉錄。
5月13日，在《警鍾日報》上發表一詩，題《三月十九日俗傳太陽生辰，乃明懷宗殉國之日，而中國亡國之一大紀念也，作詩一章》，署名光漢。
5月29日，在《中國白話報》第12期上刊《板蕩集詩餘》，署名光漢輯。
6月3、4日，在《警鍾日報》上發表《教育普及議》，未署名。在其《甲辰年自述詩》中有自注“餘著《教育普及議》”，於此可知該文為其作品；《東方雜誌》本年第4期轉錄。
6月22日至25日，在《警鍾日報》上連載《論中國並不保存國粹》，未署名。考其《甲辰年自述詩》中有自注“曾作《中國並不保存國粹論》”，故知此文乃其作品；收入《遺書》之《左盦外集》卷十四。
6月23日，在《中國白話報》第13期上發表《刑法》（“曆史”第七章）、《講普及教育的法子》，署名光漢。
7月3日，在《中國白話報》第14期上發表《宗教》（“曆史”第八章）、《論山脈（中幹）》和《講教授國文的法子》，署名光漢。
7月12日，在《中國白話報》第15期上發表《教育》（“曆史”第九章）、《論山脈（南幹）》和《講民族（警語錄之四）》，署名光漢。
7月15日至20日，在《警鍾日報》上連載《思祖國篇》，未署名。其在《甲辰年自述詩》自注中曾說“餘作《思祖國篇》”，錢玄同在《遺書》之《左盦外集》目錄後記中也提到該文為其在上海時所作。[47]
7月20日，在《警鍾日報》上發表詩《雜詠》，署名光漢人。
7月22日，在《中國白話報》第16期上發表《講地理的大略》，署名光漢；同期和第17期（8月1日）、第19期（8月20日）連載《中國革命家陳涉傳》，署名光漢。
夏，撰《陳去病清秘史序》，署名光漢子。收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
8月1日，在《中國白話報》第17期上發表《泰州學派開創家王心齋先生學術》，署名光漢；同期上還有詩《板蕩集》，署名光漢輯。
8月2日，在《警鍾日報》上發表《新史篇》，署名無畏。與《陳去病清秘史序》係同文，僅個別字句有異。
8月10日，在《中國白話報》第18期上發表《中國思想大家陸子靜先生學說》，署名光漢。
8月11日，在《政藝通報》甲辰第12號上發表《變夏篇》，署名儀征劉光漢，即《攘書》中之《變夏篇》。
8月18日，在《警鍾日報》上發表詩《題佩忍與林宗素孫濟扶女士論文絕句後》，署名申叔。
8月20日，在《中國白話報》第19期上發表《中國曆史大略》，署名光漢。
8月30日，在《中國白話報》第20期刊詩《民勞集》，署名光漢輯；在同期和第21至24期合刊（10月8日）上連載《中國排外大英雄鄭成功傳》，署名光漢。
本月，在《覺民》第9、10期合本上發表詩《雜詠》，署名申叔。
9月7、8、10、11、12日，在《警鍾日報》上連載《甲辰年自述詩》，署名光漢。全詩長達三百餘句，間有自注，述本人生平、思想和作品。
9月15日，在《警鍾日報》上發表詩《題陳右銘先生西江墨沈》，署名光漢。
9月16、17日，在《警鍾日報》上發表詩《明代揚州三賢詠》，署名光漢，所詠三賢為“江都曾襄閔公銑”、“泰州王心齋先生艮”、“寶應劉練江先生永澄”。