9月19日，在《警鍾日報》上發表詩《春深》和《吊何梅士》，署名光漢。
10月8日，在《中國白話報》第21至24期合刊上發表《論列強在中國的勢力》、《上古期》、《攘夷實行家曾襄閔公傳》（未完）、《西漢大儒董仲舒先生學術》、《說立誌（警語錄之三）》，署名光漢。
10月11日，在《警鍾日報》上發表《讀某君孔子生日演說稿書後》，又見《政藝通報》甲辰第19號（1904年11月21日發行），署名劉光漢；《東方雜誌》本年第11期轉錄；收入《遺書》之《左盦外集》卷九，並附《某君孔子生日紀念會演說辭》（原刊《政藝通報》甲辰第18號，1904年11月7日發行）。“某君”為何人？錢玄同疑為蔡元培，特致信蔡詢問，蔡回函說某君演說之內容與其見解相同，但不記得自己是否作過此演說，錢則深信此演說文為蔡所作。[48]
10月24日，在《警鍾日報》上發表詩《歲暮懷人》，署名光漢，共9首，每首詩末注明所懷之人，分別為：餘杭章太炎、山陰蔡孑民、廬江吳彥複、桂林馬君武、吳江陳佩忍、侯官林少泉、潼川謝無量、滄州張溥泉、甘泉朱菊平。
10月29日，在《警鍾日報》上發表詩《黃爐歌呈彥複穗卿》，署名光漢。
10月30日，在《警鍾日報》上發表詩《題照相片》，署名光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》。在同日的《警鍾日報》上還發表文《原戲》，署名光漢。錢玄同把《原戲》係於民元前五年（1907年），依據該文發表於1907年10月26日出版的《國粹學報》第34期，趙萬裏《劉申叔先生著述目錄》（《北平圖書館月刊》第1卷第6號）同於錢玄同係年。實則該文先發表於《警鍾日報》，《國粹學報》上所發者隻是在文字上稍稍有所更動而已。收入《遺書》之《左盦外集》卷十三，即《國粹學報》所發者。
11月19日，與林獬、萬福華謀刺有親俄言行的前廣西巡撫王之春。
行刺前，劉師培將張繼所贈之手槍借給萬福華。萬在上海金穀香西菜館動手行刺。因萬不精於射擊，刺殺未成，反而被捕。隨後黃興、張繼、蘇鵬、陳天華等十餘人被牽連入獄。劉則與林獬、蔡元培、楊篤生等在外奔走營救。不久除萬福華外，餘人全數開釋，萬以擾亂租界治安罪監禁十年。
11月21日至12月3日，在《警鍾日報》上連載《論小學與社會學之關係》，未署名。其在《周末學術史序》等文中多次提及“舊作《小學與社會學之關係》”，足見該文為其作品。錢玄同在將該文收入《遺書》《左盦外集》卷六時所作之案語稱：“此篇曾登入民元前八年甲辰之《警鍾日報》，餘當時剪存，今收入外集。《警鍾日報》所刊者，誤字滿紙，不能卒讀。茲尋繹數過，改正若幹字……至此篇是否已完，亦無從知悉。原文無子目，餘今為加之，以期醒目。”[49]全文主旨在於以社會學考中國造字之原，共33則，所考之字有舅、姑、婦、賦、君、林、烝、田、尊、酋、社、牧、貲、民等。
秋冬之際，先後參加軍國民教育會、暗殺團、光複會。[50]
12月7日，在《揚子江白話報》第1期上發表《講揚州人沒有人格》（未完），署名光漢；續篇發表在1905年1月20日出版的《揚子江白話報》第2期上，題為《揚州人沒有人格》，署名光漢。
12月13、14、17日，在《警鍾日報》上發表《近儒學案序目》，署名儀征劉天［光］漢；又見12月21日出版的《政藝通報》甲辰第21號，標題中無“目”字，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
12月21日，在《政藝通報》甲辰第21號上發表《習齋學案序》、《幽薊顏門學案序》、《並青豫雍顏門學案序》；又見12月29日《警鍾日報》，署名光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
本年，編定《匪風集》。
在1904年9月7日至12日發表的《甲辰年自述詩》中自注：“予著《匪風集》詩詞”；在《左盦詩》自序中又說：“年際弱冠，浸潤世論，西江之體研鑽較劬。曾裒所作，刊為《匪風集》。”[51]另外，《警鍾日報》1904年11月6日刊出署名自芸的詩《贈儀征劉光漢，即題〈匪風集〉》，11月25日該報又刊出丹斧的《讀〈匪風集〉詩，贈光漢》。可見《匪風集》至少在本年已編定。錢玄同認為《匪風集》“編定時當在丙午丁未間”，[52]即1906年至1907年間，理由是《匪風集》手稿篇首初署“儀征劉光漢”，後改“光漢”二字為“師培”；改名時間應在丙午丁未間，因此時劉避地日本，“光漢”之名不能用於國內，故改回舊名“師培”。或許錢玄同未注意《警鍾日報》上的《甲辰年自述詩》及其他談到《匪風集》的文字，才有此判斷；或劉在丙午丁未間對《匪風集》又重新編定，因《甲辰年自述詩》自注為“予著《匪風集》詩詞”，現所見收入《遺書》之《匪風集》卻僅收詩55首，無詞。未見原稿，存疑待考。
本年，出版《光漢室叢譚》，由《警鍾日報》編印，署名光漢子，內容為有關民族之史乘。[53]
1906年5月13日出版的《國粹學報》第16期刊有《光漢室叢談》四則，署名劉光漢；《遺書》據此收入《左盦外集》卷二十，係於1906年；趙萬裏《劉申叔先生著述目錄》（《北平圖書館月刊》第1卷第6號）亦標作：光漢室叢譚四則，國粹十六期。按《遺書》所收，字數僅千，四則分別為：梁公狄詩、湯燕孫詩、吳梅村病中有感詞、秣陵春，題旨為表彰明末清初有氣節之士。如此字數，不足單出一冊，或此四則僅為全書之一部分。因未見原書，存疑待考。
本年，作詩《後湘漢吟》，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷二《左盦詩》。
本年，日本突襲旅順，日俄戰爭爆發。
章太炎被判刑3年，開始在租界監獄研讀佛典。
嚴複出版《英文漢詁》，是中國使用標點符號之始。
王國維以全力研究叔本華哲學，並寫成《紅樓夢評論》，是為西方哲學、美學思想首次係統應用於中國的文學評論中。
王先謙刻成《尚書孔傳參正》。
孫詒讓撰成《契文舉例》二卷，分月日、貞卜、卜事、鬼神、卜人、官氏、方國、典禮、文字、雜例十類，為第一部考釋甲骨文之書。
光緒三十一年乙巳（1905年） 22歲
年初，加入鄧實、黃節等發起成立的“國學保存會”。（鄧實在《國粹學報》第1期發表的《國學保存會小集敘》中說：“甲辰季冬之月，同人設國學保存會於黃浦江上。”按公曆計，當為1905年初成立國學保存會。）
國學保存會的宗旨為“研究國學，保存國粹”，[54]它設有對外開放的藏書樓，開辦了國學講習會，擬設國粹學堂，公布了簡章，後因經費無著而作罷；還發行《國粹叢書》、《國學教科書》，並設立神州國光社，出版《神州國光集》等。加入該會的除上述幾人外，還有陳去病、馬敘倫、高天梅、馬君武、柳亞子、黃質（賓虹）等人，章太炎則是該會成員的精神領袖。從此，“國粹派”崛起於曆史舞台。劉師培在其中發揮了主要作用，出任國學講習會正講師。
此時還曾往日本占領下的台灣一遊，寫下長詩《台灣行》，刊於本年2月23日出版的《國粹學報》第1期，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
1月6日，在《警鍾日報》上發表詩《和孟廠［廣］作》，署名光漢。
1月17日，在《警鍾日報》上發表《光漢室詩話》，記與朋友謝無量、馬君武、王鬱仁、陳去病等在上海聚飲唱和所成之詩，內有其詩作四首，即《飲酒樓》、《贈君武》、《贈無量》、《遊張園》。
2月18日，在《政藝通報》乙巳第1號上發表詩《讀天演論》（二首）、《寒夜望月》、《雜詠》，署名申叔。《讀天演論》又刊於1905年10月28日出版的《醒獅》第2期，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》；《寒夜望月》收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》；《雜詠》已係於1903年8月至12月。
2月23日，國學保存會的機關刊物《國粹學報》創刊發行。
《國粹學報》為月刊，由鄧實主編，以“發明國學，保存國粹”為宗旨，所設欄目有社說、政篇、史篇、學篇、文篇、叢談、撰錄等，是當時革命派創辦的唯一的學術性刊物，至1911年9月停刊（實際停刊日期當在1912年2、3月間，因最後一期所載文已提及“滿清退位，漢德中興”。清室退位是在1912年2月12日，故該期應在此事後方出版），未曾中斷，共出版82期。撰稿者百餘人之多，其中著名者有鄧實、黃節、陳去病、劉師培、馬敘倫、章太炎、黃侃、王國維、羅振玉、王闓運、廖平、李詳、柳亞子、鄭孝胥等。劉師培是《國粹學報》的主要撰稿人，在《國粹學報》上先後連載其著作33種。該刊82期，除兩期外，都有他的詩文。據統計，在《國粹學報》刊登的全部2164篇文章中，他的文章為377篇，占總數的17.4%，[55]盡管鄧實是主編，但鄧與黃節主要負責該刊的經費和發行等對外業務，刊物內容之編輯由他全權定奪。[56]有人推斷創刊號上的《國粹學報發刊辭》也為他所撰。[57]
從本日出版的《國粹學報》第1期開始，連載其《讀左劄記》、《國學發微》、《周末學術史序》、《論文雜記》等著作並發表其一係列詩文。
《讀左劄記》（未完），連載於《國粹學報》第1、3、4、8、11、13、18、20、22期，出版時間從本日到1906年11月6日，署名劉光漢；收入《遺書》。
《國學發微》（未完），連載於《國粹學報》第1至14、17、23期，出版時間從本日到1906年12月5日，署名劉光漢；又見《廣益叢報》第96、105號；收入《遺書》。
《周末學術史序》，連載於《國粹學報》第1至5期，出版時間從本日到1905年6月23日，署名劉光漢；收入《遺書》。是擬著之《周末學術史》一書的序目。
《論文雜記》連載於《國粹學報》第1至10期，出版時間為本日到1905年11月16日，署名劉光漢；收入《遺書》；1928年由北平景山書社作為“文學批評叢書甲種之一”出版單行本。
在本日出版的《國粹學報》第1期上，還發表了《論古學出於史官》、《文章原始》、《讀書隨筆》以及若幹詩詞與跋文。
《論古學出於史官》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷八，改題為《古學出於史官論》。
《文章原始》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十三。
詩《齊侯罍歌》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
詞《掃花遊·讀南宋雜事詩》、《桂殿秋·望月作》、《如夢令·遊絲》、《長亭怨慢·送春》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詞錄》。
在《國粹學報》“撰錄”欄中，收有若幹前人與時人之文，曾為之作跋文，發表在《國粹學報》第1期上的有《跋顧亭林手劄》、《跋王懷祖與宋定之書及王伯申與焦理堂書》；收入《遺書》之《左盦題跋》。
3月20日，在《政藝通報》乙巳第3號上發表詩《雜詠》、《孤鴻》、《效長吉》，署名申叔；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》。
3月25日，《警鍾日報》被查封。
因《警鍾日報》發表文章揭露德國人經營山東之密謀，駐上海德國領事致函申辯，報紙又登文反駁，德領事遂勾通清廷與租界工部局，由租界會審公堂封禁《警鍾日報》，拘捕報館成員，通緝作為主筆的劉師培。劉隻好逃至浙江嘉興，匿居於平湖大俠敖嘉熊家。敖是愛國學社學生，1904年秋出資與陶成章、魏蘭、陳夢熊等在嘉興組織溫台處會館，這既是一個專門從事聯絡蘇南浙北一帶的浙江溫州、台州、處州客籍移民的機構，又是一個聯絡會黨策動革命的機關。劉既匿居敖家，“嘉熊亦善視之，與商理溫台處會館事宜”。前後約半年之久。[58]
本日，在《國粹學報》第2期上發表《南北學派不同論》、《論古代人民以尚武立國》、《重刊洪氏元史西北地附錄釋地序》等文以及隨筆、詩詞、題跋等。
《南北學派不同論》，連載於本期和第6、7、9期《國粹學報》，出版時間為本日至1905年10月18日，署名劉光漢；收入《遺書》。
《論古代人民以尚武立國》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十。
《重刊洪氏元史西北地附錄釋地序》，署名劉光漢；收入《遺書）之《左盦外集》卷十七，標題中之“刊”作“刻”。
《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《音韻反切近於字母》、《景教源流》、《有教無類》、《孟子字義疏證解理字》、《性善性惡》；收入《遺書》。
詩《文信國祠》、《讀楚詞》、《書揚雄傳後》、《台城柳》、《楚詞》、《詠扇》、《出郭》、《讀戴子高先生論語注》、《歸裏》、《幽蘭吟》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
詞《菩薩蠻·無題》、《菩薩蠻》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詞錄》。
跋文有《跋汪孟慈與劉孟瞻書》、《跋江晉三與汪孟慈書》、《跋柳賓叔穀梁大義自序》、《跋梅延祖續漢學師承記商例》；收入《遺書》之《左盦題跋》。
4月3日，因“蘇報案”而係獄的鄒容病逝獄中。劉師培聞訊後，作詩以哭。詩為《聞某君卒於獄作詩哭之》，發表於本年5月23日出版的《國粹學報》第4期，署名光漢子；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
4月24日，在《國粹學報》第3期上，發表跋文七篇，即《跋阮芸台傳經圖記》、《跋包慎伯與沈小宛書》、《跋汪孟慈上張石洲先生書》、《跋許印林與楊實卿書》、《跋丁儉卿與劉楚楨書》、《跋陳卓人上劉孟瞻先生書》、《跋劉叔俯與劉伯山書》；收入《遺書》之《左盦題跋》。
5月23日，在《國粹學報》第4期上發表《古政原始論》、《天寶宮詞序》、《函穀關銘》和若幹詩、隨筆、跋文。
《古政原始論》，連載於本期和第6、8、11、12期《國粹學報》，出版時間從本日至1906年1月14日，署名劉光漢；收入《遺書》。
《天寶宮詞序》，署名光漢子；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
《函穀關銘》，署名光漢子；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
詩《詠明末四大儒》（四首）、《詠女媧》、《黃天蕩懷古》、《申江雜感用蘇東坡秋懷詩韻》（二首）、《煙雨樓二首》，署名光漢子；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《富貴貧賤》、《氏姓不同》、《孔門論學之旨》、《音近義通之例多見於小爾雅》、《古代以黃色為重》；收入《遺書》。
跋文有《跋江鄭堂多寶塔帖跋及書宋張炎詞源後》、《跋吳南屏與戴子高書》、《跋劉叔俯與劉恭甫書》、《跋成心巢與劉恭甫書》、《跋袁季枚劉張侯傳》；收入《遺書》之《左盦題跋》。
6月2日，在《廣益叢報》第72號上發表《中國文字改良論》，署名儀征劉光漢。
6月12日，在《廣益叢報》第73號上發表《國文典問答小序》，署名儀征劉光漢。
6月23日，在《國粹學報》第5期上發表《小學發微補》、《東原學案序》等文和若幹隨筆、跋文。
《小學發微補》（未完），連載於本期和第6、7、8、9、10、12、13、17、19、22、23期《國粹學報》，出版時間從本日到1906年12月5日，署名劉光漢；收入《遺書》。
《東原學案序》（近儒學案之一），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《周易言位無定》、《古人貴能讓》、《雖有周親不如仁人》、《法先王法後王》、《析支即鮮卑》；收入《遺書》。
跋文有《跋焦理堂家訓》、《跋陳穆堂周公攝位辨》、《跋成心巢禹貢今地釋序例》、《跋陳競全讀說文雜記》；收入《遺書》之《左盦題跋》。
7月22日，在《國粹學報》第6期上發表《漢宋學術異同論》、《讖緯論》等文和若幹隨筆、跋文。
《漢宋學術異同論》連載於本期和第7、8期《國粹學報》，出版時間從本日至1905年9月18日，署名劉光漢；收入《遺書》。
《讖緯論》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷三。
《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《遊牧之製至三代猶存》、《火山》、《字有虛用實用之分》；收入《遺書》。
跋文有《跋阮芸台京師慈仁寺西新立顧亭林先生祠堂記》、《跋汪孟慈問經圖跋》、《跋張石洲與劉夢瞻書》、《跋章實齋任幼植別傳》、《跋沈小宛族譜論》；收入《遺書》之《左盦題跋》，其中《跋阮芸台京師慈仁寺西新立顧亭林先生祠堂記》，《遺書》標題誤刻“慈仁寺”為“慈善寺”。
8月20日，同盟會成立於日本東京，孫中山為總理。
在《國粹學報》第7期上發表《招蝙蝠文》和若幹詩、詞、隨筆等。
《招蝙蝠文》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
詩《詠漢長無相忘瓦》、《詠懷》（五首）、《詠禾中近儒》（三首）、《題陳去病拜汲樓詩集》（二首），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
詞《點絳唇·詠白荷花》、《好事近·楊花》、《浣溪沙·讀錢塘紀事》、《臨江仙·詠蝶》、《掃花遊·宿遷道中見杏花》、《一萼紅·題碧海乘槎圖》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詞錄》。
《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《孔門弟子多治諸子學》、《易不言五行》；收入《遺書》。
9月18日，在《國粹學報》第8期上發表《理學字義通釋》、《古學起原論》、《雁蕩金石誌序》、《六儒頌》等文。
《理學字義通釋》（未完），連載於本期和第9、10期《國粹學報》，出版時間從本日至1905年11月16日，署名劉光漢；收入《遺書》。
《古學起原論》，載於本期和第11期《國粹學報》，出版時間為本日和1905年12月16日，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷八。
《雁蕩金石誌序》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七；又見《遺書》之《左盦集》卷六。