《六儒頌》（有序），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十；又見《遺書》之《左盦集》卷八。
9月29日，在《醒獅》第1期發表《醒後之中國》，署名無畏。
9、10月間，應陳獨秀之邀經鎮江赴安徽蕪湖，在安徽公學、皖江中學任教，化名“金少甫”。
安徽公學由李光炯等人創辦，在校教師有陳獨秀、謝無量、陶成章、柏文蔚等人，是安徽革命運動的策源地。皖江中學則由革命黨人張通典所主持。劉師培在課堂上宣傳反清革命，並以當地光複會負責人的身份在學生中發展新會員，安徽公學的學生參加者甚多，他曾托人一次就向上海蔡元培報送載有一百餘名新會員姓名的名冊；他還組織名為“黃氏學校”的秘密團體，介紹李光炯、柏文蔚等人加入，專門從事暗殺活動。[59]
10月18日，在《國粹學報》第9期上發表《揚州前哲畫像記》、《孫蘭傳》等文。
《揚州前哲畫像記》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
《孫蘭傳》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
11月16日，在《國粹學報》第10期上發表《兩漢學術發微論》、《王艮傳》等文和若幹詩、隨筆等。
《兩漢學術發微論》（未完），連載於本期和第11、12期《國粹學報》，出版時間從本日至1906年1月14日，署名劉光漢；收入《遺書》。
《王艮傳》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
詩《鴛鴦湖放棹歌》、《焦山放船至金山》（用蘇東坡金山放船至焦山韻），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
《讀書隨筆》署名劉光漢，子目為《易言不生不滅之理》、《山海經不可疑》；收入《遺書》。
12月16日，在《國粹學報》第11期上發表《群經大義相通論》、《文說》、《全祖望傳》、《梁於涘傳》等文和若幹隨筆。
《群經大義相通論》，連載於本期和第12、13、14、16、18、31期《國粹學報》，出版時間從本日至1907年7月29日，署名劉光漢（第31期署名劉師培）；收入《遺書》。
《文說》（未完），連載於本期和第12、13、14、15期《國粹學報》，出版時間從本日至1906年4月13日，署名劉光漢；收入《遺書》。
《全祖望傳》、《梁於涘傳》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《西域道路古今不同》、《陽明格物說不能無失》、《墨子節葬篇發微》、《王製篇言地理中多精言》；收入《遺書》。
冬，曾來往於蕪湖上海，時任同盟會執行部庶務的黃興和同盟會上海分會會長的蔡元培動員其加入同盟會，“並以皖省革命事相囑”。[60]
本年所作詩文還有《顏李二先生傳》、《真州看山記》、《擬茂先情詩》、《古政原論》、《中國文學教科書》第一冊。
《顏李二先生傳》，發表於1906年1月14日出版的《國粹學報》第12期，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八，目錄下標“前七年”即1905年。
《真州看山記》（集古人雜記），發表於1906年1月14日出版的《國粹學報》第12期，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十，目錄下標“前七年”即1905年。
《擬茂先情詩》（二首），收入《遺書》之《左盦詩錄》卷二《左盦詩》，標題下標“乙巳”即1905年。
《古政原論》，發表於1906年3月25日至6月22日出版的《政藝通報》丙午第4至10號，署名劉光漢；收入《遺書》，總目下標“前七年”即1905年。錢玄同在總目後記中指出：“此書登在前六年丙午之《政藝通報》，而又為《中國曆史教科書》第一冊中之一部分，蓋劉君因曆史第一冊中言古政各課可作為專文，故用‘裁篇別出’之法，另題此名。今循其意，亦認此書為專著之一種。”[61]
《中國文學教科書》第一冊，上海國學保存會原印本，第一冊序例發表於1906年7月6日出版的《政藝通報》丙午第11號，署名劉光漢；收入《遺書》，總目下標“前七年”即1905年。
本年，清廷派載澤等五大臣出洋考察憲政；清廷決定自明年起廢止科舉；同盟會機關報《民報》在日本東京創刊，孫中山撰發刊詞，揭示三民主義。
章太炎在獄中研習佛理。
梁啟超編成《節本明儒學案》、《德育鑒》、《越南亡國史》等書。
王國維彙集曆年所著文章及古今體詩，編為《靜庵文集》。
孫詒讓著成《名原》二卷。
光緒三十二年丙午（1906年） 23歲
1月14日，在《國粹學報》第12期上發表若幹詩和跋文。
詩《夜月》（集杜）、《讀楚詞》（集杜）、《燕雁代飛歌》（集杜）、《擬杜工部贈李十二白二十韻》（用原韻集杜句），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
跋文有《跋張皋聞吳興施氏族譜序及答陳扶雅書》、《跋沈小宛義塾附祀先儒議》、《跋毛生甫書淩子昇禮論後》；收入《遺書》之《左盦題跋》。
2月8日，在《政藝通報》丙午第1號上發表《憲法解》，署名劉光漢；又見1906年3月14日出版的《廣益叢報》第99號；收入《遺書》之《左盦外集》卷七。
2月13日，在《國粹學報》第13期上發表《典禮為一切政治學術之總稱考》、《戴震傳》、《節孝君陳母傳》等文和詩《謁冶山顧亭林先生祠》。
《典禮為一切政治學術之總稱考》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十。
《戴震傳》、《節孝君陳母傳》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
《謁冶山顧亭林先生祠》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
3月4日，在《廣益叢報》第98號上發表《王門巨子泰州學派大家王心齋先生傳》，署名劉光漢。
3月9日，在《政藝通報》丙午第3號上發表詩《銅人辭漢歌》、《雨花台》、《送春》、《相忘》，署名光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷一《匪風集》。
3月14日，在《國粹學報》第14期上發表《老子韻表》、《古學出於官守論》、《戴望傳》等文。
《老子韻表》（未完），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷七。僅存第一部“之類”和第二部“脂類”。另，在《左盦集》卷七中收有《老子韻表自序》，與《左盦外集》所收者文字不同，當為改作。
《古學出於官守論》（未完），連載於本期和第15期《國粹學報》，出版時間為本日和4月13日，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷八。
《戴望傳》署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
4月13日，在《國粹學報》第15期上發表《劉永澄傳》、《淩曉樓先生遺像讚》等文和若幹隨筆。
《劉永澄傳》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
《淩曉樓先生遺像讚》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦集》卷八。
《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《理學不知正名之弊》、《春秋繁露言共財》、《西藏族正名》、《西周強大所由來》、《王季無遷周事》；收入《遺書》。
5月13日，在《國粹學報》第16期上發表《中國哲學起原考》、《朱止泉傳》。
《中國哲學起原考》（未完），連載於本期和第23、25期《國粹學報》，出版時間從本日至1907年2月2日，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷八。
《朱止泉傳》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八，改題《朱澤沄傳》。
6月11日，在《國粹學報》第17期上發表《孔學真論》、《補古學出於史官論》。
《孔學真論》，署名劉光漢；又見1906年10月27日出版的《廣益叢報》第120號；收入《遺書》之《左盦外集》卷九。
《補古學出於史官論》（原論見第一期內，意有未盡，故作此補之），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷八。
6月29日，章太炎出獄，蔡元培等人將其接出，孫中山亦派人來上海迎接。當晚章即前往日本，抵日後，主《民報》筆政。
夏，邀蘇曼殊來蕪湖皖江中學任教。蘇旋即在暑假時與陳獨秀東遊日本，8月下旬回皖江中學，與“少甫兄（劉師培化名金少甫）同住山頂”，[62]開學後教授英文。
7月6日，在《政藝通報》丙午第11號上發表《周代官製發微）和《漢代法製發微》。
《周代官製發微》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十。
《漢代法製發微》，署名劉光漢，連載於本期和《政藝通報》丙午第12號（7月21日發行）；收入《遺書》之《左盦外集》卷十。
7月11日，在《國粹學報》第18期上發表《勸各省州縣編輯書籍誌啟（並凡例）》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十二，標題為《勸各省州縣編輯書籍誌啟及凡例》。
8月9日，在《國粹學報》第19期上發表《論中國宜建藏書樓》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十二。
9月8日，在《國粹學報》第20期上發表《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《太康失邦非避羿亂》、《稷契非帝嚳子》、《夙沙即肅慎》；收入《遺書》。
10月7日，在《國粹學報》第21期發表《編輯鄉土誌序例》，並連載於第22、23、24期，出版時間從本日至1907年1月4日，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十一。
11月6日，在《國粹學報》第22期上發表《正名隅論》、《春秋時代地方行政考》、《書曝書亭集後》、《書汪小穀先生遺書後》、《汪紱傳》和若幹隨筆。
《正名隅論》（未完），連載於本期和第23期《國粹學報》，出版時間從本日至1906年12月5日，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷六。
《春秋時代地方行政考》（未完），署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十。
《書曝書亭集後》、《書汪小穀先生遺書後》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
《汪紱傳》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
《讀書隨筆》，署名劉光漢，子目為《秦漢說經書種類不同》、《漢人之稱所自來》、《用水火必時》、《旝當作棔》；收入《遺書》。
12月5日，在《國粹學報》第23期上發表《論孔子無改製之事》、《徐石麒傳》、《王玉藻傳》、《邗故拾遺》和若幹首詩。
《論孔子無改製之事》，連載於本期和第24、25期《國粹學報》，出版時間從本日至1907年2月2日，署名劉光漢；又見《廣益叢報》第134至137號，出版時間從1907年5月21日至6月20日；收入《遺書》之《左盦外集》卷五。
《徐石麒傳》、《王玉藻傳》，署名劉光漢；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
《邗故拾遺》，連載於本期和第25、33期《國粹學報》，出版時間從本日至1907年9月27日，署名劉光漢（第33期署名劉師培）；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
詩《書懷》、《題風洞山傳奇》（三首）、《觀物吟》、《多能》，署名光漢；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。
12月15日，在《複報》第7期上發表《運河詩》，署名申叔。
本年所作之詩文尚有《蕪湖赭山秋望》、《漢代古文學辨誣》、《答章太炎論左傳書》。
詩《蕪湖赭山秋望》，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷二《左盦詩》，詩題下標“丙午”，可見為本年之作。
《漢代古文學辨誣》，連載於《國粹學報》第24至30期，出版時間從1907年1月4日至6月30日，第24、25期署名劉光漢，第26至30期署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷四，目錄下標“前六年”，即1906年作。
《答章太炎論左傳書》，發表於1907年2月2日出版的《國粹學報》第25期，題為《某君複某書》；收入《遺書》之《左盦外集》卷十六，目錄下標“前六年”即1906年，並附《章君來書》、《章君答書》。
本年，所編之《倫理教科書》、《經學教科書》、《中國曆史教科書》、《中國地理教科書》全部完成，由上海國學保存會出版。
《倫理教科書》二冊，第一冊序發表於1906年1月9日出版的《政藝通報》乙巳第23號，署名劉光漢；該序又見於1906年3月4日出版的《廣益叢報》第98號；收入《遺書》，總目下標“前七年、前六年”，即1905年至1906年。
《經學教科書》二冊，第一冊序發表於1906年1月9日出版的《政藝通報》乙巳第23號，署名劉光漢；該序又見於1906年3月4日出版的《廣益叢報》第98號；收入《遺書》，總目下標“前七年、前六年”即1905年至1906年；民國年間北京資研社以《經學傳授考》名義再版。
《中國曆史教科書》二冊，收入《遺書》，總目下標“前七年、前六年”即1905年至1906年。
《中國地理教科書》二冊，第一冊序發表於1906年1月9日出版的《政藝通報》乙巳第23號，署名劉光漢；該序又見於1906年5月13日出版的《廣益叢報》第105號；收入《遺書》，總目下標“前七年、前六年”即1905年至1906年。
本年，繼續在安徽公學、皖江中學任教，教曆史、倫理課。因在校內公開宣傳反清革命，引起清廷東南疆吏的注意。據說兩江總督端方曾告知蒯光典，打算拿辦安徽公學革命黨人，經蒯婉言解釋，端方才沒有下令實行。[63]
除請蘇曼殊任教外，又邀敖嘉熊、徐慕達在安徽公學教技擊，[64]還時與蔡元培、陳去病書信往還，介紹蕪湖學界情況，[65]在陳去病前往徽州府中學校就職道經蕪湖時，介紹他加入中國同盟會，[66]並與陳獨秀發行一白話報。[67]另外，還一直幫助上海同道籌辦國粹學堂，[68]但終因經費無著而作罷。
本年，章太炎數次致書劉師培，除前述與劉論《左傳》書外，還有兩信存世，主要內容是建議《國粹學報》當專主古文，不取公羊家言；認為劉應發揚家學，昌大《左傳》之學；並寄其以厚望，“國粹日微，賴子提倡”。兩信均刊於1907年1月4日出版的《國粹學報》第24期上，題為《某君與某書》；錢玄同將兩信收入《遺書》，題為《與劉光漢書三》、《與劉光漢書四》，題目下標“前六年丙午”，即1906年。另，劉師培贈章太炎明人黃生所著《字詁》與《義府》，章在《說林》（下）中提及此事，錢玄同將此文收入《遺書》，題為《說林下一則》。
本年，清政府頒詔“仿行憲政”，預備立憲開始。
章太炎主編《民報》，主講於國學講習會。
康有為通知各地保皇會，次年元旦改稱“國民憲政會”。
嚴複在上海講演政治學，成《政治講義》一書，並譯孟德斯鳩《法意》。
蔡元培在北京譯學館任教，講授並編印《國文學講義》。
魯迅（26歲）在日本，從仙台醫專回到東京，棄醫從文。
光緒三十三年丁未（1907年） 24歲
1月28日，在《政藝通報》丙午第25號上發表詩《滴翠軒》、《留別》（二首）、《贈李誠庵》（二首）、《留別鄧繩侯先生》、《偶成》（二首）、《雜賦》，署名少甫，因此時化名金少甫；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》。收入《遺書》時，文字據手稿作了校正。[69]
本月，所編之《江蘇鄉土曆史教科書》、《江蘇鄉土地理教科書》、《安徽鄉土地理教科書》、《江寧鄉土曆史教科書》、《江寧鄉土地理教科書》第一冊由上海國學保存會出版。原擬編曆史各4冊、地理各5冊，但因其在各書第一冊出版後即赴日本，故未及續編以下諸冊。《遺書》未收。錢玄同解釋道：“此類書係供初等小學之用，內容淺易，無甚精義，非國學教科書之比，故不收入，但將序文六篇編入《左盦外集》卷十七。”[70]
2月13日（農曆元旦），攜妻何震及姻親汪公權與蘇曼殊啟程東渡日本。[71]
此時端方正聲言要捉拿劉師培和馬君武等人，[72]劉在國內很難立足；加之章太炎已不滿足於與劉之間僅是“神交”，“子漱江流，我迎日出，相距一葦，竟無遇期，方之前哲，又益悲矣”，[73]遂向其發出東渡邀請。行前，黃節、馬君武等人為之送行，黃節賦詩一首《除夕有懷廣州故人兼送劉申叔元日東渡》。[74]劉到東京後，與章太炎、蘇曼殊同住在牛込區新小川町《民報》社，得以朝夕晤談。[75]
2月25日，麵見孫中山，隨即正式加入同盟會，並成為《民報》撰稿人。
此前，清廷要求日本政府逮捕並引渡孫中山，日本西園寺內閣對此采取了兩麵政策，一麵向清廷表示，同意驅逐孫中山出境，一麵又力爭不得罪中國革命黨人。日本政府通過內田良平、宮崎寅藏等對孫中山表示：清廷要求日本逮捕孫，日本政府考慮不抓，但孫必須速離日，否則不能保證安全。同時，日本政府資助五千元，日本商人鈴木久五郎資助一萬元，作為孫離日的經費。孫接受了這兩筆資助，以便用此去中國南方發動革命。日本政府還通過內田良平出麵為孫餞行。本日，劉師培便是在這次送行宴會上首次麵見孫中山。受邀者除劉外，還有章太炎、宋教仁、胡漢民、汪東、宮崎寅藏、清藤幸七郎、和田三郎等人。[76]
3月4日，在《國粹學報》第26期上發表《王學釋疑》、《物名溯源》、《古今畫學變遷論》、《論近世文學之變遷》等文。
《王學釋疑》（未完），署名劉師培；又見於1907年5月31日出版的《廣益叢報》第135號；收入《遺書》之《左盦外集》卷九。
《物名溯源》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷七。
《古今畫學變遷論》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十三。
《論近世文學之變遷》署名劉師培；又見於1907年6月20日出版的《廣益叢報》第137號；收入《遺書》之《左盦外集》卷十三。
3月5日，孫中山偕胡漢民及日本人萱野長知等離日南下。行前，孫從鈴木久五郎資助的一萬元中提取兩千元交章太炎作為《民報》經費，章嫌少，認為一萬元應全部留下。章並不知日本政府資助五千元一事，孫離日後，這一情況為參加同盟會的日本人平山周、北一輝、和田三郎等探悉，很快章太炎、張繼、劉師培、譚人鳳、田桐等也得知了此事，並傳聞孫臨行時之宴會，是“一去不返之保證”。[77]他們認為孫的行為是受賄，被收買，有損同盟會的威信，遂要求罷免孫的同盟會總理職務。5、6月間，孫領導的黃岡、七女湖起義失敗，更使反對他的人增多。張繼等催逼同盟會庶務幹事劉揆一召集大會，罷免孫中山，改選黃興為總理，遭到劉揆一的拒絕，黃興亦來函要求維護孫的地位。[78]劉師培則要求改組同盟會本部，除自己進入本部外，還想援引北一輝、和田三郎為本部幹事，這也遭到劉揆一的反對。[79]由於黃興拒絕出任總理，倒孫風潮漸次平息下來。