《快愉之勞動》，署名（俄）苦魯巴金著，申叔譯。苦魯巴金即克魯泡特金。
《社會主義與國會政策》，連載於本期和第15卷《天義》，署名申叔。
本月，由日本歸國，回到上海。
在上海，與楊篤生、鄧實、黃節、柳亞子、陳去病、高天梅、朱少屏、沈道非等相聚數天，攝影留念。他們相約結社，即醞釀成立“南社”。[98]由於其不在日本，故未能出席本月舉行的社會主義講習會兩次會議。[99]章太炎則在12月30日寫給他的信中介紹了會議情況。[100]
此時，章太炎因和孫中山矛盾日深，對同盟會也日益不滿，準備去印度出家為僧，但缺乏路費，遂通過何震、劉師培與清兩江總督端方聯係謀款，為此先後五次致書二人。端方則以要章去福州鼓山或普陀等地出家為條件贈款，欲把章控製在國內，章堅拒之，事遂不成。而劉卻由此落入端方圈套，加之對革命失望，對孫中山與同盟會不滿，反而向端自首，作《與端方書》，提出十條“弭亂之策”以鎮壓革命黨人。[101]
本年，所著之詩文尚有《司馬遷左傳義序例》、《唐張氏墓誌銘釋》、《新方言序》、《日本道中望富士山》、《逸周書補釋》等。
《司馬遷左傳義序例》，連載於《國粹學報》第37、38期，出版時間為1908年1月23日和2月21日，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷三，目錄下標“前五年”，即1907年作。此文是《司馬遷左傳義》一書的序例。
《唐張氏墓誌銘釋》（附拓片），發表於1908年1月23日出版的《國粹學報》第37期，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十二，目錄下標“前五年”，即1907年作。
《新方言序》，發表於1908年7月18日出版的《國粹學報》第43期，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七，目錄下標“前五年”，即1907年作；又見於《左盦集》卷四，文字略有不同。按《新方言》係章太炎所著之書，劉師培不僅為之作序，且曾與黃侃各分擔部分內容，三個人為此進行過學術討論。[102]
詩《日本道中望富士山》，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷二《左盦詩》，詩題下標“丁未”，可見為本年之作。
《逸周書補釋》，錢玄同在《劉申叔先生遺書總目後記》中言：“《左盦集》卷一中有此書之序，《國粹學報》第五十七期‘介紹遺書’門亦載此序，並雲上卷丁未刊成（丁未為民元前五年）。按《周書補正》之跋作於民國二年癸醜，即刪改此序而成者。是此書乃《周書補正》之初本也。”[103]
本年，在從事政治活動之餘，不時與章太炎論學，“學乃益進”，故時人“有二叔之目”（章太炎字枚叔，劉師培字申叔）。[104]兩人除討論過《新方言》外，還共同審定在日本發現的佚書《南疆逸史》。[105]另外，與章士釗也時而進行學術辯難。[106]同時，對世界語也開始涉獵。[107]
本年，焦達峰等於日本東京成立共進會；梁啟超在東京組織政聞社。
康有為在美洲，為立憲運動籌措經費。
梁啟超著《國文語原解》，係治《說文》之書。
王國維任學部圖書館編輯，由治哲學轉而治文學，以戲曲為主要研究方向。
魯迅在東京與許壽裳、周作人等研討文藝，籌備出版文藝雜誌。
皮錫瑞《經學通論》刊行。
章太炎的業師俞樾卒，享年86歲。所遺著作凡五百餘卷，統曰《春在堂全書》。
光緒三十四年戊申（1908年） 25歲
1月15日，在《天義》第15卷上發表《未來社會生產之方法及手段》，署名（俄）苦魯巴金著、申叔譯。何震亦在本期發表《論中國女子所受之慘毒》（未完）。
另外，本期《天義》還發表了民鳴譯恩格斯《〈共產黨宣言〉1888年英文版序言》，劉師培為此寫了跋文。
本月，張繼因參加日本社會黨硬派的第二十次金曜講演會，被日本警察追捕，輾轉逃往法國。從此，社會主義講習會失去一員主力，亞洲和親會也因此受到較大挫折，據竹內善朔回憶：“張繼逃走之後，同我們這些日本的社會主義者保持聯係的工作，繼由劉光漢承擔起來，然而劉光漢的組織能力和統禦能力，都遠不能望張繼之項背。”[108]亞洲和親會的活動到本年10月隨《民報》被封禁，章太炎與同盟會齟齬日深而中輟。[109]
2月2日，在《關隴》第1號上發表《論求知識心與進化之關係》（未完），署名無畏。
2月21日，在《國粹學報》第38期上發表《國粹學報三周年祝詞》和《讀書隨筆》。
《國粹學報三周年祝詞》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
《讀書隨筆》，署名劉師培；子目為：《洮水即沘水考》、《黃帝內經素問校義書後》、《易係辭多有所本》、《古代醫學與宗教相雜》。《洮水即沘水考》收入《遺書》之《左盦集》卷五，其餘三條收入《遺書》之《讀書隨筆》。其中《黃帝內經素問校義書後》又收入《左盦集》卷七，將“書後”改為“跋”；《易係辭多有所本》又收入《左盦集》卷一，作《易係辭多有所本說》，文字略有不同。
本月，與何震回到日本東京。[110]途中，作詩《再渡日本舟中作》，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷二《左盦詩》，詩題下標“戊申”。
本月，作《琴操補釋》是為漢蔡邕《琴操》所作之補釋。發表於1909年5月9日至7月7日出版的《國粹學報》第53、54、55期，署名劉師培；收入《遺書》。文前有序，序末標“戊申正月”，公曆當為2月。該序又收入《遺書》之《左盦集》卷五，文字略有不同。
3月17日，在《政藝通報》戊申第2號上發表《顏氏學派重藝學考》，署名劉師培。
3月20日，在清風亭集會上，“講法律出於宗教說”。同時，日本宮崎民藏“講社會主義及無政府主義派別”，章太炎也發表演講，“斷定愈文明之人愈惡；愈野蠻，其惡愈減”。[111]疑此為社會主義講習會的一次會議。
3月22日，在《國粹學報》第39期上發表《田寶臣傳》、《司馬遷述周易義》等文。
《田寶臣傳》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
《司馬遷述周易義》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦集》卷一，作《司馬遷述周易考》，文字有改動。
本月，在《天義》最後一期第16、17、18、19卷合冊上發表《〈共產黨宣言〉序》、《麵包略奪》、《〈俄國第二議會提議之土地本法案及施行法案〉序》、《區田考序》、《選舉罪惡史》、《工女怨二章》、《希望詩二章》、《ESPERANTO詞例通釋總序》等詩文。
《〈共產黨宣言〉序》，署名申叔，是為民鳴譯《共產黨宣言》前言和第一部分《紳氏與平民》（今譯《資產者與無產者》）所作的序言。
《麵包略奪》，署名（俄）苦魯巴金著，申叔譯。
《俄國第二議會提議之土地本法案及施行法案》，署名怪漢譯，申叔序。
《區田考序》，署名申叔。
《選舉罪惡史》，署名申叔輯。
詩《工女怨二章》，署名申叔；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》，“章”作“首”；又見於《左盦詩錄》卷二《左盦詩》，由二首擴充為三首，詞句亦與前者頗有不同。
詩《希望詩二章》，署名（波蘭）石門華著，申叔譯；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷四《左盦詩別錄》，題為《譯石門和夫氏希望詩》（二首佚一）；又見於《左盦詩錄》卷二《左盦詩》，二首俱全，詩前且有案語，詩中詞句卻與前者頗不同。按石門華或石門和夫今通譯柴門霍夫。
《ESPERANTO詞例通釋總序》，署名申叔。
本月，遷居至東京鞠町區飯田町。蘇曼殊、章太炎亦同住。
4月12日，下午2時，參加齊民社（社會主義講習會之改稱）的集會，“演說國家之害，並證明國家不能保衛人民”。日本大杉榮出席，“演說佛國叛亂之精神”。[112]
4月20日，在《國粹學報》第40期上發表《遼史地理考》、《鬆陵文集序》、《與鄧秋枚書》等文。
《遼史地理考》，連載於本期和第42期《國粹學報》，出版時間為本日和6月18日，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十一。
《鬆陵文集序》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
《與鄧秋枚書》，收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。
4月26日，下午1時，“齊民社同人開會神田町錦輝館，兼為阪本清馬君送別”。日本人山川均、竹內善朔、阪本清馬都發表了演說。[113]
4月28日，創刊《衡報》。此前，為避免日本政府注意，將《天義》停刊，本日改出此《衡報》，托名由澳門平民社編輯發行，實仍為宣傳無政府主義的刊物。
在《衡報》第1號上，發表了《衡報發刊詞》、《論國家之利與人民之利成一相反之比例》、《議會之弊》、《共和之病》等文。
《衡報發刊詞》，署名申叔（Son Soh）；收入《遺書》之《左盦外集》卷十四，個別文字有改動並稍有刪節。
《議會之弊》（Parliamentary Abuse），署名Sun Soh，即申叔。
《共和之病》（Republical Abuse），署名Sun Soh，即申叔。
本月，章太炎與劉師培、何震、汪公權之間因事吵翻，章從劉宅搬回《民報》社居住。一說章劉二人“以讒人離間，竟致失和，其時二君友好有作調人者，卒以形格勢禁而失敗”。[114]不久，此事又波及蘇曼殊，蘇曼殊在致劉三信中言及：“蓋近日心緒亂甚，太、少兩公又有齟齬之事，而少公舉家遷怒於餘。餘現已遷出，飄泊無以為計。”[115]按太指太炎，少指少甫，即劉師培。
5月8日，在《衡報》第2號上發表《地方選舉之流弊》、《論中國搜刮民財之現象》、《論共產製易行於中國》等文。
5月17日，下午1時，“齊民社同人開排斥日貨研究會於神田錦輝館樓上。……到者七百人，日警察及新聞記者均至會場。首由劉光漢報告，次由潘怪漢諸君演說，相繼演說者十四人，均歸罪保皇黨”。
按此事起因於1908年2月5日，日本輪船二辰丸號私運軍火，在廣東洋麵為清軍炮艦捕獲，日本駐華公使向清政府“抗議”。3月，上海粵人在政聞社社員徐勤、徐佛蘇、伍憲子等主持下集會，倡導抵製日貨。同月，廣東粵商自治會聚眾數萬人集會，定19日為國恥紀念日。會後，抵製日貨運動繼續發展。齊民社開“排斥日貨研究會”便係對此而發，他們認為“排斥日貨出於立憲黨之陰謀”，並在會上“決議刊布書冊，陳述利害，使此舉速結，否則將排斥日貨各機關以暴力破壞”。[117]
5月18日，在《衡報》第3號上發表《論中國排斥日貨事》和《社會主義革命與排滿》（連載於本期和《衡報》第4號）。
5月28日，在《衡報》第4號上發表《漢口暴動論》。
6月8日，在《衡報》第5號上發表《論中國宜組織勞民協會》（連載於本期和第6號《衡報》）、《論中國資本階級之發達》、《非軍備主義盛行》等文。
6月10日，章太炎在《民報》第21號上發表《排滿平議》，明確表示和無政府主義決裂，宣稱“無政府主義者，與中國情狀不相應，是亦無當者也”。
6月14日，下午1時，“齊民社開會神樂阪上文明館，並演活動大寫真（按即紀錄片）。首由劉光漢演說，略謂人類共具之性情二，一為同感，一為模仿。有同感之情，故由見他人之苦，兼念及己身之苦；有模仿之情，故效法他人憤激之行為，由困苦而生憤激，暴動遂生。然此等性情，必待他物之感發，如戲劇、圖畫、詩歌是也。而兼具戲劇、圖畫之用者，則為活動寫真。此次所演，非關於勞民疾苦，即係人民憤激之舉動，深望觀者之有感於中，以發破壞社會之觀念也”。之後演“活動大寫真”十種，“到會者數百人，日本同誌到會者亦有十餘人”。[118]
6月18日，在《衡報》第6號上發表《〈蘇州機匠罷工之勝利〉跋語》。
6月26日，去東京監獄探望因6月22日“赤旗事件”而被捕的日本社會黨硬派大杉榮等人。按“赤旗事件”是指日社會黨兩派聯合大會後，硬派舉紅旗遊行，被警察捕去多人的事件。
6月27日，致信錢玄同，信中除介紹日前去監獄探望大杉榮等人的情形外，還提及暑期仍辦世界語講習班，可報名參加。此函以《戊申答錢玄同書》為名收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。
6月28日，在《衡報》第7號（農民號）上發表《無政府革命與農民革命》、《論中國田主之罪惡》、《農民討官吏檄》、《論農業與工業聯合製可行於中國》等文。
7月8日，在《衡報》第8號上發表《論水災即係共產無政府之現象》、《論水災為實行共產之機會》、《論官紳放賑之弊》等文。
7月9日，在《江西》第1號上發表《江西雜誌祝詞》，署名劉師培。
8月8日，在《衡報》第10號上發表《衡書三篇》（國學問題、生計問題、人種改良篇）。按在《生計問題》下注“尚有《人種改良篇》錄於下號”，目前未見《衡報》第11號。本期《衡報》還刊有《何震女史由鎮江來函》。
8月16日，在《國粹學報》第44期上發表《讀書隨筆》，署名劉師培；收入《遺書》。子目為：《助字辨略正誤》、《史記用古文尚書考略》。
9月15日，《衡報》第11號改為第1號重新發行。因《衡報》第10號發行後，發行地（劉師培居所）暴露，按照當時日本《新聞紙法》規定，需繳納保證金並辦理正式發行手續，於是將發行所遷至東京市外的竹內善朔家（市外保證金便宜），由竹內善朔任發行人。辦好手續後，《衡報》第11號便作為第1號重新發行。[119]
同日，在《國粹學報》第45期發表《荀子補釋》、《文例釋要》等文。
《荀子補釋》，連載於本期至第60期的《國粹學報》，出版時間由本日至1909年12月2日，署名劉師培；收入《遺書》。另，《遺書》之《左盦集》卷七又有《荀子補釋自序》，文字與《國粹學報》所刊者大為不同，當係後改作者。
《文例釋要》，連載於本期和第50期《國粹學報》，出版日期為本日和1909年2月10日，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十三。
10月10日，日本政府以《衡報》違反新聞條令為由而禁止其發行。[120]接著《民報》也以同樣理由被日本政府查禁。
10月14日，在《國粹學報》第46期發表《論中土文字有益於世界》、《讀全唐詩發微》等文。
《論中土文字有益於世界》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷六。
《讀全唐詩發微》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十三。另，《左盦集》卷八所收《讀全唐詩書後》（上、下）係自《讀全唐詩發微》刪減改寫而成。
10月15日，去清留日學生監督田吳炤處，抗議日本政府對《衡報》的封禁，質問“介紹歐美社會主義於中國，喚起國人知識，於日本治安何妨？”[121]
11月，與何震從日本回到上海。
此時他們因與章太炎關係破裂，與陶成章也不睦，愈益受到東京中國革命黨人的冷落，加之《衡報》被封，遂決定返國。到上海後，他們一方麵印發許多聲明書，聲明由於“受到日本政府之迫害”，不得不將《衡報》和《天義報》社遷至上海，“一俟基礎穩固，即行秘密出版，並附設世界新語辦事處，作為通訊機關”。[122]實際上《衡報》和《天義報》從此再未出版發行。另一方麵他們給黃興等人寫信，揭露章太炎要他們向端方等人謀款的經過，並附上章氏為謀款所寫五函的影印件，以在革命黨人內部製造混亂。黃興當時“一笑置之”，[123]後來卻由這五封信引起軒然大波，造成很壞影響。另外，這時在上海，他們又遇蘇曼殊，雙方釋去前嫌，“仍同遊宴”。[124]
12月，江浙革命黨人謀劃武裝起事，劉師培將此計劃密報端方，端方派偵探抓去參與其事的張恭。[125]此前陶成章亦被追捕，也與劉的變節相關。陶曾回憶：“光漢平日欲運動成章，使為己用，以高其名。成章鄙其行為不之禮，光漢恨之。會其妻何震及汪公權日夜恿慫光漢入官場，光漢外恨黨人，內懼豔妻，漸動其心。適又以事與章炳麟有衝突，不勝，名譽大損，光漢乃歸上海，始真為偵探矣。清帝後死，光漢意成章歸國，日與兩江督標中軍官米占元往各船塢查成章行蹤。久之不得，無以複端方之命，而以張恭報告於端方，張恭遂被拿問。王金發怒，挾槍見光漢，將殺之。光漢懼，許以必保全張恭，恭因得不死。光漢由是亦不敢再至上海。汪公權以為無慮，仍至上海偵探黨人舉動，卒為王金發所槍斃焉。”[126]
本年所作之文尚有《秦四十郡考》，發表於1909年1月11日出版的《國粹學報》第49期，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十一，目錄下標“前四年”即1908年。又《左盦集》卷五收有《秦四十郡考附秦郡建置沿革考》，文字不同。
本年，光緒皇帝、慈禧太後相繼去世，溥儀（宣統帝）繼位，以載灃為攝政王。
章太炎在東京講學，講《說文》、《莊子》、《楚辭》、《爾雅》等，聽講弟子主要有黃侃、錢玄同、朱希祖、龔寶銓、許壽裳、周樹人（魯迅）、周作人、汪東、劉文典、沈兼士等。
梁啟超著《王荊公》一書，凡22章，對王安石及其變法詳加研究。
嚴複譯成《名學淺說》。
王國維著《人間詞話》，在《國粹學報》連載；又編成《曲錄》六卷。
魯迅開始翻譯、編輯《域外小說集》，並發表《摩羅詩力說》、《文化偏至論》等論文。
皮錫瑞去世，享年59歲，有《師伏堂叢書》及《皮氏八種》等存世。
宣統元年己酉（1909年） 26歲
1月2日，與何震回家鄉揚州省親。[127]回來後已無顏在上海立足，遂去南京公開投靠端方，出任兩江督轅文案兼三江師範學堂教習，住在大行宮，為端方考釋金石。[128]不久，又上書端方，力言“學術不正，下之則為人心之蠹，上之則貽宗社之憂。欲祛其弊，必自振興國學始”。建議在南京朝天宮設兩江存古學堂，招生80人，以培訓國學教員，起到“正人心，息邪說”的作用。[129]該建議未見實施。
《上端方書》，收入《遺書》之《左盦外集》卷十六，係錄自故宮博物院出版的《文獻叢編》第三十輯之原劄影印件。按原件存中國第一曆史檔案館，見端722，函146，端方檔中除上書外，附有《賦得八指頭陀詩》。[130]