《八指頭陀詩》（三首），收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》，采自劉師培家藏手稿。另，《文獻叢編》第三十一輯中有該詩的影印定稿，與《遺書》所收者略有不同。
2月10日，在《國粹學報》第50、51、52、53期上連載《穆天子傳補釋》，出版時間從本日至5月9日，署名劉師培；收入《遺書》。此序又見於《左盦集》卷五，題為《穆傳補釋自序》，個別文字有異。
6月8日，在端方府得晤法國東方學家伯希和，繆荃孫等中方學者同席。時伯希和已從敦煌考查歸來，帶走大量敦煌文書。[131]
6月20日，宴遊時得晤陳三立。[132]另，在此前後，與繆荃孫交往頗多。
6月28日，清廷命兩江總督端方為直隸總督兼北洋大臣。
7月7日，在《國粹學報》第55期上發表《論中國古代財政國有之弊》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十四。
8月，以隨員身份與出任直隸總督的端方一同北上。此時寫下《從匋齋尚書北行初發焦山》詩，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷二《左盦詩》。到天津後，出任直隸督轅文案、學部諮議。
9月，作《東之文鈔序》。發表於1911年7月15日出版的《國粹學報》第80期，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
10月3日，在《國粹學報》第58期發表《唐故文林郎守益州導江縣主簿飛騎尉張府君墓誌跋尾》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十二。
10月15日，在晚宴上晤見拜訪端方的嚴複，是為兩人結識之始。[133]
11月2日，在《國粹學報》第59期上發表《金史地理誌書後》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦集》卷五。
本月，端方被革職。時“孝欽皇後梓宮奉安，端方輿從橫衝神路……坐違製免”。[134]
12月2日，在《國粹學報》第60期上發表《邶鄘衛考》、《呂氏春秋斠補自序》、《轉注說》、《汪仲伊先生傳》等文。
《邶鄘衛考》（附殷韋同字考），署名劉師培；又見1910年4月9日出版的《廣益叢報》第228號；《邶鄘衛考》收入《遺書》之《左盦外集》卷一，所附之《殷韋同字考》則收入《左盦外集》卷七。
《呂氏春秋斠補自序》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦集》卷七。
《轉注說》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦集》卷四。
《汪仲伊先生傳》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦集》卷六。
本年所作之詩文尚有《左氏學行於西漢考》、《史記述堯典考》、《賈子新書斠補》、《小學叢殘敘》、《金陵城北春遊》等。
《左氏學行於西漢考》，發表於1910年1月1日出版的《國粹學報》第61期，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦集》卷二。
《史記述堯典考》，發表於《國粹學報》第61期，署名劉師培。
《賈子新書斠補》，發表於《國粹學報》第61期，署名劉師培；此文實為《賈子新書補釋》的自序，收入《遺書》之《左盦集》卷七，題為《賈子新書斠補自序》。
《小學叢殘敘》，發表於1910年1月1日出版的《廣益叢報》第222號，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦集》卷四，“敘”作“序”。
詩《金陵城北春遊》，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷二《左盦詩》，詩題下標“己酉”，可見為本年之作。
又，本年編定個人文集《左盦集》八卷。
《左盦集》出版廣告刊於1910年3月1日出版的《國粹學報》第63期。廣告雲：《左盦集》“刊木印行”，“現已出書”。錢玄同說：“此為劉君最早自訂之文集”，“此書內容，多數為《國粹學報》中諸文之改作，亦間有在端方處所作之文”。他斷定此書之編刻必在己酉（1909年），故出版於庚戌（1910年）。[135]此書原刻本已極罕見。1928年北平修綆堂書店重刻，《遺書》所收之《左盦集》即據此重刻本。另，郭象升曾為《左盦集》作箋注，成《左盦集箋》一卷，收入《辛勤廬叢刻》第一輯第二冊。
本年，章太炎致書劉師培，一方麵對其行為予以曲諒；另一方麵又勸其醒悟，欲與其言歸於好。信中言：“與君學術素同，蓋乃千載一遇。中以小釁，翦為仇讎，豈君本懷，慮亦為人詿誤。兼以草澤諸豪，素昧問學，誇大自高，陵懱達士，人之踐忿，古今所同，挺而走險，非獨君之過也。”“先迷後複，無減令名。”此信以《與劉光漢書七》為題收入《遺書》。未見劉答複。
本年，清廷宣布預備立憲，以九年為期。
南社成立於蘇州，而以上海為活動中心。
章太炎撰成《小學答問》。
嚴複被學部聘為審定名詞館總纂。
梁啟超撰成《管子傳》。
王國維撰《唐宋大曲考》、《戲曲考源》、《錄曲餘談》諸文。
王先謙《莊子集解》刻成。
宣統二年庚戌（1910年） 27歲
1月30日，在《國粹學報》第62至71期上連載《賈子春秋補釋》（即《賈子新書補釋》），出版日期從本日至10月22日，署名劉師培；編《遺書》時，因找到據此文刪改而成的定稿《賈子新書斠補》，故此初本便未收入《遺書》。
3月，何震生女劉熲。
6月26日，在《國粹學報》第67期上發表《元太祖征西域年月考》（上中下），署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十一。
本月，作《晏子春秋黃之寀本校記》，收入《遺書》，附於《晏子春秋斠補》（二卷）之後。
8月11日，女劉熲因病夭折。作《女熲壙銘》和詩《傷女熲》以悼之。《女熲壙銘》收入《遺書》之《左盦外集》卷十九。《傷女熲》（二首）發表於1916年3月出版的《中國學報》複刊第3冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。
本月，撰成《白虎通義斠補》（二卷）。節本曾發表於1913年創刊的《國故鉤沉》第1期（未完）。據手稿收入《遺書》。另，《遺書》之《左盦集》卷七有《白虎通義斠補自序》，文字與此序不同。
9月18日，編定詩集《左盦詩》，收詩62首。五天後，“錄畢付刊”。1931年，成都茹古書局曾印行，1933年又補刻一次。[136]
9月23日，在《國粹學報》第70期上發表《劉向撰五經通義五經要義五經雜義辨》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷三。
10月，撰成《白虎通義闕文補訂》。發表於《國粹學報》第75、76期，出版時間為1911年2月18日和3月20日，署名劉師培；收入《遺書》。
11月8日，在端方府遊宴時得晤羅振玉。[137]
11月21日，在《國粹學報》第72、73、74期上連載《白虎通德論補釋》，出版時間從本日至1911年1月20日，署名劉師培；收入《遺書》。
12月21日，在《國粹學報》第73期上發表《周代吉金年月考》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十二。
年底，旅居北京白雲觀，借閱觀中所藏《道藏》閱讀，作《讀道藏記》。
《讀道藏記》（未完），發表於《國粹學報》第75、76、77、79期，出版時間從1911年2月18日至6月16日，署名劉師培；收入《遺書》，題目下標“前二年”即1910年。
本年所作詩文尚有《古曆管窺》、《白虎通義源流考》、《山西兩江會館記》、《遊天津公園》、《季夏雨霽遊北洋公立種植園泛舟竟夕》等。
《古曆管窺》（二卷），發表於《國粹學報》第74、75期，出版時間為1911年1月20日和2月18日，署名劉師培；收入《遺書》，題目下標“前二年”即1910年。其上卷以《古曆經徵》之名於1912年有刻本問世（與《莊子斠補》合刻），又刊於1913年7月20日出版的《四川國學雜誌》第11號。《左盦集》卷五所收《穆王西征年月考》乃《古曆管窺》下卷首節之改作，並曾刊於1916年2月出版的《中國學報》複刊第2冊。
《白虎通義源流考》，發表於1911年1月20日出版的《國粹學報》第74期，署名劉師培；又見於1913年3月20日出版的《四川國學雜誌》第7號；又見於1914年2月10日出版的《雅言》第4期，署名劉申叔；收入《遺書》，題目下標“前二年”即1910年。
《山西兩江會館記》，碑拓本，收入《遺書》之《左盦外集》卷十九，題目下標“前二年”即1910年。
詩《遊天津公園》、《季夏雨霽遊北洋公立種植園泛舟竟夕》，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷二《左盦詩》。前者題目下標“庚戌”，可見為本年之作；後者從其內容可知為本年之作。
本年，仍留已被革職的端方幕中，考訂金石外，利用端方府多藏善本的便利條件，治學不輟。並向同幕徐紹楨學曆法，收益甚大。
本年，重組後的光複會在東京成立總部，章太炎、陶成章當選為正副會長。
章太炎撰成《文始》、《國故論衡》、《齊物論釋》，並對《訄書》多所修治。
梁啟超本年著述主要集中於財政問題，撰有《論地方稅與國稅之關係》、《論中國國民生計之危機》等文。
王國維撰成《古劇腳色考》。
繆荃孫《續碑傳集》八十六卷編成刊行。
崔適撰成《史記探源》。
宣統三年辛亥（1911年） 28歲
1月2日，撰成《春秋左氏傳時月日古例考》。發表於《國粹學報》第76、77、78期，標題中“考”作“詮微”，出版時間為1911年3月20日至5月18日，署名劉師培；收入《遺書》。
本月，完成《敦煌新出唐寫本提要》。發表於《國粹學報》第75至82期，出版時間從1911年2月18日至9月12日，署名劉師培；收入《遺書》。
2月，完成《楚辭考異》。發表於《中國學報》複刊第2冊至第5冊，出版時間為1916年2月至5月，署名儀征劉師培；收入《遺書》。
3月20日，在《國粹學報》第76期上發表《周書略說》，署名揚子劉師培；又見1913年5月20日出版的《四川國學雜誌》第9號；又見1914年3月10日出版的《雅言》第6期，署名劉申叔；收入《遺書》，附在《周書補正》後。1913年曾與《周書補正》合刻單行本出版。
春，作《軫春思詞》，收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
5月，作《群書治要引賈子新書校文》和《晏子春秋斠補跋》。前者收入《遺書》，附於《賈子新書斠補》後；後者收入《遺書》之《左盦外集》卷十七，從其內容看，此時已完成《晏子春秋斠補》二卷。《晏子春秋斠補》二卷亦收入《遺書》。
7月15日，在《國粹學報》第80、81、82期上連載《管子斠補》（正文悉據楊忱本），出版時間為本日至9月12日，署名劉師培；收入《遺書》。
本月，完成《周書補正》六卷。節本曾發表於1913年創刊的《國故鉤沉》第1期，題為《周書補訂》（未完）。據抄本收入《遺書》。前有“自序”，發表於1912年11月20日出版的《四川國學雜誌》第3號，署名劉師培。1913年4月，為此書另寫一跋文，附於篇末。另，1913年《周書補正》與《周書略說》合刻出版單行本。
9月12日，在《國粹學報》第82期上發表跋文《跋沈小宛左傳補注序》、《跋包安吳書亭林原姓後》；收入《遺書》之《左盦題跋》，後者改題為《跋包慎伯書顧亭林原姓後》。
本月，隨端方南下。
時端方已被起用為川漢、粵漢鐵路督辦大臣，四川保路運動興起，擬由湖北率新軍一標前去鎮壓。行前，劉師培將其母派人護送回揚州老家。途經武漢時，何震留在此地。經夔州（今四川奉節）時，作《悲秋詞》。該詞已收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
11月28日，端方在四川資州（今資中縣）被嘩變的湖北新軍殺死，劉師培亦被四川軍政府資州軍政分府拘留。
12月1日，章太炎在《民國報》第2號上發表《宣言》九則，其中之一稱：“今者文化陵遲，宿學凋喪，一二通博之材，如劉光漢輩，雖負小疵，不應深論。若拘執黨見，思複前仇，殺一人無益於中國，而文學自此掃地，使禹域論為夷裔者，誰之責耶？”此時章剛從日本歸國不久，但對劉師培“不念舊惡”，依然“甚思”之，[138]遂有此宣言。
本年，所作之詩應有《九江煙水亭夕望》、《舟中望廬山》、《橫江詞》（四首）、《花園鎮關帝廟夜宿》、《黃鶴樓夕眺》等。這八首詩從其內容考察，應為隨端方南下時沿途所作。收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。
本年，武昌起義爆發，建立軍政府，各省紛紛響應；“皇族內閣”辭職，清廷命袁世凱為內閣總理大臣。
章太炎作《誅政黨》。
梁啟超著《新中國建設問題》、《學與術》等文。
王國維開始由文學研究轉向經史和古文字研究。
佛學大師楊文會（仁山）去世。
民國元年壬子（1912年） 29歲
年初，一些報刊不斷刊出與劉師培有關的消息。
章太炎、蔡元培在不知其下落的情況下，聯名在1月11日的《大共和日報》上刊登《求劉申叔通信》，稱：“劉申叔學問淵深，通知今古，前為宵人所誤，陷入範籠。今者，民國維新，所望國學深湛之士提倡素風，任持絕學。而申叔消息杳然，死生難測。如身在地方，尚望先一通信於國粹學報館，以慰同人眷念。”此後，在報端連載多天。《民立報》則稱：“劉光漢在資州被拘，該處軍政分府電大總統，請示辦法。”[139]《臨時政府公報》第1號載總統府和教育部要求釋放劉的電文。《臨時政府公報》第2號載陳獨秀、李光炯等人致臨時大總統孫中山電，希望對劉能“矜全曲為寬宥”，“延讀書種子之傳，俾光漢得以課生著書贖罪”。
1月13日，在成都謝無量處晤見吳虞。[140]
按劉師培此時已被釋，但未去南京，而是來成都投奔老友謝無量。謝無量時任四川國學院院長，他聘請劉在四川國學院、國學學校任教。[141]不久，劉又出任國學院副院長，並聘請廖平來國學院“主講經學”。[142]
4月27日，在《公論日報》上發表詩《蜀中贈吳虞》（三首）；又見1916年2月出版的《中國學報》複刊第2冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。
4月29日，在《公論日報》上發文一篇，吳虞評價為“極佳”。[143]
5月2日，完成《莊子斠補》。本年即有刻本問世（與《古曆經徵》合刻）。發表於1914年1月和2月出版的《國學薈編》第1、2期，署名劉師培；又見1914年7月10日至8月10日出版的《雅言》第7期至第9期；又見1916年1月出版的《中國學報》複刊第1冊，署名儀征劉師培；在1913年的《國故鉤沉》第1期上也刊有部分內容；收入《遺書》。
6月，上書四川都督尹昌衡。
時西藏上層集團在英國唆使下叛亂，妄圖使西藏“獨立”，四川軍政當局準備出兵平定。劉師培上書即為此事，書中分析利弊，認為應該仿效舊製，布恩感化以臻統一。“宜有罷兵安人之道，誠能權輕重之數，存萬安之福。”[144]該函以《與四川都督尹昌衡論川邊書》為題收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。隨後，他又上書四川民政長張修爵，表達了與前函大致相同的意見，該函以《與四川民政長張修爵論川邊書》為題收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。
7月8日，吳虞收到劉師培一函《論小學經學門徑》。[145]該函未見發表，亦未收《遺書》中。
8月4日，在謝無量處晤吳虞，“標知雄守雌主義”，吳虞“深然之”。[146]
夏，作《古本字考》。發表於1913年1月20日出版的《四川國學雜誌》第5號，署名劉師培；又見1913年創刊的《國故鉤沉》第1期；收入《遺書》之《左盦外集》卷七。
9月20日，《四川國學雜誌》創刊，四川國學會亦在此時成立。
《四川國學會序》，署名劉師培；又見1913年4月20日出版的《獨立周報》第28、29期合本；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
《春秋繁露爵國篇校補》，署名劉師培；收入《遺書》，在《春秋繁露斠補》（三卷）內。按除此“爵國篇”外，《春秋繁露斠補》的其他部分未發表，係據抄本收入《遺書》。又《春秋繁露斠補自序》分別收入《左盦外集》卷十七和《左盦集》卷七，文字不同。查《左盦集》編定於1909年，據此《春秋繁露斠補》也許在1909年前便已完成。存疑待考。
《致吳伯朅書二首》，署名劉師培；又見1913年4月20日出版的《獨立周報》第28、29期合本；收入《遺書》之《左盦外集》卷十六時，增加一首，題為《與吳伯朅書三首》。
《蜀中金石見聞錄》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十二。
10月20日，在《四川國學雜誌》第2號上發表《周曆典》，署名劉師培；又見1916年4月出版的《中國學報》複刊第4冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十一。
本月，章太炎、馬良、梁啟超等發起“函夏考文苑”，擬仿效法國成立研究院，下設研究所，以“作新舊學”、“獎勵著作”。章推薦劉師培主持群經專門科。此事由於所需經費太多而作罷。
11月3日，在《獨立周報》第7期上發表《劉申叔最近與某君書二首》，署名劉師培，實為與謝無量書；又見1914年5月10日出版的《甲寅雜誌》第1卷第1號，題為《劉申叔與謝無量書二首》；收入《遺書》之《左盦外集》卷十六，題為《與謝無量書二首》。
11月20日，在《四川國學雜誌》第3號上發表《春秋左氏傳古例考序略》和《與人論文書》。
《春秋左氏傳古例考序略》，連載於本期和12月20日出版的《四川國學雜誌》第4號，署名劉師培；又見1913年的《國故鉤沉》第1期，題為《春秋左氏傳古例詮微序例》（未完）；收入《遺書》，題為《春秋左氏傳古例詮微》。
《與人論文書》，署名劉師培；又見1916年5月出版的《中國學報》複刊第5冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。
12月20日，在《四川國學雜誌》第4號上發表《易卦應齊詩三基說》（附三基應曆說、齊詩曆用顓頊說、迮鶴壽齊詩翼氏學書後），署名劉師培；又見1916年3月出版的《中國學報》複刊第3冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷一。
12月22日，堂兄劉貞吉（原名師慎）因精神失常，服毒自盡，年僅33歲。為之作《仲兄許仲先生行狀》，收入《遺書》之《左盦外集》卷十八。
本年，所作詩文尚有《春秋左氏傳答問》、《清寧遠府知府魏君功德頌》、《清故馬邊廳同知尹君去思碑》、《廢舊曆論》、《題張船山南台飲酒圖》等。