《春秋左氏傳答問》，收入《遺書》，總目中標“元年”，可知作於1912年。
《清寧遠府知府魏君功德頌》、《清故馬邊廳同知尹君去思碑》，收入《遺書》之《左盦外集》卷十九，從文中內容可知為1912年作。
《廢舊曆論》，發表於1916年4月出版的《中國學報》複刊第4冊，署名儀征劉師培；又見1923年創刊的《華國》第1年第8期；收入《遺書》之《左盦外集》卷十五，題目下標“元年”，可知作於1912年。
詩《題張船山南台飲酒圖》，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。《六譯先生年譜》1912年項下載：“龔煦春以所藏張船山南台寺飲酒圖征題，先生及吳之英、劉師培、謝無量、曾學傅、朱山均有詩。”[147]可見此詩作於本年。
另，在四川曾應人之請，寫下一係列墓表、碑銘之類文字，從其內容中可知為本年所作者錄之如下：清故四川候補知縣趙君墓表、清故四川候補知縣方君墓表、清故湖北候補知縣徐君墓表、清故甘肅直隸州知州許君墓表、清故四川參將沈君闕銘、清故四川直隸州知州薑君闕銘、清故四川候補知縣程君闕銘、清故東鄉縣知縣陳君碑頌、清故四川直隸州知州甘君碑頌、清故山東候補道高君墓碑、鄭大雍墓碣、孝子衛洪基碑、鍾太夫人程氏神誥、清故陝西候補知縣邵君墓誌銘、王孺人墓誌銘、李氏女壙銘、翟安道妻馮氏誄。除《翟安道妻馮氏誄》收入《遺書》之《左盦外集》卷二十外，餘皆收入《左盦外集》卷十九。其中《清故四川參將沈君闕銘》發表於1916年4月出版的《中國學報》複刊第4冊，署名儀征劉師培；《孝子衛洪基碑》發表於1924年出版的《華國》第11期。
本年，在四川國學學校除授《春秋左氏傳》外，還授《說文解字》等，蒙文通隨其學《說文》。曾以“大徐本會意之字，段本據他本改為形聲，試條考其得失”為考題，蒙文通答卷三千餘言。對蒙之答卷很欣賞，於其卷首批道：“精熟許書，於段、徐得失融會貫通，區辨條例，既昭且明，案語簡約，尤合著書之體。”[148]還曾告誡蒙文通；“初學治經，但宜讀陳喬樅父子書。經術有家法，有條例；《詩》、《書》者有家法，無條例；《易》、《春秋》者有家法，有條例。”又說：“清代漢學未必即以漢儒治經之法治漢儒所治之經。”“前世為類書者（《禦覽》《類聚》之類），散群書於各類書之中；清世為義疏者（正義之類），又散各類書於經句之下。”此為“訕譏清代漢學”之言。[149]
由於在四川國學院與廖平來往較多，在治學上受到廖一定影響，曾稱讚廖“長於《春秋》，善說禮製，其洞察漢師經例，魏晉以來，未之有也”。[150]蒙文通曾言及：“禮製者，廖師所持以權衡家法，辨析漢師同異者也。左盦於時亦專以《五經異義》、《白虎通義》為教學之規，出蜀後成書皆《周官》、《禮經》之屬。左盦之漸漬於廖師，此其明驗。廖師之學，以左盦而益張。左盦之歿，世無複有知廖師者。”[151]
本年，何震由武漢赴北京，生活無著，隻好請劉師培在日時結交的朋友南桂馨救助，南遂請她去了太原，暫住南家，先在女子師範任教，後又轉任閻錫山的家庭教師。[152]
本年，中華民國成立，孫中山先任臨時大總統，清帝退位後，改由袁世凱任臨時大總統。
章太炎弟子馬裕藻、錢玄同、沈兼士、朱希祖等人發起“國學會”，以講授國學、保存國故為宗旨，請章太炎擔任會長。
梁啟超作《中國立國大方針商榷書》、《財政問題商榷書》。
嚴複出任北京大學校長。
王國維在日本，寫成《宋元戲曲考》，由商務印書館出版時，改題《宋元戲曲史》。
民國二年癸醜（1913年） 30歲
1月20日，在《四川國學雜誌》第5號上發表《前四川提督丁公（鴻臣）墓誌銘》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十九。
2月12日，作《中國文字問題序》，是為廖平弟子李堯勳《中國文字問題》所作的序言。發表於1913年2月20日出版的《四川國學雜誌》第6號，署名劉師培；又見1914年6月10日出版的《甲寅雜誌》第1卷第2號；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
2月20日，在《四川國學雜誌》第6號上發表《西漢周官師說考》和《國學學校論文五則》。
《西漢周官師說考》（二卷），連載於本期和3月20日出版的《四川國學雜誌》第7號，署名劉師培；又見1936年出版的《製言》第23期；收入《遺書》。
《國學學校論文五則》（附文筆詞筆詩筆考），署名劉師培；又見1916年1月出版的《中國學報》複刊第1冊，分別題為《文說五則》和《文筆詞筆詩筆考》，署名儀征劉師培。
3月20日，在《四川國學雜誌》第7號上發表《今文尚書無序說》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷一，後附《陳氏壽祺今文有序十七證駁義》。
本月，完成《白虎通義定本》（存三卷）。發表於1913年4月20日、6月20日出版的《四川國學雜誌》第8、10號，署名儀征劉師培校定；收入《遺書》。
4月20日，在《四川國學雜誌》第8號上發表《校讎通義箴言》，署名劉師培；又見《國故鉤沉》第1期；收入《遺書》之《左盦外集》卷十二。
5月18日，在《獨立周報》第32、33期合冊上發表詩《詠史》（十二首）；又見1914年5月10日出版的《甲寅雜誌》第1卷第1號，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。
5月20日，在《四川國學雜誌》第9號上發表《前四川彭山縣知縣康君（壽桐）墓誌銘》和《繁露佚文輯補》。
《前四川彭山縣知縣康君（壽桐）墓誌銘》，署名劉師培；又見1913年12月25日出版的《雅言》第1期，題為《康君季琴墓誌銘》，署名劉申叔；收入《遺書》之《左盦外集》卷十九。
《繁露佚文輯補》，署名劉師培；收入《遺書》，題為《春秋繁露佚文輯補》，附於《春秋繁露斠補》後。
6月13日至29日，兩度上書四川都督胡景伊。兩信均收入《遺書》之《左盦外集》卷十六，題為《與四川都督胡景伊薦陳度書》、《與四川都督胡景伊書》。
6月20日，在《四川國學雜誌》第10號上發表《定命論》、《非虛名篇》、《月令論》、《周明堂考》、《古重文考》、《駁何衡陽報應問》、《匡謬正俗校證序》、《晏子春秋逸文》、《書春秋繁露止雨篇後》、《法言李注非故本考》、《古籍示期互訛考》、《周書少昊考》等。
《定命論》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十五，後附《講學詞》。
《非虛名篇》，署名劉師培；又見《國故鉤沉》第1期；又見1916年5月出版的《中國學報》複刊第5冊，題為《非古虛》，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷五，亦題《非古虛》（上下）。
《月令論》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷二。
《周明堂考》（附東宮考），署名劉師培；又見《國故鉤沉》第1期；收入《遺書》之《左盦外集》卷一。
《古重文考》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷七。
《駁何衡陽報應問》，原題很長，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十五。
《匡謬正俗校證序》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。是為謝無量撰《匡謬正俗校證》所作的序。
《晏子春秋逸文》，署名劉師培；收入《遺書》，題為《晏子春秋佚文輯補》，附在《晏子春秋斠補》（二卷）後。
《書春秋繁露止雨篇後》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷三。
《法言李注非故本考》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷三。
《古籍示期互訛考》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷七。
《周書少昊考》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷一。
6月24日，《吳虞日記》載吳虞夫人曾香祖與何震晤，[153]可見何震此時已抵成都。
上半年，在四川國學院仍任副院長，除正常授課外，還應彭作楨、謝子夷等五人之請，為他們在課外單授《說文》。後彭作楨為其校遺著《毛詩詞例舉要》（詳本）和《周禮古注集疏》。[154]
6月29日，偕何震離成都赴上海。[155]行前，作《與成都國學院同人書》。該信收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。出發後，“舟行七十裏即被劫，損失約千餘金”。[156]過三峽時，作《出峽賦》。發表於1916年1月出版的《中國學報》複刊第1冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
到上海後，與章太炎得以會麵，恢複了交誼。“申叔殊感枚叔厚誼，複言歸於好。”[157]在上海，還與馬敘倫、陳去病等舊友各有往還，並有詩贈正在上海遊曆的謝無量。《上海贈謝無量》，發表於1916年2月出版的《中國學報》複刊第2冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。
7月20日，在《四川國學雜誌》第11號上發表《春秋原名》、《國學學校同學錄序》、《荀子佚文輯補》等文。
《春秋原名》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷三。
《國學學校同學錄序》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
《荀子佚文輯補》，署名劉師培；又見1916年1月出版的《中國學報》複刊第1冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》，附在《荀子斠補》（四卷）後。
8月20日，在《四川國學雜誌》第12號上發表《春秋左氏傳傳例解略》、《王畿田製考》、《方伯考》、《休思賦》、《曠情賦》等。
《春秋左氏傳傳例解略》，署名劉師培；收入《遺書》。
《王畿田製考》（上下）、《方伯考》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷二。
《休思賦》，署名劉師培；又見《國故鉤沉》第1期；又見1916年1月出版的《中國學報》複刊第1冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
《曠情賦》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷二十。
秋，偕何震由上海赴山西太原。從離川起，夏秋間兩次遠行，頗多感慨，遂作長詩《癸醜紀行六百八十八韻》，連載於《國學薈編》1914年第10期和1915年第4、7、9期，出版時間從1914年10月至1915年9月，題為《左盦長律：癸醜紀行六百八十八韻》，署名劉師培；又見1914年8月25日出版的《雅言》第1年第10期，標題僅為《左盦長律》；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。
在太原，出任閻錫山都督府顧問，創辦《國故鉤沉》雜誌，並與學者郭象升等往還。[158]郭象升曾作詩相贈，題為《劉申叔先生遊晉長句賦贈》。[159]
本年，所作之文尚有《古尚書五服說》、《周鬴說》、《達巷黨人考》、《答四川國學學校諸生問說文書九首》、《蓉溪訪古圖記》、《陳君式仁別碑》、《梁山皮君壽言》等。
《古尚書五服說》（下佚），發表於《國故鉤沉》第1期；收入《遺書》之《左盦外集》卷一。
《周鬴說》，發表於《國故鉤沉》第1期；收入《遺書》之《左盦外集》卷二。
《達巷黨人考》發表於《國故鉤沉》第1期；又見1914年9月出版的《國學薈編》1914年第9期，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷三。
《答四川國學學校諸生問說文書九首》，發表於1914年7月25日和8月10日出版的《雅言》第1年第8、9期，第8期刊五首，第9期刊四首，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十六，題目下標“二年”，可見作於1913年。
《蓉溪訪古圖記》，收入《遺書》之《左盦外集》卷十七，題目下標“二年”，可知作於1913年。
《陳君式仁別碑》，收入《遺書》之《左盦外集》卷十九，題目下標“二年”，可知作於1913年。
《梁山皮君壽言》，收入《遺書》之《左盦外集》卷二十，題目下標“二年”，可知作於1913年。
另，下列詩文從其題目和內容考查，當為在四川時所作，姑係於此。計有《蜀中贈朱雲石》、《述懷一百四十韻示蜀中諸同好》、《重慶老君洞夕眺有感》、《浣花溪夕望》、《淩雲山夕望》、《成都丁公祠碑》、《成都駱文忠公祠碑記》、《成都三皇廟碑》、《成都黃帝廟碑》、《成都黃帝廟別碑》、《成都江瀆廟碑》、《清夏提督克三岩碑頌》等。
詩《蜀中贈朱雲石》，發表於1916年2月出版的《中國學報》複刊第2冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。
詩《述懷一百四十韻示蜀中諸同好》、《重慶老君洞夕眺有感》、《浣花溪夕望》、《淩雲山夕望》，收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》。
《成都丁公祠碑》、《成都駱文忠公祠碑記》、《成都三皇廟碑》、《成都黃帝廟碑》、《成都黃帝廟別碑》、《成都江瀆廟碑》、《清夏提督克三岩碑頌》，皆收入《遺書》之《左盦外集》卷十九。
與上一年一樣，在四川和山西應人之請，寫了一些墓誌之類的文字，從其內容中可知為本年所作者錄之如下：清三等輕車都尉楊君墓誌銘、舒兆熊妻夏孺人墓誌銘、鄧繩侯先生闕銘、故民李君闕銘、清故舉人洪君闕銘、陳恭人墓誌銘、徐孺人墓誌銘。皆收入《遺書》之《左盦外集》卷十九。其中《清三等輕車都尉楊君墓誌銘》和《舒兆熊妻夏孺人墓誌銘》發表於《國故鉤沉》第1期。
本年，編成並刊刻《左盦文集》。錢玄同在《劉申叔先生遺書總目後記》中說：“劉君於《左盦集》刻成以後，又裒集其儷詞及韻語為《左盦文集》，民國元二年間刻於成都。”[160]張經黻則直言“民二刻於成都”。[161]
本年，袁世凱派人暗殺宋教仁，引發“二次革命”；不久革命失敗，國會被迫選袁世凱為正式總統。
康有為歸國，創辦並主編《不忍》雜誌，並出任孔教會會長，其《孔教會序》在《孔教會雜誌》上發表。
章太炎在北京講學，顧頡剛、傅斯年等皆前往聆聽；章並撰《駁建立孔教議》、《自述學術次第》等文。
廖平《孔經哲學發微》付印。
民國三年甲寅（1914年） 31歲
春，離太原赴北京，因閻錫山推薦，得袁世凱任為公府諮議。
此前山西都督府改為將軍府，編製縮小，顧問裁撤，劉師培生活無著，南桂馨遂與閻錫山密議以專電保其入京，請袁世凱任用，以結納於袁，加之袁的親信秘書閔爾昌又是其親屬，也向袁舉薦，袁遂招其入京。[162]其被聘為公府諮議後，曾向袁世凱“上折謝恩”。[163]
4月，在《國學薈編》1914年第4期上發表《廖氏學案序》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。是為廖平弟子輯師說而成之《廖氏學案》一書所作的序。
5月，在《國學薈編》1914年第5期上發表《與圓承法師書》和《答羅芸裳書》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。
7月10日，在《雅言》第1年第7期上發表《鞠躬解》和《致本社記者書》。
《鞠躬解》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷七。
《致本社記者書》，署名劉申叔；實為致康寶恕信，收入《遺書》之《左盦外集》卷十六，題為《答康寶恕書》。
本月，在《國學薈編》1914年第7期上發表《與廖季平論天人書》，署名劉師培；又見1916年2月出版的《中國學報》複刊第2冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。
11月12日，與傅增湘等人一同拜訪繆荃孫，[164]表明他和端方幕府舊同僚仍有來往。
本月，作《刑禮論》。發表於1916年1月出版的《中國學報》複刊第1冊，署名儀征劉師培；收入《遺書》之《左盦外集》卷十五。
12月10日，給錢玄同回信。此信以《民國三年答錢玄同書》為題收入《遺書》之《左盦外集》卷十六。
本年所作之文尚有《劉節婦楊氏墓碑》、《鹽城陶君誄》，均為應人之請而作。前者收入《遺書》之《左盦外集》卷十九，後者收入《左盦外集》卷二十。
本年，袁世凱以《中華民國約法》取代《中華民國臨時約法》；中華革命黨在日本東京成立。
章太炎被袁世凱監禁；他將《訄書》修改增刪，更名《檢論》。
梁啟超撰《清史商例初稿》、《歐洲戰役史論》二書及文章多篇。
王國維受羅振玉委托，編輯《國學叢刊》，作《國學叢刊序》。
章士釗在日本東京創辦《甲寅雜誌》。
崔適撰成《春秋複始》。
民國四年乙卯（1915年） 32歲
1月，在《國學薈編》1915年第1期上發表詩《答陸蓍那詩二首》，署名劉師培；收入《遺書》之《左盦詩錄》卷三《左盦詩續錄》，題為《答陸蓍那》（二首）。
3月，楊度作《君憲救國論》，為袁世凱複辟帝製造輿論。劉師培隨之作《國情論》和《告同盟會諸同誌》。[165]
8月13日，馬敘倫來訪，與馬談起紀年的問題，認為寫文章用幹支紀年或元年二年地記下去不方便。馬當時不解其意，事後明白他是在為改元洪憲作準備。[166]
8月14日，與楊度、孫毓筠、嚴複、李燮和、胡瑛發起“籌安會”，公布籌安會宣言書，名列楊、孫、嚴之後。
8月18日，黃節來書，對其參與籌安會，發表宣言鼓吹帝製表示憤懣，指出“斯議一出，動搖國本，召致禍敗”。
8月20日，籌安會發出啟事，通告正式成立，楊度任理事長，孫毓筠為副理事長，劉師培與嚴複、李燮和、胡瑛為理事。隨後上述六人發出通電，請各省派代表來京，加入討論變更國體問題。
8月31日，黃節再次來書，對其一再鼓吹君主立憲痛加駁斥。
9月1日，籌安會為各省請願團代草請願書，進呈參政院，劉師培列名江蘇請願團中。
10月15日，籌安會改組為“憲政協進會”，確定“此後本會方針，應注重立憲問題”。
10月23日，出任參政院參政。[167]
本月，作《方子叢稿序》。發表於1916年2月出版的《中國學報》複刊第2冊，附在方勇《太誓答問評》之後；收入《遺書》之《左盦外集》卷十七。
秋，“招學者稱說帝製，季剛（黃侃）雅與師培善，陽應之，語及半，即瞋目曰：‘如是，請劉先生一身任之！’遽引退，諸學士皆隨之退”。[168]馬敘倫也當麵怒斥帝製之議。[169]
11月，被袁世凱封為上大夫。
本年，還出任教育部編審。另外，曾與楊度等迎衍聖公孔令貽人京。[170]