正月六日，總署大臣會商借款，依李鴻章議，英俄各借五千萬兩。
二月十一日（33）俄使要求租借旅大，限五日答複。
二月十四日（3.6）李鴻章、翁同抓與德使海靖訂立膠州灣租借條約，允德租借九十九年，建築膠濟鐵路。翁於此事頗寓感慨，其日記謂：“以山東全省利權、形勢，拱手讓之腥膻，負罪千古矣！”
三月六日（3.27）李鴻章、張蔭桓與俄署使巴布羅福訂立旅順、大連租借條約，允將旅大租俄二十五年，俄國得在旅大設防及建築自中東鐵路至大連灣之支線―即日後之南滿鐵路。
三月廿三日（4.13）總署代康有為遞陳變法折片，光緒命將康前後三折及日本變政記等書皆呈太後。
四月十日（5.29）恭親王奕祈卒，年六十七。
四月廿三日（6.11）從禦史楊深秀奏，光緒下詔更新國是，變法自強，先舉辦京師大學堂。
四月廿七日（6.15）翁同酥奉命開缺回籍。
四月廿八日，光緒召見工部主事康有為、刑部主事張元濟，命康有為在總署章京上行走。
五月五日（6.23）詔命自下科為始，鄉、會試及生童各試向用《四書》文者，改試策論。
五月十五日（7.3）總署奏上京師大學堂章程，詔派孫家鼎管理京師大學堂事務，並節製各省所設學堂，所有原設官書局及新設譯書局均並人大學堂。
五月廿二日（7.10）詔改各省大小書院為兼習中學、西學之學校。
七月廿二日（9.7）命李鴻章敬信毋庸在總署行走。
八月三日（9.18）禦史楊崇伊等請太後訓政。
八月五日（9.20）袁世凱持光緒密詔返天津向榮祿告密。
八月六日（9.21）政變發生，慈禧太後複行垂簾聽政。
八月十三日（9.28）命榮祿在軍機大臣上行走。授裕祿為直隸總督署，北洋各軍仍歸榮祿節製，以裕祿幫辦。
九月三十日（11.13.）派李鴻章會同東河總督任道山東巡撫張汝梅履勘山東黃河工程。
十一月廿九日（1899.1.10）吳汝綸致李經邁書，謂李鴻章秉節行河，似有忌者出之於外，勸經邁東行省覲。
光緒廿五年（1899），己亥，七十七歲。
二月廿日（3.31）李返抵北京。次日陛見複命。
三月七日（4.16）從軍機大臣等奏，命戶部按李鴻章所擬山東黃河大治及救急治標辦法，依期籌撥集款。
五月廿一日（6.28）複李蘭舟函，論今日急務儲才為先，京師學堂屢被排擠，人才之興，自關氣數。並望時寄譯報。
八月二日（9.6）美國務卿海約翰訓令該國駐英、德、俄三使，分別以照會致駐在國，請讚助對華門戶開放政策。
八月七日（9.11）李瀚章卒於合肥。
十月十六日（11.18）命李鴻章考察各國治河新法。
十月廿二日（11.23）派李鴻章為商務大臣，前往通商各埠考察商務。
十一月四日（12.6）命毓賢來京陛見，袁世凱署山東巡撫。
十一月十七日（12.19）召譚鍾麟來京陛見，以李鴻章署兩廣總督。
十一月十八日，以康有為、梁啟超逋逃海外，刊布流言，複在沿海一帶，倏往倏來，命海疆各都撫嚴密緝拿二人。
十二月七日（1900.1.7）李出京赴任。
十二月十二日（1.12）李語其侄婿孫仲愚，謂奉旨捕康梁，而人劾渠為康黨。
十二月十八日（1.18）李接任兩廣總督。
十二月廿四日（1.24）封端郡王載漪之子博浚為皇子，繼承穆宗毅皇帝為嗣。
光緒廿六年（1900），庚子，七十八歲。
正月十二日（2.11）命李鴻章將康、梁廣東本籍墳墓鏟平，以儆凶邪。（李於康、梁頗示同情。奉命後遲未行動。二月廿七日奏稱：慮激則生變，平墳似宜稍緩。後得旨命力遏亂萌，勿瞻顧彷徨。）
正月十五日（2.14）詔命南、北洋、閩浙、廣東督撫懸賞十萬，緝拿康有為、梁啟超，如有購閱所發報章者，亦嚴拿懲辦。
二月廿八日（3.28）梁啟超致《新知報》同人書，以李鴻章有阻礙保皇黨在奧活動情事，囑設法刺殺李及劉學洵。
四月廿四日（5.22）練軍分統楊福同在直隸定興縣石亭村為拳民所殺。
四月廿六日（5.24）實授李鴻章為兩廣總督。
五月三日（5.30）葉昌熾日記論樞廷對義和拳處置不當，自貽伊戚。
五月七日（6.3）盛宣懷電請李鴻章奏陳剿拳。李複以“似非外臣所能匡救”。
五月九日（6.5）派軍機大臣刑部尚書趙舒翅、順天府尹何乃瑩往琢州良鄉宣撫拳勇。
五月十五日（6.11）日本使館書記官杉山彬在北京永定門外為董福祥部甘軍所戕。
五月十七日（6.13）義和拳開始在北京大肆焚掠屠殺。揚言欲得一龍二虎頭。一龍指光緒，二虎指慶親王奕劻及李鴻章。
五月十九日（6.15）命李鴻章迅速來京，兩廣總督派德壽兼署。
五月廿一日（6.17）孫中山代表宮崎寅藏與李鴻章代表劉學詢會談兩廣獨立事宜。
五月廿四日，李電請清廷先定內亂，再彌外患，同日，德公使克林德被神機營兵殺害。董福祥甘軍及義和拳開始圍攻東交民巷使館及西什庫教堂。
五月廿五日（6.21）清廷下詔與各國宣戰。廿六日李電請勿任董福祥軍妄動，但能保住使館，尚可徐圖挽回。廿七日清廷命董福祥將現在所辦之事（即攻打使館）趕緊辦理，騰出兵力，前赴天津防堵。廿八日，盛宣懷分電李鴻章、劉坤一、張之洞，請飭上海道與各領事訂約，租界歸各國保護，長江內地歸督撫保護，兩不相擾，留東南以救社稷蒼生。廿九日，李電盛宣懷，二十五日矯詔粵斷不奉，希密致劉坤一、張之洞。三十日，李複劉坤一，在粵當力任保護疆土。同日，上海餘聯沅會同盛宣懷與各國駐滬領事商議保護東南章程草案九條。
六月四日（6.30）盛電閩浙總督許應騤，請加入東南互保。
六月五日（7.1）李複電劉坤一，兵匪仍攻使館，北上無益。榮祿、慶王尚不能挽回，不敢擔此危局。
六月十二日（7.8）調李鴻章為直隸總督兼充北洋大臣，並促借坐俄船北上，或由陸路前來。