AERES有權對高等教育機構、研究機構、高等教育機構各項“文憑”和“資格”的頒發以及高校和研究機構人員的評估標準和程序進行評估（不對大學教師和研究人員的個人工作狀況評估），旨在促進自治改革後的高等教育與研究機構了解機構的運作情況，為其製定未來發展戰略提供參考；同時，AERES的工作為中央的科學決策提供了信息並為學生、企業等群體以一種公開的可信賴的方式呈現了國家高等教育與研究的發展現狀。
AERES也是一個具有法人資格的獨立機構，其常務委員會設有25名成員，都是來自科學、政治、社會經濟界的代表（1名常任委員長、8名學術代表、14名高等教育機構或研究機構推選的代表、2名國會議員），國籍不限，任期四年，可連任一次（詳見圖7）。常務委員會的職責是要製定措施保障評估工作的質量、公開性及透明性，同時還要確定評估工作在結構和對象上具有多樣性。除了常務委員會之外，AERES還有一個合作機構是“科學代表團”，這個代表團的功能是科學地組織評估工作，改善AERES的工作方法。三名協調人員安排科學代表們在高校和研究機構對人文社會科學（SHS）、硬科學（SD）及生命科學（SDV）學科展開評估。AERES還有一個專門的科研與行動聯絡小組，由70人組成，他們全職或兼職為AERES服務，主要負責根據評估要求組織專家小組。專家是評估工作的核心，他們都是學科領域中的領軍人物，每年AERES都會動用幾千名（約4500名）不同專業、不同文化、不同國籍的專家。為了保證評估工作的協調一致，所有專家都必須采用AERES的評估方法和標準。
圖7 AERES人員組織結構圖
AERES的中長期規劃將其評估工作劃分為四個階段[7]：第一個階段是在2007—2010年完成裏昂、格勒諾布爾、蒙彼利埃、圖盧茲和波爾多學區高等教育和研究機構的評估；第二個階段是2008—2011年完成對魯昂、亞眠、漢斯、貝桑鬆、第戎、克萊蒙-費朗、利摩日、波瓦圖、奧爾良-圖爾、南特、雷恩、岡城以及法屬波利尼亞的評估，包括30所大學，592個本科文憑授予點、577個碩士點以及72所“博士校”的資格評估；2008年確定了第三階段的工作是要在2009—2012年期間完成對斯特拉斯堡、南希-梅茲以及半個巴黎大區33家高等教育機構和666家研究機構的評估，包括270個本科文憑授予點、348個碩士點以及69個“博士校”的資格評估；2009年確立了第四階段的工作是要在2010—2013年期間完成對裏爾、半個巴黎大區以及法國海外屬地53個高等教育機構、712個研究機構的評估，包括339個本科文憑授予點、382個碩士點以及74個“博士校”的評估（評估階段圖見附錄）。
2.國家高等教育與研究評估委員會的評估流程及標準
AERES的評估對象包括高等教育機構、研究機構、本科教學與文憑、碩士教學與文憑和“博士校”教學與文憑五個方麵。
AERES對大學治理及政策的評估包括教學、研究、成果轉化、大學生生活及對外關係幾個部分，特別關注大學是如何采取措施提高其服務質量的。2007年“大學自治法”通過之後，如何發展大學的責任與自治權也被納入評估內容，通過對大學政策的整體評估，大學還可以審視其發展戰略在整體上是否協調統一。對大學的評估流程如下圖所示：
圖8 AERES對大學的評估流程
AERES的評估流程符合歐洲高等教育區學位標準和質量保證準則（SGQAEHEA）中的標準，包括組織專家委員會、谘詢高等教育機構的負責人、準備專家預備大會、確定參觀訪問的日期和對象人群等。到現場參觀訪問的專家小組不得少於6人，專家小組的負責人由AERES指定，專家應遵守AERES的評估原則和方法。其中被評估的高校要向AERES提交的評估材料包括：自評估報告、正在執行的與政府訂立的四年合同、機構的戰略發展規劃、機構的基本組織架構、上一個四年計劃的財務審計情況以及機構自身所進行過的外部評估結果（如法國發展戰略導向委員會COS或者一些訪問團的報告）。評估過程中，專家評估小組會與被評估機構的負責人會談，後者將陳述機構的戰略發展規劃，專家還會與個人約談，包括副校長、院長、教師學生代表等；一般在訪問結束後參與評估的機構負責人與專家評估小組還會有一個不對外的討論會。評估報告的第一版由專家小組的組長起草並提交AERES，報告同樣由教學、研究、成果轉化、學生生活、對外關係、國際關係、治理、交流政策幾部分組成，在報告的結尾，還有對高校的優點和不足進行總結，並提出改進的建議。AERES在拿到報告後將組織全體專家、學科負責人、科學界代表以及項目評估負責人開會討論評估報告，報告在補充校正之後將會寄回被評估機構的負責人進行確認，最後報告將會公開發表並上傳到AERES的官方網站以供下載。評估報告總是力圖能夠體現出高校的特色，特別是隨著大學自治改革推行，AERES提出個性化的評估服務的宗旨。現行的對大學的評估標準是2008年製定的，具體內容見附錄。
對研究機構的評估與對高校的評估流程類似，在準備階段研究機構需向AERES提交的材料包括機構的研究總結、研究總結表格、研究項目報表、科研發展計劃及科研活動的個人表格。
對教學和文憑頒發的評估根據LMD學製分為本科、碩士和“博士校”三部分。本科評估的程序如下：被評估機構提交本科教學材料、AERES對材料進行預審、組織專家並召開預備會議、現場參觀、撰寫報告、將報告寄至被評估單位、在AERES的官方網站上公開發表評估報告。其中被評估機構向AERES提交的材料包括本科教學計劃、本科生人數、專業介紹、專業職稱認證委員會（RNCP）的專業認證標準及被評估單位的自評估報告。評估的標準有四：（1）教學計劃，專家小組主要評估本科教學計劃的合理性和平衡性以及教學計劃中知識和能力的階段性和難易程度是否合理；（2）學校所采取的幫助本科生完成學業的措施；（3）職業準入及後續學業選擇情況，即考察學生的職業選擇及繼續攻讀學位的情況；（4）本科教育的教學導向，即考察本科教學隊伍的組成及教學運轉情況。對碩士點和“博士校”的評估流程與本科評估流程基本一致。對碩士點的評估標準有四條：（1）碩士研究生從事研究工作的情況；（2）課程組織情況；（3）碩士文憑的職業程度水平、碩士階段的教學與職業的相關度、培養過程中與外界的合作情況等；（4）國際合作的情況，即考察學校現有的國際合作項目及參與的碩士生人數。“博士校”的評估標準包括，研究單位的實力、與“博士校”相關的研究單位的成果轉化率；科研政策；學校教學與科研委員會的工作情況（包括委員會成員是否有來自社會—經濟界的人士、外國專家的實力、委員會的實際作用等）；招收博士生及博士生培養的情況，特別是論文提交的情況；“博士校”開展的研究麵向法國國內和國際的開放度，包括聯合培養博士生的數量、在答辯評審委員會中外國專家的數量等具體指標。