1908年6月14日，《紐約時報》發布了一則述評：
“袁世凱是大清國當代最重要的人物”，並且預言他“在改革的大潮裏，他將登上權力的頂峰”。
慈禧平時關注外報對中國官員的看法，這家報紙發出的信號令她耿耿於懷。
因此，在她病重之前，對身後事已有了一定的安排，後來載津罷黜袁世凱，不能不設想其中自有慈禧太後的意思。
為了不想讓天下皆知的貪婪得要命的奕勖與袁世凱得逞，她支走奕勖，好謀劃身後事。作為總理大臣，兼管陸軍部的奕勖，卻和她想象中視為《紅樓夢》的漢人“賈雨村”似的袁世凱交往甚密，這是可怕的。
她深知奕勖完全淪落為袁世凱的傀儡。
她心知肚明，但隱忍著。
在重病中的慈禧，她還聽說了袁世凱要廢掉光緒帝的傳言。她寧可信其有。袁世凱出賣光緒，她不可能不防範：在自己離世後，光緒皇帝會報複他。
從慈禧連下兩諭旨來看，明顯是在防備袁世凱：
派奕助離京去東陵查看自己的陵地菩陀峪萬年吉地工程；段祺瑞的北洋第左6鎮調往淶水，第1鎮調防京畿。
據《袁世凱奸雄之道》的作者木子寫道：
1908年10月15日，奕勖得到光緒帝病危的消息趕回北京。慈禧命載灃為攝政王，載灃是光緒的同父異母的弟弟，同時將載灃5歲的兒子溥儀抱到宮裏教養。
14日（舊曆十月二十一日），年僅58歲的光緒帝在瀛台的涵元殿駕崩。
慈禧立刻將攝政王載灃、軍機大臣奕勖、世續、張之洞、鹿傳霖、袁世凱召集到福昌殿，宣布關於新君的幾項安排：（1）溥儀入繼大統；（2）以溥儀承繼同治皇帝之嗣，兼承光緒皇帝之祧；（5）溥儀正在衝齡，由攝政王監國，所有的軍國政事，悉承他的訓示裁度施行。等溥儀年歲漸長，學業有成，再由其親政。
慈禧留下的最後一道諭旨：“現予病勢危篤，恐將不起，嗣後軍國政事，均由攝政王裁定。遇有重大事件，必須請皇太後（光緒皇後隆裕）懿旨，由攝政王隨時麵請施行。”
1908年11月15日（舊曆十月二十二日），慈禧太後在中南海儀鸞殿黯然離世。她自26歲守寡，由聽政、訓政、主政共47年之久。
《清代宮廷史》載：
申刻時分，嗣皇帝溥儀親至儀鸞殿，恭視大行太皇太後大鹼畢，奉安梓宮於皇極殿。十一月初三日伺全國頒發了大行太皇太後的遺詔，關於她的病逝在遺詔中寫道“……不期本年夏秋以來，時有不適，政務殷繁，無從靜攝，服食失宜，遷延日久，精力漸憊，猶未敢一日暇逸。
本月二十一日，複遭大行皇帝之喪，悲從中來，不能自克，以致病勢增劇，遂致彌留。（《清實錄》）