林丹汗達延汗確定的蒙古分封舊製所造成的尾大不掉之弊端很快就顯現了。隨著汗與台吉們在達延汗直嫡子孫間繼承次數的增加，草場與人民也是不斷地被細分到各自的子孫，封國愈來愈多，封地則愈來愈小。諸蕞爾封國形成了各自為政的自大局麵，貴族間的聯係不過是一種極其渙散的聯盟而已。北元的晚期，漸漸地要回到從前一盤散沙的遊牧狀態了。
1603年，達延汗的五傳繼承人林丹汗，一位未經人間風浪的小男孩繼承了汗位。因此，最初的小林丹汗，一種蕭瑟的秋天的氣息，就構成了他生命中的底色。
萬曆三十四年1606年時，明朝的兵部尚書蕭大亨在談起這位確立不久的北元新汗時，曾經用一種漫不經心的口吻說：“幼憨嗣立，懦弱未威。”那樣的語調，真仿佛在談論著秋天的一片吹落在窗戶上的落葉，憂愁又如何呢？
十年之後，已經長成為一個英武青年的林丹汗，在巴林部的阿巴噶哈喇山修建了一個瓦察爾圖察漢城又稱白城，即今天內蒙古的赤峰市，作為自己的行政中心。
林丹汗任命永謝布萬戶的卻熱斯塔布囊，提領本部軍隊守在現今的呼和浩特一帶，監管右翼三萬戶的蒙古各部。又以內喀爾喀五部中烏齊葉特部的錫爾呼納克洪台吉監督左翼三萬戶。這樣的影響力其實都是有限的。
最初的林丹汗，隻好死死地抓住了左翼三萬戶中的察哈爾八鄂托克，一刻也不能鬆手。內喀爾喀的巴林、紮魯特、巴嶽特、烏齊葉特、弘吉剌特等五部有一段時間對於林丹汗也頗樂意效鞍馬之勞。
這個階段，藏傳佛教格魯派黃教的傳入卻在深刻地改變著蒙古人的生活。
明萬曆六年1578年五月十五日，藏傳佛教格魯派黃教的傳人索南嘉措與阿勒坦汗在青海湖畔的察卜恰勒廟前舉行了在藏傳黃教曆史上意義重大的法會。
蒙古族地方豪強與藏僧最高領袖在這裏第一次洽意濃地握手歡。
索南嘉措活佛毫不吝惜地賜予了阿勒坦汗“轉千金輪咱克喇瓦爾第徹辰汗”封號。這是一個與元世祖孛兒隻斤·忽必烈大汗同等尊榮的封號。阿勒坦汗則欣然地給索南嘉措活佛敬上了“聖識一切瓦齊爾達喇喇嘛”尊號。這好像便是黃教中兩大活佛之一喇嘛另一為班禪額爾德尼的最初尊稱。
在索南嘉措喇嘛即三世，前二世是追認的與政治強人土默特阿勒坦汗的大力鼓吹下，黃教在蒙古高原上的傳遞度令人驚訝。
為了鞏固黃教在蒙古族地區的傳教成績，1600年，索南嘉措喇嘛在蒙古哈喇慎部圓寂時，立下遺囑：立土默特阿勒坦汗的曾孫為他的轉世靈童。這就是黃教中唯一一位的蒙古族喇嘛，四世喇嘛雲丹嘉措了。
雲丹嘉措身為蒙古黃金家族的成員，而轉世為黃教的兩大活佛之一--喇嘛，這為黃教後來在全蒙古乃至像滿族這樣的一些其他民族，打開了一道傳教的金光大道。後來，黃教便籠罩了蒙古許多部落的政治、經濟的諸多方麵。
對於伊始走上政壇的林丹汗而，他最初的道路是無可選擇的。林丹汗是一株幼苗般的新主。他必須利用丹朱明黃耀人眼的黃教，來擴大自己作為北元大汗的政治影響力。因此，林丹汗剛上任，為爭取黃教僧侶上層的政治支持，迎接了四世喇嘛雲丹嘉措所派遣的邁達裏呼圖克圖劄阿囊昆噶寧波大慈諾門汗，作為蒙古地區的黃教總代表。四世喇嘛雲丹嘉措賜予林丹汗“林丹呼圖克圖汗”的封號。