問題的根源和改革的焦點都指向專製皇權，專製政體受到越來越多的詬病。改革派認為要破除專製政體，皇權實現自我限製，希望仿效當時世界上多數國家建立君主立憲政體。
新政到底是王朝複興的機會，還是將王朝推入覆滅深淵的凶手，就要看載灃等人怎麼做了。
非常遺憾，載灃雖然有出洋經曆，卻對世界局勢和洋務蒙昧不通。溥儀回憶說父親載灃對那些曾被老臣們稱為奇技淫巧的東西，倒是不采取排斥的態度，可他對新事物的態度也隻是停留在不排斥的階段，要他采用、推廣新事物、新製度就超出他的能力範圍了。一次，太福晉患乳瘡，請中醫總不見好，載灃就聽從兄弟們的意見，請來了一位法國醫生。醫生打算開刀，遭到了醇王府上上下下的反對，隻好采取敷藥的辦法。敷藥之前，醫生點上了酒精燈準備給用具消毒，載灃嚇壞了，忙問翻譯道：“這、這、這幹麼？燒老太太？”載洵看他這樣外行，忙對翻譯搖頭咧嘴，不讓翻給洋醫生聽。因為載灃不同意，醫生留下藥就走了。後來，醫生發現老太太的病情毫無好轉，覺得十分奇怪，就叫把用過的藥膏盒子拿來看看。載灃親自把藥盒都拿來了，一看，原封未動，根本沒給老太太敷過。由此可見，載灃對新事物的態度和接受程度，對待新政也是如此，隻是把它看作是慈禧既定的大政方針而已，照辦就是了，很難談到真正的理解，至於如何把新政辦好、如何創新，就更加茫然無知了。
改革已經觸及了核心權力結構問題，載灃等人卻還在固執地追逐絕對權力。憲政的許多事務，比如國會、憲法和選舉等，在載灃看來隻是形式的不同而已，目的都是要保持天賦皇權萬世不變。載灃表麵上繼續推進慈禧開啟的新政改革，不緊不慢地推動著，內心裏卻呈現出複雜的矛盾心態。一方麵，載灃集團也承認國事糜爛，必須變革；另一方麵，變革必然要放棄部分既得利益，對新興力量甚至敵人妥協，他們不肯妥協退讓，不肯將祖宗留傳下來的權力、製度和政權付諸茫然不確定的變革洪流中。他們覺得可以妥協的內容，之前已經被慈禧做了，剩下來的他們不願意妥協。比如，他們覺得慈禧已經把消除滿漢隔閡的改革都已經做了，至於剩下來的徹底廢除八旗軍隊在全國要塞和重要城市的駐防、完全取消滿族人的政治和經濟特權，是不能碰的內容。也就是說，載灃集團守護著改革的硬骨頭，自己不去碰也不希望別人碰。改革進入了停滯徘徊階段。
慈禧在啟動新政改革的時候，曾說：“誤國家者在一私字，困天下者在一例字。”之後的改革表明，“例”倒是不斷被破掉了，但“私”字一直存在滿族親貴的腦海中。
除了晚清末代統治階層的頑固、保守外，新政改革還有兩大硬傷。
首先，成功的改革必須是可控的，不能成為脫韁野馬。遺憾的是，1901年開始的新政，是激烈的全麵改革。由於近代曆次對外戰爭的失敗導致政治權威極速衰落的情況下，清王朝在保守了幾個世紀後，突然走上了激烈的全麵改革道路，經濟、社會、文化、軍事、法製和官職等各種改革齊頭並進，新舊矛盾像火山熔岩噴發一般暴露了出來。內外交困的清政府不具備控製這場大變革的能力。這就像一條漏洞百出的航船，一邊在茫茫深海中航行一邊進行大刀闊斧的整修，不斷出現新的裂縫和漏洞。可以說，大刀闊斧的整修是不明智的——但是不大修又不行，這是晚清政府主導改革的悖論所在。
載灃等人的集權思路，是讓久已散在地方的權力收回中央，扭轉太平天國運動時就開始的地方壯大中央衰落、實權歸於漢族督撫的局麵。比如載濤管理的軍諮府剝奪了地方督撫的調兵權，練兵處收集全國之力編練北洋新軍。又比如載澤掌握財權後推行兩大政策：一是在各省設監理財政官，盡奪當地布政使的財權；一是在北京設立鹽政處，盡奪各地鹽運使之權。政策的本意是加強中央集權，尤其是為中央謀財，可無端助長了朝廷和地方的矛盾，讓原本就不和諧的中央與地方關係緊張了起來。再比如官製改革中的設立責任內閣，雖然廢除了每部各有一套滿漢班子的製度，每部以一個尚書為最高長官，但新設立的十一個部中，漢人尚書隻占五人，比以前六部滿、漢各一的比例還小了。朝廷本意可能是想改變滿輕漢重的局麵，結果是激起了漢族官員的不滿。