12月8日，軍政府在成都東校場檢閱軍隊，可能是為了慶祝獨立，也可能是都督蒲殿俊想以此來扭轉混亂局麵。當天，大批軍隊和大量混雜在軍隊中的暴徒、幫會分子湧入東校場。蒲殿俊穿著上將軍服，在嘈雜的環境中發表講話。原本軍政府曾答應給軍隊發放三個月的“恩餉”（也就是額外的工資），現在蒲殿俊在講話中承諾給官兵發放一個月的“恩餉”。頓時，台下噓聲四起，秩序大亂。後麵有士兵鳴槍起哄，很快發展成向主席台放冷槍。蒲殿俊哪見過這陣勢，嚇得麵無人色，在兩個衛士的保護下倉皇而逃，不知去向。閱兵變成了一場大混亂的序曲，士兵們鬧哄哄地散出東校場，去藩庫搶劫官銀。事後查點，當天四川藩庫丟失官銀800萬兩。遲到一步、沒有搶到官銀的亂軍，就從已經搶到銀子的人手中爭奪，將刀槍對準他們。還有人擁至成都市內，搶劫當鋪、商行和富戶，還四處放火。城中一片混亂。繼都督蒲殿俊不知去向後，副都督朱慶瀾控製不了軍隊，也逃遁出川。
當時在成都讀中學的19歲樂山少年郭沫若親眼目睹了這一幕亂象：“有個人身穿灰鼠皮馬褂，下身穿狐皮袍子，在街上匆匆行走，準備趕往城外。路中，那個人忽遇本地哥老會的‘自衛團’，喝令他停住。幾個人扭在一起，其中有個哥老會成員手快，一梭標就把那位爺捅個透心涼——這位兵爺搶劫後‘化妝’不嚴謹，上身軍裝雖脫，卻忘了換那條有紅豎紋線的軍褲，故而被認出。幾個人翻剝屍體，從這位兵士屍體上又剝上好幾層狐皮好衣服，貼身的，竟然是一件女式皮襖……”
這時候就需要一個強權人物出來穩定局勢了。曾經擔任過陸軍小學堂總辦的四川本地軍官尹昌衡在新軍中經營多年，又加入過幫會，是四川袍哥大佬，人脈很廣。軍政府成立後，蒲殿俊拉他做了軍事部長，想通過他穩定軍隊。成都大亂的時候，尹昌衡迅速逃離出城，從城外調遣了幾百部隊，連夜入城平叛。依托他之前經營的人脈，再加上諮議局羅綸的支持，尹昌衡最終控製了成都——實際上，很多亂軍看到“尹大哥”來了，紛紛從亂軍搖身變成了鎮壓亂軍的正規軍。尹昌衡再宣誓“五族共和，滿漢一體”，說服了城內的八旗子弟，收繳了他們的武器，穩定了局勢。
尹昌衡平定叛亂後，理所當然地將軍政府都督一職攬入囊中（有說是他自己任命自己的，有說是被成都軍政各界會議推舉的）。尹都督比蒲殿俊有手腕得多，也強勢得多。當時很多人擔心依然指揮巡防營的趙爾豐暗中複辟，威脅軍政府。尹昌衡就謙恭地去拜訪趙爾豐，態度誠懇地說服後者交出了巡防營。趙爾豐對尹昌衡的印象很不錯，不想12月22日淩晨，尹昌衡指揮所部闖入趙家，把沒有一兵一卒又臥病在床的趙爾豐逮捕了。“成都血案”的受害家屬和對川漢鐵路股份念念不忘的人們，對趙爾豐恨意難消。更多的人開始瞎起哄，於是趙爾豐的噩運就被決定了。尹昌衡在城內召開公審大會，與會者群情激奮，要求將趙爾豐斬首。最後，年邁的趙爾豐被押至貢院斬首示眾。此事長久以來被當做“革命功績”來宣揚，直到最近幾年，人們才開始意識到趙爾豐其實是個能臣幹吏，在川藏事務上大有貢獻，且個人品行不錯。推翻一個舊體製的時候，能夠對革命構成威脅的往往是那些舊體製中開明的、有作為的且品行不錯的人才（比如趙爾豐，又比如端方），革命者將憤怒和功績都集中到他們身上。結果，真正對社會有用的人被革命烈焰吞噬，而舊體製中貪圖享受、明哲保身的庸才卻存活了下來。後者因為無能、無為和無用，不對革命構成威脅，反而成了革命忽視和“歡迎”的人群。
成都動亂的時候，端方率領的部分湖北新軍到達了資州（今四川資陽）。
端方這支部隊是清朝在南方殘存的生力軍。為了挽救四川政局，清廷下令將趙爾豐革職，新任端方為四川總督。端方思想開明，傾向憲政改革，而且知道南方局勢已經糜爛，不是一城一地的得失可以挽回的。朝廷需要的是宏觀體製的改革，需要緩和百姓的憤怒。他既知事情不可為，就想回北京向最高統治者麵陳機宜。遺憾的是，局勢不允許他這麼做。
端方計劃啟程的時候，還沒有得到成都獨立的消息。資州知州將成都的混亂情況告訴了端方，端方更加堅定決心要返回北京。但是資州當地士紳包圍他，請求：“端公別走。您如果反正，成都唾手可得，到時大家都會推舉您為都督。況且，現在端公率領的部隊已經出現了嘩變的跡象，如果您不反正，恐怕禍起蕭牆。”地方士紳的話沒錯，端方帶來的湖北新軍內部有革命傾向，端方最好的對策就是率領這支生力軍攻入成都，自己當都督。端方的可悲之處，就在於他雖然開明，了解民主憲政，卻對清朝愚忠，堅持要回北京。士紳們再次請求說：“端公如果擔心成都不能容，可以在資州易幟反正，我等可函致各地士紳來資州擁您為主，公幸勿疑。”端方長歎：“如果我那麼做，有何麵目見慈禧太後、德宗皇帝（指光緒）於地下哉！我計決矣，君等毋為我慮也。”地方官和士紳們見端方頑固不化，都歎息而散。
但是，軍隊拖了端方的後腿，讓他無法成行。新軍計劃響應革命，加上對前途迷茫無期，部隊軍心浮動。端方在資州盤桓多日，一來是他向成都的銀行借了四萬兩白銀發本月軍餉，借銀未至；二來是有土匪相約來投誠，他想等待他們如約而來（都什麼時候了，端方還想收編土匪，真是盡職）。端方越猶豫，軍心就越浮動。官兵們對端方進行信息封鎖，南北公私函電和同僚之間的信牘都被官兵們截留，到不了端方手上。所以，端方隻知道武昌新軍起義和成都局勢動蕩兩件事情，對此後的各省獨立都一無所知。不過，新軍官兵們的消息是靈通的，他們知道得遠遠比端方多。他們要謀劃自身利益，想在大動蕩中分得一杯羹。
端方所率兩標人馬統兵者分別是曾廣大和鄧某，都是端方擔任湖廣總督的時候提拔起來的，和端方有師生之誼。出發前，瑞澂又推薦了董海瀾給端方，端方任命他做了管帶，一起入川。一路上，端方為穩定軍心，極力籠絡部下。有士兵生病了，端方派弟弟到軍營問候；有士兵亡故了，端方親自修書哀悼；沿途官民勞軍的糧食，端方都先嚐毒；甚至有士兵行軍途中掉隊了，端方竟然下令雇轎抬著他。所以，端方得到了部分軍心，曾廣大也約束士兵，不讓大家亂動。
端方本來如果趕緊離開，或者偷偷離開都可以，不過他把成都銀行借銀的事情布告給了官兵。這批銀子遲遲沒有到，官兵們就不讓端方走。12月27日黎明，端方都收拾好回京行李了，他任命的管帶董海瀾竟煽動部分官兵衝入端方的行館，把端方軟禁到側屋中，然後遍搜行篋，想得到些金銀財寶。結果，亂軍沒得到什麼銀兩，憤怒之下要殺端方。曾廣大為他求情說：“端方不是騙子，他想走就讓他走吧，何必殺呢？”他提議舉手表決要不要放走端方。結果舉手的人很少。曾廣大再三勸說，亂軍氣勢洶洶，懷疑曾廣大有異心，揚言要先殺曾廣大再殺端方。曾廣大不敢再說，大哭而走。亂兵把端方逼到行館的一間屋中，亂刃齊下，又割下他的腦袋，返回武漢去了。端方的弟弟端錦見哥哥慘死，大罵亂軍。亂兵強迫他跪下，他不跪，也被亂刃刺死，被割下了腦袋。第二天，成都銀行的四萬兩銀子到達了資州，可惜挽回不了端方的命了。
據說端方在最後的日子中，一再聲稱自己祖先姓陶，是漢人，明末清初的時候不得已才加入八旗。為此，他還把名字改為“陶方”。不過此舉未能讓他脫離噩運。