四川獨立後，長江以南各省全部光複，依然處在清朝統治下的隻有江寧一座孤城了。
江寧，就是南京，是六朝古都、東南都會，當時處境非常危險。周邊的鎮江、常熟、江陰、宜興、南通、揚州等地的清朝官吏和守軍或起義，或不戰而逃，城市相繼光複。就連江蘇最北部的徐州，也在當地士紳組織下宣告獨立。南京被光複地區團團包圍，成了名副其實的大洋孤島。讓清廷聊感欣慰的是，困守南京的清朝官吏“忠君報國”，在四麵楚歌的絕境中依然頑強地和起義軍對抗。
鎮守南京的清朝官吏主要有三個人。為首的是兩江總督張人駿。他是64歲的老臣了，直隸人（河北豐潤人），進士出身，宦海沉浮多年。城內駐紮著八旗駐屯軍，由江寧將軍鐵良統帥。鐵良，滿族人，曾任幕僚和侍郎，後赴日本考察軍事，回國後任練兵大臣、陸軍部尚書，對新舊軍事都很有心得，被視為滿族人中最“知兵”的人，是可以和袁世凱相對抗的實幹人才。可惜，載灃上台後，認為鐵良不是自己“這一條線”上的人，非但沒有重用他，還將他貶到南京來養老，落得個眼不見心不煩。當時，鐵良已經58歲了。
第三個人就是57歲的江南提督張勳。這個人值得大書特書一下。張勳，江西奉新人，出身貧寒，吃過糠咽過菜，做過苦力受過責打，二十多歲投軍，目的隻是混口飯吃。他和湖北張彪的經曆類似，都算得上是“苦大仇深”、“苗正根紅”的苦孩子。但是參軍後，張勳因為頭腦簡單、為人忠厚（在新軍中經常受同伴欺負和鄙視），得到賞識，穩步升遷。據說八國聯軍侵華，慈禧太後西逃的時候。張勳不顧身上有傷，寸步不離慈禧的車駕，日夜護衛，把慈禧感動得不行，直誇他是忠臣。到革命爆發的時候，這個昔日的苦孩子已經擁有了榮華富貴和龐大軍隊了。晚清的時候，朝廷提拔了不少像張勳這樣的人，尤其是北洋新軍中有很多窮苦人家出身的將校。他們按照原來的仕途規律，幾乎沒有可能進入官場當官，能在社會上混個溫飽就不錯了，如今朝廷給了他們高官厚祿、鶯歌燕舞和強大的勢力，他們怎麼能不對清廷感恩戴德呢？相反，那些從小在溫柔鄉裏長大的權貴，不是縮頭不吭聲就是望風而降、聞風而逃，讓清廷大為失望。
話說，張人駿、鐵良、張勳三個人都忠於清室，武昌起義後大肆搜捕革命黨人。遇著剪去辮子的青年，立即逮捕，押往刑場斬首，殺後懸首示眾。城內到處是手持大刀的舊軍，無辮青年嚇得戴上假發藏在家中，不敢出大門一步。
進入11月份後，東南一帶紛紛獨立。張人駿等人收攏南京周邊的軍隊，加固工事，防備革命軍來攻。南京城內的駐軍並不算少。占大頭的是舊軍，主要是張勳統率的江防軍和江寧將軍鐵良的旗兵，總兵力約二萬人。新軍編練為第九鎮，總數約七千人，統製為徐紹楨。新軍官兵傾向革命。廣州起義的指揮趙聲曾在第九鎮進行兵運活動，張人駿因此將他斥退。武昌槍響後，張人駿和鐵良認為新軍不可恃，調了江防營駐紮在新軍兵營附近，同時不顧徐紹楨的反對，斷絕了新軍的軍火彈藥補給，還收繳了官兵們在打靶和訓練的時候留存的子彈，搶走了營中的大炮和機關槍。新舊軍之間的對立情緒陡然上升，占據火力優勢的舊軍把炮口都對準了新軍兵營。眼看著火並一觸即發，城中的士紳、商戶趕緊找張人駿請願：要打，也不要在城裏打起來啊！不如將新軍移往城外。張人駿覺得這個主意不錯，10月31日命第九鎮限期從市內移防至距城65裏的秣陵關。南京城的防務全部交由江防營和巡防營負責。張人駿給舊軍每人發足了武器彈藥，單單子彈就每人發了500發，以防萬一。而出防的第九鎮的武器彈藥就可憐得多了，士兵平均每人僅有子彈3發。
即便如此，張人駿等人還是對第九鎮不放心，命令舊軍把炮口都對準秣陵關方向，抽調城外舊軍包圍第九鎮。張勳則派人監視徐紹楨，觀察動靜。又有兩名滿族軍官，暗藏手槍，求見徐紹楨，企圖行刺。徐紹楨是廣東番禺人，中過舉人，考察過軍事，當過總兵、提督，當時已經50歲了，本無意革命，但被張人駿等人苦苦相逼，胸中怒氣咽不下去。部下原本就傾向革命，如今更是起義呼聲迭起。徐紹楨於是決心起義。反正被張人駿等人步步緊逼，難逃一死，不如揭竿而起，看看鹿死誰手？
徐紹楨聯絡南京城內同情革命的舊軍官兵，約為內應，定於11月8日第九鎮以演習為名發難，襲取南京城。不料，城內的人自行於7日倉促起義，被張勳調兵鎮壓。張勳手下的悍將、江防軍統領王有宏親自用機關炮擊斃起事士兵20餘人。舊軍中的革命官兵潰散。事後，南京城緊閉城門，全城戒備，如臨大敵。第九鎮官兵聽說城內已經起事，在11月8日黎明誓師，兵分三路向南京城進發。南京城虎踞龍盤，周邊堡壘要塞眾多，加上幾個朝代的苦心經營，城防異常堅固。起義官兵非常英勇，發起連續衝鋒，都衝不破裝備精良、占據有利地形的清軍。再加上起義軍彈藥嚴重不足，血肉之軀難以戰勝鋼鐵工事，廝殺到9日拂曉，起義軍傷亡慘重，彈藥用盡，被迫向鎮江方向撤退。之前，第九鎮某營管帶林述慶已經在鎮江起義，成立了鎮江軍政分府。徐紹楨就在鎮江收攏殘部，並向周邊獨立政權求援。