南京臨時政府成立後，推出了許多振奮人心的政策，讓人耳目一新。
比如臨時參議院決議五色旗為中華民國國旗。國旗的五種顏色代表漢（紅色）、滿（黃色）、蒙（藍色）、回（白色）、藏（黑色）五個主要民族。臨時政府強調五族共和，民族平等。孫中山曾建議用同盟會的青天白日旗為國旗，臨時參議院沒有達成統一，而將青天白日旗改為海軍軍旗。武昌起義時所用的十八星旗則成為陸軍軍旗。
又比如臨時政府發布了一係列政策法令，廢除刑訊、跪拜，嚴禁吸食鴉片、纏足、蓄辮等陋習；保護私人財產；宣布新聞及言論自由；廢除讀四書五經，推行近代教育。附著在中國人身上幾千年的束縛，在理論上一下子消除了。
但是臨時政府麵臨種種困難，運行並不順暢。孫中山這個總統其實很不好當。
首先，孫中山兩手空空，整個總統生涯一直在為“缺錢”發愁。
孫中山回國身無分文，到上海後全靠陳其美送了1000銀元資助，才到南京組織起了臨時政府的框架。偏偏臨時政府成立後，百廢待興，前線戰鬥正酣，用錢的地方很多，數額很大，而臨時政府卻沒有收入（獨立各省截留稅款自用尚顯不夠，無力支援中央）。孫中山又不能從列強手中收回關稅，列強銀行團也拒絕向臨時政府貸款（沒有一個外國政府承認南京臨時政府）。沒有錢，日子沒法過。一次安徽前線告急，急電中央催糧催餉。孫中山緊急批示：撥20萬元濟急。胡漢民持總統手令前往財政部撥款，發現國庫之內竟然隻有銀元10塊！財政問題成為臨時政府的頭號問題。黃興曾求工商總長“張謇設法向上海方麵借幾十萬元以應急，他一拖就是個把月，急得先君（黃興）走投無路”。臨時政府實業總長張謇原本就有為政府“創收”的責任，加上監管鹽務，所以在解決財政危機方麵責無旁貸。但是張謇等人在袁世凱和臨時政府之間搖擺不定，在財政問題上陽奉陰違，前後籌款不過100萬元。而他控製的兩淮鹽稅在1911年12月至1912年2月的三個月內至少收入了400萬元。張謇的作為，代表了南方許多舊官僚和立憲黨人的姿態。他們正準備看臨時政府的笑話呢！眼看軍隊在饑寒交迫中作戰，黃興一度表示準備“剖腹以謝天下”。
沒有接受過財政經濟訓練的孫中山隻能迎難而上，但他想出來的方法卻是“厲行征發”，希望通過加大老百姓的稅負來克服財政困難。黃興強烈反對，老百姓的日子已經很難了，不能涸澤而漁。據說，正當他一籌莫展時，總統府裏有個差人，在太平天國的時候就給天王洪秀全當過差，來報告說當年“天朝”即將滅亡的時候在某地埋下了金銀財寶，數額估計還清外債還綽綽有餘。孫中山病急亂投醫，連忙派人去挖，結果什麼也沒挖到。最後，孫中山硬是想出了一個“好方法”，計劃將獨立各省的官辦實業公司抵押給外國銀行，借款來解決財政困難。據說，孫中山的這個方法是在日本人的“啟發”下想出來的，不久（1912年2月）就發生了南京臨時政府批準官辦的江西漢冶萍公司改為“中日合辦”漢冶萍公司，以此向日本借款500萬日元的事件。消息傳來，輿論嘩然。臨時政府尚未有所作為，就將國有企業抵押給了日本。同盟會內部紛紛指責孫中山此舉賣國，張謇、章太炎等原來就和孫中山不對付的力量更是拚命反對。張謇致書孫中山、黃興，抨擊“抵押貸款”說：“何至以此區區數百萬之款，貽他日無窮之患，為萬國所歡笑！”他堅決請辭實業總長的職務。客觀地說，孫中山此舉並非賣國，而是政治經驗不足，缺乏財政手段而已。他本人很快意識到了問題的嚴重性，誠懇地接受了批評，解釋貸款是“民軍待哺，日有嘩潰之虞，譬猶寒天解衣裘付質庫，急不能擇”。此議就此結束，不再重提。
孫中山把主要精力投在籌款找錢問題上，終日奔忙，但始終沒有籌措到足夠的款項。臨時政府在財務方麵的失敗，讓絕大多數政務難以推行，政府和孫中山本人的威望都受到沉重的打擊。
其次，臨時政府的軍事力量非常薄弱。獨立各省各自為政，各自軍事力量就不強大。獨立後各地紛紛擴軍，大部分的入伍新兵是城鄉貧民，軍政府沒時間也沒經濟能力對他們進行係統的軍事訓練。因此，革命軍各部雖然形式上具備軍師旅團營連排的編製，其實多是烏合之眾。想依靠這樣的軍隊推翻清王朝，是不現實的。