孫中山回國後，南方形勢大變。眾人推舉孫中山為臨時大總統，而且組織了新政府。之前是南方組成的鬆散聯盟和北方的中央政府談判，不是兩個平等的談判對象，而是類似於獨立省份和原來的中央政府談判；現在則變成了南京臨時政府和北京清朝政府談判，是兩個平等的政權在談判。南方的要價水漲船高。盡管孫中山對袁世凱很謙虛，但在給袁世凱的電報中明確表示：“民主、君主不待再計。”這就等於是南方在事實上推翻了之前要召開國民大會商討政體的決議，要求袁世凱隻能接受民主共和一條路。至於如何推翻清朝政府，讓滿族權貴接受民主共和，就要袁世凱想辦法解決了。
袁世凱的惱怒之情，可以理解。他也不是好惹的，很快展開了反攻。
首先，袁世凱讓唐紹儀辭去北方和談代表的職務，宣布唐紹儀這個人忒大膽了，之前的談判都是背著他私自幹的，沒有和他商量，因此無效。袁世凱又宣布以後的談判親自操刀，通過電報與伍廷芳直接談判。袁世凱一上來，就質問南方：“選舉總統是何用意？設國會議決君主立憲，該政府及總統是否亦即取消？”他堅持要召開國民會議討論共和與君主立憲問題，要求南京撤銷臨時政府。同時，北洋軍將領段祺瑞、馮國璋等40多人在袁世凱的授意下，於1912年1月2日發表通電，主張君主立憲，反對共和，宣稱如果以“少數人的意見”采取共和政體，必誓死抵抗。軍隊是袁世凱手中的王牌，北洋軍態度陡然強硬起來，讓南方感覺到了軍事壓力。袁世凱借此提醒孫中山，實力的天平倒向北方。同時，袁世凱又通過此舉樹立了忠臣形象，緩和了一下和清廷的關係。袁世凱還入宮向隆裕太後表示效忠，大談“兵馬未動糧草先行”，向太後索取內宮庫房裏的300萬兩銀子——他是真沒錢，北洋軍也瀕臨山窮水盡的邊緣。內庫銀子可是紫禁城的私房銀，往常都是隻進不出的，無奈現在王朝危急要拉攏大兵們，隆裕太後咬咬牙掏出了這筆銀子。袁世凱可謂“一舉兩得”。
這麼一反複，和談出現了僵局，就看誰先妥協了。
我們知道南方實力略遜於北方，而南方內部早有擁戴袁世凱的聲音。早在1911年12月初，各省都督代表就在武漢決議：“如袁世凱反正，當公舉為臨時大總統。”孫中山不計較個人名位，在海外的時候就同意選舉袁世凱為大總統，1911年11月16日致電上海方麵說：“今聞已有上海議會之組織，欣慰。總統自當推定黎君（指黎元洪）。聞黎有請推袁之說（黎元洪也擁戴袁世凱出麵統一南北），合宜也善。總之，隨宜推定，但求早鞏國基。滿清時代權勢利祿之爭，吾人必久厭薄。”他從國家早日穩定和推動社會發展的立場出發，希望早日建立共和國。當時中國人普遍都有這樣的心理。經曆了辛亥革命的曆史學家李劍農說：“當臨時政府組織時，一般人的心理，已注定南北議和的成功，已注定清朝皇帝的命運全操在袁世凱手裏，已準備俟清皇位推翻後把臨時大總統的位置作袁世凱的酬勞品，已準備在袁世凱作總統的時候，便得到共和立憲的政治。”因此，南方決定妥協。
南京臨時政府重申了各省都督代表會議的決議，答應隻要袁世凱擁戴共和，推翻清朝，依然會推舉他為民國總統；隻要清廷自行退位，就給予優待。袁世凱樂在心裏，可還得寸進尺，提出：清帝退位的同時，南京臨時政府要同時取消，由他在天津成立臨時統一政府。這個條件突破了南方的底線：新的統一政權必須是已經建立的中華民國。南方不同意取消中華民國。孫中山也非常憤怒，在1月22日將南北談判的內容公諸於眾（那時候的談判是秘密的，不像現在一樣暴露在媒體的熒光燈下），指責袁世凱缺乏誠意。孫中山還強硬地提出了擁戴袁世凱為總統的限製條件：袁世凱要和清朝政府斷絕關係，變為“民國國民”，也就是要求全國統一在中華民國的五色旗下；袁世凱必須由臨時參議院選舉為總統，必須宣誓接受參議院所定之憲法（當時還沒有，但會有的）。孫中山把秘密談判的內容全部曝光後，各方麵反響強烈。南方雖然有雜音，但基本上對袁世凱另立新政府的條件不能接受。孫中山進一步宣布袁世凱破壞和議，下令革命軍準備戰鬥。北方社會更是炸開了鍋。滿族親貴們知道袁世凱在和南方談判，但不知道袁世凱已經把朝廷給出賣了，換來了一頂總統帽子自己戴。他們組成的宗社黨，激烈反對清廷退位，敵視袁世凱。
和談又一次陷入僵局，還幾乎走到了戰爭邊緣。袁世凱麵臨巨大壓力，不得不讓步，基本上接受了孫中山的要求。南京臨時政府也適當讓步，接受了袁世凱提出的對清室的優待條件。袁世凱能否用優待條件說服隆裕太後主動退步，能否將擔任大總統的諾言變為現實，就看他的努力了。
袁世凱是怎麼做的呢？宣統皇帝溥儀幾十年後回憶說：“我胡裏胡塗地做了三年皇帝，又胡裏胡塗地退了位。在最後的日子裏所發生的事情，給我的印象最深的是：有一天在養心殿的東暖閣裏，隆裕太後坐在靠南窗的炕上，用手絹擦眼，麵前地上的紅氈子墊上跪著一個粗胖的老頭子，滿臉淚痕。我坐在太後的右邊，非常納悶，不明白兩個大人為什麼哭。這時殿裏除了我們三個，別無他人，安靜得很，胖老頭很響地一邊抽縮著鼻子一邊說話，說的什麼我全不懂。後來我才知道，這個胖老頭就是袁世凱。這是我看見袁世凱惟一的一次，也是袁世凱最後一次見太後。如果別人沒有對我說錯的話，那麼正是在這次，袁世凱向隆裕太後直接提出了退位的問題。從這次召見之後，袁世凱就借口東華門遇險的事故，再不進宮了。”