其實，這時最為悲傷憂愁而氣憤的，莫過於陳獨秀明媒正娶的妻子高曉嵐了，她沒有發怒，也沒有大吵大鬧，隻是整天悲鬱哽咽，閉守房門，但她悲鬱中也有所感悟，生米做成熟飯，事已至此，吵鬧已無濟於事；同時，君曼畢竟是自己同父異母妹，何必家醜外揚，損害兩家族的體麵呢？這位善良質樸的女性，隻有悲傷、歎息和忍耐，她別無選擇，隻有默默地過著沒有愛情的悲鬱生活……
高君曼自和陳獨秀相愛，傾倒於陳獨秀後，盡管父親高登科多次為她擇婿，甚至於打、罰、跪，不準進家門，但她堅決不允，默默地愛著陳獨秀。這時，她已有二十四五歲，作為知識女性，她決不像姐姐高曉嵐那樣做封建婚姻的犧牲品，決心衝破家族歧視和封建禮教，與陳獨秀相愛到底。陳獨秀這年已31歲了，他自幼就倔強好勝，小時不喜歡讀《左傳》，寧願被祖父毒打，他總不吭一聲。凡是他看準而必做的事，就勇往直前，義無反顧。對於家族的反對和歧視，是他預料之中的事，隻要求得婚姻自由——與高君曼結婚，這一切對於他來說，是不能成為繩索的。有時麵對家庭的強烈反對，在忍無可忍的情況下，他對養父陳昔凡抗言道：“婚姻包辦，使得我與高曉嵐苦不堪言。現在，我與君曼自由相愛，你們不容。難道你能納妾，我就不能……”
養父聽了這犯上的話，一時傻眼，氣得直哆嗦，握著拳頭，怒不可遏地罵道：“好！你這個孽種，你走，從此你不準再進這個家門！”
“走！走就走！我早就想離開這個家了！”說著，陳獨秀邁步走出家門……
陳獨秀被逐出家門後，與高君曼私下商議：
“君曼，看樣子你我家庭都容不得我們，我們到杭州去，我那裏還有幾個朋友，你看如何？”
高君曼聽了，連連點頭同意。
他們倆於1910年遠走高飛，雙雙赴杭州。陳獨秀在杭州初等軍事學校任國文史地教師，自食其力，與高君曼生活在一起，成為正式夫妻，開始新的生活。陳高兩家雖耿耿於懷，可是奈何不得。
但是，陳獨秀的家族仍不能寬恕他們，在《陳氏家譜》中，仍把高君曼稱為側室，對她所生的子女稱為庶出，打入另冊，不能與原配高曉嵐所生的子女相提並論。
然而，性格倔強的陳獨秀，對於家族的歧視不屑一顧，求得美滿婚姻，已經高於家族的歧視了。
陳獨秀與高君曼雙棲雙飛，遠離家門時，高曉嵐挺著肚皮又懷孕在身，同年9月2日生下一男兒，即陳獨秀三子陳鬆年。此時，陳獨秀在美麗的西子湖畔，對結發妻和陳家那座大洋房已漸漸淡漠而模糊不清了……
“上有天堂、下有蘇杭”，聞名於世而美麗誘人的杭州，“水光瀲灩睛方好，山色空氵蒙雨亦奇，欲把西湖比西子，淡妝濃抹總相宜。”在這美麗的西子湖畔，陳獨秀和高君曼徜徉於湖山之間，相得甚歡，情意綿綿，感情熾熱，生活得自由、幸福，完全擺脫了族人的歧視和束縛，拋棄家庭優厚的生活條件而自食其力，過著隱居式的生活。陳獨秀在致蘇曼殊信時說：
“仲現任陸軍小學曆史地理教員之務，雖用度不豐，然‘侵晨不報當關客，新得佳人字莫愁’。公其有詩賀我否？”
時間過去好久，陳獨秀也沒有收到蘇曼殊的賀詩。在急盼中，他卻意外地收到章士釗讚美他這春風得意的詩：
江南三月噪陽春，勝友連翩六七人；
最是懷寧陳仲子，平生思歸邁蘇程。
高君曼臉龐清秀，一身江南女子的入時打扮，亭亭玉立，溫文爾雅，善良又厚道，竭力支持陳獨秀所從事的事業，為他分擔憂愁。她常伴隨陳獨秀出門訪友，或參加一些活動。友人們常誇陳獨秀娶了個才貌雙全、誌同道合的妻子。好友汪孟鄒曾誇高君曼為“女中之傑”。在此，他們結識了沈尹默、劉季平等江南文人，常遊西子湖，以詩酒自娛，互相觀摩，談天說地，過著詩酒豪情的生活，曾與沈尹默賦詩雲：
垂柳飛花村路看，酒旗風暖少年狂；
橋頭日係青駿馬，惆悵當年蕭九娘。
陳獨秀杭州這段自由自在的新生活，可以說是陳獨秀一生中最安然自得而美好的歲月。在友人沈二、劉三等的陪伴下，陳獨秀夫妻遊覽了西湖許多好去處，同時激發了陳獨秀的詩興，寫了不少風情並茂，滲透新婚燕爾的歡愉和躊躇滿誌的春風得意感懷詩。他在遊西湖孤山北麓元人為紀念宋代隱逸詩人林和靖而建的放鶴亭時，寫了《詠鶴》詩，抒發了他不畏困難，努力探索人生真理的雄心壯誌。他在詩中寫道：
本有衝天誌，飄搖湖海間。
偶然憩城廓，伏自絕追攀。
寒影背人瘦，孤雲共往返。
道逢王子晉，早晚向三山。