12月26日早晨，北風颼颼，天寒地凍。中等身材，麵目清秀，氣宇軒昂，戴著眼鏡的蔡元培，踏著晨雪，來到西河沿中西旅館拜訪陳獨秀。陳獨秀由於前一天晚上看戲，還在熟睡著。茶房要叫醒陳獨秀，蔡元培連忙擺手招呼道：“不要叫，讓他睡吧，拿個凳子給我就行了。”
“好的。”茶房邊答，邊拿給蔡元培一張方凳。
蔡元培接過茶房的凳子便坐在房門口，邊翻閱《新青年》，邊靜靜地等候。可見，蔡校長禮賢下士，求才之心切。約過個把小時，當陳獨秀起來開門，見比自己年長12歲且德高望重的蔡元培坐在門口時，覺得很不好意思，連連彎腰致歉，忙請蔡元培進房來，招呼茶房沏茶。相互寒暄了一陣之後，蔡元培十分懇切地說：“我在法國，接教育部電，令某回國，任北大校長。鄙人求才若渴，文科學長正好缺人，特意來聘請仲甫先生榮任此職，月薪300元，你意如何？”
陳獨秀聽了，既感動，又有些為難地說：“感謝蔡校長登門聘請的誠意，鄙人要回上海辦《新青年》雜誌，我看此職可聘在美國留學的胡適先生擔任為好。鄙人隻在蕪湖公學、安徽師範高等學校、杭州陸軍小學任過教，但從來沒有在大學教過書，又沒有什麼學位頭銜，怕難以勝任。”
蔡元培笑了笑說：“那沒關係，把雜誌帶到學校裏辦好了，同時希望胡適先生早日回國到北大任教，若不當學長，文學教授、哲學教授、英語教授，任他選。”
“那好。我回滬稍稍整理即來京，並寫信給胡適先生。”陳獨秀慨然應允。
“仲甫，你回滬事辦妥後，盡快回北京。北京這頭你放心，我即向教育部呈文，相信會很快批準的。你來京住的地方我也會給你安排的，夫人如一同來那就更歡迎。”蔡元培關照地說。
“元培，我能否勝任，不得而知。我試幹三個月，如能勝任繼續幹下去，如不能勝任即回滬。你看如何？”陳獨秀襟懷坦白地說。
“好！就這樣吧。”蔡元培望了望陳獨秀，依著他說。
陳獨秀回到上海後，妻子高君曼聽說丈夫應聘北大文科學長時，喜上眉梢，心裏樂滋滋的，她想當教授夫人多年的夢，現在終於成真的了。“夫貴妻榮”，當她再回到北京故地時，她可以以教授夫人的身份，出現在同學的麵前了。
高君曼喜笑顏開地對丈夫陳獨秀說：“仲甫，蔡校長真有眼力，一下就相中了你這位學長。”
陳獨秀聽了妻子的話，不以為然地說：“這是蔡校長的抬舉，我不知能不能勝任，不要高興得太早。”
妻子高君曼輕輕地推了推丈夫說：“這是你故弄玄虛。憑你辦《新青年》的水平和能力，一定能勝任。日後家裏的事不用你操心，你集中精力當好文科學長，這是多少人想當而當不到的啊！”
陳獨秀接著妻子的話，也有幾分高興地說：“我這個人曆來義無反顧，要麼不答應，答應了的事，就要盡力去辦，去辦好。有了你這位賢內助，當好文科學長更有信心了！”
1917年元月，陳獨秀孑身一人先行離滬赴京任北大文科學長，嶽湘如設宴為他餞行時，陳獨秀還再次表示：“能否勝任，不得而知。我試幹三個月，如不勝任即回滬。”
嶽湘如說道：“仲甫，北大任職定能勝任，不希望你三個月後回滬。”
陳獨秀赴任北京後，居住在蔡元培為他安排的東池子箭杆胡同9號。這是一座普通的小四合院。陳獨秀自居了三間北房，中間用雕花木隔扇分開，兩邊作臥室，中間會客，幽靜安逸。《新青年》雜誌也遷到這裏，編輯室即住宅。不久吸收錢玄同、劉半農、沈尹默等人參加《新青年》編輯工作。三個月後，妻子高君曼及女兒子美，兒子鶴年也來到了北京，陳延年、陳喬年仍寄住在上海亞東圖書館，陳獨秀關照汪孟鄒，每月從《新青年》發行費中拿出十幾元補貼他們兄弟倆勤工儉學。
陳獨秀出任北大文科學長的消息傳出後，震動了北大校園，一時間，讚同與貶斥之聲四起，沸沸揚揚，成了人們議論的熱門話題。思想激進的教師和青年學生無不歡欣鼓舞，熱烈歡迎，奔走相告，讚之為北大文科的新曙光。教師中那些遺老遺少頑固派們，本來就對陳獨秀在《新青年》上提出打倒孔家店，提倡白話文，鼓吹科學與民主的運動，就十分反感，存有芥蒂，現在他又任北大文科學長，他將把北大引向何處？又怎能與這位激進分子共事呢？於是，別有用心的人攻擊陳獨秀說：“陳先生隻會寫幾篇策論試的時文，並無真才實學，到北大任教尚嫌不夠，更不要說出任文科學長了。”
蔡元培對這些攻擊態度鮮明，給予了有力的駁斥。他說：“陳仲甫先生精通訓古韻學，學有專長，過去連太炎先生也把他視為畏友。”
安徽籍的教授和熟悉陳獨秀的人，則熱情支持陳獨秀出任北大文科學長，於是也紛紛出來講話：“陳仲甫先生在文學考據方麵造詣很高，有研究著作《字義類例》一類書。”