高一涵甚至說：“仲甫先生講文學，不在太炎先生之下”。
這樣，眾口一辭，才慢慢堵住了攻擊者的嘴，使陳獨秀站住了腳跟，有了用武之地。然而，攻擊並沒有停止，隻有暫時的退卻；而在這退卻的背後，卻籠罩著陰影……
北京大學校園內，有一座引人注目而莊重肅穆的紅樓。文科學長陳獨秀的辦公室就設在裏麵，內有一張寬大的紅漆書桌，擺有幾張櫻紅色的木沙發，靠牆擺有列滿書籍的書架，安逸幽靜。陳獨秀坐在一張太師椅上，不停地抽著煙卷，手執毫筆，皺著眉頭，根據蔡校長，“循思想自由原則，取兼容並包主義……無論各種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之命運者，雖彼此相反，而悉聽其自由發展”的辦學方針，正在考慮和製訂北大文科的改革實施方案。他決心施展自己的才幹，幹出一番事業來，支持蔡校長改革北京大學，以改革的成果來回擊那些攻擊他的守舊頑固派們……
陳獨秀是蔡元培萃集的各路人才之中的佼佼者，是一員闖將，是影響最大、也是最能打開局麵的人。所以，蔡元培對他十分器重和信任，對有關文科的人事、行政，一切由陳獨秀先生主持作主，不稍加幹涉。這樣，陳獨秀到北大上任後，有職有權，他不開課，專心致力於北大文科的改革，他做的第一件事，就是為文科延聘名教授，安定人心，同時寫信給胡適，勸他早日回國，來北大任教。於是，一時提倡文化運動的知名人士、學者，大多薈萃於北大文科，並得到蔡元培的讚賞。
陳獨秀在《新青年》上曾撰文論述教育方針，指出中國教育的弊端，主張教育應是啟動的、啟發的、實用的、全身的，而不是他動的、灌輸的、虛文的、單獨的腦部教育。為此，他對北大文科進行了大刀闊斧而卓有成效的改革，擴大文科，增設新係；允許學生自由選修各課，廢除一切課程全部必修的規定；整頓課堂紀律，製定考試製度；采購圖書，廣設閱覽室，為學生提供學習條件。
陳獨秀性格豪放，私生活比較放蕩，有時也涉足於花柳場中。因此，他在改革北大文科時，也注意到自身改造的必要，為約束自己，參加了蔡元培為增進個人道德修養，改變腐敗不堪的校風，而於1918年1月19日發起組織的進德會，作“不嫖不賭，不娶妾”的甲等會員，並被選為進德會評議員，票數僅次於蔡元培。
蔡元培、陳獨秀等對北大改革勢如破竹，一下衝破了封建頑固派所設置的種種思想文化的禁區，洗刷了死氣沉沉、腐朽不堪的北大校風，一個新鮮活潑、民主自由的新天地出現北大校園內，科學與民主思潮激蕩著青年知識分子的心扉，園丁辛勤耕耘，幼苗茁壯成長，北大呈現一片新的氣象。
樹欲靜而風不止，北大的紅樓，看似莊嚴肅穆、平靜。然而，紅樓內卻蘊藏著各種矛盾和殺機，新舊思想的鬥爭一刻也沒有停止過，甚至即將“刀光血影”熾烈化……
為創辦比《新青年》更迅速、刊期更短、與現實聯係更直接的刊物，陳獨秀與李大釗等又於1918年11月27日，在文科學長會議室創辦了《每周評論》與《新青年》相互配合，相互補充，協同作戰，大力開展新文化運動，奮戰頑固派。1919年1月15日，陳獨秀在《新青年》上發表《本誌罪案之答辯書》，大義凜然，從根本上反擊頑固派的進攻。他大聲疾呼道：
“西洋人因為擁護德、賽兩先生，鬧了多少事，流了多少血，德、賽兩先生才漸漸從黑暗中把他們救出，引到光明世界。我們現在認定隻有這兩位先生，可以救治中國政治上道德上學術上思想上一切的黑暗。若因為擁護這兩位先生，一切政府的壓迫，社會的攻擊笑罵，就是斷頭流血，都不推辭。”
這樣，《每周評論》的創刊和《本誌罪案之答辯書》的發表，如同投下重磅炸彈，震動了整個思想界，引起了封建主義衛道士者極大的恐慌和極端的仇視。古文字學家林紓終於按捺不住，跳了出來，進行反撲。於是，攻擊北大文科改革者陳獨秀等的風波，從紅樓裏猛烈地刮了起來……
1919年2月17日，在上海《申報》發表一篇題為《荊生》的小說，對陳獨秀、錢玄同、胡適等新派人物進行攻擊。這是紅樓刮起風波的源頭。風波一經刮起，大有不可收拾之勢。與此同時，北大學生兼《神州日報》的記者張厚載，無中生有地在《神州日報》上發表《半穀通訊》，造謠說陳獨秀、胡適等人，以思想激進，受到政府幹涉，並謂陳獨秀有辭職之說，並已去天津，態度消極等，給北大和陳獨秀造成很大壓力。3月起，張厚載又發表通信說：
“北京大學文科學長近有辭職之說，記者采訪蔡校長，詢問此事，蔡校長對於陳學長辭職一說，並無否認之表示……則記者前函報告信而有證矣。”
北大新舊派之間的鬥爭，極其複雜而且日趨白熱化。那些頑固派對陳獨秀早已切齒痛恨，早就想把陳獨秀驅逐出北大，加之，這時廣泛流傳陳獨秀逛八大胡同嫖妓女之流言，猶如火上加油。這樣，驅陳已形成不可逆轉之勢。《新青年》編輯部同人這種勇於責任自負的精神，豈能減輕北大及蔡校長所受到的壓力？又何能減輕北大教職員的憂慮？那些頑固派豈能因《新青年》編輯部的聲明，而停止他們的進攻呢……