段祺瑞是袁世凱去世、馮國璋離職後，北洋勢力中的最後一根支柱和實力人物，他蔡元培卻是孫中山下野、黃克強病故、宋教仁被刺後，南方革命黨人留在北京的最後一名文人代表；段祺瑞是清廷舊臣，與遜清皇室和整個封建勢力有著千絲萬縷的政治血緣關係，他蔡元培卻是民國元勳，與孫中山等革命黨人有著長時間的交往；段祺瑞、徐樹錚們一心要用武力征服孫中山等南方的勢力，用槍杆子統一中國，他蔡元培卻是最近成立的和平期成會的主要發起人和南北和談的重要促成者；段祺瑞的安福內閣極力投靠日本，與日本政府多次簽訂密約，以換取日本的巨額貸款，來擴大他們自己的武裝，夢想建立一種像日本那樣的君主立憲的、比較集中統一的、紀律嚴明的社會，他蔡元培卻傾向於西方，醉心於法國式的民主、自由、平等思想和社會製度；段祺瑞、徐樹錚們渴望獨裁專製，搞一統天下，他蔡元培卻支持陳獨秀、李大釗、胡適之等倡言民主與科學，提倡思想自由、言論自由、學術自由。兩者是這樣的截然對立。水火冰炭，相置一盂，哪有不爆烈相克之理？
所以最近數月來，就常有一些友人，私下裏跑來勸他。他們告訴他，軍方和政府對《新青年》、《新潮》上發表的一些文章十分不滿，可能會采取某些製裁行動。他們都勸告蔡元培，希望他能夠主動地解除陳獨秀的職務，製約胡適之、李大釗等人的言論，改變《新青年》、《新潮》等雜誌的內容和方向，妥協一下，以保全他個人和整個北京大學的地位與聲譽，卻都被他斷然地謝絕了。
他堅決認為，大學就應該是自由的學府，一定要遵循思想自由與學術自由的原則。他自己就是這樣言及履及的。他既支持陳獨秀、胡適之、錢玄同、劉半農們辦《新青年》，支持傅斯年們辦《新潮》，鼓吹新文學，反對舊文學；也支持真有學問的老師劉師培、黃季剛們辦《國故》維護舊文學，反對新文學；他甚至還容忍精通英、法、德三國語言的前清遺老辜鴻銘拖著他那條不屈不撓的小辮子，在北大校園內外公開宣傳他的君主優越論和夫婦比數應如茶壺茶杯一樣以一比四為最合適的“茶壺茶杯論”。
他認為大學是培養高層次優秀人才的搖籃，隻有在思想言論充分自由不受幹擾的環境下，科學文化學術才有可能得到真正的發展，人的才智才有可能得到充分的發揮。不僅陳獨秀、胡適之等人的思想言論，並無錯誤，且深受全國青年之擁護，而且就算有錯，那也應該是言者無罪，文者無罪，思想無罪的，決不能因為人家敢於想問題，寫文章，談思想，講道理，就去迫害人家，撤人家的職，砸人家的飯碗。限製人家的言論自由，侵犯人家的天賦人權，你就是把刀拿來架在脖子上，他蔡元培也決不會同意去幹這種事情。
因此，他斷然地拒絕了那些好心的友人們的建議。
此刻，他更是下定了決心。
他準備毅然拾起對方投來的白手套，接受那些躲在林琴南老人的複信後麵正獰視著他的那些強權者們的挑戰。他要好好地寫一封給林琴南的公開複信，為自己投入了無數心血的北京大學辯護，為自己的為科學與民主而戰的戰友們辯護，同時，也要向全國民眾，公開表明自己的心跡與態度。
決心既定，他坐到寫字台旁邊，很快就寫好了那篇著名的後來在中國現代文化發展史上一直被認為具有重要意義的曆史文獻《致〈公言報〉並答林琴南君函》。
當他寫完最後一個字，把手中的筆，放回到案頭上時，他如釋重負。他的心情比原來舒緩多了。
他站起來走到窗前，對麵的紫禁城展現在春日明媚的陽光下，呈現出一片金碧輝煌。
這時，他突然記起了兩個月前在天安門前的廣場上開演說會時的情景。
前幾天，李大釗告訴他，本校圖書館有一姓毛的小職員，對他的演說有些看法，認為有過於樂觀和輕信的毛病。最近他讀到《新青年》發表的他的同鄉周樹人的一篇雜文《隨感錄三十九》，似乎也有這種意思。他覺得，那位姓毛的年輕人和周樹人的意見都是很有道理的。現在看來，他當時對歐戰後整個世界局勢的估計，顯然是過於樂觀，過於天真了。他應該接受這些後生輩的意見。然而，他又覺得，他當時的主要思想和許多論點許多話語是並沒有過錯的。
他重新記起了那天站在人群湧動的廣場上，突然從內心迸發出來的那些語句：
……我們不要羨慕那憑藉遺產的紈絝兒！不要羨慕那賣國營私的官吏！不要羨慕那克扣軍餉的軍官！不要羨慕那操縱票價的商人！不要羨慕那領幹修的顧問資議！不要羨慕那出售選票的議員！他們雖然奢侈點，但是良心上遠不及我們的平安多了。我們要認清我們的價值：勞工神聖！
他想，他講錯了嗎？不！他沒有講錯。他信心百倍。他覺得，無論環境如何艱難，如何險惡，如何變化，他都將永遠這樣堅持下去。