《馬關條約》簽訂之後，舉國上下為之震動，紛紛指責朝廷的腐敗無能。康有為、梁啟超寫成上皇帝的萬言書，提出拒和、遷都及維新變法的主張，一時造成很大反響，史稱“公車上書”。
隨後，康有為聯絡一批帝黨官員，成立強學會，梁啟超、袁世凱、徐世昌、楊銳、張權（張之洞之子）等人也在會籍，另有帝黨高級官僚翁同箭、孫家算、李鴻藻、王文韶、劉坤一、張之洞等政要紛紛出麵讚助強學會。
李鴻章一直是主張變法的，從洋務運動開始，他就親身實踐著變法活動，但是他原先的想法並沒有康、梁這些人這麼徹底，這麼大膽。所以李鴻章很想結識這一批思想比較激進的人士，在強學會剛剛成立的時候，他托人去跟康有為說，願意出三千兩白銀入會，但是由於這時李鴻章名聲很臭，加之強學會是由帝黨支持的，所以他的請求被毫不留情地拒絕了。
兩年之後，山東發生曹州教案，德國乘機出兵侵占膠州灣，隨之俄國進占旅順、大連，法國進占廣州灣，英國進占山東威海，並要求拓展香港九龍新界。強盜一係列赤裸裸地入侵，無情地給清王朝上下再次敲響了警鍾。一時間，包括維新派在內的舉國上下各界人士紛紛要求清政府實行變法自強，慈禧太後隻得同意光緒帝進行朝政的改革。
光緒二十四年（1898年）初，朝廷派李鴻章、榮祿、翁同箭等要員召見康有為，詢問變法之事。經過幾個月的醞釀，光緒帝頒布了《定國是詔》，表明變更體製的決心，百日維新開始。
但是，維新派的最終目標是要推行君主立憲製，這實際上是要進行一次權力的重新分配，這次變法自然從一開始就會遭到保守派的抵製。北洋大臣、直隸總督榮祿是保守派的頭目，而慈禧太後則是保守派的
後台。
光緒帝為了借助變法取得真正的皇權，便在頤和園召見統率北洋新軍的袁世凱，隨後又派譚嗣同密令他準備起兵勤王，誅殺榮祿，包圍慈禧太後住的頤和園。哪知袁世凱卻把這一密旨報告了榮祿，慈禧太後得知後，十分震怒，隨即下令幽禁光緒帝，廢除新政，宣布重新“訓政”，並搜捕維新黨人。持續了103天的維新運動就這樣夭折了，譚嗣同等“戊戌六君子”被殺。
雖然維新派瞧不起李鴻章，但是戊戌政變發生後，慈禧大肆捕殺維新黨人，打擊帝黨集團，李鴻章卻對這些失敗人士十分同情，並盡力庇護營救。
光緒帝被囚禁之後，當時任總理衙門章京的張元濟去求見李鴻章說：“中堂大人，您是國家的重臣，於今太後和皇上不和，您應該站出來調停才是啊。”李鴻章見這個年輕人說話很天真，就客氣地回答道：“你這孩子哪知其中的險惡，還是早做打算去吧。”張元濟是光緒十八年（1892年）進士，戊戌變法時曾被光緒帝破格召見，所以有帝黨嫌疑，政變後也遭到了革職。
張元濟被革職後，李鴻章就派助手於式枚前去安慰這個年輕人。於式枚找到張元濟之後，就問道：“李中堂讓我來問問你的情況，今後有什麼打算？”張元濟告訴他想去上海謀生。過了幾天，於式枚又找到張元濟說：“李中堂已經給你安排好了，你去上海可以找盛宣懷，到了之後自然有人接待你。”
張元濟到了上海之後，果然得到了盛宣懷的盡力幫助，後來他主持商務印書館，成為近代中國出版大家。
維新變法失敗後，雖然康有為等人逃到日本，但慈禧太後仍千方百計要追殺維新黨“餘孽”。李鴻章多次在慈禧麵前為康、梁辯護，他在與日本首相伊藤博文交談之後，更加感到康有為一批人所要實行的維新變法，正是自己想幹而幹不了的事情。
到了廣東之後，慈禧太後催促李鴻章設法刺殺康、梁，但李鴻章拖延不辦，慈禧氣急，要刨他們在廣東的祖墳，李鴻章又竭力推托。對此，康有為、梁啟超非常感激，他們還寫信給李鴻章，稱他是“維新之同誌”。
隨大流的智慧