大明王朝造就的疑案冤獄可謂多如牛毛，時至今日，這些疑團仍然是籠罩在人們的心中。許多英雄忠貞報國、殺身成仁之心是毫無疑義的。可是他們生命的最後時刻究竟是如何度過的？這個牽動人心的問題，數百年來似乎仍是一個個難解的謎。
大開殺戒的空印案
朱元璋攻占天下之後，麵對的是一個滿目瘡痍的社會，人民流離失所，官吏上下勾結，貪汙腐敗現象嚴重，這些都被朱元璋看在眼裏。為了根除這些問題，他雷厲風行地采取了相應的措施，而且在閑暇之餘他自己也常到下麵去查看實情。洪武十五年(1382年)時，發生了震驚全國的“空印案”，這就是朱元璋自己發現的一個官場舞弊案件。“空印案”的牽連之廣，對明初的政治活動帶來了很大的影響，一時間，造成士大夫們都不敢為官。那麼“空印案”究竟是怎麼回事？它有什麼值得引起爭議的地方?
在明初，按照規定，全國各地的布政司和府、州、縣每年都要派會計部門的官吏到戶部去報賬，將有關地方財政的各項收支，包括錢、糧、布帛、軍需款項等詳細做賬上報，在戶部彙總，經戶部核實數字後，這賬才算完成，因為賬目繁多且瑣碎，隻要有一筆數字寫錯，或與總賬不合，戶部就會把賬冊駁回重做，使得地方官們受苦連連。因為從各地往返京城，少說也要個把月，多的達數月，這對於那些地處偏遠的府、州、縣來說尤其痛苦，並且戶部彙總賬目有期限規定，超過期限就要受處分。於是為了方便起見，當時各地方官府派往戶部做賬目的計吏，往往會帶上一些備用的空白賬頁，並預先蓋好地方官衙的大印。說白了，這就有些類似於今天的空白支票或空白介紹信，可以在需要的時候隨時填上數字或內容來生效使用，這就是所謂的空印。一旦賬目上出現錯誤，好及時地用空白的賬頁重做，以避免來回奔波。這樣一種做法，當時的縣、州、府、布政司各級官府會計部門都采用，已經形成了慣例，是眾人皆知的事情。但偏巧的是，在洪武九年一次檢查戶部錢穀賬冊的例行公事中，被朱元璋發現了這一做法。
一天，朱元璋下朝覺得沒什麼事可做，就一個人到處逛，結果信步走到了戶部，想了解一下國家財政收支賬目核算的情況。這時戶部的官員和各省來的計吏都在低頭核算賬目，一個個眼睛緊盯著手中的算盤和賬本，誰也沒發現皇帝就站在身邊。朱元璋站了一會兒，見大家都在認真算賬，心裏非常高興，沒說什麼就走了。誰知剛走到門口，就聽到有兩個人爭吵起來，仔細一聽，原來是戶部的一名官員和一個計吏在爭吵。戶部官員說那個計吏的賬目不平，計吏很不服氣，兩人便因此爭吵起來。最後，隻聽那個戶部官員指著賬目大聲說；“不平就是不平，錢糧數字差一分都不行，你這個冊子一定要重做!”朱元璋聽到這裏很高興，心裏暗暗稱讚那個負責任的戶部官員，心想要是朝中的官員都能像這位官員一樣認真為朝廷辦事，那就好了。朱元璋覺得很有趣，下午趁空閑時間就又去了一趟，這一次可看出問題來了。他去的時候碰巧又碰上了上午發生爭吵的那個計吏和戶部官員在說話。隻見那個計吏把一本新的賬目遞給那位官員，說：“冊子重做好了，您再算算吧!”戶部官員接過去翻了翻，用算盤算了算，就笑著說：“這回好了，平了。”朱元璋一直在一邊聽著，越聽越覺得奇怪，越聽越覺得不對，臉上的笑容消失了，眉頭也擰了起來。他快步走過去，一把抓起那本賬冊翻了翻，然後轉頭問那個計吏：“你們那個省離京師有多少路程?”那計吏一看是皇上，馬上跪倒回答說：“有三千多裏。”“那你上午回去，怎麼下午就回來了呢?你騎的是什麼馬，跑的這麼快?”計吏一聽這話，嚇的“嘣、嘣、嘣”連磕了三個響頭，不敢再隱瞞，連忙答道：“小人沒回去。”“沒回去?那這賬目上的大印是哪兒來的?”朱元璋瞪大眼睛，厲聲逼問著。這一逼問，卻將那計吏嚇得臉色慘白，說不出話來。
朱元璋了解到這一弄虛作假的情況後，大開殺戒，上上下下不知殺了多少人。曆史上把這一事件稱為“空印案”。從“空印案”形成的全過程和結果來說，事實上大多數都是冤獄，如此擴大化的審理獄案，是中國曆史上罕見的。據有人估計，“空印案”與郭恒貪汙案合在一起，共處死並連坐了將近七、八萬人之多。還有人說，從“民中人之家有大抵皆破”的記載來看，這分明是朱元璋斂財的一種手段。不管這是否是有計劃的手段，如此的審理案件，反映了人治時代律法的專製與殘暴。對於“空印案”的過程和結果，沒有什麼可爭議之處，隻是“空印案”究竟從哪一年開始卻一直是個謎。
胡惟庸案真相到底如何
洪武十三年正月，丞相胡惟庸稱他家的舊宅井裏湧出了醴泉，邀請明太祖前來觀賞。這是大明的祥瑞呀，朱元璋欣然前往，走到西華門時，一個名叫雲奇的太監突然衝到皇帝的車馬前，緊拉住韁繩，急得說不出話來。衛士們立即將他拿下，亂棍齊上，差點把他打死，可是他仍然指著胡惟庸家的方向，不肯退下。朱元璋這才感到事情不妙，立即返回，登上宮城，發現胡惟庸家牆道裏都藏著士兵，刀槍林立。於是立即下令將胡惟庸逮捕，當天即處死。
胡惟庸案前後竟達十餘年之久，誅殺了三萬餘人，成為明初一大案。事後朱元璋還親自頒布《昭示奸黨錄》，告誡臣下，切以胡惟庸為鑒。胡惟庸案真相到底如何?明代法令嚴峻，多諱言此事。即使到清朝修《明史》時，也隻是說胡惟庸被誅時“反狀未盡露”，這不免讓人生疑。
雲奇身為內使，居西華門，離胡宅非常近，既然知道胡惟庸謀逆，為何不先期告發，一定要事迫眉睫時，才攔駕告發?況且如果胡惟庸真要謀反，也是秘密埋伏，即使登上城牆也不可能看到刀槍林立。謀反這麼大的案件，胡惟庸當天下獄，當天就被處死，處置得如此匆忙，實在蹊蹺。據《明太祖實錄》記載，四天前，也就是正月甲午，中丞塗節已經告胡惟庸謀反，以明太祖猜忌多疑的性格，怎麼還會去胡惟庸家看所謂的祥瑞?可見，雲奇告變純屬子虛烏有。
胡惟庸，鳳陽府定遠縣(今屬安徽)人，為李善長的女婿。在朱元璋攻克和州時，歸附紅巾軍，頗受寵信。朱元璋登基，任命李善長為左丞相，徐達為右丞相。李善長是朱元璋攻下滁州後，接納下來的謀士，指揮作戰，組織供應，事事皆能妥善處理。還在朱元璋稱吳王時，李善長便出任右相國，充分展現了他裁
李善長決如流的才幹，為功臣之首。洪武元年任左丞相，封韓國公，在朝廷上位列第一。徐達常年帶兵在外作戰，實權掌握在李善長手中。之後，他的兒子李祺又被朱元璋招為駙馬，權勢更加顯赫，成為朝廷中掌握實權的淮西集團首領。
淮西集團勢力的日益膨脹，威脅到皇權。朱元璋對他頗存顧忌，於是在洪武四年，以年高有病為名，讓李善長告老還鄉，時年58歲。其實，朱元璋早就有意撤換李善長，還曾經向劉基請教合適人選。
劉基說：“善長為元勳舊臣，能調和諸將，不宜驟換。”朱元璋道：“善長屢言卿短，卿乃替他說情麼?朕將令卿為右相。”劉基連忙頓首道：“臣實小材，何能任相?”可能劉基預料到在淮西集團當權的情況下，必然會受到排擠，故而堅決不肯任相職。朱元璋又問：“楊憲何如?”劉基答道：“憲有相材，無相器。”朱元璋又問：“汪廣洋如何?”劉基道：“器量褊淺，比憲不如。”太祖又問及胡惟庸，劉基連連搖頭道：“不可不可，區區小犢，一經重用，僨轅破犁，禍且不淺了。”朱元璋默然無言。但是後來朱元璋還是根據李善長的推薦，任用了善於逢迎的胡惟庸。劉基歎道：“惟庸得誌，必為民害。”胡惟庸得知後，便對劉基忌恨在心。不過，後來的事實證明，劉基的話還是有道理的。因李善長的提攜，胡惟庸於洪武六年，進入中書省，與汪廣洋同任右丞相，左丞相空缺。胡惟庸入相後，他的精明幹練很快得到朱元璋的賞識。這期間，胡惟庸還將自己的侄女嫁給了李善長的弟弟李存義的兒子李佑為妻，結成姻親，使得他與李善長的關係更進一步。有這樣的元老重臣為後盾，胡惟庸更加膽大妄為。加上李善長的舊屬們也極力幫助他，胡惟庸可謂如魚得水。由於他逢迎有術，漸得朱元璋寵任。到洪武十年，進左丞相，位居百官之首，獨攬丞相之權。
隨著權勢的不斷增大，胡惟庸日益驕橫跋扈，獨攬丞相大權，生殺黜陟，為所欲為。內外各司所上的奏章，胡惟庸必先取閱，對自己不利的，就隱匿不上報。他任意提拔、處罰官員，各地喜好鑽營熱衷仕進之徒、功臣武夫失意者，都奔走於他的門下，送給他的金帛、名馬、玩好，不計其數。胡惟庸一時間權傾朝野，許多人都看他臉色行事，敢怒不敢言。
對於異己者，胡惟庸必定會打擊報複。之前，因入相問題，胡惟庸就與劉基有過節。恰恰甌閩間有一片空地名叫談洋，一向為鹽梟占據，劉基奏請設巡檢司進行管轄，鹽梟不服，反而糾眾作亂。劉基的兒子劉璉將實情上奏，沒有事先向中書省報告。掌管中書省的胡惟庸認為劉基蔑視他，越加憤怒，於是唆使刑部尚書吳雲彈劾劉基，誣稱談洋有王氣，劉基想據為己有，用來修墓，應嚴加懲處。朱元璋便對劉基奪俸，劉基憂憤成疾，沒過多長時間就去世了。
大將軍徐達對胡惟庸的擅權亂政，深惡痛絕，便把他的劣跡上告朱元璋。誰知竟被胡惟庸聞知，忌恨在心，企圖誘使徐達家的守門人福壽謀害徐達。但因福壽揭發，未能得逞。可見胡惟庸氣量狹窄、心計毒辣。
對於胡惟庸的所作所為，朱元璋也略有察覺，對他的擅權更是感到不滿。洪武十二年九月，又有阻隔占城貢使一事發生，胡惟庸等人未及時引見占城貢使又與禮部互相推卸責任，朱元璋一怒之下，將他們盡行囚禁，不難看出，此時胡惟庸已經受到朱元璋的嚴重猜忌。就在這年十二月，又查出汪廣洋被賜死時，有個從死的妾陳氏，竟是獲罪後妻女並皆入官的陳知縣的女兒。朱元璋得知後，更為震怒，說道：“沒官婦女隻給功臣家，文臣何以得給?”敕令法司要徹底追查此事，因此從胡惟庸以至六部堂屬各官都難辭其咎、負有罪責。此時胡惟庸的地位已岌岌可危了。
在胡惟庸已明顯失寵的情況下，大概是揣度到朱元璋的心理，洪武十三年正月，禦史中丞塗節首先告胡惟庸謀反。朱元璋接到告變後，立即命廷臣進行審訊，隨即就把胡惟庸處死了。告變人塗節，也因朝臣參劾說他本來準備參加謀反，因事不成才告變，連同胡惟庸和另一主犯、曾與汪廣洋一同參劾李善長的禦史大夫陳寧，同時被殺。
朱元璋為何殺功臣藍玉
藍玉是洪武後期的主要將領，曾多次領兵打擊元朝殘餘勢力，為明朝統一中國起到了非常大的作用。可以說，他是明代的開國功臣，他的姐夫就是開平王常遇春，他開始就跟隨常遇春在軍中，而且非常地驍勇善戰。為此，作為姐夫的常遇春在朱元璋麵前少不了誇獎他，就這樣他很快得到了朱元璋的器重。
常遇春帶領明軍於洪武二年，北征開平，不幸在南歸途中暴死。當時東南和中原已被平定，但是北方廣大地區仍是北元勢力，甘寧一帶常與明廷發生戰爭，四川有夏的割據勢力，雲南梁王忠於北元，發誓至死也不投降明朝。
在這樣的政治形勢下，藍玉在洪武三年被擢為大都督府僉事，進入明朝最高軍政機構。第二年，朱元璋派傅友德、湯和領水陸軍討伐四川，藍玉隨傅友德同行，經過幾戰，夏主明升投降，元末形成的最後一個割據勢力很快也就被平定了。
而此時，擴廓帖木兒也就是王保保，在元末政治軍事舞台上扮演重要角色的，這時已退入西北，徐達曾和他進行過激烈戰鬥，但並沒有打敗他，所以新建立的明朝此時就受到了西北方麵的威脅。朱元璋為此十分焦急，於是想盡一切辦法進行平複。
於是，在這樣的形勢下，朱元璋於洪武五年派徐達、李文忠、馮勝統兵去討伐，徐達出中路，都督藍玉為前鋒。在山西境內打敗了擴廓部遊騎於野馬川，又於土剌河(今蒙古人民共和國境內土拉河)打敗了王保保，開戰就出奇製勝，為明軍奪取了主動地位。沒想到之後，王保保竟然於嶺北退拒明軍，明軍再攻就大敗而歸，士兵死傷上萬人，無奈之下，隻好退兵。
但是對於這場戰役，朱元璋和藍玉都有不服，於是兩年以後，朱元璋再派藍玉領兵北擊，攻下興和(元路名，治所在今張北，轄區相當今河北張北、懷安，山西天鎮，內蒙古集寧市之間地)，俘獲了一些北元的重要人物，又是初戰得勝。
但是，明軍不知道，這次戰爭又是隻解近憂，未能遠略。擴廓帖木兒死去後，從西北方麵對明構成的威脅基本消除。於是藍玉又在洪武二十年，以征虜左將軍的官銜跟隨大將軍馮勝征伐。在這時，馮勝卻犯了大錯，此時徐達、常遇春都已經去世了，於是藍玉就代替馮勝為大將軍。第二年，他又率軍攻伐蒙古，一直打到了捕魚兒海。北元的頭子脫古思帖木兒，隻帶了幾十騎逃跑了，藍玉獲得巨大戰功，於是等他回來後成了明後期的軍中大將，並被朱元璋封為涼國公。
在這次戰役中，藍玉功不可沒，朝廷中人人對他敬重，當時他自己卻一點兒也不謙遜，開始驕傲放縱起來。從這時開始，他私下裏養了數千死士，欺壓百姓甚至官員。軍中大小將校一律自行任免，把朱元璋的命令隻當耳邊風，依然我行我素。
一次，他私自搶占了東昌府農民的田地，百姓向禦史告狀。禦史依法來提藍玉去受審，藍玉竟然一頓亂棍把禦史打跑了。此外，他還叫家人去雲南買賣私鹽，在這過程中居然枉殺了五個百姓。對於藍玉的所作所為，朱元璋了如指掌。但是藍玉對此一無所知，甚至還對自己位居傅友德和馮勝之下感到氣憤，屢次提意見，都被朱元璋駁回，心裏更是壓火。但是一個事實是無法否定的，就是他確實能打仗，在軍中威望很高，雖然飛揚跋扈了一些，朱元璋也就稍稍寬容了點兒。現在皇太子死了，藍玉的存在就成了一種威脅，不能不對他下手了。
終於有一天，事情發生了。洪武二十六年(1393年)，錦衣衛向朱元璋報告說藍玉謀反。探聽到藍玉打算和景川侯曹震等人在朱元璋出去籍田時發動政變。朱元璋知道後勃然大怒，立刻把藍玉抓進大牢審訊，朱元璋暗中授意，借藍玉一案把淮西集團中的武力打掃幹淨，結果是幾乎把軍中勇武的將官差不多殺了個片甲不留，甚至包括一些主要的人物，這其中有吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文，開國公常升、景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、東莞伯何榮、善定侯陳桓、宣寧侯曹泰、會寧侯張溫、懷遠侯曹興、西涼侯濮興、東平侯韓勳、全寧侯孫恪、沈陽侯察罕、徽先伯桑敬，全被株連殺掉，除此之外，朱元璋又殺了軍中猛士及黨羽共有一萬五千多人。當時在朝廷中引起了非常大的轟動。
朱元璋殺了這麼多人，不免有被冤枉致死的，於是為了顯得名正言順，特地下了一道詔書，頒布了《逆臣錄》。實際上，藍玉驕橫跋扈，咎由自取，死也怪不得別人，但是株連的人當中有不少是無辜的，這點朱元璋心裏也很明白，隻是出於保護自己的地位的目的不得不下手而已。
由此，朱元璋為了避免引起不必要的怨憤，他讓人羅織的罪名也很多，而且花樣百出，但是其中漏洞也很大。一個名叫蔣富的招供說藍玉出征回來，請他吃飯，在酒席上藍玉對他說：“老蔣，你是我的舊人，我有句話對你說，不要走了消息。如今我要謀大事，已經與眾頭目都商量定了。你回去在家打聽著，若下手時你便來討分曉，日後也抬舉你一步。”
這不免讓人懷疑，蔣富是什麼人呢？為什麼藍玉要對他講這些忤逆的話呢？蔣富隻是藍玉家的打魚人。可笑的是，藍玉意圖謀逆，怎麼會跟這樣的人說呢？何況，藍玉多次統兵，自然知道什麼樣的人有用，怎麼會對這些無關大局的小人物隨便透露消息呢？說藍玉謀反可能確實有這事實，但是羅織的這些無稽的證據卻有些令人啼笑皆非。
但是朱元璋不管這些，他的目的是鏟除軍中的不法勢力，藍玉不過是個幌子而已。無奈，藍玉首先被抓住了把柄，那麼其他人也因為他受到了很大牽連，當時即使沒有藍玉，朱元璋也會另外找一個“藍玉”，總之，問題不在於由誰引發的，關鍵是，在這樣的形勢下，誅殺大臣是朱元璋遲早要幹的事情。
方孝孺為何被滅十族
方孝孺的父親方克勤任寧海縣學訓導(即縣學校的老師)。方孝孺自幼聰慧，讀書過目不忘，善作詩作文，人奇其才，被稱為“小韓子”。洪武四年(1371年)，方克勤出任山東濟寧知府，於是方孝孺隨父北上濟寧。
之後，方孝孺拜著名學者宋濂為師，宋濂為明代開國元勳，是江南第一大儒，以“仁政”為理想，主張恢複古代的禮樂，以德治國，反對嗜殺。當時宋濂門下，學子如雲，如胡翰、蘇伯衡等，皆為學界名流，但與方孝孺相比，則相形見絀，都自愧不如。宋濂也非常器重孝孺，曾把他比作“百鳥中之孤鳳”。
方孝孺洪武九年(1376年)“空印案”發生了，方克勤雖一向清廉守法，蜚聲政績，也牽連被誅。洪武十三年，胡惟庸案起，宋濂也受牽連而不能幸免。父親、老師均慘遭變故，對方孝孺產生極大影響，使他逐漸形成一套以提倡仁政、反對暴政為核心的政治主張。
經東閣大學士吳沉等人推薦，26歲的方孝孺於洪武十五年來到南京，受到明太祖朱元璋的召見。明太祖見他舉止端莊、學問深厚，稱讚他是個不可多得的人才。但由於他力主施行仁政，誌存教化，與朱元璋重典治國的政治主張相差甚遠，太祖並未啟用他，隻是對皇太子說“現在還不是用他的時候”，於是厚禮相待，遣返歸鄉。
對於方孝孺而言，身懷匡世之才而無用武之地，實在是件憾事。此後十年，他隻得隱居在家，把心血都放在著書立說上，著有《周易考次》、《宋史要言》等。他雖然生活清苦，貧病交加，甚至連日斷炊，仍然奮筆不輟。一直到洪武二十五年(1392年)，經人再次推薦，朱元璋才讓他擔任陝西漢中府學教授。
洪武三十一年，朱元璋病逝，朱允炆即位，懷抱“明王道、致太平”誌向的方孝孺，終於在年輕皇帝朱允炆那裏尋找到了實現理想的機遇。
建文帝崇尚儒家仁政之說，有意結束其祖父尚武的政風，確定新年號為“建文”，與祖父“洪武”剛好形成鮮明的對照。
當時，齊泰、黃子澄、方孝孺等飽讀詩書的才子都受到重用。建文帝的治國措施與方孝孺的仁政主張相投合，方孝孺更是受到建文帝的青睞，先任翰林侍講，後遷文學博士，日侍建文帝左右。
不久後，在方孝孺的輔佐下，建文帝大力著手改革，史稱“建文新政”。他們崇尚禮教，銳意文治；廢除嚴刑峻法，大赦疑獄。同時又采取重農桑，興學校，賑濟災民，蠲免荒田租等與民休養生息的措施，使國家呈現一派祥和的景象。時人讚歎，建文時，法網疏闊，道不拾遺，士風樸茂，尚義者多。
然而，建文帝在安定的生活中成長，接受的是儒家學說的熏陶，缺少對現實的了解，而且他所重用的大臣也多是讀書人，因此改革中難免有理想主義色彩。他接受方孝孺的建議，在詔行寬政的同時，銳意複古，甚至要恢複西周時期的井田製度。他還使用一些《周禮》中的官名，依古製改革某些官職。複古這些製度是沒有任何現實意義的。從這一點我們不難發現，建文集團過重的文人氣息，成為他最後失國的一個主要原因。
這種對實現政治理想的渴望與對知遇之恩的感戴，使方孝孺無論從情感還是理念上都把建文帝視為千古一遇的聖主，並將自己的命運與之緊緊地聯係在一起。就此一點而言，在後來的靖難之役中，他是決不可能降於成祖朱棣的。
朱棣起兵時，他的謀士姚廣孝曾對朱棣說：“臣有所托。”朱棣問：“何為?”姚廣孝答道：“南有方孝孺者，素有學行，武成之日，必不降附，請勿殺之，殺之則天下讀書種子絕矣。”朱棣頷首答應。朱棣占領南京後，方孝孺果然不肯歸附。因姚廣孝事先囑托過，朱棣沒有殺他，而是將他投入獄中。
對於方孝孺的文品，朱棣也很敬重。幾天後，朱棣準備即位時，便想請方孝孺為他擬登基詔書，同時也希望利用方孝孺的名氣為天下士人樹立一個歸順的榜樣，所以朱棣屢次派人到獄中向方孝孺招降。方孝孺堅決不從，朱棣又派方孝孺的學生廖鏞、廖銘二人前去勸說，反遭到方孝孺的一頓痛斥。
無奈之下，朱棣隻好派人強行押解方孝孺上殿，但是方孝孺穿著一身斬衰(古代喪服按生者和死者關係，分為五等，斬衰最重)，一進來就大哭不已。朱棣即命錦衣衛強行撕去方孝孺的喪服，換上朝服。
朱棣強壓怒火，親自勸解方孝孺，破例為他沒座，並起身勸慰道：“先生不要難過了!朕本來是要效法周公輔佐成王的。”方孝孺立即反問道：“成王在哪裏?”朱棣說：“他自焚死了。”方孝孺再問道：“為什麼不立成王的兒子當皇帝?”朱棣說：“國家要依賴年長的君主來治理。”方孝孺進一步逼問道：“那為什麼不立成王的弟弟?”
朱棣無法回答，隻好搪塞道：“這是朕的家事，先生不必過多操勞。”遂暗示左右，強行將筆塞給方孝孺，命道：“詔天下草，非先生不可。”方孝孺接過筆，奮筆疾書“燕賊篡位”四個字，投筆於地，放聲大哭，且哭且說：“死即死，詔不可草。”朱棣發怒道：“你難道不顧你的九族嗎?”方孝孺憤然回答道：“便十族奈何!”罵叱聲越來越大。朱棣大怒，命人將方孝孺的嘴割開，從嘴角一直割到耳朵。方孝孺滿臉是血，仍然痛罵不絕。朱棣厲聲道：“豈能讓你如此痛快地死，當滅你十族!”
於是，朱棣一麵命人繼續將方孝孺關押獄中，一麵搜捕其親戚家屬等人，以及他的學生，算作十族，押解至京，當著方孝孺的麵，一個一個殺戮。每殺一個追問一聲是否回心轉意。方孝孺強忍悲痛，始終不屈服於朱棣的淫威。當弟弟方孝友被押到時，方孝孺看著因受自己牽累而行將就戮的弟弟，不覺淚如雨下。方孝友從容吟詩一首，寬慰方孝孺：
阿哥何必淚潸潸，取義成仁在此間。
華表柱頭千載後，旅魂依舊到家山。
方孝孺也做絕命詞一首：
天降亂離兮孰知其由?奸臣得計兮謀國用猷。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求?嗚呼哀哉兮庶不我尤!
方孝孺被押到南京城聚寶門外磔死，遇難時年僅48歲。明代曆史地理學家王士性曾評價道：“自古節義之盛無過此一時者。”清代學者齊周華也認為：“靖難受禍慘烈者，亦莫若孝孺，無論知與不知，無不義而悲之。”老南京相傳明宮午朝門內丹墀上的血跡石，即為方孝孺頸血所濺而成，雨後看血跡石，血色鮮紅欲滴，嗅之似猶有血腥味!
方孝孺的妻子和兩個兒子上吊自殺，兩個女兒年未及笄，一齊投秦淮河自盡，受他牽連被殺的有八百七十三人，入獄和充軍流放者達數千，當時的恐怖氣氛可見一斑。
曆來株連也不過是滅三族，誅九族已經很恐怖，燕王還要滅十族，其野蠻、殘暴由此可見。以至於清初史家穀應泰這樣歎道：“嗟乎!暴秦之法，罪止三族；強漢之律，不過五宗……世謂天道好還，而人命至重，遂可滅絕至此乎!”
“仁政”理想是一種極為普遍的群體意識，江南又是當時最大的文人淵藪，名儒輩出。在洪武政治下，他們所遭受的打擊，比之其他地區的士人更為酷烈。當時的著名詩人高啟、張羽、楊基諸人均被迫害致死，甚至連開國功臣劉基也最終鬱鬱而死，正如解縉在為太祖所上封事中所說：“國初至今，將二十載，無幾時不變之法，無一日無過之人。”
這是一個政治穩定的時代，同時也是一個令人窒息的時代，政治氣氛異常凝重，文武大臣人人自危。生活在此一時代的士人，他們所擁有的隻能是惴惴不安的畏禍避害心理，而不可能有扭轉乾坤的守道抗勢壯誌。
朱棣為什麼要派遣鄭和七下西洋
明永樂三年的一天，在“天下第一港”江蘇太倉劉家港碼頭，聚集了很多的人，當時的場麵熱鬧非凡。因為，世界上第一支由兩百餘艘艦船和兩萬七千八百多名官兵組成的龐大船隊正待出發，桅杆如林、風帆如雲、氣勢磅礴。
此時，身為“欽差總兵正使”的太監鄭和本著宣揚國威、“懷柔四夷”、“和順萬邦”的宗旨，在明成祖朱棣的旨意下，即將率領著這支龐大船隊進行一次史無前例的遠洋航行。這支船隊將泛海南下到福建的長樂候風，等到冬天東北季風吹起、雲帆交掛時，才正式向“西洋”進發。之後，鄭和又幾次下西洋，對明朝和世界其他國家的交流起到了非常大的作用。
在當時封閉的年代裏，鄭和七次下西洋，開辟了亞非的洲際航線，到達了三十多個國家、地區，船隊規模之大，航程之遠，持續時間之久，在人類曆史上都前所未有，可以說是開拓萬古之旅。這在當時世界上也是非常受人關注的。
鄭和第一次下西洋，比哥倫布首航美洲早八十七年，比達·伽馬開辟東方新航路早九十三年，比麥哲倫從美洲航行到菲律賓早一百一十六年。美國《百科全書》“鄭和”條這樣寫著：“15世紀初期的中國將領鄭和，幾乎於葡萄牙人乘船繞過非洲抵達印度一百年前，就率領海軍對印度洋做過七次遠征。”鄭和七下西洋的壯舉，在世界航海史上都屬於奇跡。六百周年後，由於這一天的特殊意義，7月11日被定為中國的“航海日”。也是表達了中國人對他的崇敬和驕傲之情。
鄭和於公元1433年逝世。在一個盛夏炎熱的傍晚，遠洋船隊靜靜地駛入太倉劉家港，明宣宗詔令：停止“下西洋諸番國寶船”、停止“各處修造下番海船”……寶船從此就停泊在那個曾經熱鬧異常的港灣裏，大明帝國輝煌一時的遠航戛然而止。
但是這次曆史上最為壯觀的七下西洋卻留給人們無窮的思索，明成祖朱棣為什麼要派遣鄭和七下西洋?如此大規模的船隊，如何進行遠航的呢？為什麼如此龐大規模的航海活動、航海貿易隨著鄭和的故去就戛然而止呢？既然已經擁有如此龐大的艦隊，為什麼晚明和清朝時的海軍麵對入侵者卻不堪一擊？為什麼明成祖朱棣會派遣一個太監鄭和下西洋？