在當時，關於這些問題有很多版本的傳說，流傳最廣的解釋是為了尋找失蹤的建文帝。明惠帝也就是建文帝朱允炆，繼承了祖父朱元璋的皇位，成為明朝第二代皇帝。但是朱允炆僅做了四年皇帝，便被他的叔叔朱棣給取代了。
之後發生了“靖難之變”，當時宮中一場大火，使得建文帝的下落成了一個謎，有人說他自焚了，也有人說他逃匿當了和尚，還有人說他跑到了海外，總之是真正原因是什麼人們對此有很多的猜測。
無論人們對此都做了哪些設想，但是一個不可編造的事實是，明成祖對於建文帝的失蹤，一直耿耿於懷，聽說建文帝有可能流落海外，明成祖就動了到海外尋找的心思，於是便有了鄭和下西洋的壯舉。然而，當明成祖得知建文帝在雲南一帶活動後，這個疑問實際已經消除了。因此明成祖幾次三番去海外探尋其下落的說法並沒有太多事實的根據，聽起來也有些荒謬。
從另一個方麵來講，尋找惠帝如果是假的，那麼向海外顯示當時中國的強大與富強，與此同時溝通彼此往來確實有著一定的事實依據和道理。當時的明朝，是世界上最富強的帝國。在大明朝的東南，是汪洋一片以及一些半開化未開化的島嶼。西北原是帖木耳大帝的領土，帖木耳曾一度希望遠征中國，但未能如願。帖木耳去世後，他的繼任者勢力遠不如前，已重新向明朝遣使朝貢。這些都為明朝的強大又提供了很多的有利因素。
與此同時，和明朝同處一個時間的西方的歐洲戰亂不斷，瘟疫流行。印度也已衰落近千年。此時，世界上沒有哪個國家哪種勢力可與大明帝國爭鋒。明成祖統治下的明帝國無論在經濟實力，還是在軍事技術方麵，都占有絕對的優勢。此時農業發展，手工業也有了長足的進步。礦冶、紡織、陶瓷興盛；造船業，包括羅盤針的使用、航海水手的培養等，都達到了一個相當高的水平。明成祖朱棣又是一位頗具雄才大略的皇帝，揚威海外、誇示富強、樹立聲望的行動，也是早晚的事情。
明成祖為了宣揚國威，還專門詔示：“今遣鄭和賚敕普諭朕意，爾等隻順天道，恪守朕言，順理安分，勿得違越，不可欺寡，不可淩弱，庶幾共享太平之福。若有虜誠來朝，鹹錫皆賞。”明成祖之所以能選中鄭和，除了認為他勇敢、機靈、有膽略之外，還因為鄭和本身是伊斯蘭教徒，有利於同西洋各地的教徒進行交往，以實現敦睦外交的願望。那麼，其實也還有另外一個非常重要的原因就是，鄭和當時身為宮廷內官，懂得鑒賞一些非常名貴的珍寶，派他出去，也可以為明皇室從海外采購奇珍異寶。由此可見，明成祖讓鄭和下西洋並不是隨意派一個人去的，而是經過多方麵考究的。
隨著鄭和下西洋的順利進行，明成祖的理念也得到了廣泛傳播。同行的馬歡在《紀行詩》中說：“皇華使者承天敕，宣布綸音往夷域。鯨舟吼浪泛滄溟，遠涉洪濤渺無極。”鄭和在七下西洋的二十八年中，推行的都是“和平外交”政策，真正意義上的戰爭僅有在錫蘭(今斯裏蘭卡)的一次，那也是在被迫無奈情況下進行的防衛性還擊，不是真正意義上自己所情願做的事情。
鄭和船隊每到一個地方，做的第一件事就是“開讀賞賜”——宣讀大明皇帝的敕諭，是為“宣教化”，包括“頒中華正朔，宣敷文教”。所謂“正朔”即中國曆法，還包括中國人民對季節、氣候的認識和倫理道德、禮儀習俗等。
從客觀上來講，大航海對外傳播了中華文明，輸出先進的科學技術，為世界文明的進步做出了巨大貢獻。鄭和遠航，“寶船”帶往各國的，都是華夏文明瑰寶，無論絲綢、瓷器、藥材、工藝品、金屬器物等，都十分精良，堪稱極品。鄭和的船隊把它們帶到了三十多個國家，對促進各國的文明以及當地經濟的發展都有著深遠的影響。現在在海外還流傳許多鄭和的故事，在馬來西亞有三保山、三保井，印尼有三保壟、三保廟，很多地方都保留下了鄭和的遺跡，以表達當地人民對這位傳播中華文明的偉大人物的崇敬和懷念之情。
對於當時明朝的統治，更為重要的是鄭和的遠航帶來朝貢的繁榮，當時各國來明使臣絡繹不絕，以求得到明朝的庇護，同時還可以得到豐厚的賞賜。據史料統計，明成祖在位的二十二年中，與鄭和下西洋有關的亞非國家使節來華共三百一十八次，最多的一次有十幾個國家的朝貢使團同時來華，出現了“諸番臣充斥於廷”的盛況。
除此之外，勃泥(今文萊)、滿剌加、蘇祿(今菲律賓蘇祿群島)、古麻剌朗(今屬菲律賓)等國的國王甚至親自率團前來，這在之前的朝代是沒有發生過的事情。另外，明朝的接待極為隆重，賞賜豐厚。據史書記載，永樂二十二年(1424年)三月，滿剌加國王率團來華回國時，明成祖在玄武門沒宴餞行，賜予金百兩、銀五百兩、鈔三萬多錠、錦六段、彩緞五十八表裏、紗羅各二十二匹、綾四十六匹、錦五百多匹、綿布三百多匹、織金羅衣一襲、素羅衣十三襲；賜王妃素羅衣十二襲、絹女衣十七襲，賜其隨從衣物不等。
對於其他國家的來使而言，這樣隆重的接待和豐厚的賞賜，使得異域各國對明帝國都心悅誠服，有的使臣甚至願意長留於此。勃泥(今文萊）國王麻那惹加那乃，就在訪問期間因病客死中國，臨終上表，願“體魄托葬中華”，從中我們就可以看出這些人對中華禮儀文明的景仰。
明成祖對待這些人也非常的厚重，他以王禮將他葬於南京城南石子崗。永樂十五年(1417年)，蘇祿國(在今菲律賓蘇祿群島)東王、西王和峒王率家眷官員三百四十多人來訪。返程時，途經山東德州，東王不幸染病身亡。明成祖命在德州北部擇地將他厚葬，還親書石碑。
明成祖去世後，繼承他的宣宗在宣德五年(1430年)給鄭和的“往諭諸番國”的詔書上也說：“茲特遣太監鄭和、王景弘等齎詔往諭，其各敬順天道，撫輯人民，以共享太平之福。”仍然在貫徹成祖的旨意“宣教化於海外諸番國”。並且就在這年，鄭和船隊從福建長樂泛海南下時，特地在長樂南山寺立了一塊碑，在碑文中寫道“宣德化而柔遠人”，這表明了下西洋的偉大意義。
鄭和率領著大明朝的船隊帶著“宣教化於海外諸番國”、“示中國富強”的目的，揚帆南下，出現在從南中國海到印度洋的廣闊海域。世界南方海域從未出現過如此壯麗的景象：上百艘大船人字形排開，上千麵帆張起，旌旗招展，異常絢爛。隻有一個富強的帝國，才能支持這樣盛大的遠航！隻有憑借先進的造船技術和航海技術，充足的食物補給，這樣遠航才能順利地進行下去。
那麼，鄭和遠航為什麼在這樣苛刻的條件下能順利進行？因為他所處的時代，中國科技成就達到了一個頂峰。著名鄭和研究專家鄭一鈞指出，鄭和船隊的造船術和航海術，在當時世界上處於領先地位。宋、元兩代的造船技術和造船能力，已經為明初造船業的鼎盛奠定了基礎。
到了北宋初年，已設有專門的造船機構，名曰“造船務”，當時就可造“樓船百艘”。除了樓船外，還有各種各樣的戰船，車船也得到廣泛使用。當時海商船大小不等，大的可載五六百人，小的叫“鑽風”，有“八櫓”或“六櫓”，可載百餘人。從南海出發的遠洋巨船“浮海而南，舟如巨室，帆若重天之雲，舵長數丈，一舟數百人，中積一年糧……”特別的壯觀。
鄭和故裏亭
在明朝之前的宋代，遠洋海船向西已溝通了直達紅海和東非的亞非航線，向東對日、朝的航線也有進一步發展。元代的造船業在宋代的基礎上繼續發展，技術日趨成熟。元朝至元二十二年(1285年)為濟州河運糧，一次造船三千艘，造船能力之強，從中我們就可以看的出來。
意大利人馬可·波羅曾經說，在黃河入海口見到“有屬於大汗之船舶，逾一萬五千艘”，他估計長江“每年溯江而上之船舶，至少有二十萬艘”。至元二十八年(1291年)，忽必烈送公主遠嫁波斯，“命備船十三艘，每艘具四桅，可張十二帆”。
到了明朝初期，造船務屬中央政府的工部都水司，在長江中下遊和東南沿海各衛都設有造船和修船的船廠，其中規模最大的為南京的龍江船廠和直隸的清江船廠，也是鄭和下西洋大型遠洋船的主要製造地。
總的來說，鄭和船隊先進的航海技術，在當時世界上算是一流的。而且當時鄭和船隊的天文航海術與漢代以來單純的占星法不同，已由海上對星象的占驗發展為一整套“過洋牽星”的航海術。這些都為鄭和能夠順利的下西洋準備了充足的條件。可見，當時明朝的政治經濟和文化狀況已經十分的先進了。
沈萬三真是富可敵國嗎
萬曆年間刊行的《金瓶梅詞話》裏，潘金蓮一再嚷嚷的一句話，令人印象深刻：“南京的沈萬三，北京的枯柳樹，人的名兒，樹的影兒。”此話的意思是說，任何事情都是客觀存在的，正像南京沈萬三有名氣，北京枯柳樹有影子，想要掩蓋也掩蓋不了。沈萬三真可說是名播大江南北，婦孺皆知。沈萬三的發跡極富有傳奇色彩，從一個普通的自耕農，在元末明初迅速成為江南乃至於天下首富，擁有億萬家財。更具有撲朔迷離意味的是，沈氏的衰落也如他早年發跡一樣，於倏忽之間便山塌冰崩，家破人亡。如此傳奇的經曆使沈萬三的一生籠罩著一種神秘的色彩，他到底是一個怎麼樣的人?他是如何搖身變為天下首富的呢?他又是如何衰敗的呢?
沈萬三原名沈富，字仲榮。人們稱他“沈萬三”，是因為他太有錢，是富甲一方的大富豪的緣故。明朝初年沿襲元朝的製度，將百姓分為奇、畸、郎、官、秀五等，秀為最上等，“秀”中又按照財產再分等次，“富者，謂之萬戶”，沈富在“萬戶”中排在第三等，所以大家把富有的沈萬三稱為“萬戶三秀”，簡稱沈萬三，這個名字後來竟然取代了沈富這個真名，廣為人知。
沈萬三自幼隨父兄流落到蘇州長洲，居於東蔡村，以墾荒為業。經過數十年的苦心經營，沈家已成為當地擁有相當數量土地的富戶。當然，僅隻如許土地，顯然尚不足以讓沈萬三富甲天下，因此，沈萬三的發家史便成為一個難解的謎。最具傳奇色彩、也是流傳最廣泛的說法，當屬“聚寶盆”一說。說是沈萬三貧時，見一農夫攜蛙百餘，他便好心買來放生。哪知第二天，他看見眾蛙聚在一個瓦盆內沒有散去，於是將瓦盆帶回家，用來洗手。一次，他妻子洗手時不慎將一支銀釵掉在盆中，不料銀釵一變二、二變四，不一會兒已是滿滿一盆，沈萬三由是富甲天下。傳說南京中華門的古稱聚寶門的名稱也源出於此。也有稱沈萬三會“點金術”，能夠點物成金，因此黃金源源不斷。另外還有分財說，元代吳江一帶有一個名叫陸德源的富家，沈萬三為他管賬治財。後來陸看破紅塵，離家出遊，將萬貫家財拱手送給沈萬三，沈萬三由此一躍成為“江南富族”。此外，還有沈萬三由漁翁而得烏鴉石或馬蹄金等傳說，都非常神奇。
沈萬三的致富似乎並沒有什麼違法行為。沈萬三大概也明白樹大招風的道理，所以想主動報效以保平安。明洪武六年(1373年)前後，當他得知京師(今南京)要築城牆，就主動承擔三分之一的費用，修築洪武門至水西門一帶城牆，還向朱元璋進貢了龍角，並獻有白金二千錠、黃金二百斤、甲士十人、甲馬十匹，同時在南京建造了廊廡一千六百五十四楹、酒樓四座。此外，沈萬三甚至還表示願意捐資犒賞軍士。誰知朱元璋大發雷霆，要將沈萬三處死，一個平民百姓竟敢勞軍，這不是要造反嗎?幸虧馬皇後勸阻：“我聽說法律隻殺違法的，不殺不吉祥的。沈萬三一介平民卻富可敵國，是他自己不吉祥，這種人老天爺會降下災禍，何必由陛下去殺呢?”朱元璋這才免他一死，發配雲南。財產自然全部被查抄，據說光田地就有數千頃。雖然此時朱元璋沒有立刻誅殺沈萬三，但是他鏟除沈萬三的決心已經難以改變了。沈萬三可以說是馬屁拍在馬腳上，他在想用巨資討好朱元璋的時候，卻沒想到他的富可敵國的巨額家財也會給他帶來殺身之禍。
沈萬三在發配雲南後，不久就客死他鄉。不過，沈萬三的最終結局如何，曆史上有許多不同的記載，有人說沈萬三因為修築蘇州街用茅石為心，被朱元璋認為有異謀，結果將沈萬三殺了；也有人說沈萬三意識到情況不妙，逃到嶺南去了。因此沈萬三的結局究竟如何，還是一個謎。但是，沈萬三的家庭隨著沈萬三的倒台也迅速衰敗了。其子被充軍遼西，其女婿顧學文，因和一個女子偷情，莫名其妙地被牽扯到藍玉案中，致使沈家幾乎滿門抄斬。
沈萬三一代巨富，他的崛起之快，成為千古謎案，讓後人疑雲重重，而他的衰敗之速，也讓後人感歎不已。
張居正為何在死後被清算
張居正堪稱有明一代權力最大的內閣首輔，張居正本人曾對人說：“我非相，乃攝也。”所謂“攝”，就是攝政，是代皇帝執政，顯然張居正自己也認為，他的權力超出一般的內閣首輔。然而令人費解的是，如此功勳卓著的張居正卻在屍骨未寒之際成為朝野攻訐的對象，最後落得個抄家封門的下場。人們不禁要問，為什麼張居正死後會出現這樣的結局?
張居正，字叔大，號太嶽，出身於湖廣江陵(今湖北荊州)，祖上並無太顯赫的人。但他小時就顯得異常聰穎，5歲入學，10歲就通六經，有“神童”之稱。13歲曾做《詠竹》詩：“綠遍瀟湘外，疏林玉露寒；鳳毛叢勁節，隻上盡頭竿。”顯示了他非凡的誌向。16歲中舉。當時任湖廣巡撫的顧璘，欣喜地解下犀帶相贈，並鼓勵這位少年英才：“以後你是要佩玉帶的，犀帶還不足以匹配呢!”嘉靖二十六年，張居正成為進士，入選翰林院庶吉士，從此步入了政治生涯。
明朝的專製製度是以往任何一個王朝無法比擬的，明太祖朱元璋這位“遊方僧”出身的皇帝，對權力有著過分的偏執，炮製了胡惟庸案，廢除了宰相，將所有的權力都集中在皇帝一人手中，事無巨細，均由皇帝一人說了算，再也不用受相權的節製了。但是由於政務過於繁重，又不得不設內閣作為皇帝的秘書機構，作為顧問。驕奢淫逸的生活方式，使得後期的皇帝雖握有權柄，卻懶得打理政事。明中葉後，皇帝不上朝，幾乎成了家常便飯。明世宗由於不滿朝臣的“大禮議”，幹脆呆在內宮，求仙煉道，三十年不理朝政。隨後的穆宗，更是極少審批公文，遇著朝廷大事，聽任群臣爭議，當時竟有人誤以為他是啞巴。皇帝長期不理政事，權力自然就落到內閣大臣身上了，誰任首輔，誰就能主政。嘉靖、隆慶之際，對於首輔的爭奪，可以說是充滿了刀光劍影，內閣首輔的任免像走馬燈一樣，徐階推倒了嚴嵩，李春芳取代了徐階，高拱又擊敗了李春芳。這一切張居正都看在眼裏，對於朝政的紛亂，他曾給穆宗上《陳六事疏》，主張“省議論，振紀綱，重詔令，核名實，固邦本，飭武備”。此時他才剛剛入閣，隻是裕王府的一個講師，空有一腔濟世之心，卻無法實施。
明神宗從小生活在裕王府，自出生後就備受冷落，與母親相依為命。穆宗去世後，10歲的明神宗登上皇位，年幼的他尚需要有人輔佐，母親慈聖太後一直教導要聽從先生張居正的話，神宗都一一遵照執行。
張居正是一位嚴師，在教育皇帝上盡職盡責，為皇帝講《大學》、《尚書》，又專門講解《帝鑒圖說》。鑒於前朝皇帝在生活上的奢侈糜爛，張居正屢屢教導小皇帝要節財用，宮中一切用度、服飾、賞賜、布施都要節省。明神宗對於這位老師，十分親近和尊崇，天冷的時候，賜“先生”坐墊，天熱的時候，為“先生”擦汗。在張居正的向學、愛民、節儉、勤政的教導下，明神宗在13歲時，還專門做了一塊牙牌，刻著“謹出入，慎起居，節飲食，收放心，存敬長，納忠言，節財用”，來激勵督促自己。在政事方麵更是處處依賴這位首輔，諸事都由他去處理。
萬曆四年(1576年)，有一次講讀完了，明神宗拿起自己穿的袍子問張居正是什麼顏色，張居正說是青色。皇帝便說，這袍子本來是紫色的，穿久退色就成了青色。誰知張居正便板起麵孔勸誡道：“既然袍子容易退色，就要少做，皇上節省一節衣服，可以使民間數十人不受寒。如果輕製衣服，則民間有數十人就要受寒呢，要顧念百姓呀。”明神宗對這位首輔真是又敬又怕。
萬曆六年(1578年)，皇帝結婚後，他的母親李太後就不再跟他住在一起了，神宗的生活稍微自由了一點兒，但張居正的約束依然存在，動不動就要求皇帝以古聖賢為榜樣，遵循祖製，效法祖宗勤政愛民。皇帝一天天長大，不久也將為人父，宮中的用度也開始增加。宮中的金花銀按慣例每年應由戶部送進一百萬兩，到萬曆六年，已增加為一百二十萬兩了。萬曆七年，神宗還是覺得不滿足，又要增加。張居正諫阻皇帝要節儉開支，神宗隻好讓戶部鑄錢，供內庫使用。隨意鑄錢，肯定會導致通貨膨脹。張居正又一次上疏，請求罷止鑄錢。神宗得疏後，隻好聽從。言官請求停罷蘇鬆織造，皇上不聽，張居正便疏請，於是減少了大半。皇上想修武英殿，張居正說費用太靡，於是隻好停罷。由於張居正對神宗生活節用的嚴格控製，其嚴厲程度有時幾乎不近人情，使得明神宗在早年偶爾要賞賜宮中下人都要登記在賬上以後再兌現。
萬曆七年(1579年)，皇帝命內閣擬旨晉封自己的嶽父王偉為永年伯，兩年後又命令內閣擬旨將王偉的弟弟、兒子晉封爵位，要求世襲。張居正引用祖宗對外戚封爵的先例，在外戚官職世襲待遇上堅持不能破例，這當然使皇帝非常不快。張居正不僅得罪了皇帝，也得罪了整個皇家外戚集團，這必然會付出慘重的代價。如果說神宗早些時在張居正麵前還是個孩子的話，那麼隨著他一天天長大，這種長時間受壓抑的逆反心理也會一天天膨脹，直至張居正突然去世後，便會老賬新賬一起算。
如果張居正和他的同僚們能做到以身作則，或許明神宗還可網開一麵。然而，在明神宗的教育上，他們隻對其言傳卻無法做到身教。張居正時刻教導皇帝要熟知四書五經和先賢聖人的為政之道，效法祖宗，善於納諫，要以天下為重，節儉財用，讓年幼的明神宗克勤克儉。但張居正本人卻手握權柄，把持朝政，打擊異己，受賄斂財。據說，他為得到馮保的支持，送馮保厚禮，有名琴七張、夜明珠九顆、珍珠簾五副、金三萬兩、銀二十萬兩，其他珍玩不計。張居正月俸才八十七石米，收入微薄，這樣的厚禮從何而來?據說張居正善於斂財。嚴嵩被抄家時，十分之九的財產進入宮中，後又佚出，大半落入宗室朱忠僖家，“而其最精者十二歸江陵”，“江陵受他饋遺亦如之，然不能當分宜之半計”。當然此話的可信程度是頗值得懷疑的，後來神宗下旨查抄張府的結果表明，張居正的財產顯然難與嚴嵩、馮保相比，“不能當分宜之半”的誇張說法也有點兒離譜，但從查抄清單來看，張居正為官談不上清廉，並非兩袖清風如海瑞之類，卻是事實。
據說張居正在江陵老家有一座豪華的府第，曆時三年才建成，耗資達二十萬兩銀子，而張居正自己拿出來的還不到十分之一，其餘的費用則全部出於國庫。他還在京師建造了一座同樣豪華的官邸，據目擊者說，“其壯麗不減王公”，他死後，這座建築改為京師全楚會館，可見規模之大非一般住宅可比。這當然要引起人們的非議。當然明代的機製，也使得腐敗無處不生。萬曆六年，有人提議替張家創山勝；萬曆八年，提議建三詔亭；萬曆九年，提議重新建坊表宅，這一切都不待張居正的同意，自有人張羅了。
萬曆八年扈從皇上祭拜祖陵後，看著長大的皇帝，張居正也開始考慮上疏乞休了。在此前，夏言、嚴嵩、徐階、高拱，凡是置高位攬大權的，都付出了極大的代價，或被處死，或者兒子被殺，即使幸而不死，也常有被禍的危險。張居正當然深知這種形勢，如今任首輔八九年，新政已經步入正常的軌道，神宗也已經18歲了，張居正覺得自己該放手了。
但是太後對神宗說：“等你到了30歲時，再商量吧!”也就是還需要再等十二年，神宗才能真正掌握權柄，這勢必造成神宗對張居正的抵觸。
萬曆十年春，張居正病重，久治不愈，朝中官僚上自六部尚書、翰林、言官，下至部曹、冗散，無不設齋醮，為之祈禱。有的人甚至丟棄本職工作，朝夕奔走，做佛事、擺道場，“仲夏時節，曝身於炎陽之下。其同鄉門生故吏，有再舉至三舉者。每司香，宰官大僚執爐日中，當拜表章則長跪，竟疾弗起。至有賂道士，數更端以息膝力者。所拜章必書副以紅紙紅錦幕其前後，呈江陵。江陵深居不出，厚賂其家人，以求一啟齒，或見而頷之，取筆點其麗語一二。自是，爭募詞客，不憚金帛費，取其一頷而已。不旬日，南都仿之，尤以精誠相尚，其厚者亦再三舉。自是，山陝楚閩淮漕，巡撫巡按藩臬，無不醮者”。這種舉國上下的祈禱，即使在那個時代，也是罕見的不正常現象。
皇帝擁有至高無上的權力，雖然內閣的權力不斷上升，但依然隻是皇帝賦予的，二者一旦發生衝突，閣權在皇權麵前是不堪一擊的。明神宗登皇位之前，隻是深養在裕王府的小皇子，還沒意識到他所擁有的權力有多大。登上皇位後，母親的嚴厲管教和張居正等的嚴格儒家教育，都使他的個性受到了極端的壓製。但隨著張居正的逝世，早年備受壓製的皇權在失去節製後，迅速膨脹起來。皇帝的權威竟是如此大，而自己竟然被張居正壓抑了這麼久，神宗的複雜心理也就可想而知了。
萬曆十年六月二十日，張居正病逝，享年58歲。……張居正一死，反張的浪潮就出現了。首先曾由張居正舉薦的潘晟準備入閣，但是彈劾的奏疏接二連三不斷，潘晟不得已隻好在赴京的途中上疏辭職，張四維報允。這是第一個信號。司禮監馮保失去了張居正這個有力的聯盟，很快也受到了攻擊。禦史李植直疏馮保十二大罪，司禮監太監張減、張鯨也在神宗麵前攻擊馮保，說馮保家資富饒，勝過皇上。本來就愛財的皇帝，一聽此言，立即逮捕了馮保，同年十二月，念在“大伴”多年盡心侍奉的情分上，給予寬大處理，讓他到南京去賦閑養老。從馮保家裏查抄了金銀一百萬兩，珠寶無數。年已20歲的明神宗，找到了抄家得財的門路。馮保臨去的時候，慈聖太後還不十分清楚，她問神宗為什麼。神宗說，“沒有什麼，隻是老奴受了張居正的蠱惑，不久自會召回的。”此時的慈聖太後還不知道，神宗已不再是那個乖巧聽話的孩子了。
張居正新政時的政令，也在逐步取消。官員不得任意乘驛的禁例取消了；考成法取消了；外戚封爵不得世襲，現在一概可世襲了。明神宗嚐到了親握權力的滋味，再也不用受節製了，可以隨心所欲了。與此同時，明神宗又將張居正執政時處分的官員吳中行、趙用賢、艾穆、沈思孝、鄒元標等盡數起複重用。
於是彈劾張居正的奏疏紛至遝來，有奏疏質疑張居正的兩個兒子蟬聯狀元、榜眼，是否暗通關節等等。隨後雲南道禦史羊可立的彈劾奏疏把調子提高了許多，無中生有地說：“已故大學士張居正隱占廢遼府第田土，乞嚴行查勘。”
所謂“廢遼”是指早已被罷廢的遼王，說張居正霸占遼王府第的財產，是可以導致抄家的罪行，用心是十分險惡的。此論一出，久欲伺機翻案的遼王家屬以為時機已到，已故遼王的次妃王氏趁機向神宗上疏，說“金寶萬計，都入了張居正的府第”。素有斂財癖好的神宗以為抓住了張居正的把柄，立即下令查抄張府。
查抄張居正之後，左都禦史趙錦上疏提出異議，以為張居正“未嚐別有異誌”，意是張居正沒有犯抄家之罪。趙錦與於慎行都曾惹過首輔張居正不快，後來被迫退休歸裏，複出任職後不僅沒有投井下石，反而上疏營救；當初大罵張居正是禽獸被廷杖致殘的鄒元標，竟然拖著一條拐腿，為張居正的昭雪奔走呼號，是當時朝中難得的耿介正直之士。
天啟二年，明熹宗給張居正平反，給予祭葬禮儀，張府房產沒有變賣的一並發還。崇禎二年明思宗給還張居正後人官蔭與誥命。十三年，思宗複居正子敬修官，複武蔭，並授居正孫同中書舍人。時人評論道：當明王朝行將衰亡之時，皇帝“撫髀思江陵，而後知，得庸相百，不若得救時相一也”。人們有感於此，在江陵張居正故宅題詩抒懷，其中有兩句這樣寫道：恩怨盡時方論定，封疆危日見才難。
明朝宰輔一百七十餘人，有誰能像張居正那樣受到人們的關注?崇禎年間的蘇汝良說：“幾人相業似江陵?”清初蔡瞻岷幹脆說：“明隻一相，張居正是也。”在他身後迄於明亡的六十多年中，各種社會矛盾急劇地發展，一發不可收拾，再也沒有一人能夠力挽狂瀾。明朝的滅亡，與其說始之於崇禎王朝，倒不如說是始之於萬曆王朝。正是由於明神宗在張居正去世後，廢止了他所推行的富國強兵的治國方略，才導致明朝的衰敗，直至滅亡。而演繹這個悲劇者，正是明神宗。
疑雲重重的梃擊案
明光宗朱常洛是萬曆帝的第三個兒子，也是明朝的第十四位皇帝，但是，他的命非常短，他在位僅一個月就不幸駕崩了。雖然他命短，但是這位皇帝卻是明代最具傳奇色彩的一位皇帝，因為當時明宮的三大疑案都與他有著千絲萬縷的聯係。
萬曆帝在公元1581年偶然臨幸了慈聖太後跟前的一個宮女李氏，就這樣朱常洛隨之降生了。但是因為李氏隻是一個宮女，身份非常卑賤，所以萬曆帝並不喜歡這位皇子，並認為這個皇子的出生對於他來說是丟臉的事情，為此他還必須在太後麵前百般辯解。而且這種觀念一直持續到萬曆帝去世，可想而知朱常洛在萬曆朝的日子是非常的艱難。自己的父親這麼對待自己，其他人也就更加過分了。
當時鄭貴妃是萬曆帝最為寵愛的一個妃子，更是將鄭氏的兒子福王朱常洵視為掌上明珠，加上鄭貴妃整天給皇帝吹枕邊風，所以他想要立朱常洵為太子。然而，常洛是他的長子，自古流傳下來的是嫡長子繼承製，這就對立太子有了一個相當大的障礙。鄭氏的兒子既不是長子，又不是皇後所生的嫡子，因此是不合祖訓的。在這樣的情況下，萬曆帝先是封鄭氏為貴妃，位高於長子的母親；其次是在朱常洛長大後遲遲不讓他上學；然後又想出了三王並封的主意，將眾皇子都封為王以降低長子的地位。可見，萬曆帝在立太子的問題上真是煞費心機。