當時，這些可笑的弱智伎倆很快被大臣們所看穿，抬高福王地位的做法沒有得逞，並最終引起了皇帝與大臣之間的“國本之爭”。雖然經過“國本之爭”，萬曆帝以消極怠政的方式來報複諸大臣，但是朱常洛的太子之位還是在大臣們的一再努力下，最終定了下來。
但是，這隻是第一步而已，接下來的事情，對於朱常洛更具有很大的挑戰性。因為他的太子之位並沒有因此而鞏固，宮內、宮外的鬥爭始終都在威脅著他的地位，甚至生命。好在朱常洛在殘酷的鬥爭中已經漸漸成熟，各方麵表現中規中矩，讓萬曆皇帝也在他身上挑剔不出什麼過錯來。隨著太子地位的鞏固，為了將自己的兒子推上帝位的鄭貴妃隻能魚死網破、不擇手段了。在這樣的情況下就發生了明宮的第二個大案，也就是“梃擊案”。
萬曆四十三年(公元1615年)的一天，一個人手持木棒，突然出現在太子朱常洛居住的慈慶宮門前。他將守門太監一棒打倒，衝進門內，直闖太子寢殿，待衝到殿前的廊下，但是他寡不敵眾，很快就被內侍抓獲送交東華門守衛指揮朱雄，之後就被關了起來。
第二天，皇太子就把這事告訴了皇帝，萬曆帝吩咐，將嫌犯送交皇城保衛部門審問。巡視皇城的禦史劉廷元審問後向神宗報告，這嫌犯名叫張差，家住薊州井兒峪，行為癲狂，但相貌言談頗為狡猾，再三嚴刑審訊，他的供詞仍語無倫次，隻是說些不著邊際的話，時而瘋瘋癲癲，時而又有些清醒。
劉廷元見到他這樣，覺得他可能是裝出來的，於是請求對他嚴加訊問。於是萬曆帝接納了他的建議，又吩咐送交刑部複審，複審時，張差供稱：被人燒毀供差柴草，氣憤之餘，從薊州來到京城，要向朝廷伸冤，便在五月初四日手持棗木棍，從東華門直闖慈慶宮等等，說了一大堆的故事和理由。
聽到他又這樣說些不著邊際的荒唐話，負責主審的刑部郎中胡士相、嶽駿聲等認為張差確實是個瘋子，依照“宮殿前射箭放彈投磚石傷人律”，擬將張差判處死刑。但襲擊太子一事是這麼大的事情，而結案卻如此草率，其中很多的細節根本沒審清，這讓一些正直的官員非常不滿，決定對此查個水落石出。其中刑部主事王誌就主張再次對張差加以審訊。
之後，到了王誌提牢。王誌見張差年輕力壯，並無瘋癲跡象，便對他突擊審訊，對他說：“實招與飯，不招當餓死!”張差望著邊上的飯菜，低頭不語，過了一會兒，他才說：“不敢說。”王誌要隨從人員都出去，張差這才招供，說出了實情。
原來他的舅舅叫馬三道和外祖父李守才帶來一個不知名的老太監，對他說：“事成，與你幾畝地種，夠你受用。”然後他就跟隨老太監來到京城，住在一個大宅子裏，另一個老太監說：“你先撞一遭，撞著一個，打殺一個，打殺了，我們會救你的。”“隨即給我一根棗木棍，領我到厚載門進入內宮，來到慈慶宮，打倒一個老公(老太監)，老公人多，遂被縛。”
通過張差的這些話，王誌知道了他並不是瘋癲闖宮，而是受宮中太監收買闖宮梃擊的。根據這一重大的線索，王誌立即報告皇上：“太子之勢，危如累卵”，“臣看此犯，不癲不瘋”，“中多疑似情節，臣不敢信，亦不敢言”。萬曆帝在知道這個情況後，曉得隻要將這些太監逮捕審訊後，就可以抓到幕後的主使人。但他認為此事既然牽連到太監，追查下去，無論如何都是宮闈醜聞，便決定將此事淡化壓製下去。所以他對王誌的話也沒有采納，希望這件事不了了之。
當時，他沒有想到，王誌審訊的情況早已流傳出去，舉朝官員頓時議論紛紛。大家根據王誌審訊的結果推測，不約而同地將懷疑的目光投向鄭貴妃及其兄弟鄭國泰身上。因沒有充分的證據，不敢直言冒犯。但是，這種局麵很快被敢於披逆鱗的陸大受和何士晉打破了，他們以此為線索，將事情查了個水落石出。
陸大受首先針對審理中的疑點提出疑問：張差已招供有太監策應，為什麼不把他們的姓名公布於眾？那個作為聯絡點的大宅院，為什麼不指明坐落何處？他還引而不發地暗示“戚畹凶鋒”，暗指外戚鄭國泰(鄭貴妃的兄弟)。
聽到陸大受一連串的懷疑，鄭國泰一看居然懷疑到了自己頭上，於是立即寫了一個揭帖給皇上，極力為自己洗刷：“傾儲何謀？主使何事？陰養死士何為？”這一辯解讓時任工科給事中的何士晉又抓住了其中破綻。
於是，何士晉當著皇帝的麵質問鄭國泰：陸大受並沒有直指鄭國泰“主謀”，何故“心虛膽戰”？隨後又步步緊逼，質問鄭國泰說：“誰謂其傾儲？誰謂其主使？誰謂其陰養死士？誰謂其滅門絕戶？又誰無蹤影？誰係鬼妖？種種不祥之語，自捏自造，若辯若供，不幾於欲蓋彌彰耶？”聽到何士晉這樣的嚴密推理，鄭國泰無地容身，也無話可說，這就不由人們不信鄭國泰與此案有千絲萬縷的牽連了。
於是，案件無法將就了事，刑部右侍郎張問達與有關衙門官員會審張差。張差無奈之下招供說：太監龐保與劉成商量，叫李守才、馬三道對張差說：“打上宮去，撞一個，打一個，打小爺(太監稱皇太子為小爺)，吃也有你的，穿也有你的。”而龐保、劉成恰恰就是鄭貴妃宮中的太監，這其中的秘密也就大白於天下了。
雖然，事情已經水落石出，但是萬曆皇帝並不想把案情向鄭貴妃方向發展，他一直保持沉默。到了五月二十六日，迫於外廷大臣的強大壓力，他不得不表明態度，一方麵說“梃擊案”不僅“震驚皇太子”，而且“嚇朕恐懼，身心不安”；另一方麵仍然堅持給張差定性為“瘋癲奸徒，蓄謀叵測”。言外之意，這是一樁瘋子闖宮的偶然事件，再三強調“毋得株連無辜”，還是希望此案不了了之。
但是，皇帝把事情也想象得過於簡單了。看到王誌、何士晉、張問達奏疏的官員，無不譴責外戚鄭國泰有“專擅”之嫌。鄭貴妃為此惶惶不可終日，經常在皇上麵前哭訴。皇上認為這事隻有當事人才能解決，因此要她去向皇太子道歉，並說明情況。
鄭貴妃果然去了，但是忠厚的朱常洛，聽了鄭貴妃的謊言，鑒於事情牽連父親最愛的妃子，因此他不想把事情搞大，便讓萬曆帝召見群臣，當眾為鄭貴妃開脫，以便迅速結束這個案件。
也是，一天在朱常洛的陪同下，萬曆帝召見了群臣。在這次召見中，萬曆以“離間父子”為名對朝臣將梃擊案的真凶指向鄭貴妃及其兄一事，對朝臣進行了斥責。並說：“朕思皇太子乃國家根本，素稱仁孝，今年已34歲，如此長大，朕豈有不愛之理!且諸皇孫振振眾多，尤朕所深喜。奈何外廷紛紛疑我有他意。”
然後，他還舉起皇太子的手，對下麵的群臣說：“此兒極孝，我極愛惜。”最後當眾宣布：“瘋癲奸徒張差闖入東宮，打傷內官，龐保、劉成俱係主使。今隻將瘋癲張差、龐保、劉成三人處了(處決)，其餘不許波及。”更絕的是萬曆帝又轉過臉來對皇太子說：“爾有何話，與諸臣悉言無隱。”於是太子順著父皇的思路說：“似此瘋癲之人，決了便罷，不必株連。”過了一會兒又說：“我父子何等恩愛，外廷有許多議論，爾輩為無君之臣，使我為不孝之子。”
在這樣的情況下，“梃擊案”審判也就暫告結束，結果是：凶犯張差是個瘋子，主使人隻追究到龐保、劉成為止。然而就是這種決定在皇帝回宮後也發生了變化。萬曆帝要首輔方從哲將草擬的諭旨加以修改，讓三法司隻處決張差一人，龐保、劉成審明以後再定他們的罪。
之後，張差被淩遲處死後，萬曆帝命司禮監太監會通三法司在文華門前重新審問龐保、劉成。在審訊的過程中竟又傳來所謂皇太子的“諭旨”，大意是說：“龐保、劉成身為太監，怎麼會謀害本宮？一定是張差肆口誣陷，人命關天，豈可輕信仇家之口，株連無辜。”聰明的一聽就知道，這些話表麵上出於皇太子之口，實際上傳達的卻是皇帝的意思。迫於皇帝的壓力三法司在審訊後宣判龐保、劉成無罪，這就意味著張差後麵沒有主使人。龐保、劉成是鄭貴妃翊坤宮的有權太監，他們兩個人的主使的罪過既然不成立，那麼鄭貴妃便與這個案件根本就不存在任何關係了。
這樣隻是形式的審問總共進行了五次，龐、劉二犯始終矢口否認。不過後來皇帝唯恐節外生枝，授意太監把龐劉二犯秘密處死。事後揚言，天氣炎熱，龐、劉二犯被嚴刑拷打致死。至此“梃擊案”總算草草了結。三名要犯，一名在刑場被淩遲處死，二名莫名其妙地突然斃命，為後人留下了一片疑雲。但透過種種的蛛絲馬跡，我們不難看出其中的複雜關係。但是，皇宮本就如此，冤案也不隻這一起，它表明的隻是當時的權力之爭的殘酷性罷了。
光宗是吃“紅丸”死的嗎
明光宗朱常洛的皇位得來著實很不容易，他從出生後，始終處於戰戰兢兢、如履薄冰的境遇之中，在他正式登基之前，曾多次發生意圖謀害他的事情，“梃擊案”就是其中較突出的。梃擊太子事件真相大白之後，朱常洛的地位大大提高。一方麵，他得到了朝中諸臣的大力支持，同時他還取得了萬曆的歡心。然而，命運對朱常洛又開了個不大不小的玩笑：即位僅僅四天，就忽然病倒了，並且一病不起，在他當上皇帝僅僅一個月的時候，因為吃了鴻臚寺官員所進的紅丸而一命嗚呼。這就是有名的“明末三案”之一的“紅丸案”。明光宗為什麼會忽然病倒?紅丸是什麼樣的藥呢?“紅丸案”是不是有什麼不可告人的內幕呢?
對於光宗在登極後即病倒的原因，《明史》中有較詳細的記載。據說當時京城裏都盛傳，說是前朝萬曆的寵妃鄭貴妃見朱常洛即位，害怕他報複。為了保住自己的地位，她采取了更為陰毒的辦法。她知道朱常洛是一個酒色之徒，為投其所好，在太子即位的第二天便挑選了八名絕色美女，並同大量的金銀珠寶、珍奇玩物進獻宮中。朱常洛在當太子之時，遭受過無數次的屈辱，備受冷落，精神長期處於壓抑之中，一旦當上了皇帝，看到連鄭貴妃都對他那麼好，不免貪淫縱欲，整天在後宮與美女們一起廝混，縱情淫樂。酒色淘身，光宗的身體本來就十分虛弱，又經女色這番折騰，一時間元神大耗，不到半個月便一病不起了。他躺在龍床上，麵色土灰，說話都上氣不接下氣。見皇帝病重，皇帝身邊的小太監召禦醫崔文升來給聖上把脈，光宗本是縱欲傷身，身體虛弱以致臥床不起，崔太醫卻診斷為腎虛火旺，給光宗皇帝開了一副藥性很強的瀉藥。光宗一夜之間便泄了數十次，精神萎頓不支，口幹唇裂，麵色青紫，躺在床上不能動彈，隨時都有大行升天的危險。
明熏爐
光宗朱常洛在未登基之前長期擔驚受嚇，使得他在擺脫威脅之後自然開始放縱自己的欲望，盡情享樂。而按照慣例，這位年紀已經39歲的新皇帝除了自己東宮原有的妃子外，還可以占有父親留下的妃子，並新立妃子。因此，朱常洛在剛即位幾天內，就放縱地貪戀女色，雖然史書中沒有明確記載具體情形，但從有關的史書記載中卻能反映出，光宗的病倒確實與縱欲相關。
皇上病重的事情傳遍朝野。據《明史·周嘉謨傳》記載，八月二十六日那天，吏部尚書周嘉謨勸皇帝不要過度縱欲，皇帝注視了他很長一會兒，才讓長子向宮外宣旨說那些都是傳言不可相信，這也可見皇帝縱欲之事是眾人皆知的事情，光宗本人還試圖掩蓋有關自己的傳聞以維護帝王尊嚴。可是縱欲的嚴重後果畢竟已經顯露出來了，這之後光宗的精神狀態變得越來越差。八月二十九日，看到病情越來越重，朱常洛已經開始召集大臣考慮自己死後的寢宮之事，而大臣們則要求皇上盡快定下太子的名位，以免來不及。也就是在這一天，有個鴻臚寺官員叫李可灼的向皇上進了一種紅色的藥丸。這個紅藥丸，據李可灼的說法，是得到道士傳授的“仙方”煉製而成的，吃下去就可以治愈皇帝的病。在場的大臣們心存疑問，但皇帝本人卻要吃。實際上李可灼並不是醫生，而是負責朝廷慶賀禮儀的官員，相當於今天的司儀。李可灼上午向皇上進了一粒，下午又進了一粒。兩粒紅藥丸吃過後，據說當時皇帝確實感覺好些了，但到了夜裏情況如何，史書沒有明確記載，隻是到了九月初一的早上，宮中就突然傳出皇上駕崩的消息。
一個不到40歲的中年人突然死去，又是一國之君，這就很自然在宮廷內外引起了軒然大波。光宗從即位登基到突然死亡，滿打滿算才三十天的時間，成了明朝曆史上在位時間最短的皇帝。光宗皇帝的死因也是撲朔迷離，在他死後引發了一場軒然大波，為曆史留下了一個千古疑案。
光宗到底是怎麼死的?李可灼所進紅丸究竟為何物?圍繞這兩個問題大臣們爭論不休，相互攻擊。有人認為，這件事與鄭貴妃有關，光宗兩次臥病都是由於進藥，兩次進藥之人又都與鄭貴妃有關係。禦醫崔文升原是鄭貴妃的屬下，李可灼及引薦之人方從哲也是鄭貴妃集團的人。大家認為光宗第一次病重是由於過度接近女色，是縱欲過度，身體虛弱，需要溫補之劑，慢慢調養，而不應該使用大泄藥物。第二次病重是因為大泄之後，聖體脫水致虛，病中還能召見大臣，病不致死，若用平和的藥劑慢慢滋養，自然會好轉。李可灼所進的紅丸顯然是春藥一類的助火藥，這種藥含有紅鉛，可當時令人感到精力倍增，但是根本上卻是要竭澤而漁，對於聖體大虛的光宗來講，隻會加速他的死亡。這件事顯然是有預謀的，原本就尖銳對立的兩大派展開了激烈鬥爭。
最初，對李可灼進紅丸導致皇帝死亡應該被冶死罪，大多數大臣都同意，但是方從哲卻不同意，反而下令讓李可灼以疾病引退，並送給他很多錢財。這樣，其他敵對的官員就抓住了把柄，紛紛引經據典，認為方從哲同意李可灼進藥，雖無害君之心，卻有弑君之實，要求首先處置方從哲，以泄神人之憤。一開始，熹宗還為他開脫，這應該說不無道理。有學者從與方從哲一同主政的另一大臣韓壙的敘述中發現，服不服紅丸，都是光宗一人決定的，確實與方從哲無關。但是，在晚明時期，朝廷之中朋黨互相傾軋非常厲害。既然有這樣一個很好的攻擊機會，方從哲的政敵自然不會放過，於是形成了一個攻擊方從哲的群體。明末著名的東林黨人也支持這一立場，名士高攀龍就力主懲罰方從哲，並稱其為“賊臣”。結果，方從哲想逃脫罪責，慌忙上書請求退休，可說是被從首輔的位子上拉下來的。即便這樣，聲討他、要求嚴辦他的書文仍然很多，方從哲隻好一麵竭力為自己辯護，一麵自請削職為民，遠離中原。
擁護光宗的正統派群臣認為要嚴查此事，勢必追查出幕後真凶。擁護鄭貴妃的一派大臣們則堅持光宗是病重而死，不是被人謀害，與別人沒有關係。兩派大臣激烈爭論沒有結果，由於牽涉到鄭貴妃等內宮紅人，都怕把事情鬧大了不好收場，為平息事態，隻好將崔文升、李可灼二人拉來做了替罪羊。判李可灼誤用藥劑，致使聖上大行，流戍邊疆，崔文升發配南京充軍。
從紅丸一案的發生過程和處理結果來看，放過了主犯鄭貴妃及崔、李二人不去重判，卻抓住方從哲不放，借此爭權奪利，顯然是不恰當的，這也正是明末政治腐敗的表現。紅丸一案的後果是，不久之後就導致了宦官魏忠賢集團的操控朝政。天啟年間，魏忠賢當權，又為“紅丸案”翻案。結果，當初聲討方從哲的一些官員被革除了官職，流放邊疆，而抨擊崔文升、方從哲的東林黨人也受了追罰，高攀龍被迫投池而死。到了崇禎年間，懲辦了魏忠賢，又將此案翻了回來。再後來崇禎死後，南明王朝又一次以此為題材挑起黨爭，最終明朝廷在一片內鬥之中徹底走向末途。小小的一粒紅丸，卻引出這麼多的波折，確實是當時人難以逆料的。
鄭旺妖言案
從武宗出生那一刻起，關於他生母不是張皇後而另有其人的說法就不脛而走。張皇後是河間興濟(今河北滄州北)人，成化二十三年(1487年)選為皇太子妃。孝宗即位，冊立為皇後。張皇後婚後四年沒有生育，心理壓力非常大。大臣們很是著急，紛紛上書請求皇帝選妃以廣儲嗣。孝宗不聽，但心裏也是有些著急，就和張皇後在宮中齋醮求子，一連幾個月。弘治四年九月，宮中傳出喜訊，張皇後的皇子誕生了！舉國歡慶之餘，各種流言也隨之四起，有許多人相信這個皇子不是張皇後親生的。因為張皇後生下皇子的消息過於突然，事先竟然一點兒消息都沒有，而且婚後四年沒有生育，難道這次真的是感動神靈而得子嗎？這種疑問猶如長了腿一般傳播到全國各地，並引發了一個轟動一時的大案。這個案子發生在弘治年間，稱為“鄭旺妖言案”。
鄭旺，是武成衛的一名士兵，家境貧寒。他有個女兒，叫鄭金蓮，12歲時賣給別人做婢女，聽說後來進了宮。鄭旺通過關係，與太監劉山交往，時常托他將一些時鮮水果等物送入宮中女兒手中，鄭金蓮也托劉山送些衣物給鄭旺。鄭旺拿著宮中的衣物四處炫耀，吹噓女兒得皇帝的恩寵。別人討好他，就稱他為“鄭皇親”。張皇後生下皇子後不久，就有流言說皇子其實是鄭金蓮所生，並被張皇後強行抱了去。這件事鬧得滿城風雨，但也沒有人去追究，這是不同尋常的，有人認為實際上是孝宗已經默認了這種說法。誰知十幾年後，即弘治十七年(1504年)，孝宗考慮到這種說法會影響到朱厚照的政治地位，遂命人將鄭旺、劉山等人捉拿到官。然而孝宗沒有讓司法機關插手此案，而是禦審，這又是不同尋常之事，難道是孝宗怕外臣知道宮中的秘密？禦審的結果是劉山以幹預外事的罪名被處死，鄭旺以妖言罪、冒認皇親罪被監禁，鄭金蓮被送入浣衣局。案件的結果也有幾處不尋常之處：這個案件中隻有太監劉山被殺，被認為是殺人滅口；而比劉山罪情更重的鄭旺卻隻是監禁，武宗即位後又被釋放出來，此中似有隱情。據翰林院王瓚的記載，他在司禮監教太監識字時，見兩個太監將一個女人押入浣衣局。浣衣局的看守見到來人，肅立兩旁，態度十分恭敬，可見來人非同一般。至於這個人是不是鄭金蓮，可惜王瓚沒有看清楚。
然而案情隨著孝宗的去世和武宗的即位又有新的發展。正德二年(1507年)，被釋放的鄭旺仍然堅持他的女兒生了皇子，因而謠言再起。他的同鄉王璽打通關節，闖到東安門，聲稱上奏當今天子“國母”被囚禁的實情，鄭旺、王璽因此被捕入獄。審判之時，鄭旺多次聲稱自己無罪。最終，他以妖言罪被判死刑。為何兩次都是妖言罪，結果大相徑庭呢？第一次審判，孝宗與張皇後關係緊張，因此判罰寬鬆，似乎有意保全鄭旺；第二次審判，孝宗已經駕崩，武宗剛剛即位，而且嫡長子身份又是何等神聖的光環，對於自己的政權十分重要，因此即使武宗為鄭金蓮所生，他又怎會相認?畢竟這對於自己、對於孝宗、對於張皇後乃至於對明廷而言，都不是一件光彩的事情。關於武宗身世的“鄭旺妖言案”就這樣無聲無息地結束了。
擺脫了身世的困擾，武宗又可以以嫡長子的高貴血統名正言順地坐在高高的皇帝寶座上，享受著皇權帶來的種種特權。他可以建豹房、幸宣府，過著紙醉金迷、為所欲為的鬧劇般生活。
包括鄭旺在內參與此案的一係列人等，大多經由審判被定妖言之罪送上了斷頭台，這就是他們最後的結局。當鄭旺聽到屠刀掠過自己脖子的風聲時，不會想到當年所有的富貴夢隻是為了今天這一刀下去的身首異處。或許對這個父親而言，此時所爭的早已不是富貴，而是一個旁人不知道的真相。他用自己的生命換來了後人對真相猜測的熱情，但是後人們卻已經永遠不可能再知道真相是什麼，朱厚照的身世之謎也就隻能成為大家嘴上的一段撲朔迷離的故事，如同八卦的新聞，一切的價值僅僅在娛樂之間而已。
乾清宮“移宮案”之謎
泰昌元年(公元1620年)九月初一，年僅16歲的皇長子朱由校繼承了因服食紅丸而去世的明光宗的帝位，但登基不久就發生了著名的“移宮案”，就是有人占據了應該由皇帝居住的乾清宮不願意搬出來，然後官員們為了維護皇家的體製，就發動起來逼其遷出以及由此生出的一係列事端。皇帝的寢宮也有人敢占據嗎?他們的目的又是什麼呢?
光宗朱常洛病重之時，非常擔心他的寵妃李選侍擅權。李選侍自己無子，曾經撫養過年幼的熹宗和崇禎皇帝。光宗病危，還特別堅持要封李選侍為皇貴妃，並當著大臣的麵，告訴皇長子熹宗朱由校要視李選侍如親生母親，視為太後。可是，還沒等皇帝的話說完，李選侍便掀開帷幄，叫皇長子朱由校進去。朱由校進去後，對父皇朱常洛說了一句：“要封皇後。”眾大臣瞠目結舌。朱常洛麵色一變，一言不發。光宗雖然寵愛李選侍，但也並不是寵愛到理智全失的地步。他深深了解自己喜愛的女人。李選侍心計深沉，不甘心久居人下，在宮中一向以敢作敢為、大膽果斷著稱。
盡管李選侍一再要求皇帝立她為皇後，但是光宗始終沒有答應，因為如果李選侍冊封皇後得逞，她便可以通過自己撫養的朱由校間接控製朝政。光宗隻是催促群臣趕快進行皇貴妃的冊封之禮。在他看來，這已是他肯給李選侍的最高地位了，在宮中僅次於皇後。
泰昌元年(1620年)九月初一，朱常洛暴斃。光宗一死，李選侍就覬覦起皇太後的位置來。她仗著自己曾撫育過小皇帝，就密謀和宦官李進忠(即魏忠賢)互相勾結，逼朱由校答應封她為太後，利用朱由校年幼，挾持他長居皇帝住的乾清宮，以獨攬大權。於是，移宮一案就正式開始了。由於光宗死得很突然，身邊沒有大臣看守，李選侍就首先將朱由校扣留在自己身邊，並命人看守宮門，以免有人將小皇帝接走，同時就等待著來給光宗哭靈的百官，準備討價還價，索要好處。而這時候，百官們已經得到了皇帝駕崩的消息，正在趕來，周嘉謨、左光鬥、楊漣等人在路上就開始討淪如何輔助新皇帝的事情，由於朱由校尚未正式登基，並且生母、嫡母都死了，大家就討論由誰來扶持新皇帝。官員們雖有不同的看法，但多數都同意一點，就是首先要擺脫李選侍對朱由校的控製。楊漣提出，當務之急是趕緊將朱由校從李選侍身邊接出來，大家一起三呼萬歲，然後將其擁護出宮，這才是最好的選擇。結果到了乾清宮門口，官員們都被李選侍安排的太監擋住了，還是楊漣比較幹練，他將太監們嗬斥下去，大家一擁而入，去給過世的光宗哭靈。哭完之後一看，沒有發現朱由校。這時候，侍候過光宗的太監王安就將李選侍藏起朱由校的事情給說出來，並由他哄勸李選侍，說隻有得到大臣們的擁立才能當皇帝，所以朱由校必須要見百官，將其帶了出來。之後官員們按照既定的計劃，高呼萬歲，然後匆匆將朱由校扶上轎子帶出乾清宮，而李選侍這時候才明白過來，趕緊追出，可是已經來不及了。關於這一過程，也有的說是太監王安獲悉李選侍的陰謀後，向宮外的百官傳出消息，然後才有下麵的事情。總之，朱由校被護衛到慈慶宮暫住，並在幾天之後被正式冊封為太子，並著手準備登基的事情。
按照明朝慣例，皇上必須居住在乾清宮，現在，乾清宮被李選侍占據，隻有先讓李選侍搬出乾清宮，才能最後完成擁立之事。李選侍見自己控製皇長子的計策沒有成功，就又生一計，賴在乾清宮不走，想要以此來要挾群臣給他皇太後的封號。大臣們見李選侍耍起了無賴，都非常著急。吏部尚書周嘉謨首先上疏進奏，請求李選侍移出乾清宮，遷往別宮。禦使左光鬥也上書說，殿下今已16歲，內有忠直老成的內官輔佐，外有朝中重臣輔佐，哪裏乏人，還需李選侍像照顧嬰兒一般貼身相隨?因此，伏請即早決斷，如果李選侍借撫養之名而行專製之實，那武則天之禍就不會太遠了!
朱由校聽了，覺得甚是有理，便發布上諭，說移宮已有聖旨，冊封貴妃一事，尊卑難稱，著禮部再議。給事中暴謙貞卻毫不保留地坦白說：“皇長子即將登上大寶，上有百靈嗬護，下有群工擁戴，何用此婦人女子!而且李選侍並非忠誠愛國，萬一封典得行，專權用事，恐怕難以抑製。”好在宮中忙亂，沒人理會，這一番話並未引出宮廷風波。
不料，李選侍那邊卻正聽取心腹李進忠的主意，邀朱由校和她同宮，還忿然宣言，要逮捕楊漣、左光鬥。楊漣在宮門遇見李進忠，詢問李選侍何日離宮?李進忠搖手說：“李娘娘甚怒，今母子一宮，正欲究左禦使武氏之說!”楊漣怒叱說：“誤矣，幸遇我。皇長子今非昨比，選侍移宮，異日封號自在。且皇長子年長矣，若屬得無慎乎?”李進忠被逼問得默然無語。
科道官員惠世揚、張潑從東宮門出來，聽了這件事也大驚失色，說今日選侍垂簾，下旨逮捕左光鬥。楊漣立即駁斥說：“沒有這事!”宮禁一時人心惶惶，誰也弄不清楚是如何變局。皇帝是親近李選侍對付朝臣還是傾向於朝臣疏遠李選侍，大臣們一個個狐疑滿腹。
過了幾天，李選侍還是住在乾清宮，逍遙自在，根本沒有移宮之意。楊漣便直言上奏，說先帝過世，人心惶危，都說選侍假借保護之名，陰圖專權之實，伏請殿下暫居慈慶宮，撥別宮先遷出選侍，然後再奉駕還宮。祖宗宗社最重，宮幃恩寵為輕。如今登基已在明日，哪有天子偏處東宮之處!這移宮一事，臣等進言在今日，殿下也當實行在今日。
隨後，楊漣又去拜見方從哲。方從哲起初認為這件事不用太著急，晚兩天沒什麼關係。楊漣卻說：“太子明天就要登基了，難道登基為天子後還要回到東宮的住處嗎?選侍今天不願離開乾清宮，難道以後就會主動離開了嗎?”方從哲最終被楊漣說服，兩人統一了意見後，又去請求太子頒下嚴令。
於是，朱由校在登基時下令：命李選侍移出乾清宮，移住仁壽殿。他還下令收捕李選侍身邊的幾個親信太監，理由是他們涉嫌偷盜大內庫藏。如此情形下，勢單力孤的李選侍敵不過皇帝的一紙命令，移宮已成定局。這時群臣們倒反過來勸皇帝，看在昔日光宗的舊寵之上，遵照光宗的囑托，善待李選侍母女。小皇帝雖然對李選侍往日咄咄逼人的態度十分不滿，還是接受了群臣的意見。
在外廷大臣的嚴詞逼迫和宮中太監王安的恐嚇之下，李選侍終於無奈地決定移宮。這件震動宮闈的明朝三大疑案之一的“移宮案”終於落下了帷幕，李選侍以失敗而告終，熹宗朱由校進駐乾清宮。