經濟改革是近代化的首要任務，康有為沒有忽視這一點，他強調發展資本主義工商業，尤其是強調大機器生產的新式工業（一般來講，前資本主義國家的人們往往驚駭於工業革命的成果，熱衷於大機器生產的威勢），認為泰西大機器生產，可以吸收大量的就業人口，而中國眼下“士農商業俱窮，正宜大辟工業以養無限之窮民”（應該說，這種願望固然不錯，設想也很有氣勢，但實際上並不現實，落後國家發展工業必先從投資少見效快的輕工業人手，迷戀於大機器，重輕工業不分，這正是洋務派的毛病）。當然，康有為也沒忘記商業，他讚美日本設立農商局以保護獎勵商業的作法，也推許日本商人立商社考商務的作派，“觀其所以保商人，興商利，除商害，助商本，一切推行美意良法，無遺憾矣。”對於並無經濟學專門知識的康有為來說，這種見識和這種規劃已經是很不容易了。
政治改革是康有為最關心的問題，因此他在這方麵花了最多的筆墨。由於日本明治維新在政治改革方麵建立的隻是二元君主製，距代議政體相距尚遠，所以康有為著重強調了日本的官製改革，他針對中國官場的種種弊病，強調學習日本官製改革提高效率的關鍵，一要裁並機構、淘汰冗員浮吏；二要建全負責製，改革以往以相互牽扯以利控製的官製風格；三要任人唯才，官吏要有專門知識；四要以西方行政體係的模式來改革行政區劃，分設刑政與民政之官，改變以往中國地方官包攬一切的現狀。由於出身官宦世家，康有為對中國官場弊病還是十分清楚的，因而針砭能道著癢處，開藥方也對症。
法律製度的變革也是近代化的一項重要任務，針對中國法律刑法、民法不分，沒有憲法的現狀，康有為提出要學習日本仿效泰西法律製度的辦法，不僅要仿西式的法律，改革中國法律體係，而且要設立陪審員和律師製度。康有為的這個設想，後來在清廷實行“新政”之時，由法律專家沈家本實現了。
文化教育的改革，本是康梁這種文化人的專長。在這裏，康有為盡可能地發揮了前階段關於開民智的理論，借學習日本，大力提倡興學校、廢八股，尤其看重日本普及平民教育之舉，以為非如此方足以提高全民的智力水平。他認為，“日本之驟強，由興學之極盛。其道有學製、有書器、有譯書、有遊學、有學會，五者皆以智其民者也，五者缺一不可。’把教育改革提高到強國的戰略高度。
此外，康有為還提倡社會改革，認為日本易服色、變正朔，講究衛生，修整道路，建立近代城市製度的種種西式的改革也是值得法效的。他其實知道，日本易服色這一項，一向為士大夫所詬病，但是維新運動中，康梁他們有一種理論，認為衣服變革雖是小事，但由於它是貼身的東西，貼身的東西能變，則其他變革無所不能。因此他們不顧強大的反對聲音，堅持認為這是改革的必需。殊不知，這一點也恰恰碰到了西太後的禁忌。
其實，更犯禁忌的事還在後邊。康有為進呈的所有他編撰的書，光緒都另具一份呈送西太後，而且是由翁同龢來辦理的。光緒和翁同龢都沒有意識到，這些書恰恰碰著了西太後的心病。這些書提倡的君權變法裏，都沒有她的位置，非但沒有位置，而且字裏行間還隱然露出對她的威脅。試想，如果光緒學俄國彼得一世的作派，那麼應該大義滅親的對象將是誰呢？要說變法使誰的利益受到了侵害，在中國首先就是她這個鐵女人。因為變法將使她失去權力，她的地位就象俄國那些因改革而喪失權力的貴族們，與彼得的姐姐索菲婭差不多了。這兩部書的變法規劃給她描繪了一幅十分可怕的圖景。在這圖景中，她將是不言而喻的犧牲品。
變法方案不僅沒有給她提供一個保有權力（或分享）的依據，反而要把已有的剝奪幹淨，清除她在權力係統中的存在。這種方案其實也是她始料未及的，她想不到在她尚且控製大局的時候，有人竟敢如此膽大妄為，而最可氣的是她一手拉扯大的光緒居然準備按這個方案進行變法，而且一向受她賞識提拔的翁同龢也襄讚此事，還居然老著麵皮親自將這種刺激她的書送上來。不問可知，西太後對這種行為是十分惱火的。從這個時候起，光緒與西太後的見麵請安就充滿了某種不安和危機。稚嫩的皇帝誠然也有所覺察，但老謀深算的西太後並未露聲色，年青的光緒自然也就不測其所以。西太後反擊的暗中布置已經開始了。興致勃勃的翁同龢也許還不知道，也許是西太後看出了變法中翁同龢恰好處於中樞圓轉的位置，也許還是由於正是他送來了可惡的康有為的書（就象報惡訊的烏鴉），一個針對他，也針對變法事業的陰謀已然在醞釀布置了。未幾，兩份彈章不早不晚地送了上來（雖說辦得並不漂亮），翁同龢就此離開他陪侍多年的光緒。
三、明定國是的風波
總理衙門問話過後，中樞維新開始進入倒計時。不管怎麼樣，康有為進呈的兩部書外加一連串奏折（包括代替別人擬的），總算是為光緒和翁同龢打了氣，特別是光緒，愛新覺羅家族不甘沉淪的血液使他進入了前所未有的亢奮期，他覺得無論如何也要拚上一下，用梁啟超的話來說就是：“與其亡國而為軹道之降，煤山之續，既喪國辱身，貽謗千古，不如姑冒險變法，幸則猶可望收政權而保全國土，不幸亦可大開民智，而待之將來，中國或可存一線焉。”光緒當時是不是就真的象梁啟超所說的那樣想的，於史無考，我們沒法證實。光緒可能不會料想到西太後的政變（在他內心深處，仍認為在複興清朝的問題上，西太後是與他有共識的），至少不會預料到變法會如此短命，而西太後的手段會如此決絕，以致將新政全廢，變本加厲地反動。但他應該知道變法是有風險的。即然年青的皇帝決定要冒險，那麼他肯定要走到底，隻要西太後不伸手阻止他，變法就會進行下去，這是一種行動時的思維定勢，或者叫思維貫性。
恰在光緒痛下決心的時候，耄耋的恭親王奕終於擋不住大自然規律的召喚，一命歸西。奕這一死，對光緒是福是禍雖很難說，但至少在眼前，少了一個位尊權重又愛囉嗦的人，光緒覺得可以放開一點手腳了（軍機處資格最老的變成了翁同龢，依慣例，隻要翁老先生點頭，別人就不好意思說別的）。
1898年5月29日，禦史楊深秀和侍讀學士徐致靖上奏，請光緒特降諭旨明定國是（這是抄日本的變法版）。當天，光緒就將奏折送到了頤和園，實際上是借“輿論”給西太後施加壓力。老謀深算的西太後知道此時光緒如箭在弦上，已不能不發。雖有一肚皮不滿意，她也知道這時如加攔阻，一則師出無名，二則時機未到，故爾深藏不露，未置可否。6月9日，光緒來到頤和園向西太後請安，再次硬著頭皮向他的皇阿爸陳說了詔定國是的必要，西太後表示同意。喜出望外的光緒旋即命翁同龢草擬明定國是的詔書，呈西太後審閱。第二天，迫不及待的光緒再次去頤和園請安，據翁同龢這天的日記：“上奉慈諭，以前日禦史楊深秀、學士徐致靖言國是未定，良是。今宜專講西學，明白宣示。”西太後這次居然是格外的寬容不僅連連稱是，而且明白宣示讓他們“專講西學”。無怪乎翁同龢會興奮異常，連日忙碌，連生日都不過了。而光緒則於6月11日回宮當天，一刻也沒耽擱地就召集軍機大臣，頒布《明定國是詔書》。
《明定國是詔》是百日維新的號角，也是有清一朝關於近代化變革最有價值的文獻，值得一抄：
諭內閣：數年以來，中外臣工講求時務，多主變法自強。邇者詔書數下，如開特科，裁冗兵，改武科製度，立大小學堂，皆經再三審定，籌之至熟，甫議施行。惟是風氣，尚未大開，論說莫衷一是，或托於老成憂國，以為舊章，必應墨守，新法必當擯除，眾喙曉曉，空言無補。試問今日時局如此，國勢如此，若仍以不練之兵，有限之餉，士無實學，工無良師，強弱相形，貧富懸絕，豈真能製梃以撻堅甲利兵乎？朕惟國是不定，則號令不行，極其流弊，必至門戶紛爭，互相水火，徒蹈宋明積習，於時政毫無裨益。即以中國大經大法而論，五帝三王，不相沿襲，譬之冬裘夏葛，勢不兩存。用特明白宣示，嗣後中外大小諸臣，自王公以及士庶，各宜努力向上，發憤為雄。以聖賢義理之學，植其根本，又須博采西學之切於時務者，實力講求，以救空疏迂謬之弊。專心致誌，精益求精，毋徒襲其皮毛，毋竟騰其口說，總期化無用為有用，以成通經濟變之才。京師大學堂為各行省之倡，尤應首先舉辦，著軍機大臣，總理各國事務王大臣，會同妥速議奏，所有翰林院編檢，各部院司員，大門侍衛，候補候選道、府、州、縣以下官，大員子弟，八旗世職，各省武職後裔，其願入學堂者，均準入學肄業，以期人才輩出，共濟時艱，不得敷衍因循，徇私援引，致負朝廷諄諄告誡之至意，特此通諭知之。
幾百字的長詔，調子實在是很溫和，西太後絕對沒有什麼理由來槍斃它。不是草擬者翁同龢的思想水準與張之洞輩差不多，就是光緒與翁同龢過於擔心西太後的反對而以煙幕過關，但更可能的是兩者兼而有之。
既然不便駁議，西太後也就順水推舟，不去駁議了。不過這時的西太後，由於那兩本書和康有為一係列奏折的刺激，頑固派大臣們的話已經很入耳了，她真的要出來給光緒下絆了。她明白，隻要允許光緒變法，聽任變法搞下去，她就隻有回宮紮花的一條路了。為此，她不僅深恨康梁，而且恨上奏請定國是的楊深秀，徐致靖。
對光緒的種種活動了如指掌的西太後，非常清楚翁同龢此時在變法事業中的份量，她早就從別的頑固派大臣那裏知道了翁在軍機處的種種表現。據說，西太後曾於明定國是詔頒布之前召集慶親王奕勖、剛毅和榮祿開會，剛毅等人哭求西太後出來幹預。還有消息說榮祿曾通過李蓮英進讒，說翁同龢“勸帝遊曆外洋，後聞大駭”。其實，就是沒有這些人的進讒，西太後也未必會放過翁同龢，隻要她不再想讓變法搞下去，搞掉翁同龢就等於給變法釜底抽薪，同時也敲山震虎，給光緒和康梁一點顏色，一個警告，最好能讓他們自動收攤。
所以正當光緒君臣興高采烈，準備大幹一場的時候，西太後的網已然悄悄撒開了，首先落網的就是熱心變法人中地位最高的翁同龢。翁同龢在他同時代人中是個仕途順暢的幸運兒，其父翁心存，官至極品，為體仁閣大學士，是道光、鹹豐兩朝的重臣，其兄翁同書、翁同龢均官至督撫，而他自己科場得意，高中狀元，爾後一路順風升上去，貴為帝師、軍機大臣、協辦大學士，一生沒有做過外官，一度與西太後的關係也不錯。那是在祺祥政變之後，西太後想學點曆史，於是請翰林公們來講，結果翁同龢不愧為狀元，講得頭頭是道，“指陳古今，講明道理，侃侃諤諤，無所忌諱”。深得西宮太後歡心。此人是標準的世家子弟，隻不過沒有紈挎氣，而於經史上用力不少，可是論到政治經驗，比起西太後來，隻能算個雛。翁同龢被開缺前，居然對西太後的陰謀一無所知，一星半點的火藥味都沒聞出來。這一天（6月15日，即明定國是詔頒後第四天）本是翁同龢的生日，官做到這個份上，每逢誕辰，同官下屬，弟子門生以及親朋好友總要來慶賀，開宴唱戲熱鬧幾天都不為過。然而翁同龢卻沒有在家等著當壽星，一大早就入軍機值房照常公幹，但是，翁同龢所接到的第一個公務，卻是將他開缺的朱諭。
1898年6月15日，光緒皇帝突然發布了三道上諭：一、命王文韶晉見，以榮祿暫署直隸總督兼北洋大臣（隨後實授）：二、以後凡授二品以上的官員，均需“著折恭詣皇太後前謝恩”。第三道最為奇特：“協辦大學士戶部尚書翁同龢，近來辦事多未允協，以致眾論不服，屢經有人參奏。且每於召對時谘詢事件，任意可否，喜怒見於詞色，漸露攬權狂悖情狀，斷難勝機之任，本應查明究辦，予以重懲。翁同龢著即開缺回籍，以示保全。”
有人參劾，理應查明究竟，然後查辦或者開釋，但偏偏不查就幹脆開缺，還說是以示寬大保全。什麼“任意可否”，“喜怒見於詞色”之類，大抵就是“莫須有”，明眼人一看便知端底。
顯然，這三件上諭均非出自光緒本意，而是6月15日光緒去頤和園請安時，西太後事先擬好，強迫他發出的。這一悶棍來的太突然，剛剛進門時還像他師傅一樣興奮的光緒麵對這突如其來的變故，一下子就懵頭轉向，不知所措，由於他毫無思想準備，以致連一句反抗的話也說不出來，就乖乖地就範了。而且連向他師傅事先通報一聲都不敢。
借所謂彈章來處置她不喜歡的大臣，是西太後慣用的老伎倆，因此而落馬的數以十計，也很湊巧，隻要誰得罪了太後，很快就會有彈章飛到，一到這時，西太後就連查也不查，一紙上諭，就將之打發掉了。
當年涉及翁同龢的彈章隻有兩件，那是在康有為呈上《俄彼得變政考》和《日本變政考》之後發生的。一是安徽布政使於蔭霖上折指責李鴻章、翁同龢和張蔭桓在與德國交涉膠州灣事件中措置失當，“誤國無狀”（4月28日）。二是禦史王鵬運的《大臣誤國請予罷斥折》，說翁同龢與張蔭桓“明謀納賂”（5月29日）。這兩份彈章，前者有點像好事者沒事找事地對管事人的指責，可能沒有什麼背景，而後則明擺著是有意為之的“把柄式”攻擊。晚清大僚可能沒有幾個人真的是清廉的，張蔭桓的名聲更是不好，捐班出身，還老有肥缺，連他自己也承認出使外國回來就給西太後、光緒以及“皮硝李”（李蓮英）送禮。翁同龢久掌戶部，是不是幹淨說不清楚，這種“納賂”的事恐怕誰都多少有點，早不說晚不提，單單這個時候拿出來作文章，而且偏拉上個張蔭桓（讓人更易於相信），這位馬台公的醉翁之意，不問可知。
西太後借“群眾呼聲”（眾論不服與有人參劾）趕走了翁同龢，這一招打在光緒的要害上，也打在變法運動的要害上。據梁啟超講，光緒為此“驚魂萬裏，涕淚千行，竟日不食”。6月16日，翁同龢身著素服，到宮中與光緒告別，君臣相對，心中無限悲戚，縱有千言萬語，不知從何說起，“上回顧無言，臣亦黯然如夢”。第二天，翁同龢的弟子張謇奉旨到乾清宮引見，看見光緒帝“神采凋索”，而他自己也感到無限悲哀。旋即隱歸江南，不問政事。康有為也自感“甚為灰冷”，原來進步士大夫常去遊玩議政之地的陶然亭一帶，籠罩著一片低迷戚慘之氣：“城南士大夫人心惶惶。”
盡管如此，西太後妄圖將變法就此嚇退，以達不戰而屈人之兵的目的卻未能達到。西太後眼裏的光緒，已經有太多的懦弱怕事的印象，她忘記了光緒現在已經是一個27歲的年青人了，很難讓他將一件眼看著已經做了一半的事擱下來，他雖然懦弱，但他畢竟是皇帝，有著皇帝的自尊，他不甘讓人笑話他離了師傅就什麼也做不成。所以，隻要西太後不明確阻止他，他還是要走下去。現在看來，梁啟超對他的描寫顯然有些過分，難過肯定免不了，但“驚魂萬裏，涕淚千行，竟日不食”遠不至於，因為就在翁師傅被逐的同一天，光緒還召見了康有為和張元濟。其實，真正被嚇壞了的倒有可能是梁啟超自己。他在7月4日（五月十六日）寫信給友人時，透露出很濃重的悲觀情緒，
大率有上開新折者則無不應，蓋上下之電力、熱力皆以相摩而成也。常熟（指翁同龢--筆者）去國，最為大關鍵，此間極知其故，然不能形諸筆墨，俟見時詳之。南海不能大用，菊生（指張元濟--筆者）無下文。仆之久不察者，率由此而生也。仆已於前日舉行察看之典，未知下文如何耳。初時極欲大辦，今如此局麵，無望矣。
梁啟超才華橫溢，思想進步，可惜就是膽力與韌力不如乃師。康有為此時雖然也預感到大事不妙，可是一向以“拗康”著稱的他，怎麼肯被人不戰而勝，知不可為而強為，正是正統儒者的行事風範，而康有為恰是這種風格的儒者，他一生抱定一個目標就不肯輕意放棄，更何況此時尚未到絕望之境，連光緒都在硬挺著呢！所以，實際上西太後的這一“殺著”，倒反而刺激了維新派和光緒，使他們逆反式地加快了動作。
西太後一擊之下，明明擊中了要害，但卻意外地發現對方並沒有倒下，因而自己也感到意外。在相當一段時間裏，居然不知如何動作才好，隻是到了維新策劃軍事冒險，才給了她一個比較好的借口，否則西太後的反動固然十拿九穩可以得手，但在輿論上則好像有點說不過去：她將怎樣老著臉皮走出簾來訓政呢？
四、建言之臣，顧問之功
西太後6月15日的三道上諭，一方麵去掉了變法的中樞人物，使光緒與維新派的聯係發生困難，一方麵又通過抓牢人事權和控製京津間的軍隊，扼住了變法運動的咽喉。應該說，隻要西太後加入了頑固派的陣營，維新變法是沒有成功的可能的。這是一場實力過分懸殊的角逐，握有實權的大臣們很少有可能像陳寶箴一樣，寧以國家為重，不顧自家前程站在毫無實權的光緒一邊的。
但是，當時的現實是，維新派不願意走太後路線，而且又不恰當地刺激了西太後敏感的神經，從而迅速地造成了帝後的分化對立，所以，維新變法隻能在這樣惡劣的條件下進行，變法的努力也隻能把死馬當活馬醫，勉力而為了。
在這種知其不可為而強為的奮爭中，光緒和維新派都作出了傑出的表現，其可歌可泣，不亞於近代史上任何一場重大事件中的誌士仁人。維新派和支持他們的士大夫，造成了一種蕩氣回腸的氣勢，而這種氣勢是那些沒落但人數眾多的頑固派無論如何也沒有的。
當翁同龢啟程離開北京時，“送者數百人，車馬闐咽，有痛哭流涕者”。一位湖南士子含淚對翁同龢說：“吾為天下，非為公也。”這樣悲壯而熱烈的送別場麵，等於告訴頑固派，維新的人們並沒有被嚇倒。
參加維新的人們中，堅信變法必能成功的樂天派並不多。很多人其實就如梁啟超所說的那樣，變法“幸則猶可望收政權而保國土，不幸亦可大開民智，而待之將來，中國或可存一線焉”。康有為的弟弟康廣仁在給密友的信中說：“伯兄（指康有為--筆者）規模太廣，誌氣太銳，包攬太多，同誌太孤，舉行太大。當此排者、忌者、擠者、謗者，盈衙塞巷，而上又無權，安能有成？弟私竊深憂之，故常謂但竭力廢八股，俾民智能開，則危崖上轉石，不患不能至地。”在他看來，變法能達到廢八股開民智的目的，就已足矣。
就這樣，參加維新的人們選擇了一條艱難備嚐的變法之路，不屈不撓地走下去了。
百日維新一開始，康有為曾通過徐致靖之手，保薦他和黃遵憲、譚嗣同、張元濟、梁啟超五人參加新政。尤其希望光緒重用康有為，說他“其才略足以肩艱钜，其忠誠可以托重任，並世人才實罕其比。若皇上置諸左右以備顧問，與之討論新政，議先後緩急之序，以立措施之準，必能有條不紊，切實可行，宏濟時艱，易若反掌。”光緒旋即安排於6月16日召見康有為和張元濟。翁同龢被斥後，光緒堅持原議，照樣召見康、張二人，隻是把地點選在了頤和園仁壽殿，西太後的鼻子底下，一來以示變法照舊進行，二來宣示自己對皇阿爸無異心和心地坦然。
關於召見康有為的時間，據康自己說是“逾十刻時”大約為兩個半小時，而在康之後被召見的張元濟則說隻有“大約一刻鍾光景”。事實上可信的應該是後者（當康進去時，張一直在外等候，時間長短，等候的人應該最敏感）。康有為在其自訂的《年譜》裏，明顯地有所誇大和渲染，讓人看起來好像光緒是個好學的小學生，不恥下問，而康有為則像個善教的好老師，循循善誘。不把時間說得長一點（因為光緒僅僅召見康有為一次），康有為這個“帝師”就沒多大意思了（以後在海外也就排不起架子，缺乏號召力了）。