精神分析是一個龐大的體係，弗洛伊德本人的思想在一生中也在變化，而其後來的學者對它的改革和發展就更為複雜，所以要對它做一翻全麵的評價是比較困難的。從心理谘詢的角度看，它的理論和實踐意義主要有以下幾個方麵。
第一，雖然弗洛伊德是個決定論者，但他在分析意識和潛意識的關係，本我、自我和超我相互作用時，不自覺地應用了辯證法的觀點。意識和潛意識是既對立又統一，它們相互聯係，並在一定的條件下可以轉化。心理問題是意識中的經驗轉化為潛意識中的經驗的結果，心理谘詢就是把潛意識中的經驗重新轉化為意識中的經驗。本我、自我和超我本是同根生，它們相對獨立，相互聯係，在矛盾中保持動態平衡。心理問題是一種不利於社會和個人的平衡，心理谘詢就是要打破這種平衡，建立新的有利於社會和個人的平衡。
第二，弗洛伊德理論有許多創新之處。他是係統研究潛意識的第一人，從此潛意識成為正統心理學的一個研究領域。他首先發現人的性欲從出生就存在，隻是表現方式不同，由此改變了人類對自身性欲發展過程的看法。他提出成年的性變態是幼年的行為，這已被臨床實踐證明。他對夢的工作機製的領悟是最大的貢獻，他自己也認為，在寫《釋夢》時靈感最多，這種靈感一輩子最多隻能碰到一次。他也是第一個正視性心理問題的心理學家，其揭示的性變態現象和解決方法至今還有現實意義。
第三，精神分析對於後來心理谘詢理論的發展有巨大貢獻。榮格的分析心理學、阿德勒的個體心理學、弗羅姆、艾利克遜、霍尼、伯恩內等的理論與弗洛伊德的思想淵源關係，或多或少是對弗洛伊德思想的繼承和發揚。而奧爾波特、羅傑斯、馬斯洛、艾利斯等思想與弗洛伊德思想背道而馳，或多或少是因為看到了精神分析的嚴重不足而被激發出來的。這間接地導致了心理谘詢理論的繁榮。
第四，精神分析是第一個係統的心理谘詢理論，弗洛伊德提出的某些方法已經變成心理谘詢的一般方法，如解釋、澄清、反映等。雖然自由聯想已經不常被用，但夢的分析在心理谘詢中依舊被廣泛應用。而他提出的阻抗、移情以及防禦機製等概念，是目前每個心理谘詢師都必須學習的基本知識和技能。
無論如何，弗洛伊德對人類心靈的洞察是無與倫比的，他對心理谘詢的貢獻是肯定的。
但精神分析的缺陷也是明顯的。
第一，盡管弗洛伊德有很好的科學素養，也力圖使他的學說依據自然科學的遊戲規則構建，但由於心理問題的特殊性，他最後放棄了“自然科學道路”，代之以現象學方法進行研究。這一點是他常常受到批評和指責的地方，主要是取樣、方法、資料收集都與“正統的自然科學方法”不吻合。（這其實涉及科學的標準問題，如果承認現象學方法也是科學的，科學是多元的話，指責弗洛伊德的方法就顯得不太科學了。）
第二，弗洛伊德太鍾愛他發現的“戀母情結”等性心理現象了，以致認為至少多數神經症都是由性心理衝突引起的，甚至用“戀父情結”來分析人類文明之起源問題，雖然膽識過人，見解獨到，但難免牽強附會，有小蛇吞象之謬。其實，即使在他的時代，有些神經症也明顯與性無關，如考試焦慮，分離焦慮，“一早被蛇咬，十年怕草繩”，重大創傷後的抑鬱症等，都有其他方麵的原因。
第三，他致力於發現具有普遍性的規律，但忽視了人類心理的社會文化性。人是生物性和文化性的有機結合體，即使是生物需要，在不同的文化裏也有不同的表現。弗洛伊德的單純性格與經典自然科學的美學原則（簡單是美的）使他極力把紛紜複雜的人類心理現象簡單化為人格三個成分的矛盾運動。隻能說，這種簡單原則框架下的學說能解釋部分現象，但離揭開人類心理之迷還相距甚遠。
第四，精神分析方法的效果不理想。弗洛伊德自己也承認，他一生治療的病例中，失敗的多，成功的少。這不外乎兩大方麵的原因，一是理論本身隻是滄海一粟，無法涵蓋心理現象之眾多奧妙；二是理論與實踐存在較大差距，由於精神分析有一個獨特的概念體係，本身不易理解，要來訪者領悟心理問題的奧妙更不容易，效果自然會不理想。