行為療法建立在科學主義的規則之上，強調客觀性、可測性，開門見山，直麵問題，可操作性強，確實避免了主觀臆斷所帶來的一些誤差和困惑。它走了與精神分析完全不同的道路，獨辟蹊徑，自成一家，是心理谘詢領域的一個革命性的發展。它對心理谘詢的主要意義有以下幾個方麵：
第一，行為療法是從行為主義的實驗研究基礎上發展起來的，對行為機製的解釋有紮實的科學基礎。無論是經典條件反射、操作條件反射還是觀察學習理論，都有其不可動搖的理論根基，具有頑強的生命力。
第二，在解決問題的途徑上，如果說精神分析追求的是“頓悟”式的飛躍的話，那麼行為主義更像修煉派，注重一步一個腳印地改造自己。這對於許多無力“悟通”（workthrough）的人或問題來說，無疑是一個明智的選擇。尤其對於有問題行為的年幼兒童，行為療法常常是最佳的甚至是唯一的選擇。
第三，在操作方式方法上，行為療法的技術明確，針對性強，容易掌握，便於進行“標準化培訓”，在不同谘詢者之間保持一致。也方便來訪者了解谘詢意圖、使用的手段和要達到的目標，減少谘-訪之間的誤解。
第四，這種方法療程短，效果好，花費低，適應麵廣。實踐已經證明，它對神經症、不良行為、性功能障礙和性變態以及精神分裂症等疾病有良好的療效。
最後，有利於谘詢效果的客觀評價，一些不能進行客觀觀察的心理問題的谘詢效果，往往受到期望、麵子等因素的影響而不能進行客觀的評價，而客觀的行為則不同，“有目共睹”，主觀因素的影響比較小，來訪者、谘詢師和觀察者對靶子行為的觀察差異可以縮小甚至消除。
但行為療法也存在一些缺點。
第一，這種方法的操縱感太強，會引起“冒犯尊嚴”問題。曆史上最典型的案例是斯塔特計劃。這是20世紀70年代中期在美國的密蘇裏州斯普林菲爾德聯邦監獄裏實行的行為改造計劃，按照這個計劃，罪犯們的行為將得到改造，他們的行為表現將回複到可以被社會接受的水平。開始時，罪犯們被禁錮在孤獨的牢房中，如果表現好，可以改善生活條件，如好的牢房、食物、自由等。參與計劃的罪犯隻是少數，但其他罪犯聞信後，紛紛抗議這種“動物訓練”方法，最後聯邦監獄22500名囚犯提起訴訟，要求終止這項計劃，理由是違反人權。所以，在動物身上實驗證明的東西並不適用於人類社會，在兒童身上證明的原理也不一定吻合成年人的心理。
第二，盡管後來的行為主義者如班杜拉等把認知納入行為治療，但對認知和情感重要性的忽視依然存在。事實上，人的有些心理問題確實主要是認知和情感問題，如完美主義、單相思等，用行為療法就顯得無能為力。所以行為療法隻能用於解決人們的低級行為障礙，諸如恐懼症、焦慮症等。對於那些複雜的社會家庭問題，如不孝敬父母、缺乏誠信、夫妻感情不和、代溝等問題，行為療法更顯得束手無策了。
第三，行為療法的哲學基礎是機械決定論，認為人的一切行為都是刺激決定的，隻要設計好刺激，行為就會朝著預想的方向發展。從現代科學發展的趨勢看，這種思想已經落後。事實上，決定和非決定，與可知和不可知一樣，是相對的，兩者的關係是辯證的。在心理谘詢中，來訪者的變化不可能完全由谘詢師提供的刺激決定，谘詢師應該對來訪者的變化抱有靈活的、開放的態度，無論成敗都不能完全歸因於自己提供的刺激，因為刺激是死的，來訪者是活的。