還沒站穩腳跟的毛人鳳趕忙要做的事情，就是加固自己的後台。他頻頻向國民黨高官伸出了橄欖枝，用各種獻媚討好，甚至扮作小醜，來贏得高官們對他的莞爾。他深知自己要想獲得更多，必須得到蔣介石的青睞。他步入戴笠的後塵，做了一隻匍匐在蔣介石腳邊乞求庇護的狗。
——毛人鳳手下的保密局
終於到了毛人鳳做大當家的時候了。他從來就不是一個願意停下來休息的人，而且保密局還有太多的工作要忙，他必須牢牢把住了自己的位置，不給別人可乘之機。
保密局的內部組織，與“軍統”時期大致相同。在局長副局長之下，設局長辦公室主任。鄭介民一走，毛人鳳也把鄭介民的心腹張繼勳從局長辦公室主任的位置上給踢走，取而代之的是自己的親信。
局本部設七個處，從收集情報，到綁架暗殺等特殊行動，再到電報電訊，監獄司法等等，都有專門的負責人員和機構，設置和過去的軍統基本無異。其中值得一提的是重慶“中美合作所”內的“白公館”和“渣滓洞”兩個看守所，也由毛人鳳手下的司法處管理，這才造成了日後大屠殺的悲劇。
另外一個特殊的部門，叫做“特種政治問題研究組”，專門研究有關中共的問題，成員都是一些叛徒。這個機構在“軍統”時代，由張國燾主持，張離去後，由瞿夢秋任組長。毛人鳳對予這些人是不放心的，隻想利用他們的舊關係為保密局工作，所以這個組不在保密局裏麵辦公，隻在有事時，找瞿夢秋去開開會，別的成員都不讓到保密局去。
“軍統”原有的設計委員會，保密局照樣保留，專作儲備高級特務之用，先後由張嚴佛、劉啟瑞等當過主任委員。另外還有由局本部直接領導的高級情報員十四名，其中有的是國民政府中央各部門的高級幕僚，有的是大商人，有的是過時的官僚政客，專搞一些所謂上層情報。
保密局外勤省站的編製，按國防部核定的人數分為三種：如上海、天津、北平、四川、雲南等大一點地區，稱為甲種站，為一百六十人；安徽、貴州、新疆等稱為乙種站，為一百一十人；再小一點的地方稱為丙種站，為六十人。甲種站除站長、副站長外，有一個書記、一個至兩個助理書記，一個情報編審、一兩個助編，兩個司書，一個譯電員以及主管人事、總務、會計、交通等人員。此外，還有一個專搞學生特務工作的學運指導員，和一個專搞工人特務工作的工運指導員，與幾個直屬省站的情報員。另有一個由局本部督察室派去的督察員，受督察室和站長的雙層領導。
省站一級，大都由局本部電訊處配置一個電訊支台，各組則設有組台，由支台直接和保密局總台聯係。這個支台是站的配屬單位，不受站長領導。支台一般有兩三部大型電機，組台都是小型的特工機。
保密局成立時，毛人鳳因為擔心對外勤人員控製不了，所以各省站的站長，用的大都是“軍統”臨澧特訓班的畢業生和提升起來的一些中級特務，有意不用資格老的人。但因為由“軍統”時期起便有一條規定：“秘密領導公開”，而各省公開單位的負責人，又多是“軍統”的老特務，他們對那些年資淺的省站站長都不買賬，所以各站的工作也就推不動。等到毛人鳳把鄭介民擠了出去之後，一方麵已經大權在握，一方麵也感到再這樣下去實在不行了，才決定把一些將官級的人員調出去當站長。並在一九四八年春天，把新調任的站長和準備保留的一些老站長總共三十人左右，在南京辦了一個站長講習班，由他自己親自主持，訓練了一個月。而把原有的一些資曆較淺的站長，降為副站長。
在站長講習班結束時，蔣介石還在黃埔路“官邸”接見了這些參加講習的站長。他對毛人鳳調整省站人事的辦法，極為讚許。又說各省的工作重點應擺在省站，並要各省站的負責人，對外勤特務必須加以調整。又說保密局的外勤人員必須社會化，每個人都要有一個公開的職業作為掩護，以便打入社會各階層去活動，特別要設法打入各民主黨派和進步團體，多多拉攏一些動搖分子參加特務工作。而最主要的是要千方百計、不惜任何代價打入共產黨在各地方的組織去。他又吩咐，不稱職或身份已暴露的特務人員，應調到公開機關去安插。還要不斷吸收新人員參加。蔣介石說，各省站的負責人，除了管省站的工作外，還要親自去從事高一級的情報活動。並提出，省站站長可以用國防部專員的名義，在當地作公開活動，站長以下則要絕對秘密。
那些被戴笠視若至寶的特訓班學生對毛人鳳來說，卻是一個不小的累贅。因為戴笠死前招收的最後一批學生年齡尚小，培養起來還要好幾年，無論從費用、人力、時間來說，都需要大量投入，並且不知回報如何。所以毛人鳳決定中止這期特訓班，遣散學生。
在由軍統變保密局的大裁軍過程中，為了保持軍統的本色不變，毛人鳳上報蔣委員長批準，采取汰弱留強的辦法。軍統特務按參加早晚，分為三種人：一，核心分子，指抗戰以前參加軍統的老特務；二，基本人員，多為抗戰期間軍統各個訓練班的畢業生；三，一般分子，主要包括抗戰期間從各公開機關吸收的特務，由私人介紹加入軍統的及由士兵提升轉化的特務。這次裁汰的標準，主要是保留核心分子、基本人員，對一般分子則根據表現予以遴選。被裁汰的人員怒氣衝天，保留下來的也憤憤不平：“我們是抗日反共的有功之臣，這樣做不是過河拆橋卸磨殺驢是什麼？”戴笠在世時，參加軍統是隻準進不準出，特務們自以為加入了軍統就是捧上了鐵飯碗。現在鐵飯碗碎了，沒碎的了快變成了泥飯碗，特務們一個個都氣得破口大罵，不堪入耳。
毛人鳳想出了他自己的一套辦法來安撫人心。
他一方麵仍學戴笠的老辦法，每天中午，在局本部與副處長以上人員一起吃飯，一起談問題，以期增加效率。在和公開特務機關的聯係上，也保留“軍統”過去的成例，每月約集憲兵司令、“中統”局長、警察總署署長、國防部第二廳廳長等開會一次。
保密局成立時，是在南京馬台街二十二號辦公，一九四七年上半年才遷入洪公祠新建的大廈。之後，毛人鳳又特別在傅厚崗通往玄武門的馬路上，弄了一幢房子，取名“誠廬”，作為各特務單位首腦開會之用。一些有關對付共產黨及鎮壓民主愛國運動等問題，便在這種會議上提出來，以便各特務機關能采取協作的步驟。毛人鳳還規定：各省站站長，必須參加各地省一級的特務會報，以便在反共方麵，能取得更多的聯係。又規定各省站站長每月至少要召開一次“公秘會報”（公開和秘密的特務機關負責人的會報），輪流報告各單位工作，然後彙報保密局。
蔣介石對毛人鳳的工作也是十分關注。一方麵他對毛人鳳的能力還持保留意見，另一方麵是形勢對他愈來愈不利，他也愈來愈指望其特務機關能發生更大更多的作用，就比以前更加下功夫了。因此，在“軍統”改為“保密局”之後，他一再親自出馬對上層成員“訓話”，也一再集體的或個別的接見派到各地去的省站人員，指示打氣，希望他們多多拚命。而毛人鳳在這時期，為了爭取表現，鞏固其黑暗“事業”，也特別大賣力氣。
在保密局時期，所能控製的公開機關，已不如“軍統”時期那樣多。而在被控製的機關中，由於權力之爭的加劇，其負責人也不如“軍統”時期這麼聽話。當時，最大的公開特務機關，要數全國警察總署，署長是唐縱。如果戴笠不死，這個警察頭子的職位很可能落在“中央警校”教育長李士珍的手上，因李在抗戰勝利後所擬的“十年建警計劃”很得到蔣介石的重視。也有戴季陶等人的極力支持；且蔣之馭下，一向愛用互相牽製的手段，也有意把警權交給李。但戴笠一死，蔣為了使“軍統”的人安心，又把這一組織交給了“軍統”的唐縱。唐既被鄭介民和毛人鳳擠了出來，為了建立個人的勢力，便一心要搞出自己的一套。
唐縱首先提出要使警察人員“正規化”，凡不是警官學校畢業的人不能當警官。所以對於保密局介紹去的人，非經他親自批準，不派工作，實際上等於拒絕控製。但蔣介石雖把這個警察組織交給唐縱，但在重要人事上仍要加以控製，特別是一些大城市的警察局長，都得由他親自決定。因此又造成另一種情況：鄭介民和毛人鳳既不便越過唐縱去請蔣介石批準；而唐縱也不會為保密局去爭。結果，保密局要在警察係統安插人，更加不順手了。
抗戰勝利以後，各大城市的警察局長，都由蔣介石親自派出，上海給了宣鐵吾，北平給了陳卓，天津給了毛文佐，南京給了黃珍吾。本來，照戴笠的暗中安排，天津要安插李漢元，但這個在天津租界為外國人當了十多年奴才的“天津通”、老“軍統”，結果隻好屈居毛文佐之下，當了個副局長。南京的首都警察廳長一職，原本是戴笠留給任建鵬的。在南京撤退時，任建鵬擔任首都警察廳保警總隊長，帶著一批武裝保安警察向重慶逃跑時，把首都警察廳的印信帶在身邊，早已野心勃勃。到重慶後，他改任內政部警察總隊長。由於有戴笠撐腰，以為勝利一來，首都警察廳長非他莫屬。豈知人算不如天算，蔣介石把這個位子給了別人，他自己隻弄到一個漢口警察局長。以後北平的陳卓走了。憲兵司令張鎮又推薦他的參謀長湯永成去接充，戴笠派去的副局長祝維屏也沒有推上去。一直到一九四八年，幾個大城市的警察局長，才慢慢落到“軍統”的手上，先是天津歸了李漢元，北平歸了楊清植，上海在解放前給了毛森。因此毛人鳳常埋怨唐縱，說“唐先生隻會向家裏(指“軍統”)要東西，要去了馬台街的房子，要去了不少的汽車，要去了中美所的刑事實驗室全部器材，就是不肯要人！”特別是以後唐兼了國防部保安事務局長之後，也隻挑了趙世瑞等幾個人去工作，更加深了“軍統”老特務的反感。
保密局所控製的第二個公開的機關，是交通部全國交通警察總局，先後由吉章簡、周偉龍、馬誌超任總局長。這個局的成員，大都是原來軍委會水陸交通統一稽查處和軍委會別動軍司令部及忠義救國軍的人馬，基本上還接受保密局的領導。當時，幾條鐵路的警務處長，如京滬、滬杭甬的王兆槐，平漢的朱若愚，津浦的吳安之，隴海的程一鳴，膠濟的賀元，粵漢的張輔邦，湘桂的史銘，滇越的田動雲，都是“軍統”老特務。公路方麵，公路總局之下的各地公路局的警衛稽查組、和運輸處的警稽室，也都由“軍統”老特務控製。交通警察總局的二十多個交通警察總隊，也全是由原屬“軍統”指揮的特務武裝部隊改編而成的。
按照過去“軍統”的傳統，公開機關國防部第二廳，也應由保密局控製。這在鄭介民以保密局長兼第二廳長的時期，還不成問題。後來鄭被免去保密局長和第二廳廳長兼職，由副廳長侯騰升任廳長後，便不願受保密局的控製。侯還想把原來在第二廳的“軍統”特務排擠出去，一手把持軍事情報，而讓保密局專搞黨政情報，分庭抗禮。毛人鳳因為自知在軍事情報方麵搶不過第二廳，但又不肯放手，隻好暗中指使留在該廳的“軍統”成員，繼續與保密局保持工作關係，並設法與侯騰搗鬼。一直到逃台之前，雙方都勾心鬥角，互相爭寵。
保密局控製得最多的是各地的稽查處，這是“軍統”從抗戰勝利後便更首先搶到的公開單位，如上海淞滬警備司令部稽查處長程一鳴、南京衛戍司令部稽查處長何龍慶、北平警備司令部稽查部倪超凡、天津警備司令部稽查處長陳仙洲等等，都是戴笠親自安排的，以後也一直掌握在保密局手中。至於原來大後方的一些地區，如重慶、成都、西安、蘭州等地的稽查處，在保密局時期，也一直沒有放過手。另外，各大城市的偵緝大隊或刑警處，也都掌握在保密局手中。保密局在各地掌握了這兩種公開特務機關，不但對逮捕、搜查、監禁等方麵的活動，可用“合法”的麵目從事，得到很大的方便。
另外，在保密局控製下的，還有兵工署的稽查處。這個處成立於抗戰初期，原來叫警衛稽查處。抗戰勝利後仍舊保留下來，改名稽查處。保密局內部則稱之為兵工稽查處，以區別於各地警備司令部的稽查處。這個處的成立，是專門為了防止共產黨在各兵工廠活動和鎮壓各兵工廠工人的。國民政府又把各兵工廠工人列為現役軍人，不準組織工會。各兵工廠都設有警稽組和警衛大隊，他們對待兵工廠工人，也動輒是“軍法從事”。抗戰期間，這個處的處長是張師，勝利後是廖宗澤，這兩人都是投入“軍統”的間諜。
保密局的外圍組織，最大的一個要算是“中國新社會事業建設協會”。這個組織，是由抗戰時期戴笠所主持的“人民動員委員會”擴充起來的。當時，戴笠的野心很大，想把全國的青幫、洪幫、袍哥、哥老會以及各地的流氓組織統一起來，歸他自己領導，以加強“軍統”的外圍力量。被邀參加這個組織的委員，有杜月笙、王曉籟、向鬆坡、楊虎、張嘯林、範紹增等近百人。一九四六年在上海靜安寺路麗都花園開籌備成立大會時，各路人馬均趕去參加，曾被認為是一個“盛舉”。戴笠死後，由“軍統”大特務徐亮負責，已經抓不起來，特別是在發展組織時，遭到CC派和政學係等各方麵的攻擊與阻撓。其中主要原因，是他們怕保密局掌握了各地幫會組織之後，對於選舉“國大代表”和立法委員時，會起操縱作用，對於他們的派係不利。鄭介民和毛人鳳一看風頭不對，這個會才在無形中停止了活動。