建文帝削藩的第一個目標就是周王朱[木肅]。建文帝密令李景隆以北上備邊的名義兵臨開封，趁周王毫無準備之際突然將其抓捕，送至京師。建文帝將周王謫遣到“煙瘴之地”的雲南蒙化，後又把他召回京師禁錮起來。
為什麼首先選擇周王呢？周王朱[木肅]，朱元璋的第五子，明太祖洪武十一年（公元1378年）封周王，明太祖洪武十四年（公元1381年）就藩開封。這次削周王名義上是因為周王次子告發他“異謀”，實際上因為這次削藩的周王是燕王的同母弟，二人皆為妃所生，關係最為密切。因此，建文帝先廢周王，有去燕王手足的用意。
周王朱[木肅]首先被逮，使得本來就心懷異圖的朱棣抓緊時間招兵買馬，挑選壯士為衛軍，又四處召集異人術士。看來，朱棣也知道篡逆是十惡不恕大罪，勾引術士相人在身邊無非是給自己以心理安慰，並對左右從人施以心理暗示。
明惠帝建文元年（公元1399年）五月，朝廷又因岷王朱[木遍]有“不法事”，廢其為庶人。不久，湘王朱柏因私印鈔票和擅自殺人，受到朝廷“切責”。朝廷還派使臣至湘王封地，勒令朱柏入京接受鞠審。
這位湘王朱柏性格倔強，對左右說：“我聽說前代大臣下獄前，多自己引決自殺。孤家是高皇帝子，南麵為王，豈能受辱於獄吏而求活呢！”，於是，朱柏聚集諸子、嬪妃，緊閉宮門，闔宮自焚而死。
一不做，二不休。建文帝及朝臣下詔詔齊王朱賻進京，廢為庶人，關進大獄。接著，下詔把代王朱桂也在大同軟禁，廢為庶人。
數月之間，針對諸藩王的大獄一起緊接一起，天下震動，目標直指燕王朱棣。但是，建文帝並未意識到他的行動實際上已經打草驚蛇，這樣即引起了藩王們的岌岌自危，還使得燕王加緊做出準備。當朱允炆決定向朱棣開刀時，卻為時以晚。燕王朱棣正發展勢力，蓄勢待發。
建文君臣已知悉燕王舉動不尋常，並采取了一些措施提防朱棣。建文帝以防備北邊蒙古為名，派武將戎守開平，並下令調征燕王所屬衛兵出塞。其後，派工部侍郎張芮為北平左右政使，任謝貴為都指揮使，讓他們倆充當內奸，隨時就地偵伺這位王爺的動靜。同時，朱棣的大舅子徐輝祖（功臣徐達之子）常常把從妹妹那裏打聽來的燕王信息密稟於建文帝，由此大見信用，被加封為太子太傅，與李景隆一起統管軍隊，隨時準備發動圖燕之舉。
明惠帝建文元年(1399年)七月，朱棣在做了充分準備後，在姚廣孝等人遊說下以“清君側”為名舉兵起事，以“誅齊黃、清君側”為名，揮師南下，爭奪帝位，史稱“靖難之役”。
建文帝部署兵力，奮力平叛。在最初的戰鬥中，朝廷的兵力占絕對優勢。不過，由於大將李景隆的指揮不當，明軍屢遭敗績。盡管燕軍氣勢洶洶，並曾攻下城邑，但卻旋得旋失，所以鏖戰三年，燕軍僅據北平、保定、永平三郡而已，戰爭出現僵持局麵。
建文帝原本以為自己已經準備好了天羅地網，擒拿朱棣隻是早晚的事，但他明顯低估了燕王的能力。戰爭開始之前，建文帝以防邊為名，調走了燕王的護衛士兵，又派出兩位心腹到北平監視燕王的一舉一動，宋忠統兵3萬駐軍開平，另在山海關、臨清皆有軍隊協防，將燕王緊緊包圍起來。隻是，建文帝沒有想到，朱棣統兵作戰的經驗遠遠超乎他的想象，臨危不亂，先後蕩平了周圍的軍隊。
明惠帝建文元年（公元1399年）八月，建文帝命耿炳文帶兵13萬伐燕，兵敗退守真定。九月，命李景隆帶兵50萬出征。李景隆隻會紙上談兵，沒有實際作戰經驗，被朱棣打敗。經過幾次教訓，建文帝終於醒悟到了李景隆的平庸，啟用保衛濟南的功臣盛庸為將，取得了東昌之役的勝利，但這也無法改變燕王勢力逐漸增強的事實。
“靖難之役”曆時三年，前期作戰，朝延軍隊連連敗藉。但自濟南保衛戰後，朝延軍隊主力屯駐德州，相機出擊，以遏燕軍。德州處在運河線上，南北交通便利，燕軍自河北南下，始終處在德州的監控之下。燕軍南攻時，朝延軍隊或自德州橫出斷其歸路，或襲擾其補給線，或乘虛北攻。所以，雖以朱棣之善用兵，朝延軍隊再未出現過戰爭初期的那種大的挫敗，燕軍勢力基本上被阻在山東以北。朱棣未克山東，故雖屢戰屢勝，激戰兩年半，卻始終未能打開局麵。
在戰爭進行到後期的時候，這時一些被建文帝處罰的不法宦官向朱棣透露了京師空虛的情報，並表示願充當燕軍內應，朱棣正確分析了形勢，隻要建文帝在一天，地方軍隊就會抵抗一天，而且自己就是叛王。但如果一旦攻占南京，成為一國之君後，相信也沒有多少人反對，因為大家都是持觀望的態度。於是，朱棣改變以往攻城奪地的戰略，率軍直搗南京。李景隆和穀王打開金川門迎降，朱棣取得了“靖難之役”的最終勝利。
文治
儒雅好文，大開科舉
從朱允炆的年號“建文”，就可以看出這個皇帝的具性特點。朱允炆頗有修養，儒雅好文。在朱允炆尚年幼的時候，有一次，朱元璋命兒孫們做對子，門前有儀仗，儀仗裏有馬匹，朱元璋給出一個上句讓大家對，朱元璋上句說：風吹馬尾千條線。朱允炆馬上對出來“雨打羊毛一片氈。”非常工整。但是筆力不足，沒有天子氣概，極為軟弱。 旁邊，他的四叔朱棣脫口而出：日照龍鱗萬點金。氣魄奪人，光芒四射，一派帝王氣概。和朱允炆形成鮮明的對比。可以想得到：建文帝在安定的生活中成長，接受的是儒家學說的熏陶，缺少對現實的了解，所以為人多愁善感，而且他所重用的大臣也多是讀書人。因此，朱允炆的執政生涯中難免有理想主義色彩。
明太祖洪武二十五年（公元1392年）十月，朱允炆被立為皇太孫。明太祖洪武二十九年（公元1396年），老皇帝朱元璋召集諸子於東宮參見朱允炆，行宮廷儀製，也就是讓朱允炆的叔叔們拜見未來帝國的皇帝。厚道謙和的朱允炆內心很是不安，於東宮按朝廷禮儀受拜後，趕忙入內殿，以“家人禮”拜見諸叔。
當初，朱允炆的父親皇太子朱標輔佐朱元璋處理公務時，由於其本性仁厚，“於刑獄多所減省”，救回不少人命，惹得天性好殺的朱元璋很不高興。朱允炆為皇太孫時，輔佐老皇帝處理朝務，也“複佐以寬大”。由於當時武臣謀士幾乎被朱元璋殺光了，朱元璋沒有再對孫子發怒，一直“龍心甚悅”。朱允炆還根據《禮經》，參考曆朝刑法，對洪武律令中特別不合理的七十三條重法予以刪改，深得民心，“天下莫不頌德焉”。
朱允炆14歲時，他的父親太子朱標患有重病，身上有個大肉瘤，苦不堪言。朱允炆盡心伺候，日夜守在身邊。朱標去世後，朱允炆不食數日，悲哀異常，心如鐵石的老皇帝朱元璋也哀不自勝，撫著孫兒的背，勸說道：“你真是孝順嗬！別這樣悲哀不吃東西，會拖壞了身子骨，我還活著啊，讓我怎麼辦！”朱允炆這才稍稍進食，收淚強忍哀痛，以使皇爺安心。朱標去世後，朱允炆將三個年幼的弟弟接到一起，對他們的飲食起居照顧得十分周到，並沒有讓他們覺得孤獨。
朱元璋病逝前，脾氣異常暴躁，許多人擔心因此遭到牽連，都離得遠遠的，而朱允炆親自服侍，常常整夜無法入睡，但他也沒有一句怨言。
朱元璋用武力奪得天下，自然而然地形成了尚武輕文的局麵。朱允炆有意結束其祖父尚武的政風，大力加強了文官在國家政事中的作用。初登大寶之時，朱允炆自己確定新年號為“建文”，與祖父的年號“洪武”形成鮮明的對照，從中可見朱允炆治國方略的改變。朱允炆還將六部尚書升為正一品，大開科舉考試，並下詔要求薦舉優通文學之士，授之官職。
明太祖洪武年間時，南京軍事衙門大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是從一品，而六部尚書卻隻有正二品。《大明律》中明文規定文官不許封公侯，因此朱元璋的主要謀士劉基僅僅得封“誠意伯”，而武將得封公侯者甚多，稱王者也不少。這種局麵下，文官在議論朝政中的地位可想而知。
建文帝身邊幾個被委以重任的大臣也是飽讀詩書的才子。兵部尚書齊泰，明太祖洪武十七年（公元1384年）應天府鄉試第一，次年進士。太常寺卿兼翰林學士黃子澄，明太祖洪武十八年（公元1385年）會試第一，與齊泰同榜。翰林侍講方孝孺是建文帝身邊的主要謀士，幼時就以聰敏機警著稱，後師從當代名儒宋濂，詩文為時人所推崇。據說，後來成祖朱棣入南京繼帝位時，僧人姚廣孝怕成祖殺方孝孺，為之求情，說殺了方孝孺天下讀書的種子就絕了。正是因為建文帝所依賴的大臣多為這樣的文人，所以人稱新朝廷為“秀才朝廷”。
朱允炆接受方孝孺的建議，甚至要恢複西周時期的井田製度。朱允炆還使用一些《周禮》中的官名，依古製改革某些官職。中國古代的知識分子有著強烈的崇古情結，言必稱三代，似乎那時的製度是完美的，那時的社會是理想的，今不如昔。從這一點不難發現，建文集團過重的文人氣息，成為他最後失國的一個主要原因。
這種情況下，文人獲得了比以前更高的政治地位，再也不用擔心像洪武朝那樣動輒以一言獲罪的情況。因此，他們膽量也大了，對朝政敢於表達自己的意見，對建文帝忠心耿耿，這也是後來大批文臣甘願為建文帝殉難的原因。
生平最得意之事
得天下民心
建國之初，太祖朱元璋以剛猛治國，亂世用重典，法外用刑情況嚴重。朱元璋認為：“法嚴則人知懼，懼則犯者少，故能保全民命。法寬則人慢，慢則犯者眾，民命反不能保。”因而，屢興大獄，殺的人很多；還使用了許多恐怖的刑罰，如抽筋、剝皮、閹割、淩遲等，因此有獲罪的大臣跪求“臣罪當誅，謝主隆恩”，比較起來，能被砍頭也成了幸運的事。
而朱允炆在當皇太孫時就已經意識到太祖用刑過猛，因此登基後力圖改變這種情況。朱允炆在做皇太孫時就向祖父請求更定《大明律》。朱允炆以《大明律》與曆朝法律作比較，認為《大明律》用刑過重，改正了其中量刑較重的部分律法。朱允炆當上皇帝以後，宣布“但布維新之政，永維寬猛之宜。”說要更新政治，在寬猛要適中，不要像朱元璋那樣以猛治國，
朱允炆估皇帝以後，寬刑法。據說，當時刑部審問囚犯要比往常減少三分之二。
此外，朱允炆還減低賦稅，救濟災民，關懷老弱。限製僧道占田，說廟裏的和尚道士也都占土地，太多不行，一個人至多5 畝，多的分給老百姓。朱元璋時期，江浙重賦是有名的，針對江浙賦役過重的情況，朱允炆特下詔“江浙賦獨重，宜悉與減免，畝不得過一鬥”。
可以說，朱允炆的一係列措施，改革了洪武時期的不少弊政，充分體現了他仁義禮樂化民的治國思想，給百姓、官吏都創造了一個寬鬆的環境，緩和了社會矛盾，對社會的安定產生了積極作用，一時政通人和。所以，後人有“四年寬政解嚴霜”之譽。四載寬政，陽光照雪了，霜雪都已經溶化了。所以，人們對朱允很是忠心，甘願為他赴死。這樣，朱允炆的建文一朝是很得民心的。
生平最痛心之事
皇位被奪
在“靖難之役”的初期，建文帝朱允炆是占據了一定的優勢的，燕王朱棣初起兵時，燕軍隻據北平一隅之地，勢小力弱，朝廷則在各方麵都占壓倒性優勢。所以戰爭初期，朝廷擬以優勢兵力，分進合擊，將燕軍圍殲於北平。燕王朱棣采取內線作戰，迅速即攻取了北平以北的居庸關、懷來、密雲和以東的薊州、遵化、永平（今河北盧龍）等州縣，掃平了北平的外圍，排除了後顧之憂，便於從容對付朝廷的問罪之師。由於朱元璋幾次借故大殺功臣後，朝廷中已經沒有幾個能征慣戰的武將了。所以，盡管耿炳文當時已經65歲了，也隻能披掛出征。耿炳文和朱元璋一樣，都是濠州人。當年，耿炳文駐守長興10年，抵禦張士誠的進攻，“大小數十戰，戰無不勝”。朱元璋十分滿意，建國後封耿炳文為長興侯，為一等功臣。建文帝朱允炆命耿炳文為主帥，有一舉殲滅燕王之意。
建文元年八月，朝延至河北滹沱河地區。耿炳文駐軍真定，派前鋒9000人據守雄縣。燕王朱棣探知清楚後，於八月十五日悄然來到雄縣。正值中秋之夜，守城士兵飲酒賞月，放鬆了警惕。當發現燕兵時，燕王朱棣的軍隊已經攀上了城牆，守軍倉促應戰。這支部隊是朝延軍隊的精銳，戰鬥力很強，直到第二天破曉之時，燕王朱棣才攻占縣城，朝延軍隊全部力戰而死。最終朝延軍隊不敵燕軍鐵騎，退守真定城，不再出戰。耿炳文長於固守，而所率軍兵多步兵；燕軍多騎兵，擅長野戰。燕王朱棣認為耿炳文是富有作戰經驗的老將，不好對付，擔心時間一長，士氣低落，遂圍城三日後退回北平。
真定一戰，朝延軍隊損失數萬人馬，但主力尚存。如果堅持固守策略，燕王朱棣還真沒有什麼好辦法。然而，建文帝朱允炆聽到耿炳文軍敗的消息，根據黃子澄的推薦，任李景隆為大將軍，代替耿炳文對燕軍作戰， 意圖從速殲滅燕王朱棣。臨陣換將本是兵法大忌，何況是以弱換強。當年秦趙長平之戰，趙王不理解老將廉頗的固守戰略，聽信反間計，換了飽讀兵書而一無用處的趙括上去，結果40萬趙卒埋身長平，也為後世留下了紙上談兵的笑柄。建文帝朱允炆此次換掉耿炳文，實為一大失策，也是以趙括換廉頗的樣子，給燕王提供了戰機。
李景隆接替耿炳文，合兵50萬。李景隆是朱元璋的外甥李文忠的長子，長得高大威猛、儀表堂堂，喜讀兵書，然而缺乏作戰經驗，是一個紙上談兵的紈絝子弟。建文帝朱允炆將希望寄托在李景隆的身上，恩寵有加；而對於燕王朱棣來說，李景隆隻是當年被秦軍坑殺40萬卒的趙括式人物。當燕王朱棣得知李景隆帶兵時，喜不自禁。燕王朱棣認為李景隆“為將政令不修，紀律不整，上下異心，死生離誌，敗一也；今北地早寒，南卒衣褐者少，披觸霜雪，手足皸瘃，甚有墮指之患，況馬無宿稿，士無嬴糧，敗二也；不量險易，深入趨利，敗三也；貪而不止，智信不足，氣盈而愎，仁勇俱無，威令不行，三軍易撓，敗四也；部曲喧嘩，金鼓無節，好諛喜佞，專任小人，敗五也”。這個分析雖然有燕王鼓舞士氣的因素，但卻是看到了李景隆的致命弱點。
李景隆放棄了耿炳文穩健的策略，率軍直撲北平，分兵三處：一軍攻打北平九門；一軍攻打通州；自己駐紮鄭村壩（北平東20裏）。當時朱棣赴大寧尋求救兵，北平守備空虛。攻打北平的戰鬥十分激烈，正陽門情勢岌岌可危。燕王妃徐氏親率婦女登城，投擲石塊，幫助守衛城門。主攻彰義門的瞿能父子驍勇善戰，率領精騎一度攻入城內，然而李景隆卻命令他等待大隊人馬，結果貽誤戰機，守軍以水潑城，一夜成冰，第二天已經難以攀爬了。北平的守軍並沒有一味死守，而是在夜裏不斷派遣小股部隊騷擾朝延軍隊，弄得朝延軍隊精疲力竭，人心不寧。
十一月，朱棣已經收編了寧王的部隊歸來，包括能征慣戰的朵顏三衛騎兵，實力大為增加。李景隆派陳暉率一萬騎兵東行，尋找機會迎擊燕軍，不期兩隊人馬沒有走到一條路上，未曾相遇。後陳暉發現了燕軍，從後麵尾隨而來，準備前後夾擊。燕王朱棣察覺後，命精騎回頭迎擊，將其一舉擊潰，陳暉隻身逃回軍中。燕軍士氣大振，燕王乘勢派朵顏三衛猛衝朝延軍隊。朵顏騎兵銳不可當，疾風暴雨般連破朝延軍隊七營。李景隆整頓軍馬，在鄭村壩與燕軍決一死戰。這場戰鬥，數十萬軍馬從中午一直打到晚上，屍橫遍野，十分慘烈。燕王朱棣趁著天黑，派奇兵左右衝殺，攪亂了朝延軍隊的陣營，然後燕軍正麵猛攻，占據了上風。當日未分勝負，雙方各自收兵回寨。李景隆沒有經曆過這樣慘烈的戰鬥，初戰不利，感到難以取勝，連夜拔營南遁，匆忙之中竟然沒有通知圍攻北平九門的將士。攻打九門的將士失去主力的掩護，僅兩天就被燕王朱棣擊敗，北平之圍始解。