鄭村壩大戰之後，原本銳意削藩的建文帝朱允炆卻變得軟弱起來，罷齊泰、黃子澄職，希望燕王息兵。這種做法無異於向朱棣示弱，是不會起到任何積極作用的。明惠帝建文二年（公元1400年）二月，李景隆致信朱棣，請求息兵。燕王朱棣現在兵強馬壯，自然不會講和。雙方厲兵秣馬，積蓄力量，準備在春天再戰。然而，燕王朱棣使用了一個小花招，戲弄李景隆於股掌之間。二月，燕王朱棣佯攻大同，李景隆率軍救援。燕王朱棣卻不與之戰鬥，由居庸關退回北平，李景隆奔波一場，勞而無功。當時天氣尚寒，朝延軍隊衣衫單薄，不少士兵被凍傷，部隊也沒有得到很好的休整。
四月一日，李景隆誓師於德州，號稱百萬（實則60萬），大舉北伐。雙方在白溝河擺開陣勢，雙方殺得難解難分，互有勝負。忽然一陣風將朝延軍隊大旗刮倒，朝延軍隊陣營產生了混亂。燕王朱棣抓住這難得的時機，指揮部隊猛衝，一舉擊潰朝延軍隊。
白溝河之戰是決定性的戰役。此後，建文帝朱允炆再也組織不起來大規模的軍事征討。燕王朱棣由此轉守為攻，取得戰事上的主動。
明惠帝建文三年(公元1401年)，朱棣又率軍在靈壁之戰中擊敗朝延軍隊。此戰之後，朱棣再也沒有遇到過大的戰鬥，順利地於明惠帝建文四年(公元1402年)六月十三日，兵臨南京城下，取得了靖難之役的勝利。
明惠帝建文四年（公元1402年）六月，燕軍渡過長江，兵臨城下。此時的建文朝廷已經亂作了一團，很多地方將領按兵不動。齊泰、黃子澄借募兵為由，離京奔廣德、蘇州。左都督徐增壽密謀私通燕王朱棣作為內應，被朱允炆察知，親手將他砍死。
麵對嚴重局勢朱允炆萬般無奈，又見警報迭傳，下令縱火焚毀皇宮。燕王朱棣殺入宮中，搜尋了三天，始終沒有找到朱允炆。追問內侍，他們也不知朱允炆是死是活，隻知他下令縱火後就不見了蹤影。馬皇後和大多數妃子、內侍都被燒死，內侍們怕燕王朱棣不信，找了一具殘骸，說成是建文帝的屍骨。朱棣命人從灰燼撥出殘骸，已是滿身焦爛，四肢不全，分不清男女，隻得下令以天子禮殮葬。 此時，朱棣的靖難之役宣告成功，自己也登上了帝位，改年號永樂。
千秋功過
任用賢士，寬刑減賦；用人多疑，猶柔寡斷
任用賢士，寬刑減賦 建文皇帝朱允炆即位之後，重用黃子澄、齊泰、方孝儒等文人，一反明太祖朱元璋的做法，推行了一係列新政。首先是重德省刑，銳意文治，崇尚禮教。以致刑部的囚犯比往年減少了三分之二。同時，朱允炆又選派廷臣二十四人為采訪使，分巡天下，觀風俗，燭幽隱，興辦利民之事。其次是均免賦役。減免曆年逋租和天下荒田租稅。針對江浙賦役過重的情況，建文帝特下詔“江浙賦獨重，宜悉與減免，畝不得過一鬥。”
另外，朱元璋特意規定江浙人不許擔任戶部的職位，目的在於防止江浙人偏袒家鄉。建文帝則認為江浙重賦隻是用懲一時，不應該形成定製，既然田賦減輕了，浙東人自然也可以擔任戶部的官職。朱允炆還針對寺廟侵占民田的情況，下令僧道每人占田不得超過5畝，多餘的要退官分給農民。在朝廷內，建文帝對宦官管教甚嚴，同時又詔諭地方官，一旦發現宦官奉使橫暴、虐害士民即擒送京師，加以嚴懲。這也引起了不法宦官的怨恨，在日後“靖難之役”中或投靠燕王朱棣，或是做為內應。
在吏製方麵，朱允炆也進行了改革，重新更定官製，大力精簡機構，革除冗員。朱允炆在位的四年間，撤銷了九個州、三十九個縣以及一大批冗官冗吏和稅務機構，增加了中央財政收入，減輕了人民的負擔。
可以說建文帝的一係列措施，充分體現了朱允炆以仁義禮樂化民的治國思想，改革了洪武時期的不少弊政，給社會帶來了一陣清風。為無論是百姓，還是官吏都創造了一個寬鬆的環境，緩和了社會矛盾，對社會的安定產生了積極作用，一時政通人和，所以後人有“四年寬政解嚴霜”之譽。而在朝廷內卻是另一番情景，“靖難之役”後，朱棣當上皇帝，建文朝延投降的文臣隻有24人，其他或逃跑、或自殺卻有數千人。永樂朝廷幾乎無人可用，因此可見建文帝在文人士大夫心目中的地位是相當高的。
用人多疑，猶柔寡斷 但是，宅心仁厚的建文帝在性格上有一個嚴重的缺點，就是優柔寡斷，遇事無決斷力。削藩之前，燕王依禮入覲新君侄子建文帝，“行皇道入，登陛不拜”。大庭廣眾之下，朱棣憤然不行君臣之禮，顯然不僅老奸巨滑，確實還氣勢淩人。當時就有監察禦史奏劾其“不敬”之罪。而建文帝宅心仁厚，表示說“至親勿問”。
燕王來到北京自投羅網，本是抓捕歸案的絕佳機會，戶部侍郎卓敬再次密奏：“燕王智慮絕人，酷類先帝（朱元璋）。夫北平者，金、元所由興也，宜徙封南昌以絕禍本。”建文帝覽奏後變色，藏於袖中，不置可否。轉天，朱允炆親自召見卓敬，問：“燕王骨肉至親，何得及此？”卓敬逼問他，說：“隋文帝、楊廣兩人難道不是親父子嗎？”建文帝默然良久，仍舊下不了決心，隻是擺擺手說了聲“愛卿不要再講了”，示意卓敬退下。
明惠帝建文元年（公元1399年）四月，燕王朱棣歸國。建文帝的婦人之仁給了燕王一個絕妙的機會，在南京如果想處置燕王朱棣，兩個獄卒就可以辦到了。可以隨便給燕王朱棣安個什麼罪名，先抓起來再說。可惜建文帝太過柔仁，一直出主意削藩的齊泰和黃子澄關鍵時候集體失語，不力勸建文帝下手，放虎歸山，養虎反噬，悔之無及。燕王朱棣歸國後，馬上托疾不出。不久，朱棣對外又稱病危，以此迷惑朝廷。
五月，太祖朱元璋小祥忌日，依照禮製：諸候王皆應親臨陵墓致祭。燕王朱棣自稱病篤，派其世子朱高熾及另外兩個兒子朱高煦、朱高燧入京。當時有參謀勸朱棣不要把幾個兒子都派入京師參加祭禮。燕王朱棣一語道破天機：“此舉，隻為令朝廷對我不再懷疑。”
燕王世子朱高熾等三兄弟入京，兵部尚書齊泰就勸建文帝把三個人都一並軟禁起來。又是黃子澄表示異議：“不可。疑而備之，不是好事。不如遣還。”秀才參政，思前想後，怪不得有“百無一用是書生”之言。倒是燕王兒子三兄弟的親舅魏國公徐輝祖入殿密奏，表示說：“我這三個外甥中，惟獨朱高煦勇悍無賴，非但不忠，又會叛父，他日必為大患。”建文帝猶豫，向徐輝祖弟弟徐增壽和駙馬王寧問計。這兩人平時和燕王及其三子關係密切，飲酒縱馬歡歌，自然都是說好話，建文帝就在儀式後把三人好好打發歸國。
本來，朱棣派三個兒子入京後不久，便忽然生悔，生怕三個小子被他們當皇帝的堂兄弟一網打盡。現在，看見三個人尾無恙返回，朱棣喜出望外，大叫“吾父子複得相聚，天讚我也！”
建文帝放燕王朱棣回北平，一錯；又縱放燕王世子朱高熾等人歸國，使朱棣起兵更無所顧忌，二錯；特別是放走了強悍敢戰的朱高煦，三錯。日後，朱棣之兵鋒最銳者，關鍵時刻加最後一把力者，當屬這位朱高煦。彼時，建文帝大歎“吾悔不用輝祖之言！”為時已晚。
建文帝嫡孫襲統，居正朔之位，竟敗於起兵反叛的藩王之手，實是中國曆史上一個非常出人意料的結局。總結起來，建文帝失敗原因不外如下：建文性格太過柔弱仁厚。燕兵將皆勇戰驍勇之輩，建文帝竟於大戰前下明詔“莫傷害朕之叔父”，不明之至，致使燕王朱棣多次絕處逢生，假使明軍在戰場上能“擒賊先殺王”，燕軍早就冰銷敗亡。
縱觀整個龍虎鬥過程，建文帝一方似乎沒有什麼特別突出的大師之才。黃子澄、齊泰、方孝孺皆書生，蒼促行削藩之計，不知兵事，沒有什麼大的戰略眼光，以致於誤已誤國，最後招致滅族慘禍。這也要“歸功”於朱元璋，因為所有有智有勇有力的名將早已連子孫都被株除幹淨，留下的全是三、四流將領，自然不是燕王朱棣的對手。還算靠得住的老將耿炳文一人統30萬軍；李景隆兩次敗北，一戰統50萬，一戰統30萬；盛庸一人統20萬。明軍“合天下之兵，握一人之手”。反觀朱棣，單旅孤城，利於戰不利於守，利於合不利於分。如果朱允炆當初下令山東、河北諸將各擁眾數萬，憑城堅守。年深日久，以叛臣賊子起兵的朱棣勝一仗敗兩仗，又一直逡巡在河北、山西狹窄地帶，熬過一陣熬不過兩陣，軍隊人心最終會轟然瓦解。
建文帝在用人方麵有一個嚴重的問題，太過優柔寡斷，用人不明，例如他在“靖難之役”中一度倚重的李景隆本是絝絝子弟，素不知兵，“寡謀而驕，色厲而餒”。 大寧為寧王朱權的封藩，所屬朵顏諸衛，多為蒙古騎兵，驍勇善戰。燕王朱棣攻破大寧後，挾持寧王回北平，合並了寧王的部屬及朵顏三衛的軍隊。燕王朱棣帶著這些精兵強將於明惠帝建文元年（公元1399年）十一月回師至北平郊外，進逼李景隆軍營。燕軍內外夾攻，朝延軍隊不敵，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵聽說主帥已逃，“乃棄兵糧，晨夜南奔”。建文帝為大臣所蒙蔽，反而獎勵打了敗仗的李景隆。
身後謎團
朱允炆失蹤之謎
明朝鄭曉所做《遜國記》中，有這樣的記載：“太祖命帝（建文）賦新月，應聲雲：‘誰將玉指甲，抓破碧天痕。影落江湖上，蛟龍不敢吞。’太祖淒然久之，曰：‘必免於難’。”
建文帝的結局到底怎樣，眾說紛紜，莫衷一是，成為明代曆史第一謎案。因為建文帝朱允炆在太祖朱元璋嚴苛統治之後，力行寬政，所以他的遭遇引起了無數人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各種野史、戲劇裏可以看到人們無盡的猜測和演繹。但令人遺憾的是，迄今為止，關於朱允炆的下落仍是眾說紛紜，莫衷一是。一般來說，有以下幾種說法：
據永樂年間《太宗實錄》和《明史稿》的記載，燕王朱棣兵臨南京城下，朱允炆求和不成，隻好死守，但是他的主帥李景隆卻打開金川門迎燕軍入城，滿朝文武紛紛投降。眼看大勢已去，朱允炆不得已下令焚宮，並攜皇後馬氏跳入火中自焚，妃嬪侍從等大都亦隨其蹈火而死。燕王朱棣入宮後，清宮三日，搜查朱允炆的下落。宮內侍人都說朱允炆已自焚，並從火堆裏扒出一具燒焦的屍體作證明。燕王朱棣見到屍體，分不清男女，隻得“以天子禮葬建文皇帝”。《明史·成祖本紀》及《明史 ·方孝孺傳》均持此說。
現在，隨著對建文帝出亡問題研究的不斷深入，對史料掌握的不斷增多，相信建文帝未自焚而是出亡的人漸多。那麼，明成祖朱棣禮葬的是建文帝嗎？有人認為當時下葬的並不是建文帝而很可能是馬皇後。朱棣在廢墟中找到的屍身麵目全非，難以分辨真偽。而且，史料沒有發現安葬馬皇後的記載。還有一點值得注意的是，在明朝中後期竟然沒有人知道建文帝葬於何處，可見當時的人也都不認為真的安葬過建文帝，因此不用祭奠掃墓，時間久遠就變得無人知曉了。其實，朱棣本人也可能知道禮葬的並不是建文帝本人，但這並不影響舉行禮葬儀式，因為隻有這樣才可以遮蔽天下人耳目，才可以名正言順地坐上 皇帝的寶座。
清代名人呂安世和近人蔡東藩等認為燕軍破城後，朱允炆無可奈何，遂想一死了之。此時太監王鉞告訴朱允炆：你祖父臨死時，給你留下一個鐵箱子，讓我在你大難臨頭時交給你，我一直把它秘密收藏在奉先殿內。群臣急忙把箱子抬來，打開一看，裏邊有三張度牒，就是做僧人的身份證，上麵寫好了朱允炆等三個人的名字。還放著三件僧衣、一把剃頭刀、白金十錠、遺書一封，書中寫明：“建文帝從鬼門出，其他人從水關禦溝走，傍晚在神樂觀西房會集。”據此，三人剃了頭，換上了僧衣，隻帶了九個人來到鬼門。鬼門在太平門內，是內城一扇小矮門。僅容一人出入，外通水道，朱允炆彎著身子出了鬼門，其他人隨之。出了鬼門後，就看見水道上停放著一隻小船，船上站著一位僧人，僧人招呼他們上船，並向朱允炆叩首稱“萬歲”。朱允炆問他怎麼知道自己有難，僧人答道：“我叫王升，是神樂觀住持，昨夜夢見你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入觀為僧。”據此，朱允炆削發為僧，繼承了祖業。一些書中還記載有建文帝的詩文，雖然無法判斷是否是後人假托，但還是有些符合建文帝身份的。下麵這首詩據說是建文帝避難貴州金竺（今貴州廣順）時所作：
風塵一夕忽南侵，天命潛移四海心。
鳳返丹山紅日遠，龍歸滄海碧雲深。
紫微有象星還拱，玉漏無聲水自沉。
遙想禁城今夜月，六宮猶望翠華臨。
也有傳言說，燕軍破城後，朱允炆泛舟出海，去了南洋，並在某個小島上過著自食其力的恬然隱居生活。後來，朱棣擔心朱允炆糾集當地的中國人，或是以宗主的身份號召南洋諸國興兵，因此很不放心，特意派遣鄭和數下西洋，一為宣揚國威，一為探尋建文帝朱允炆的蹤跡。據《明史》記載：“成祖疑惠帝亡海外，欲蹤跡之，且欲耀兵異域，示中國富強。永樂三年六月，命和及其儕王景弘等通使西洋，將士卒二萬七千八百餘人，多齎金幣。”在鄭和的船隊裏，還有一部分是錦衣衛，專門負責偵緝，至於是否探知建文帝朱允炆蹤跡，就不得而知了。
朱棣做了皇帝以後，對於建文帝出亡也是將信將疑，又聽說了很多傳言，於是派戶科胡給事中分巡全國。《明史》記載“惠帝之崩於火，或言遁去，諸舊臣多從者，帝（指成祖） 疑之。（永樂）五年遣頒禦製諸書，並訪仙人張邋遢，遍行天下州郡鄉邑，隱察建文帝安在 ，以故在外最久。”朱棣是讓胡給事中以頒布禦製諸書和訪尋張邋遢的名義探尋建文帝的下落，前後長達16年之久。這裏所說的張邋遢，就是小說中經常出現的張三豐。張三豐是個奇人，不修邊幅，飄忽不定，據說能一日千裏。成祖對胡給事中偵緝建文帝的事情非常重視，不允許他為母“丁憂”的請求（官員父母逝世，應守孝三年，稱為丁憂）。明成祖永樂二十一年（公元1423年），胡給事中匆忙趕回北京， 恰巧成祖朱棣北征駐軍宣府。胡給事中趕到宣府時，成祖朱棣已經休息，聽說胡給事中回來後，馬上接見，二人一直談到四更。《明史》中說：“先未至，傳言建文蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩浮海下西洋，至是疑始釋。”看來胡給事中是打聽到了建文帝朱允炆的確切消息，似乎事隔多年建文帝朱允炆已經沒有重奪帝位的想法了，成祖朱棣由此放心，不再究問建文帝蹤跡。
關於朱允炆下落之謎，民間仍有很多解釋和傳說，絕不止上麵列出的幾種。近年來，隨著對朱允炆出亡問題研究的不斷深入，對史料掌握的不斷增多，相信他並未自焚而是削發為僧出亡或漂洋出海的人漸漸多起來，台灣地區有學者甚至出版了《明惠帝出亡考證》一書。當然，到底朱允炆的結局怎樣，由於沒有確鑿的證據，至今仍是一個難以解開的謎團。
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