在這種嚴峻的情況下，燕王朱棣於明惠帝建文元年（公元1399年）七月五日毅然起兵，率領“靖難”之軍，曆時4年，大小百餘戰，最終兵臨南京，奪得大明江山。
除了“靖難之役”中幾次大的戰事外，為了確保邊疆地區的安定團結，朱棣曾率軍進行過很多次大大小小的戰鬥。曆史上比較著名的有：平定南方的安南與五次親征漠北蒙古。
明成祖永樂元年（公元1403年），安南國王派人朝賀，自稱陳氏無後，自己是陳氏外孫，為眾擁立為國王，請求得到朱棣的冊封。朱棣聽從禮部的意見，派遣官員到安南探訪實情。該官員回朝後說現在的安南國王得到了當地人的承認，國家安定。朱棣於是派禮部郎中帶著詔書前去安南，正式冊封其為國王。
然而，到了明成祖永樂二年（公元1404年），原安南國王的臣屬裴伯耆逃到中國，將胡氏篡位的事情揭露。八月，老撾遣人送來了原國王的弟弟陳天平。朱棣無法辨別真偽，暫且將他們安置起來。年底，安南使臣來賀。朱棣讓陳天平突然出現在使臣麵前，使臣們十分驚愕，紛紛下拜，朱棣由此知道了陳天平的真偽和事情的真相。朱棣遣人責備安南國王，安南國王上書表示歡迎陳天平回國繼承皇位。
令朱棣惱怒的是，安南竟然伏兵劫殺由明軍保護回國的陳天平。麵對這種公開挑釁宗主國威信的行動，朱棣沒有猶豫，立即遣兵80萬出征安南。80萬大軍銳不可當，於明成祖永樂五年（公元1407年）將安南國王、太子等人活捉。朱棣遂改安南為交阯布政使司，成為中國的一個省。隻是後來明朝遷都北京，安南時有反抗，成為明朝的沉重負擔。因此，朱棣死後不久，明朝就放棄了對安南的治理。
明成祖記樂三年（公元1405年），全國稅糧31133993 石，這是連續第三年保持在三千一百萬石以上的稅收，按照當時不足一千萬戶的民戶統計，每戶平均納稅超過三石。此外，從永樂元年起軍衛屯田的收入也達到高峰 23450000石，加上民戶交納的稅糧，平均到當時人口，人均超過一石。《明史·食貨誌》中就曾這樣描寫當時的情況：“計是時，宇內富庶，賦入盈羨，米粟自輸京師數百萬石外，府縣倉廩蓄積甚豐，至紅腐不可食。”經濟富庶給了朱棣十足的自信，他深信一個強大的永樂時代已經到來，他要向人們證明一個事實——明帝國是當時世界上最強大的帝國。
當時，對明王朝最大的威脅不是南方的安南，而是北方的蒙古。蒙古分裂為三部：韃靼部、瓦刺部和兀良哈部。朱棣對蒙古采用恩威並施、分化瓦解的策略。兀良哈部早已歸附，並在靖難之役中為朱棣立有赫赫戰功。韃靼部勢力較強，朱棣有意聯絡瓦刺部，與之抗衡。明成祖永樂七年(公元1409年)，永樂大帝朱棣命丘福率軍10萬征討韃靼，不意全軍覆沒。
明成祖永樂八年（公元1410年）二月，朱棣親率50萬人出征，太子留守南京，皇長孫留守北京。
五月，明軍發現了韃靼部本雅失裏的位置。朱棣命每人自帶20日糧食，率輕騎疾馳。在成吉思汗興起的斡難河與本雅失裏遭遇，雙方大戰，最終本雅失裏敗逃。明軍在回師途中又遭遇阿魯台部，激戰數日，阿魯台戰敗逃遁。朱棣估計敵人可能貪圖輜重，必會前來劫掠，便設下埋伏。明軍班師時，果然有人來襲。霎時伏兵四起，敵人潰逃，被俘有幾十人。朱棣第一次親征大獲全勝，韃靼部的勢力被削弱了。隨著韃靼部的衰敗，瓦剌部強盛起來，時常騷擾邊境。
明成祖永樂十二年（公元1414年），朱棣決定第二次親征，並讓皇太孫隨行。六月七日，在忽蘭忽失溫（今蒙古烏蘭巴托東）遇到瓦剌的主力部隊。這場戰鬥十分慘烈，雙方損失相當，直到傍晚，敵人才敗走。
明成祖永樂二十年(公元1422年)、明成祖永樂二十一年(公元1423年)、明成祖永樂二十二年(公元1424年)，朱棣又三次親征蒙古。
朱棣五次對蒙古用兵，目的在保證邊境的安寧，國內的安定。然而，在第五次親征的歸途中，朱棣身體不適。到了榆木川（今內蒙古多倫），朱棣突然病逝，享年65歲。朱棣是一位馬上天子，他的江山得於馬上，也死在了行軍的途中。但是同時，他又是一位重視文化的皇帝，其功績不遜於曆代名君，因而死後被諡為“文皇帝”。《明史》中對他讚揚道：
“文皇少長習兵，據幽燕形勝之地，乘建文孱弱，長驅內向，奄有四海。即位以後，慕行節儉，水旱朝告夕振，無有壅蔽。知人善任，表裏洞達，雄武之略，同符高祖。六師屢出，漠北塵清。至其季年，威德遐被，四方賓服，明命而入貢者殆三十國。幅員之廣，遠邁漢、唐。成功駿烈，卓乎盛矣！”
文治
組織編纂《永樂大典》
明成祖永樂元年（公元1403年）七月，朱棣下詔編纂一部類書。朱棣雄心勃勃，想要將中國古代典籍盡量收集齊全，特命大才子解縉負責，要求“毋厭浩繁”，盡量收羅。第二年十一月，解縉將編纂好的圖書進呈天子。朱棣很高興，賜名《文獻大成》，賞賜解縉等147位有功人員。
然而不久，朱棣發現這與他的要求相差很大，主要是還有許多典籍未能收錄。於是，朱棣決定重新編修，並任命靖難功臣姚廣孝以及刑部侍郎劉季篪和解縉總其事，前後參與者近3000人，可謂人才薈萃、人文盛事。朱棣對這件事非常重視，命在文淵閣開館修書，由光祿寺供給朝夕膳食。朱棣看到文淵閣中的書籍尚不完備，命禮部選派通曉典籍的官吏四出購求典籍，“書籍不可較價值，惟其所欲與之，庶奇書可得”。正是在朱棣的關注和支持下， 3年之間，《永樂大典》得以編纂完成。
《永樂大典》收錄古代重要典籍至七八千種之多，上至先秦，下達明初，這在當時真可以說是“包括宇宙之廣大，統會古今之異同”。宋元以前的佚文秘典，多得藉以保存流傳。收錄的內容包括：經、史、子、集、釋莊、道經、戲劇、平話、工技、農藝、醫卜、文學等，無所不包。所輯錄書籍，一字不易，悉照原著整部、整篇或整段分別編入，這就更加提高了保存資料的文獻價值。全書體例“用韻以統字，用字以係事”，檢索非常方便。
《永樂大典》正文為兩萬二千八百七十七卷，凡例目錄六十卷，裝訂為一萬一千零九十五冊。該書編成後，即珍藏在南京的文淵閣。永樂大帝遷都北京後，又移至北京，深藏在故宮內的文樓(即文昭閣)裏。明世宗嘉靖四十一年(公元1562年)八月，謄寫副本一部，從此《永樂大典》才具有正副兩部，分別珍藏在文淵閣和皇史兩處。全書舉凡天文、地理、人倫、國統、道德、政治製度、名物、奇聞異見以及日、月、星、雨、風、雲、霜、露和山海、江河等均隨字收載。全書分門別類，輯錄上自先秦、下迄明初的八千餘種古書資料，大凡經史子集與道釋、醫卜雜家之書均予收輯，並加以彙聚群分，甚為詳備。它保存了明代以前大量的哲學、曆史、地理、語言、文學、藝術、宗教、科學技術等方麵豐富而可貴的資料。
清文宗鹹豐十年(公元1860年)英法聯軍和清德宗光緒二十六年(公元1900年)八國聯軍兩次入侵北京，《永樂大典》遭浩劫，部分被燒毀，部分被搶走，餘者寥寥無幾。到1959年為止，收集到《永樂大典》原本兩百一十五冊，加上複製副本等，共得七百三十卷，1960年由中華書局影印出版，1986年中華書局將已征集到的現存的《永樂大典》近八百卷，縮印精裝出版。
《永樂大典》的規模之大，確實是曆史上無與倫比。《永樂大典》另一個顯著的特點就是照錄原文、未作刪改，這種做法保持了書籍的原貌，具有很高的學術價值。與清代的《四庫全書》相比，《永樂大典》更具價值，因為它對古代的書集隻是做了收集、整理、分類，並沒有大的改動。而《四庫全書》卻有很多內容被編者修改了，使古籍的原貌遭到了破壞。因此，《永樂大典》無愧於古代類書之冠的稱號。
中外交流
帝國皇帝與外國人的交往
由於明成祖朱棣采取了一係列開明有力的措施，加上他善曉軍事，除解除了藩王的兵權，鞏固中央政權外，又屢次親征漠北，抗擊外來的侵略，打擊蒙古貴族勢力，大獲勝利。曾設置奴兒幹都司，管轄今黑龍江、烏蘇裏江、鬆花江流域和庫頁島等地，使當時的中國頗稱強盛。明成祖朱棣在位期間，“威德遐被，四方賓服，受朝命入貢者殆三十國，幅員之廣，遠邁漢、唐。”
從13世紀到14世紀，隨著蒙古帝國瓦解和元朝的滅亡，中國與歐洲的聯係一度中斷，處於中世紀的歐洲此時尚未強大起來。從明太祖洪武建國到明成祖永樂初的近40年間，明帝國成為統一的強大帝國。明朝皇帝習慣將海外各國視為藩屬，將其與明朝的外交活動稱作“朝貢”。
在外交政策上，明朝以厚往薄來懷柔遠人，熱衷於政治上萬國臣服的獨尊。此時明朝的疆域已經北至奴兒幹都司，南至南海諸島，東至東海，西至哈密，西南至雲貴烏斯藏，是當時世界疆域最大且統治最有效的國家。但是，明朝人對於周邊的了解，則僅限於四鄰與東南亞各國，對於其他海外的情況幾乎一無所知。
15世紀初的明帝國，擁有當時任何國家都無法與之相比的巨額稅收，擁有數以百萬計的軍隊和最為精良的裝備。當時承擔海運的糧船，其軍事力量即足以殲滅沿海的倭寇。 當時的明朝在政治、經濟、文化、軍事上，處於世界領先地位，因此吸引了眾多海外國家，出現了各國爭相來朝的盛況。朱棣打開了朱元璋封閉起來的大門，當時與明朝發生外交關係的國家多至近百個。前來朝貢者可分為三類：一是臣服於明朝，希望得到明朝承認、封賜與支持的國家或地區貢使；一是仰慕中國文化，想親眼目睹中國風采的各國君主貴族；一是以貢使身份來華貿易的商人。
明成祖永樂三年（公元1405年），由於貢使日多，明成祖朱棣下令重置洪武年間中廢罷的市舶司。於是，大明朝延在福建、浙江、廣東分設來遠、安遠、懷遠三市舶司，負責接待各國來使，而於京師設會同館以待國賓。為了與各國來人交流，同時還設置了四夷館，專掌翻譯各國及少數民族語言文字。 此後的永樂一朝中，先後有四位海外國家的國王泛海而來，其中三位留葬於中華大地，這的確稱得上是中外關係史上的大事。明朝的外交政策是以“宗主”自居的朝貢外交，在政治上與各國並不平等。但在當時卻不僅發展成外交活動的極盛時代，而且與各國保持了友好往來，這在今天幾乎是不可思議的事情，在15世紀初卻是事實。
朱棣打開國門的外交政策，目的既是要宣揚大明帝國的強盛，更是要宣揚永樂盛世。朱棣需要讓普天之下皆知今已有永樂而已無建文。朱棣需要萬國朝貢的盛世輝煌，同時也想知道建文帝是否真的出亡海外，這一切都促成了永樂年間出使西洋、西域等地的計劃。 明成永樂三年（公元1405年）七月十一日，三保太監鄭和率船隊出使西洋，開始了人類曆史上空前的航海壯舉，這成為後世矚目的大事。 巨大的船隊和數以萬計的軍士，足以顯示中國的強大了，船隊攜帶的賜給諸國國王的金織文綺彩絹等，是中國財富與文化的象征。明成祖朱棣派遣宦官鄭和為正使，王景和為副使，率水手、官兵27800餘人，乘“寶船”62艘，遠航西洋。他們從蘇州劉家港(今江蘇太倉東瀏河鎮)出發，到占城(今越南南部)、馬來西亞的馬六甲、印度尼西亞的爪哇、蘇門答臘及錫蘭(今斯裏南卡)等地，經印度西岸折回返國。最遠到達印度半島的古裏國，勒石為記，於明成祖永樂五年（公元1407年）才返回。成祖朱棣似乎對鄭和的第一次出航非常滿意，在他回朝的第三天就命工匠改造249艘海運船，以備鄭和下次使用。
當時他們乘的船，最大的長44丈4尺，寬18丈，可容100人。鄭和的航行比西方哥倫布、伽馬等的航行早半個世紀以上，而且船隊規模與船隻之大，都超過他們幾倍。鄭和每到一處，都以瓷器、絲綢、銅鐵器和金銀等物，換取當地特產，與亞非各國加強聯係，隨行人員馬欣著 《流涯勝覽》、費信著《星搓勝覽》、鞏珍著《西洋番國誌》，記述航行中的見聞，都很有價值。明成祖朱棣的這一舉措，促進了中國與亞非各國在經濟、文化上的大交流，對中國的文明向外傳播和中國人了解西洋情況，都產生了積極的影響。這比兩漢時期朝廷先後派遣張賽、班超出使西域，開通“絲綢之路”的壯舉，更勝一籌。
隨後，鄭和分別在明成祖永樂五年（公元1407年）、明成祖永樂七年（公元1409年）、明成祖永樂十一年（公元1413年）、明成祖永樂十五年（公元1417）、明成祖永樂十九年（公元1421年），以及明宣宗宣德六年（公元1431年）六次出使西洋，到達過今天的越南、柬埔寨、泰國、馬六甲、馬來西亞、印度、馬爾代夫等南亞國家和地區，最遠到過阿拉伯半島和非洲東海岸的一些國家。
明成祖朱棣還派遣女真人出身的太監亦失哈帶領一千名士兵和二十五艘船去管理女真人的地方，並在其地設置了奴兒幹都司以行使統轄權。在西部藏地問題上，朱棣同樣派遣了一名太監侯顯，並且聽從他的建議招安活佛間接統治西藏，實現了長時間的和平。
朱棣稱帝之後，昔日的周邊國家並沒有否認他是個篡位者，來朝貢的依然有，隻是數量比起太祖年間要少了一些。東邊的朝鮮和日本朝貢很及時，一者是它們畏懼明朝的武力，二者它們在朝貢中獲得了大量的饋贈，尤其是日本在中國獲得的大量錢幣甚至在本國一樣充當了通貨。對於東南亞各國，朱棣登基後依然實行的是朱元璋的“宣德化而柔遠人”的政策。
明朝曾經是一個強大的王朝，在短短幾十年時間裏控製了元朝大部分疆域，並且漸次與西域諸國交往。到明成祖朱棣時，明朝與西域諸國開展了大規模的交往，掀起了中西交往的一段高潮。明朝在其勢力強盛時期積極與西域諸國往來，並試圖恢複漢唐時期對西域的經營，但明朝在明成祖後逐步放鬆了對西域地區的控製。
明成祖朱棣即位之初派人到哈密進行招撫，“許其以馬市易”。對此，安克帖木兒積極回應，他遣使臣馬哈木沙、渾都思貢馬190匹。為了使朝貢順利進行，明成祖朱棣特地下諭甘肅總兵官宋展，要求他將所貢的好馬送到南京，對所貢之馬應計值給賞，做到厚往薄來，嚴禁沿途軍民侵擾貢馬和市馬。安克帖木兒的這次朝貢符合明代的朝貢慣例，選擇在明朝新年朝賀的機會。對於這次朝貢，明朝予以優厚的賞賜。明成祖永樂二年（公元1404年），安克帖木兒又一次遣使來朝，請求賜爵，朱棣封其為忠順王，“使守其地，遂撫其民”。為了感謝明成祖朱棣的冊封，安克帖木兒於這年的十一月貢馬謝恩。
根據《明太宗實錄》的記載，從明成祖永樂九年（公元1411年）免力帖木兒被封忠義王到明成祖駕崩之間這十多年時間，除明成祖永樂十八年（公元1416年）、明成祖永樂十九年（1417年）兩年沒有貢馬外，其它時間每年都來朝貢馬。明成祖永樂二十二年（公元1424年）出現了六次之多。其次，哈密對明朝的貢馬規模越來越大。這表現在兩個方麵，其一是所進的馬匹和其它貢品的數量大，其二是隨隊的人員多。第三，貢品除了馬匹外還有方物、豹鼠皮、鹵砂、羊、駝、玉璞等，不過大宗貢品仍以馬匹為主，其他貢品隻是在永樂年間後期出現的多一些。第四，在永樂皇帝朱棣最後幾年裏出現了西域諸國聯合來朝的現象，主要有明成祖永樂二十年（公元1422年）的哈密與土魯番、哈密與柳城的貢馬和明成祖永樂二十二年（公元1424年）哈密與撒馬兒罕的貢馬等。
明成祖朱棣在位時期，雖有南侵安南，北征瓦刺之舉，但其外交政策的核心仍是“銳意通四夷”，廣招海外國家前來朝貢，發展對外友好關係。在這方麵，朱棣比其父朱元璋走得更遠。明惠帝建文四年(公元1402年)九月，剛剛通過發動“靖難之役”登上皇帝寶座的明成祖立足未穩，就匆忙遣使攜即位詔書告諭安南、逞羅、爪哇、琉球、日本、西洋、蘇門答臘、占城等國。同時指示禮部大臣:“太祖高皇帝時，諸番國遣使來朝，一皆遇之以誠，其以土物來市易者，悉聽其便。或有不知避忌而誤幹憲條，皆寬肴之，以懷遠人。今四海一家，正當廣示無外，諸國有輸誠來貢者聽。”
明成祖永樂元年(公元1403年)八月至十月，在短短的3個月時間裏，明成祖先後8次派遣行人、給事中、宦官分赴安南、爪哇、西洋、蘇門答臘、逞羅、占城、真臘、朝鮮、滿刺加、柯枝等國，對諸國國王予以賞賜，邀其入貢明朝。在西域古老的絲綢之路沿途，陳成奉命四度往返，所訪哈密、吐魯番、撒馬爾罕、別失八裏、失刺思、哈烈等國皆遣使朝貢於明朝。當時，不僅與明朝保持朝貢關係的國家數量眾多，而且先後有渤泥、滿刺加、蘇祿、古麻刺朗四國國王親赴天朝勤見明成祖朱棣。後世史家稱頌明成祖統治時期，“四方賓服，受朝命而入貢
明太祖朱元璋在位期間，不僅采用延長貢期、拒收貢物等辦法對中外朝貢關係予以限製，而且隨著時間的推移，他對一些海外國家的不信任感與日俱增。明太祖洪武二十七年(公元1394年)，明太祖朱元璋“以海外諸夷多詐，絕其往來，唯琉球、真臘、逞羅許入貢”。
與此相比，明成祖朱棣既強調對沿海居民出海貿易的“防”，也注重對海外國家來華朝貢的“放”。為此，朱棣不惜重金，遍賞諸朝貢國國王及其使臣，免征其在華貿易之稅。在巨大的物質利益的誘惑麵前，外國使臣四麵而至，“執圭捧帛而來朝，梯山航海而進貢”，朝貢貿易空前繁榮。自唐末與中國中斷數百年官方聯係的日本再度將自己納入朝貢體製，便是顯例。在這以後明朝諸帝對中外朝貢關係和朝貢製度的態度及其舉措，大致不出洪武、永樂兩朝的框架。
明成祖永樂五年(公元1407年)，鑒於四夷外國朝貢者日眾，明成祖朱棣下令設立四夷館，分蒙古、女直、西番、西天、回回、百夷、高昌、緬甸八館，置譯字生、通事，專門翻譯外國和少數民族語言文字，並負責培養翻譯人才。後來，明延於明武宗正德年間增設八百館，明神宗萬曆年間增設逞羅館。其中，西番，明代亦稱土番，即唐代吐蕃；西天指天竺；百夷指雲南西南地區的傣族；高昌，元代稱畏兀兒，明代也稱火州；回回所指地域廣泛，包括撒馬兒罕、天方、土魯番等，“此外如占城、日本、真臘、瓜(爪)哇、滿刺加諸國皆習回回教，遇有進貢番文，亦屬本館代譯”。
生平最得意之事
奪得侄子的皇位
明太祖洪武三十一年（公元1398年），明太祖朱元璋辭世，皇太孫朱允炆繼承皇位。朱允炆用齊泰、黃子澄之議削藩，不到一年時間，周王、岷王、湘王、齊王、代王先後被廢。燕王朱棣則在加緊活動，準備起事奪取皇位。朱棣挑選壯士充實自己的護衛軍，以勾逃軍為名，收羅異人術士。表麵上，朱棣藏起鋒芒，假稱有病，暗中則加緊練兵。他還利用燕府崇深之便，趕製軍器。
朱棣在王宮後苑修建 了很大的地下室，圈以高大的圍牆，牆下埋著缸甕，以防止聲音傳到外麵。同時養了許多 鴨鵝，用鴨鵝的叫聲掩飾打造兵器和操練的聲音。
世上沒有不透風的牆，建文帝朱允炆聽到一些燕王的行跡，愈發猜忌叔父朱棣。由於還沒有準備充分，朱棣決定親自去南京，借以緩和氣氛，爭取時間。他當然知道此行的風險，說不定會有去無回，但是朱棣相信自己會回來，會使仁弱的建文帝相信自己沒有謀反之心，還可以探聽朝廷的虛實。
明惠帝建文元年（公元1399年）二月，朱棣來到了南京。對於燕王朱棣自投羅網，戶部侍郎卓敬勸說建文帝將燕王徙封南昌。這的確是個不錯的辦法。然而，建文帝優柔寡斷，沒有采納卓敬的建議，幾天後將燕王放歸北平。朱棣的這次自投羅網， 體現了一位雄才偉略的政治家的成熟和膽色，收到了奇效。
明惠帝建文元年（公元1399年）六月，燕山護衛百戶倪諒向朝廷告發燕王朱棣的兩個部下為燕王招募死士。經過審問二人，供認了朱棣的一些謀反事情。但建文帝沒有更多的證據，所以沒有削燕王，而是下詔 訓責。朱棣害怕這是削藩的前兆，遂生一計，用以迷惑建文帝朱允炆。
於是，朱棣開始裝瘋。北平的人聽說燕王突然瘋了，經常可以看到他在大庭廣眾之下亂跑、亂喊，有時躺在大街上昏睡。建文帝朱允炆聽到傳言，命北平布政使張昺和都指揮使謝貴探聽真情。建文帝眼線張昺、謝貴入王府“探病”。盛夏暑天，他們看見朱棣披著大棉被在一個大火爐子前“烤火”，連連搖頭大呼“凍死我了！”
張、謝兩人密奏，建文帝朱允炆等人還真有些信以為真。幸虧燕王長史葛誠為內應，密報朱棣即將舉兵。兵部尚書齊泰確也當機立斷，馬上發符遣使，命有司迅速前往北平，逮捕燕王府邸內相關人等，密令張昺、謝貴等人相機行事。
於是，朱棣大開王府大門，在東殿端坐，對外聲稱自己重疾得愈。事先，朱棣在殿門及端禮門內埋伏壯士，約定以令行事。然後，朱棣派人召喚張昺、謝貴兩人入王府。
起先，張昺、謝貴怕中計，不來。為了誑騙兩人，燕王又派人拿著寫有詔逮官屬的詳細名單送給二人觀看，表明是請兩個軍官入內查驗“犯人”正身。張、謝兩人思慮再三，加上建文帝朱允炆詔令隻說是逮捕燕王官屬，和這位皇叔還沒完全撕破臉，躊躇片刻，便按劍前行。
臨入王府大門，張、謝兩人身邊的眾衛士被門衛嗬止。由於朱元璋時代，皇族高於天的餘威，王府確實不能隨意進入，本著慣性思維，張、謝兩人也沒有堅持帶護衛入府。
進入燕王府大堂，張謝二人看見朱棣曳杖而坐，儼然大病初愈的樣子。兩旁府屬齊集，音樂聲起，賜宴行酒。酒過三巡，有侍女端獻精美漆案，上有瓜片排列齊整。“正好有人進獻新瓜，今與卿等嚐之。”說著話，朱棣站起身，親身拿起兩片瓜，朝張、謝兩人走來。兩人起身躬謝，正要伸手接瓜。不料，朱棣忽然變臉，大罵道：“就是平常編戶齊民老百姓，兄弟宗族尚能相保全。我身為天子親屬，朝夕憂恐自身性命。朝廷待我如此，天下又有何事不可為！”言畢，朱棣擲瓜於地，嗔目怒視張昺、謝貴。
燕王府內頓時伏兵大起，眾衛士擁上前把張、謝兩人綁縛起來，葛誠等建文帝“內應”也被當即拿下。朱棣扔掉手中拐杖，大叫道：“我根本沒病，是迫於奸臣陷害不得不為此計”。朱棣把手一揮，叱出張、謝等人，皆斬於王府堂前。
最後，包圍燕王府的軍隊一下子潰散了，燕王迅速占領了北京九城。當時還沒有南城牆，還是北京九城。朱棣控製了北京地區，宣布造反。
其實，朱棣並不是第一次裝病。早在周王被廢之後，朱棣就一直稱病不出，借以韜光養晦，麻痹對手。不過，當時朱棣確實有一塊心病，他的三個兒子在南京，可能已被扣為人質。一旦他有異謀，三個兒子性命堪憂。於是，朱棣借口病重，請求建文帝朱允炆讓三個兒子歸府照顧自己。這是一箭雙雕之策：如果朝廷放歸三個兒子，則免去了質於人的情況；如果不同意放歸，可以探知朝 廷的意向，早做謀劃。建文帝拿不定主意，後來在徐增壽的蠱惑下竟然將朱棣三個兒子送歸燕國。朱棣大喜過望，連稱“天助”，欣喜之情難以言表。幾個月後，毫無顧忌的朱棣造反，建文帝真是後悔莫及！
朱棣正式起兵，以誅齊泰、黃子澄為名，革除建文年號，仍稱明太祖洪武三十二年（公元1399年）。朱棣諭令將士，同時上書朝廷，聲稱根據《祖訓》“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側之惡。”從此，便開始了一場曆時四年之久的戰爭，史稱“靖難之役”。
戰爭開始後，朝廷命長興侯耿炳文為大將軍，率師四十餘萬軍隊北伐，軍隊駐紮在真定。燕王躬擐甲胄，率師至涿州，連敗官軍，耿炳文退守真定。耿炳文是碩果僅存的老將。他的失敗，引起建文帝的憂慮。太常卿黃子澄卻認為無足慮，並推薦了曹國公李景隆代替耿炳文。建文帝朱允炆親餞江滸，賜以斧鉞，期在必勝。
李景隆是開國元勳李文忠之子，不過是個膏粱子弟，未嚐習兵見陣。朱棣出兵永平，誘李景隆攻北平，而以世子留守北平，戒其堅守勿戰。朱棣打敗永平守軍，進擊大寧，勾結兀良哈三衛渠長，挾迫寧王與之結成聯盟。李景隆攻北平不克，背後又有朱棣回軍殺來，一戰而敗，退走德州。明惠帝建文二年（公元1400年）夏，雙方再戰於白溝河。白溝河流經華北平原，在保定與涿縣之間。李景隆合兵六十萬列陣以待。第一天戰鬥十分激烈，直至深夜，雙方才各自收軍。這一仗燕軍損失很大，朱棣在深夜混亂中竟迷失了方向，下馬辨別水流才找到歸途。第二天再戰，朝延軍隊氣勢更盛。朱棣坐騎三次被創，弓矢皆盡，劍鋒折缺，馬又卻步不前，幾乎被朝延軍隊射及。雙方鏖戰，天已過午。忽然一陣大風，將朝延軍隊大將旗折斷，軍陣為之震動。朱棣帶勁騎繞到敵後襲擊，反敗為勝，朝延軍隊大潰，被斬首及溺死者十餘萬，橫屍百餘裏。李景隆單騎走德州。燕軍又破德州，圍濟南。山東參政鐵鉉堅守濟南，三月不克，朱棣暫時退師。
於是，朝廷命左都督盛庸為大將軍，再次率兵北伐。朱棣佯稱攻遼東，發兵攻打滄州。滄州陷落。燕軍再經臨清、館陶、大名，至於東昌，與盛庸、鐵鉉所率主力相遇。雙方大戰，燕將張玉戰死，燕王朱棣挺身短兵接戰，有幾次處境十分危險。燕軍大敗，被擒斬萬餘人，燕王獨以一人殿後，賴二子朱高煦帶兵營救，始免於難。不久兩軍再戰於夾河，朝延軍隊大敗。一個月後，兩軍再戰於槁城。燕軍再次乘風擊敗官軍，斬首六萬餘級，擒其驍將，獲其軍資。