清軍南下之後，國內的情況發生了急劇的變化，民族矛盾代替了階級矛盾而居於更重要的地位。清軍的野蠻殘暴引起了各地人民的普遍憤怒，到處樹起了反清的旗幟。作為當時農民起義軍最高領袖的張獻忠，在這種新的情況下，反映和代表了廣大人民的意誌，表現了一個農民革命英雄的本色，他走上了堅決抗清的道路。
限於目前所能見到的史料，我們不能清楚地知道當時張獻忠對國內形勢所發生的複雜變化的看法。但從他的具體行動中，我們可以清楚地看到他是一直走著堅決抗清的道路的。清軍於順治二年(1645)春天侵占陝西，從那時起就同大西軍有過多次戰鬥。張獻忠在川北一直駐有大量軍隊，嚴加防範，對於聯絡清軍的漢奸顏天漢等人給予了堅決的鎮壓。
當清軍入侵之後，原來的明朝官吏大多望風迎降，賣身求榮，成為清軍的走卒，所以清軍得以迅速地向南推進。順治二年(1645)五月，攻陷南京，明福王朱由崧被俘，以後被斬於北京。此後在福州監國的明唐王朱聿鍵和在紹興監國的明魯王朱以海都無甚實力，清軍在江南的勝利已是指日可待。然而，要戰勝各地的農民武裝，卻遠非對付明軍那樣容易，尤其是四川的張獻忠，當時力量還相當雄厚，是清軍的勁敵。所以，清政府一方麵派肅王豪格和大漢奸吳三桂等率領大軍從陝西進攻四川，另一方麵又連續數次設法對張獻忠進行招降。從清內庫檔案中可以知道，清陝西總督孟喬芳曾去信給曾投順大西政權的明兵科給事中吳宇英，“令其說張獻忠投降”鄭天挺、孫鉞等編輯：《明末農民起義史料·陝西總督孟喬芳啟為恭陳川陝招撫情形事》，中華書局1954年版。；清八省總督佟養和也曾派王漢傑和崔法舜二人“持書與告示往四川招撫張獻忠”鄭天挺、孫鉞等編輯：《明末農民起義史料·八省總督佟揭為恭報地方情形事》，中華書局1954年版。，均未達到目的。順治二年十月，清王朝又以這樣的詔書對張獻忠進行威逼利誘：“明祚衰微，臣奸政舛，人心瓦解，國祚淪亡。今天下一統，率土臣民，皆朕赤子。張獻忠前此擾亂，皆明朝之事，因遠在一隅，未聞朕撫綏招徠之旨，是以歸順稽遲。朕洞見此情，故於遣發大軍之前，特先遣官齎詔招諭。方今有誌之士，皆欲爭先歸順，建立功業。張獻忠如審識天時，率眾來歸，自當優加擢敘，世世子孫，永享富貴，所部將領、頭目、兵丁人等，各照次第升賞。倘稽延觀望，不早迎降，大軍既至，悔之無及，茲特招諭，想宜知悉。”《清世祖實錄》卷二十一。可是，這種煞費苦心的花言巧語隻能引誘奴顏婢膝的軟骨頭，而被張獻忠凜然拒絕。盡管清政府幾次派人招降，卻絲毫未曾動搖張獻忠抵抗入侵者的決心。
順治三年(1646)春天，大西軍坐困川西，張獻忠召集眾將策劃下一步的軍事行動時，決定了北上抗清的計劃。當時四川的北麵和東麵已被清軍包圍，要出川抗清也隻有兩條路：一是沿江東下，入湖廣與李自成餘部李錦等人聯合，抗擊清軍。但這條路比較遠，而且有明軍楊展、曾英等部層層阻撓，南明弘光政權又早派大都督年文綬集兵夔門，防止張獻忠東下，因而出川比較麻煩。另一條路是北入漢中向陝西，雖然秦嶺險阻，但路途近，可以直接和清軍作戰，進軍秦晉，對清軍是一個嚴重打擊，對各地抗清鬥爭將有很大的作用。所以，張獻忠決定率軍北上，進攻陝西。出發之前，他已作好了最壞的打算，甚至對後事亦作了安排。有的史書形象地記載說：“獻忠有子尚幼，乘醉撲殺之。謂養子(孫)可望曰：‘我亦一英雄，終不令幼子為人擒，爾終為世子矣。明朝三百年正統，天意必不絕之。我死，爾急歸明，毋為不義。’”顧山貞：《客滇述》；葉夢珠：《續編綏寇紀略》卷一；佚名：《小腆紀敘》。當然，殺子之說未可盡信，但從此可以窺知張獻忠北上抗清的破釜沉舟的決心。同時還可以看出，他在當時已經能夠認識到國內主要矛盾的轉化，考慮了今後應當與明聯合，走聯明抗清的道路。這一點，是十分值得注意的。
是年八月，張獻忠率大西軍北上，先消滅了駐在中江的明四川總兵賈登聯部。九月，攻下順慶(今南充)，不久即轉屯西充。可是就在這緊急關頭，大西軍隊伍中出了叛徒，鎮守川北的大西軍都督劉進忠可恥地投降了清軍，並將清軍引進了大西軍的腹地。
劉進忠是大西軍的重要將領之一。早在兩年前，他在川南與楊展、張文燦作戰時，就表現了通敵的跡象，私自放走敵軍。次年，他奉命鎮守瀘州，因指揮錯誤，作戰失利，部下又發生叛變，受到張獻忠的處分。他心懷不滿，企圖往重慶投降曾英，因與曾英意見不合，未能如願。不久，他被調到廣元，鎮守川北門戶朝天關，防禦清軍馬科(馬原為李自成部將，後降清)。可是劉進忠輕視清軍兵力，未奉命令即私自出兵攻漢中，與清軍數戰數敗，折兵大半，丟掉了軍事重鎮朝天關，率軍南撤。由於他擅自出兵，敗後又擅離職守，故而受到張獻忠的通令斥責，並調他回西充，聽候處分。這時，劉進忠知道事情不妙，又看到清軍肅王豪格的部隊已經大量入川，於是暴露其叛徒的本來麵目，煽動部下說：“主上曾言，先屠儒，次屠民，再屠蜀中新附將卒。今檄星急，如是殆欲屠新附者也，為之奈何?”《灩澦囊》卷三。由於劉進忠營中多是在川北發展的新軍，尚無長期革命鍛煉，在主將如此蠱惑煽動之下，便發生動搖。經商人嚴自敏的引薦，劉進忠便帶吳之茂等百餘人入漢中，投降了肅王豪格，將川內形勢和張獻忠的軍事布置等一一盡告。豪格正愁難以進軍，便命劉進忠為向導帶路從瓦子灘渡過嘉陵江，由小路偷襲張獻忠在西充的老營。
這時，張獻忠的老營紮在西充的鳳凰山，由於疏忽，未能想到會有叛徒的出賣。順治三年(1646)十一月二十七日清晨，劉進忠帶著清軍輕騎，利用“大霧迷漫，相望不見人”的機會，偷偷摸到鳳凰山，直抵張獻忠所駐老營。據當時在老營的外國傳教士的回憶，“突有偵探隊某兵，飛奔入營，向長官報告，謂在營前高山上，見有滿洲兵四五人，各騎駿馬，由山穀中迎麵而來。獻忠聞報，即時震怒，欲將報信之兵正法，幸被人討保，未能加罪。獻忠未能深信滿兵竟敢如此，殊知滿兵大隊已匿營前大山反麵矣。獻忠聞警不疑，以為謠傳，於是提訊昨日某逃官之夫人。曆半小時，又有探兵入營告急，謂滿兵馬隊五人，已到營外對麵高山矣。獻忠聞警，不問詳細，是否果係滿兵馬隊，隨即騎馬出營，未穿盔甲，亦未攜長槍，除短矛外，別無他物，同小卒七八名，並太監一人，奔出營外，探聽滿兵虛實。至一小崗上，正探看之際，突然一箭飛來，正中獻忠肩下，由左旁射入，直透其心，頓時倒地，鮮血長流，獻忠在血中亂滾，痛極而亡。”《聖教入川記》。其時，張獻忠年方四十一歲。
張獻忠犧牲之後，大西軍餘部在孫可望、李定國、劉文秀等大將率領下，暫避清軍銳氣而退向川東，大敗曾英，攻占重慶，然後進入貴州。他們繼承了張獻忠的遺誌，與南明的永曆帝聯合，堅持抗清鬥爭達十五年之久，取得了很大的勝利，為大西軍的曆史寫下了新的篇章。
五、關於張獻忠的死
張獻忠英勇地犧牲了。關於他犧牲的時間、地點、如何犧牲等問題，曆來眾說紛紜，差異甚大。為了使得偉大的農民革命的領袖的一生有個明確的結局，因而有必要略加考證，把這些問題弄清楚。
首先，是關於如何犧牲的問題。絕大多數記載都說是中箭犧牲，上引《聖教入川記》和清軍統帥豪格給清廷的題報本章所載是基本一致的(詳後)，當時人費密在《荒書》中也寫道：“肅王至保寧，遣騎同(劉)進忠往探獻賊。時獻賊尚有眾數十萬，旌旗滿野，未遣遊兵，不知大清兵至……大清兵近至賊營，隔太陽溪。獻忠衣飛蟒，半臂，率其賊夥出視。進忠指示曰：‘衣蟒者，八大王張獻忠也。’大清兵將亂箭射之，雅布蘭者射中獻忠左乳，遂撲下馬，在西充縣鳳凰山下多寶寺，寺前即太陽溪。”我們認為，中箭之說是可信的。但是，王夫之《永曆實錄》卷十四謂“獻忠兵潰自刎死”；《明史紀事本末》卷七十七和《石匱書後集》卷六十二作“獻忠以病死於蜀中”，這兩個記載都不可信。首先，張獻忠決不會“兵敗自刎”。因為當時大西軍尚未同清軍展開決戰，張獻忠不會承認“兵敗”；從過去張獻忠在鬥爭中數次遭受重大創傷後，仍然臨危不懼，屢敗不餒，堅持鬥爭，重振旗鼓的一貫作風看來，“自刎”二字更與張獻忠無涉。其次，“病死蜀中”之說，也不可信。一方麵是因為清軍向清廷的奏報和後來孫可望、李定國等的追述都肯定了張獻忠係中箭犧牲，這是最有力的證據。另一方麵，早在清初康熙時，李昭治就已指出病死蜀中之說有誤，肯定了張獻忠係戰死西充(詳後)。所以，筆者認為張獻忠係中箭犧牲，是可以確定無疑的。
第二，是關於犧牲的地點，有三種記載：一謂在鹽亭縣鳳凰坡，如《明史》；二謂西充與鹽亭之交的鳳凰山，如《綏寇紀略》和《懷陵流寇始終錄》；三謂西充鳳凰山，如《荒書》《蜀亂》《蜀碧》《蜀難敘略》《蜀龜鑒》《灩澦囊》《平寇誌》《南疆逸史》《罪惟錄》《客滇述》《小腆紀年附考》和曆朝《西充縣誌》等(此外，尚有死於西安或漢中說者，其錯甚明，不多討論)。筆者認為，第三種說法是正確的。這不僅是因為持這種說法的最多，而且因為：其一，查清代所修的西充和鹽亭的幾種縣誌，鹽亭無鳳凰山，鹽亭和西充之交也無鳳凰山，而西充城南金山鋪的鳳凰山至今尚存其舊名，並有張獻忠犧牲於此的傳說。其二，文獻記載上，清康熙時李昭治說：“《紀事本末》謂逆獻病死蜀中，《綏寇紀略》謂誅於鹽亭者，失實。餘西充人，少聞裏中父老言當年手割獻忠事……”光緒《西充縣誌》卷十二《藝文》。又，清同治時西充縣知縣高培穀有《鳳凰山》一詩雲：“共說元凶此就刑，何因載筆誤鹽亭?”光緒《西充縣誌》卷十二《藝文》。可見早就有人在糾正死於鹽亭之說。李昭治是西充人，高培穀是西充知縣，他們的說法應當是有根據的。其三，乾隆朝《鹽亭縣誌》在寫到張獻忠死於鹽亭時，特地加了一個按語：“似未確，姑存以備考。”可見清初的鹽亭人就已知道張獻忠死於鹽亭之說是“未確”的。
第三，是犧牲的時間。關於這一問題，各書記載差異最大，有些書根本就未有確載。《平寇誌》記在順治三年(1646)五月；《懷陵流寇始終錄》記在三年十月；《紀事略》和《南疆逸史》記在三年十一月；《荒書》《蜀碧》《小腆紀年附考》記在三年十二月；《罪惟錄》記在四年十月。筆者認為，張獻忠犧牲的時間應當是順治三年十一月二十七日。其根據是下麵兩個可靠性最大的材料：一個材料是當時清軍統帥肅王豪格給清廷的奏報：“臣帥師於十一月二十六日至南部，偵得逆賊張獻忠列營西充縣境。隨令護軍統領鼇拜巴圖魯等分領八旗護軍先發，臣統大軍星夜兼程繼進，次日黎明抵西充。獻忠盡率馬步戰兵拒師。鼇拜等奮擊，大破之，斬獻忠於陣。”《清世祖實錄》卷二十九。這雖是一段表功之辭，“斬獻忠於陣”之類不可信，但作為向清廷的奏報，關於時間的記載應當是有所據的。另一個作為佐證的比較可靠的材料是外國傳教士安文思和利類思的記載，是“西曆一千六百四十七年正月初三日”《聖教入川記》。，安文思和利類思當時在張獻忠老營，又負責天文之事，對時間的記載應當比較準確。公元1647年1月3日，正好是夏曆順治三年十一月二十八日，和豪格的奏報隻差一天。不過，由於傳教士的記載到今天已經幾度轉抄，所以筆者認為定在十一月二十七日更為穩妥。
綜上所述，筆者的意見是：順治三年十一月二十七日，張獻忠由於叛徒的出賣，在抗清鬥爭之初，因中箭，犧牲在四川西充的鳳凰山。