潘祖蔭氣夠嗆，左宗棠也氣夠嗆。
據理力爭，保護船廠
經過幾年征戰，陝甘形勢漸漸好轉。
同治十一年（公元1872年）二月初四，為大清國立下汗馬功勞的一代名相、左宗棠的恩公曾國藩，薨於兩江總督任所。
消息傳來，年邁的左宗棠放聲大哭。左宗棠含悲為曾國藩擬挽聯一副：
謀國之忠，知人之明，自愧不如元輔；
同心若金，攻錯若石，相期無負平生。
讀過此聯的人至此才發現，所謂曾、左不和，純屬妄自猜測。
一
曾國藩剛剛離世，內閣學士宋晉，便遞上奏折一篇，以“製造輪船靡費太重”為由，“請暫行停止”造船。也就是解散船政局。
朝廷征求左宗棠的意見。左宗棠抱病拜發奏折一篇，對宋晉的提議，持反對意見。該折先據理駁斥了停造輪船的言論，稱：
製造輪船，實中國自強要著。臣於閩浙總督任內，請易購、雇為製造，實以西洋各國恃其船炮橫行海上，每以其所有傲我所無，不得不師其長以製之。其時英人威妥瑪、赫德有借新法自強之說，思借購、雇而專其利。美裏登、有雅芝等亦揚言製造耗費，購、雇省事，冀以阻撓成議。幸賴聖明洞鑒，允於福建設立船局，特命沈葆楨總理船政……西征以後，迭接沈葆楨、周開錫、夏獻綸函牘，皆稱船政順利，日起有功。第一號輪船萬年清駛赴天津時，華夷觀者如堵，詫為未有之奇……如果優其廩餼，寬以時日，嚴其程督，加以鼓舞，則以機器造機器，以華人學華人，以新法變新法，似製造、駕駛之才，固不可勝用也。
折子最後又道：
竊維此舉為沿海斷不容己之舉，此事實國家斷不可少之事。若如言者所雲即行停止，無論停止製造，彼族得據購、雇之永利，國家旋失自強之遠圖，隳軍實而長寇仇，殊為失算。
幾乎就在此折拜發的同時，直隸總督、協辦大學士李鴻章也上了《籌議製造輪船未可裁撤折》。李鴻章在折中向朝廷發出呼籲：
國家諸費皆可省，惟養兵設防，練習槍炮，製造兵輪船之費，萬不可省。求省費，則必屏除一切，國無與立，終不得強矣。左宗棠創造閩省輪船，曾國藩飭造滬局輪船，皆為國家籌久遠之計，豈不知費巨而效遲哉！惟以有開必先，不敢惜目前之費，以貽日後之悔。該局至今，已成不可棄置之勢。苟或停止，則前功盡棄，後效難圖。而所費之項，轉成虛糜，不獨貽笑外人，亦且浸長寇誌。
左、李二人遙相呼應，福建船政局裁撤之議終未得通過。
二
同治十二年（公元1873年）十月二十五日，隨著蘇州的收複，陝甘全境平定。論功行賞，六十二歲的左宗棠被破格欽賜進士出身，賞加翰林，以陝甘總督之位晉協辦大學士，開一榜不能拜相之先河。清朝定製，一榜舉人不能拜相，非翰林出身不能拜相。左宗棠是大清開國一榜拜相第一人。
左宗棠當夜抱病親書謝恩折拜上。
他鑒於自己百病纏身，去日無多，又受皇恩深重，不敢心存懈怠，極想在有生之年，把自己要辦的事，該辦的事，必須辦的事，次第辦完，以報答破格的皇恩。他得知為及早收複被阿古柏占領的新疆，張曜大軍已先期抵哈密的消息後，當即給張曜寫信，提出屯田一說。他告訴張曜：
哈密既苦於兵差，又被賊擾，駐軍其間，自非力行屯田不可。然非麾下深明治體，亦斷不能辦理妥帖，可期實濟。從前諸軍亦何嚐不說屯田，然究何嚐得屯田之利？亦何嚐知屯田辦法？一意籌辦軍食，何從顧及百姓？不知要籌軍食，必先籌民食，乃為不竭之源；否則兵欲興屯，民已他徙，徒靠兵力興屯，一年不能敷衍一年，如何得濟？聞哈密地方沃衍，五穀皆宜，節候與內地不異……其力可耕墾，無籽種牛力者，酌其能耕地若幹，分別發給，令其安心耕獲。收有餘糧，由官照時價給買，以充軍食。其必須給賑糧者，亦酌量發給粗糧，俾免饑餓。壯丁能耕，每人每日給糧一斤；老者、弱者每名每日五兩，聊以度命而已。其種籽必須臨時發給，庶先作賑糧食去，又不下種也。
左宗棠在信後又講述了一下軍屯的具體辦法。
很快，朝廷又頒詔四海，實授景廉為烏魯木齊都統、欽差大臣，金順為幫辦大臣，督辦新疆軍務。
左宗棠對景廉並不看好，但朝廷既然已把複疆大任交給了他，左宗棠也不好說別的。
海防塞防之爭
但島國日本以琉球船員在台灣遇難為借口，突然發兵侵犯台灣一事，卻打亂了大清國西征的部署。大清國朝廷不得不由專注新疆，轉而兼顧起海防來，並由此引發了一場聲勢浩大的塞防與海防之爭。
一
同治十三年（公元1874年）年初，經過充分準備，早已覬覦我國台灣的島國日本，借口琉球船員在台灣被當地人殺害，悍然發動對台灣的戰爭，隻用三晝夜便將台灣占領，其進軍之速大出朝廷預料。日本此次雖隻派兵三千，但船堅炮利，士兵手裏的器械精良，極有戰鬥力。
這件事最後雖然通過外交談判得以解決，但大清國不僅允給日本恤銀十萬兩，還對日本軍隊占據台灣期間所有修道、建房等件償銀四十萬兩，並承認日本此次侵台是保民義舉。日本侵台事件，無意中顯示了日本海防的強大，也暴露了大清國海防的薄弱。
大學士、直隸總督、北洋通商大臣李鴻章，經過慎重考慮，給朝廷上了一個《籌議海防折》，提出：
況新疆不複，於肢體之元氣無傷；海疆不防，則腹心之大患愈棘，孰重孰輕，必有能辨之者。此議果定，則已經出塞及尚未出塞各軍，似須略加核減，可撤則撤，可停則停，其停撤之餉，即勻作海防之餉。否則，隻此財力，既備東南萬裏之海疆，又備西北萬裏之餉運，有不困窮顛蹶者哉！
李鴻章上折不久，兩江總督、南洋通商大臣李宗義也就加強東南海防一事拜上一折，所論與李鴻章基本相同；隨後，福建船政大臣沈葆楨、署福建巡撫丁日昌、閩浙總督李鶴年、署河道總督喬鬆年，以及江蘇巡撫吳元炳等人，也紛紛上折，主張暫時維持新疆現狀，專注東南海防。
隻有湖南巡撫王文韶等少數人上折，認為“俄人不能逞於西北，則各國必不致構釁於東南”，主張宜以全力注重西北，認為塞防大於海防，強調海防為輕，塞防為重。
針對絕大多數官員專注海防之論，慈禧太後會同恭親王與一班在京的大學士、軍機大臣反複議論了兩月有餘，終覺專注海防，就此放棄新疆似有欠妥之處。