慈禧太後為穩妥起見，令軍機處給各省督撫遍發詢旨，同時亦將李鴻章等人的折子悉數抄閱，讓大家共同討論，“妥籌密奏”。
詢旨遞進蘭州，左宗棠把李鴻章、李宗義等人的奏折全部閱看一遍，很快便形成自己的觀點。他讚成李鴻章提出的加強東南海防之議，但對移塞防之餉作海防之餉一說，卻持有不同看法。
光緒元年（公元1875年）三月初七日，經過反複論證，左宗棠所奏之《複陳海防塞防及關外剿撫糧運情形折》拜往京師。
左宗棠堅持認為：
竊聞時事之宜籌，謨謀之宜定者，東則海防，西則塞防，二者並重。今之論海防者，以目前不必專顧西域，且宜嚴守邊界，不必急圖進取，請以停撤之餉勻濟海防；論塞防者，以俄人狡焉思逞，宜以全力注重西征，西北無虞，東南自固。此皆人臣謀國之忠，不以一己之私自封者也。
慈禧太後召集在京的一班王大臣討論，最後決定按照左宗棠所陳的辦理：海防、塞防並重。
二
一道密旨於是悄悄遞往左宗棠之手：
關外現有統帥及現有兵力能否剿滅此賊？抑或尚有未協之處，應如何調度始能奏效？或必須有人遙製，俾關外諸軍作為前敵，專任剿賊，方能有所稟承？著通盤籌劃，詳細密陳。
慈禧太後不問別人，專問左宗棠，可見左宗棠在慈禧太後心目中的位置何等重要。
左宗棠接旨的同時，大學士直隸總督李鴻章亦收到聖諭，著派李鴻章督辦北洋海防事宜，所有分洋分任練軍設局，及招致海島華人諸議，統歸其擇要籌辦。
左宗棠性情原本耿介，不會拐彎抹角，加之收複新疆事關國家安危，自不敢稍存私念，隻能對現居新疆之帥、將據實陳奏，以供朝廷采擇、參考。
他先談統帥景廉：
關外統帥景廉，素稱正派，亦有學問，承平時回翔台閣，足式群僚。惟泥古太過，無應變之才。所倚信之人如裕厚等，阿諛取巧，少所匡助，而倚勢淩人，時所不免。額爾慶額初到時，因采辦糧食與局弁商辦，局弁備舉以告，裕厚惡其漏泄，立將局弁棍責三百，額爾慶額銜之。又，額爾慶額初見景廉，接待不甚款洽，自此晉見甚稀，不樂為用。額爾慶額雖性情粗莽，不甚曉事，然膽力尚優，如有以慰其心，未嚐不可得其力也。
談完景廉，又談景廉與金順之間的統屬問題：
以現在通籌全局而言，金順既居前敵任戰事，似宜以戰事責之。關外統馭之權，在烏魯木齊都統。若以景廉之任改畀金順，令得節製各城辦事、領隊大臣，而以金順所任京秩改畀景廉，以於前敵事宜呼應靈通，較易措手。關外兵力本不為薄，惟勝兵少而冗食多，以至曠日稽時，難睹成效。於此而欲從新布置，非嚴加汰遣不可。臣前在肅州，與金順定議，先將舊部挑汰資遣，足成十二營外，挑留明春所帶成祿舊部並成三營，合成十五營。金順又調臣部馮桂增馬隊一營、炮隊一起，以勇丁五百、夫二百為一營計算，已近萬人。嗣明春奉旨授哈密幫辦大臣，不歸金順統領。金順又廣收投效將弁勇丁，遂至營數漸增，多至二十營有奇。如果一律精實，則此二十營已足敷攻剿之用，不須更調。現在賊勢無增，而官軍漸增漸多，不符原議之數。若就現有兵力而言，豈複尚虞不足？至用兵之道，規摹局勢，先後緩急，尚可預為商酌；至臨敵審機致決，瞬息不同，兵情因賊勢而生，勝負止爭呼吸，斷無遙製之理。臣自忝預軍事，至今閱時頗久。竊維用兵一事，在先察險夷地勢，審彼己情形，而以平時所知將士長短應之，乃能稍有把握。
左宗棠接著又談了對西征糧台督辦袁保恒的看法：
至袁保恒於同治七年欽奉諭旨，派赴臣軍差遣委用。臣念學士清班，非如僚屬之可加以督責，正以難於位置為疑。聞其為人，姿性警敏，素尚圓通，而豪侈驕矜，習慣成性，在所不免。因奏請其辦理西征糧台，專司開單奏催協餉及谘函分致各省關之事，餉到即交駐陝總理軍需局道員沈應奎，由其一手經理，而軍裝局亦附焉……如是者五年，袁保恒遇事啟告，曲致衷忱，亦無過失可指。乃自奉幫辦出關轉運事宜恩命以後，一變其從前所為，不特遇事不相關白，即奏報亦不令臣預聞。所請巨款，動稱某款需用若幹，初年若幹，常需若幹，渾言應需，而不條舉所需數目，其空言無實，已可概見。
折子隨後又對在哈密屯田的廣東陸路提督嵩武軍統領張曜等人，作了比較客觀的評價。折後，左宗棠再附《籌借洋款片》，奏請準借洋款二百萬兩。
左宗棠的折子遞進京不多幾日，朝廷便一連下了三道聖旨。
第一道聖旨：
左宗棠著補授東閣大學士，仍留陝甘總督之任。
第二道聖旨：
左宗棠著以欽差大臣督辦新疆軍務，金順仍幫辦軍務。西征糧台督辦袁保恒、烏魯木齊都統景廉，著回京供職。
第三道聖旨：
左宗棠奏海防、塞防實在情形，並遵旨密陳各折片，覽奏均悉。所稱關外應先規複烏魯木齊，而南之巴、哈兩城，北之塔城，均應增置重兵，以張犄角。若此時即擬停兵節餉，於海防未必有益，於邊塞大有所妨。所見甚是。至海防之餉，據稱始事所需與經常所需無待別籌。綜計各省設防，事屬經始，需款較巨。若僅將購船、雇船之費備用，短缺尚多。此則宵旰焦思，而尚待與各省疆臣共相經畫者也。關外軍事、餉事，總須委任得人，方克膚功迅奏。本日已明降諭旨，授金順為烏魯木齊都統，並將景廉調補正白旗漢軍都統，與袁保恒一並諭令來京供職矣。致臨敵審機致決，誠難遙製，而規摹局勢，先後緩急，左宗棠亦謂尚可豫為商酌。且西征將領，分位均屬相埒，若非有重臣為之統率，不但諸軍無所稟承，且恐各不相下，貽誤戎行。左宗棠著以欽差大臣督辦關外剿匪事宜，金順著幫辦關外剿匪事宜。惟甘省善後事宜，該大臣次第興辦，正在吃緊之際，而糧餉、轉運各事，亦應由關內預為經營。左宗棠或駐紮肅州，或隨時出關料理糧運，以期內外兼顧之處，著酌度情形，妥籌具奏。
此旨到後不久，又有旨下：
左宗棠奏請籌借洋款二百萬兩，本日已明降諭旨，準照辦理。
朝廷至此才算定下大政方針，決定籌借洋款，用武力來收複新疆了。