徐汽總公司於2001年1月5日決定將34家全資分公司和24家已注銷營業執照的全資子公司納入破產範圍。另外管理規範、未發生虧損的15家全資子公司（含1家下屬分公司）、5家福利單位（含下屬3家分公司）、對外投資控股3家企業不在考慮破產之列，均繼續正常經營。做出破產決策後，徐汽總公司製訂了一套詳實的破產重組方案提交給徐州市市政府研究。
2001年3月，徐汽24家具有獨立法人地位的全資子公司均因連年虧損無法繼續經營而向總公司遞交報告，要求進行清算、審計，實施關閉、解散。總公司研究決定，對要求關閉解散的子公司依據《中華人民共和國全民所有製工業企業法》、《中華人民共和國民法通則》等有關法律規定進行清算，由總公司抽調人員，聘請社會中介機構共同組成清算組對各子公司的資產、財產狀況進行清算審計。清算報告、審計報告的結果顯示，各公司已嚴重資不抵債，其資產尚不足以支付職工內債。2001年4月9日，徐汽總公司做出“關於向徐州市工商行政管理局申請注銷企業法人登記”的決定，並將“各公司注銷後的債權債務由總公司負責，各類職工由總公司負責分流、安置”的債權債務和職工安置處理意見已在市工商行政管理局備案。5月17日徐州市工商行政管理局注銷了24家企業的法人登記。
5月11日，徐州市市長陳耀南主持召開政府辦公會議，專題研究汽運總公司的實施破產重組問題。
5月14日市政府召開市長辦公會，同意汽運總公司的破產重組方案，並給予了一些優惠政策。為促進該企業破產工作順利有序進行，決定成立“徐州市汽車運輸總公司破產重組工作協調小組”，負責協調解決該企業實施破產中的有關問題，幫助落實各方麵優惠政策。
5月16日徐汽總公司向徐州市中級人民法院遞交了“關於請依法裁定徐州市汽車運輸總公司破產的申請（含下屬34家全資分公司和已注銷營業執照的24家全資子公司）”。5月22日徐州市中級人民法院受理了汽運總公司的破產申請。5月25日下達（2001）徐經破字第3-01號民事裁定書，裁定徐州市汽車運輸總公司（含下屬34家全資分公司和已注銷營業執照的24家全資子公司）破產還債。
5月31日成立破產清算組。
6月5日在《人民法院報》上發布了破產公告。
徐汽運總公司宣告破產後，職工震動很大，思想很不穩定，職工個人利益受到影響，以致清算期間出現了8次較大規模的集體上訪，還有少數職工到省裏上訪。為使全體員工明確企業實施破產有關問題，公司黨委、破產清算組製定了企業實施破產《宣傳提綱》、《問題解答》等宣傳材料，分別召開各類人員會議，深入到各留守單位宣講有關法規、政策，統一職工思想認識。為確保清算工作按期完成，各專業組及留守人員，搶時間，抓進度，按照工作方案的要求認真落實各項工作計劃。為不使破產財產流失，製定了各項安全保衛製度，加強了防範措施。
由於每一個被注銷企業的資產、負債狀況不一樣，不同企業債權人的債權所得清償率也可能是不一樣的。如把24家注銷企業的債權人均作為徐汽總公司的債權人對待，使各債權人清償率相同，有可能會損害部分債權人利益。為使每一個債權人得到合理的清償，清算組在破產清算過程中委托審計、評估部門重點審查了被注銷的24家企業的資產及債權、債務狀況。經破產清算組審查並經工商局確認，原24家企業解散、清算、注銷資料齊全，程序規範，手續完備，被注銷企業全部資產和負債均納入了破產企業範圍，原24家企業資產均不足以償還職工工資及勞動保險費用等，各個企業的法定第二、三順序清償率均為零。又考慮到24家企業和汽運總公司之間及24家企業之間曆來產權關係不清，經常互相調撥資產，有不少企業雖登記為企業法人，實際上根本不具備法人資格這樣一種實際情況。因此，根據《江蘇省高級人民法院關於審理破產案件若幹問題的討論紀要》第46條“對經營不善、資不抵債的全資子企業，在沒有注銷前可以並入主管單位同時破產”的精神，為了簡化程序，提高清算工作效率，沒有必要對24家家全資子公司進行分別清算，而決定將其並入總公司一並清算。