公元1200年，後鳥羽法皇（天皇遜位後尊為“上皇”，如果出家則稱為“法皇”）為了向天祈雨，建立了“孔雀堂”，裏麵祭祀的“孔雀明王”，而鳥羽上皇於1197年所建的“不動堂”，供奉著“不動明王”以及侍從“八大童子”
此地在平安時代可說是個鳥不生蛋之處，為何空海和尚會選擇此處做為修行處呢？這也有段傳奇故事：空海於延曆23年（公元804年）隨“遣唐使”到中國修道，歸國前在中國明州海邊想到，回到日本之後應該找個清修之處建立自己的寺院，於是就將他的法器“三鈷杵”（兩端各有三個分叉的金剛杵，孔雀愛用的是“獨鈷杵”，兩端都不分叉）往天空一丟，三鈷杵便往日本飛去。空海坐船回到日本後，就開始尋找三鈷杵的下落。一路找到了高野山上，得到山神“丹生都姬明神”以及“狩場明神”的指引，終於發現了三鈷杵釘在一棵鬆樹上，於是就在這邊安家落戶，這也就是高野山真言密教這個“退魔師大本營”的緣起。現在高野山上的“禦影堂”祭祀著空海大師與其十大弟子，此處即為傳說中的“三鈷之鬆”所在地。當然這是個將空海神化了的故事，不過也因為有此傳說，三鈷杵成了空海的注冊商標，他的像多是一手念珠、一手三鈷杵。
由於空海大師“法力無邊”，到了弘仁七年（公元816年），朝廷正式將高野山賜給空海，此處也成為“國家認證”的佛教聖地，此後即快速地擴充、發展起來。一直到現在，整個高野山已經是個完整的“宗教都市”，除了寺院之外，從幼兒園到大學各級學校、商店街、公園、醫院、警察局、消防署、市內公車等生活機能一應俱全。
過去由於性別歧視的關係，女人是不準進入高野山內部參拜的，這個禁令一直到明治五年（1872）才得以解除。在此之前，為了讓女性也能向佛，就采取了個折衷的辦法，建立一座“女人專用分館”供女性參拜之用，也就是“女人堂”。
比叡山延曆寺是“天台宗”的總本山，與當時的首都奈良並稱“南都北嶺”兩大重鎮，由此可知比叡山在日本佛教的重要性。原本天台宗並不屬於密教的一支，不過因為延曆寺的開山祖師，曾經隨“遣唐使”入唐求法，兼修天台宗與密宗（即藏傳佛教）兩家佛學。回到日本後，因為密教在朝廷中極受重視，結果延曆寺的密宗色彩就越來越濃厚。然而最澄是主修天台、輔係密教，自認對密宗的佛法並不是完全通曉，還經常向孔雀的祖師爺，算是最澄的晚輩“弘法大師”空海借書、請益。總之日後延曆寺兩宗並修的傳統就一直傳了下來。
公元794年，桓武天皇將首都從奈良遷到平安（即京都），這個地方龍蟠虎踞，風水極佳，偏偏就是東北角拔起一座比叡山，讓整個地理破相，稱為“鬼門”。於是天皇將比叡山賜給最澄，並且將寺廟賜名為天皇的年號“延曆”，希望以這位法力高強的高僧鎮守住此地，讓妖魔鬼怪無法騷擾皇都，此後延曆寺的住持皆尊稱為“天台座主”。附帶一提的是，第三代的天台座主叫做慈覺大師，被荻野真借用來做孔雀的老爸之名。
比叡山的僧人，有一種稱為“千日回峰”的苦行：第一年到第三年，每年一百天，參拜比叡山境內的約三百座神社佛寺，總行程約三十公裏；第四、五年，路徑一樣，不過各兩百天，第四年的兩百天行滿後，授予白帶袈裟與手杖，得到“白帶行者”的稱號；接著第五年兩百天行滿後，進入本堂無動寺明王堂，閉關九天：這段期間得斷水斷電......啊，是斷食、斷水、斷眠、斷臥，專心念佛，一般來說，到第七天左右就會開始有瞳孔放大、發出屍臭的現象......