朱先生和賈先生的教導，培養了章先生尊重理性、獨立思考、重視理論、立足於實證、決不盲從的學術品格。這為他以後的學術研究帶來無窮的好處，但也使他較早地經曆了人生的坎坷。
章先生是在一九四九年上海解放前參加中國共產黨的，那年他十五歲；建國初期大學裏的黨員很少，像他那樣少年時期就入黨的更少，畢業後就留在了學校，黨委對他也很重視。但由於上述的學術品格，在一九五四年文藝界掀起對“胡風派”最傑出的小說家路翎的《窪地上的戰役》的批判時，他認為這種批判是站不住腳的，就撰文為路翎辯護，路翎在自己的反批評文章中還特地提到了這一篇辯護之作；在周揚發表《我們必須戰鬥》對胡風猛烈開火時，章又向《人民日報》投稿，說周揚的批判中存在錯誤之處。僅僅這兩件事就使他在“肅清胡風反革命集團”的運動中在劫難逃，何況他又與被定為這個“反革命集團”的“骨幹分子”的賈植芳先生關係密切，所以運動一開始他就遭到了市裏某機構的隔離審查。幸而當時複旦大學黨委的正、副書記楊西光、王零先生在力所能及的範圍內對他作了保護，先後擔任複旦中文係總支書記的李慶雲、蔡傳廉先生也對他有所幫助，最後僅被定為“受胡風影響的人”，開除黨籍（直到1979年才恢複），調到複旦大學圖書館去當職員；而且不到一年就又調回中文係任助教。
經過這場劫難，章先生已經明白研究現代文學容易惹禍，希望從事古代文學的教學工作——其實他在圖書館工作期間，就已把業餘時間全部用來研讀古代文學作品了。當時的文學教研室主任朱東潤先生也讚同他的想法。他本想研究明清文學，因為他對明清的小說、戲曲很感興趣，朱先生卻對他說：“光就明清文學研究明清文學是做不出大成績的，你還是從先秦、兩漢弄起好。教先秦、兩漢文學的蔣天樞先生重視打基礎，對年輕人很嚴格，你跟他學要吃一通苦，但對你將來很有好處。”於是他成了蔣天樞教授的助教，同時向蔣天樞學習——根據當時中文係的製度，教授同時是自己的助教的導師。
蔣先生出身於清華學校國學研究，是梁啟超、陳寅恪的學生。治學謹嚴、深入，貫通文史，精於文字、音韻、訓詁之學，對目錄、版本、校勘學也深有心得；一生恪守陳寅恪的絕不曲學阿世的傳統。他教導章先生說：要研究中國古代文學必須打好中國曆史和語言文字方麵的基礎，而且要具備目錄、版本、校勘方麵的基本知識，懂得中國古代學問的若幹常識，包括天文曆算、曆史地理等等。按照這樣的要求，蔣先生為章先生製訂了前三年的學習規則：第一年讀《通鑒》和《說文》段注；第二年校點《史記》，研讀《爾雅注疏》；第三年校點《漢書》，研讀《爾雅義疏》。在這同時，再係統學習目錄、版本、校勘學的知識和盡可能地擴大知識麵，閱讀諸如梁啟超的《清代學術概論》、《德輝的《書林清話》、唐蘭的《中國文字學》、王力的《漢語音韻學》之類的書籍。那三年章先生可真是艱苦備嚐，如有一天能睡上五個小時就已心滿意足了。雖然後來由於“大躍進”等運動，第三年的學習計劃沒能完成，但這兩年多的學習已使他在學術上取得了重大的進展。他後來在考證上所發表的一係列重要文章（從《大招》的時代背景和寫作年代、西漢已有五言詩、傳世的李陵詩和書信均非偽作、《古詩為焦仲卿妻作》寫定於南朝、《玉台新詠》為陳代的宮廷女性——很可能是張麗華——所編，直到《辨奸論》非邵伯溫偽作、百回本《西遊記》非吳承恩所作等），在學術界均引起強烈反響。據他自己說，作為論文的根底的懷疑精神源自朱東潤先生，考證的功力則源自蔣先生的培養、指導。而且，他在研討中國文學發展過程中所顯示出來的細致、周密的觀察和分析能力，他認為也是在蔣先生指導他讀書時所要求的謹嚴的、一絲不苟的作風所培養而成的。
二、從中國古代文學的個案研究起步
在一九五八年的“大躍進”開展起來以後，章先生不得不告別了通過係統的學習來夯築學術基礎的生活，並成了複旦中文係從事科研工作的骨幹。從一九五○年代後期直到一九七○年代後期，除了“文革”時期的前四五年外，他的主要任務都是搞中國古代文學的個案研究。