正是由於這位女中丈夫的調度有方，奢崇明叛軍終於難成氣候，出戰即敗。但當時川地有一帶諸土司“自治”部落皆收受叛軍賄賂，大多數逗留觀望，惟獨秦良玉率石柱兵奮勇直前，連獲紅崖墩大捷、觀音寺大捷以及青山墩大捷。如此一來，不僅成都圍解，重慶也很快得以收複，叛亂得平。
明廷敘功，秦良玉得授總兵一職，成為方麵大將，她的兄弟和子侄皆獲擢升。
川地底定之後，鑒於作戰中明朝官軍的“熊包”表現，秦良玉上書奏稱：“臣率（秦）翼明、（秦）拱明（她的兩個侄子）提兵裹糧，累奏紅崖礅諸捷。而（明朝官軍）行間諸將，未睹賊麵，攘臂誇張。及乎對壘，聞風先遁。敗於賊者，唯恐（別）人之勝；怯於賊者，惟恐（別）人之強。如總兵李惟新，渡河一戰，敗衄歸營，反閉門拒（見）臣（秦良玉自稱），不容一見。（李惟新）以六尺軀須眉男子，忌一巾幗婦人（自稱），（其）靜夜思之，亦當愧死！”疏上，由於明廷正需石柱這樣的地方力量，天啟帝“優詔報之”，並下令文武大吏對待秦良玉皆要以禮相待，不得疑忌。
感動之下，秦良玉更加為明廷賣命，其弟秦邦屏不久即在陸廣做戰中戰死沙場。
崇禎三年（1630年），皇太極攻榆關不入，便率十萬辮子軍繞道長城喜峰口入侵，攻陷遵化後，進抵北京城外，連克永平四城，明廷大震。
秦良玉得到十萬火急的勤王詔書之後，即刻提兵赴難，星夜兼程，直抵宣武門外屯兵。當時，聞詔而至的各路勤王官軍共二十萬有餘，但都畏懼滿洲兵的狠武，無人帶頭出戰。秦良玉“白杆兵”人數雖然僅有數千，但一直為滿洲兵所忌憚。昔日渾河血戰，讓大辮子們再也忘不了這些身體矮小手持超長銳矛的士兵。因此，“白杆兵”呐喊衝殺之際，滿洲兵心自發怯，加上明軍中又有孫承宗這樣的老將作配合，最終迫使皇太極連棄灤州、永平、遷安、遵化四城，撤圍而去。北京圍解之後，崇禎帝大加感慨，特意在北京平台召見秦良玉，優詔褒美，賞賜彩幣羊酒，並賦詩四首以彰其功。
秦良玉卒於順治五年（公元1648年），葬於石柱縣東3公裏處、龍河北岸的回龍案（今石柱縣大河鄉鴨樁村），享年75歲。其墓碑題刻為：“明上柱國光祿大夫鎮守四川等處地方提督漢土官兵總兵官掛鎮東將軍印中軍都督府左都督太子太保忠貞候貞素秦夫人墓。”
唧唧複唧唧，木蘭當戶織。不聞機杼聲，惟聞女歎息。問女何所思，問女何所憶。女亦無所思，女亦無所憶。昨夜見軍帖，可汗大點兵，軍書十二卷，卷卷有爺名。阿爺無大兒，木蘭無長兄。願為市鞍馬，從此替爺征。
東市買駿馬，西市買鞍韉，南市買轡頭，北市買長鞭。旦辭爺娘去，暮宿黃河邊，不聞爺娘喚女聲，但聞黃河流水鳴濺濺。旦辭黃河去，暮至黑山頭，不聞爺娘喚女聲，但聞燕山胡騎鳴啾啾。萬裏赴戎機，關山度若飛。朔氣傳金柝，寒光照鐵衣。將軍百戰死，壯士十年歸。
歸來見天子，天子坐明堂。策勳十二轉，賞賜百千強。可汗問所欲，木蘭不用尚書郎；願馳千裏足，送兒還故鄉。
爺娘聞女來，出郭相扶將；阿姊聞妹來，當戶理紅妝；小弟聞姊來，磨刀霍霍向豬羊。開我東閣門，坐我西閣床，脫我戰時袍，著我舊時裳，當窗理雲鬢，對鏡帖花黃。出門看夥伴，夥伴皆驚忙：同行十二年，不知木蘭是女郎。
雄兔腳撲朔，雌兔眼迷離；雙兔傍地走，安能辨我是雄雌？
每當看到這熟悉的詞句，總能在腦海中浮現那位勇敢、果決、聰敏、孝順，更有些頑皮的女郎的身影。
不能否認好萊塢的巨大影響力，在現在的青年人心目中，知道動畫片《花木蘭》的，極多；而能熟讀《木蘭辭》，了解這部中國詩歌史上不朽篇章的，極少。事實上，是否有花木蘭其人，史無定論，而筆者認為，《木蘭辭》中所體現的男女平等思想的雛形，才是其最重要的意義。當然，女性由於身體素質的限製，在戰場上確實難以體現其價值，但凡事都有例外，中華曆史上就有好幾位不讓須眉的女中豪傑，遠的有商王武丁之後婦好、唐太宗之妹平陽公主，都是鼎鼎大名的沙場女將，但如果要說誰的史料最詳細，經曆最曲折，並且被正式編入國家正規軍序列、領職賜爵的，就非本文主人公莫屬。