紀氏很小的時候就入宮，據說，成化初年的大藤峽之戰，政府軍隊俘獲了許多瑤族的子女。其中麵貌姣好的女子就送進宮中做了宮女。紀氏正是瑤族土官的女兒。紀氏聰慧，而且知書達禮，在宮中負責內庫的事務。後來，紀氏與憲宗的一次邂逅，就懷上了朱佑樘。
之後的事情，就與許多的宮中陰謀版本類似，得寵的萬貴妃千方百計企圖加害紀氏，而宮中善良的太監如張敏、懷恩以及被廢的吳後、宮女們則盡力保全。據說孝宗剛生下來的時候，頭頂有一寸左右沒有頭發，說是藥湯對胎兒的損傷所致，顯然還是遭了萬貴妃的毒手，隻不過真命天子命不該絕罷了。朱佑樘在皇宮的一個偏僻之所（安樂堂）生活了6年，一直不敢公開露麵，甚至連胎發都不敢剪。
在朱佑樘之前，憲宗已經有兩個兒子，一個是萬貴妃所生，早就死了。另一個是柏妃所生，卻被萬貴妃害了。因此，憲宗剛開始一直以為自己將無後，有一天太監張敏給憲宗梳頭，看到自己的白發，憲宗不禁感歎：“老將至矣，無子。”張敏突然跪下說：“聖上已有後，匿不敢現。”憲宗這才知道自己已有子，非常高興，便立即要見自己的孩子，紀氏給孩子穿好衣服告訴他：那個穿黃袍的就是他的父親。憲宗看到孩子頓時老淚縱橫，抱著孩子說：“是吾子，類我（是我的孩子，長的就像我）”。幾個月之後，就把朱佑樘立為太子。但是，萬貴妃卻深懷怨恨。據說萬貴妃在憲宗認子之後，日夜哭泣說：“奴才們竟敢欺騙我！”接著，紀氏就死了。
死的原因據明萬曆年間（1573-1620）的一個老太監說是自縊的。太監張敏也因為害怕萬貴妃的報複而吞金自殺了。明眼人也許都知道，萬貴妃自然容不得這個孩子。於是，憲宗的生母周太後對憲宗說：“你還是把孩子交給我照看吧！”從此，朱佑樘就一直生活在祖母的仁壽宮中。有一天，萬貴妃說要請皇太子過去吃東西。周太後就對孫兒說：“孫兒你去那裏不要吃東西。”朱佑樘到萬貴妃那裏，萬貴妃給他食物，朱佑樘就說：“吃飽了。”萬貴妃就說：“那喝點湯吧！”朱佑樘說：“怕有毒。”萬貴妃非常生氣地說：“這小孩子才幾歲，長大了還不吃了我？”一氣竟生起病來。
這件事，自然對萬貴妃深有影響。廢儲的事，也許從此就埋下了伏筆。成化二十一年（1485），憲宗發現內庫裏的金銀都花光了，就對當時的大太監梁芳、韋興說：“靡費帑藏，實由汝二人！”接著，皇帝又說：“我不追究你們，後人會責怪你們的。”兩個人聽後非常擔心，就攛掇萬貴妃把她也不滿意的朱佑樘廢了，改立邵妃的兒子。這一年的三月，憲宗聽了萬貴妃的讒言，要將朱佑樘廢了。太監懷恩苦諫，卻被貶到鳳陽去守陵了。幸好，泰山連續地震。欽天監的人說應在東宮太子身上。憲宗認為，佑樘是天命的合法繼承人，才打消了廢儲的想法。易儲一事雖然沒有成功，卻在另一個側麵反映了萬貴妃對於成化朝宮中事務的影響，也反映了成化朝宦官的作用。
按照明朝的製度，隻有皇帝和皇後死後才能葬於天壽山陵區，像萬貴妃這樣的妃子隻能葬在西郊的金山。萬貴妃很幸運，死在憲宗朱見深的前麵。作為皇帝最寵愛的妃子，她被朱見深安葬在十三陵陵區。今天在定陵西南約兩公裏處的蘇山腳下，有一占地約兩萬平方米的陵園，即是萬貴妃墓。墓碑雕雲鳳紋，中間一“卍”字，既表墓主“萬”姓，且寄吉祥之意，真是寵盡於身後！明末的沈德符曾感歎地說：“婦人以纖柔為主，萬氏身體肥胖，與纖弱相反，而獲異眷，就像楊玉環<得寵於唐明皇一般！”
明代的皇帝實際上從太祖開始，就基本上接受“宦官官僚政治”的思想。有曆史學家曾指出，明太祖使用識字的宦官並在宮外的政府中委以重任，而《明史》中反複提出的禁止宦官幹政的“鐵牌”其實根本不存在。明成祖的時候，宦官執行任務的範圍明顯更廣，例如鄭和就是明代曆史中最著名的宦官。英宗時王振的專權，首開明代宦官專權的亂局。成化朝則出現了宦官官僚政治進一步發展的情況，而且宦官專權與特務政治進一步結合，特務組織成為宦官專權的利器。成化二十一年（1485），一位都察院的官員上疏，抱怨宦官的數目已經突破了一萬人，成為巨大的財政負擔。當然，宦官所帶來的財成化一朝專權的宦官，基本上都是依靠萬貴妃而起家的。汪直、梁芳、錢能、覃勤、韋興等人，都是萬貴妃的私臣。他們總是借萬貴妃修建寺廟的名義，在外麵大斂民財，一麵貢獻給萬貴妃，一麵自己揣進腰包。當然，其中專權而能亂朝政的，當是汪直與梁芳。