明代的第二個皇帝朱允炆生於1377年12月5日，即他祖父時代的洪武十年。這個年幼的皇孫被描述為早慧、孝順和正直，據說他的祖父很鍾愛他。如果不是遇到意想不到的事變，他可能會一直默默無聞地下去。1368年2月，洪武帝開始為王朝定下傳統，即立朱允炆的父親朱標為太子，因為朱標在名義上，也許事實上是他的嫡妻馬皇後所生之子。洪武帝的目標是為皇位的合法繼承樹立一個正式的原則，希望以此杜絕將來在皇位繼承問題上的紛爭。朱標在許多方麵都不像他的父親：他是一個性情溫和而有教養的人，但不很勇武。明太祖雖然對他的第四子朱棣的軍事才能有很深的印象，但為了王朝的利益，他仍把朱標看作他恰當的繼任人選。
使皇帝震悼不已的是，朱標在他的盛年37歲時即於1392年5月17日死去。可是，接班的次序是很清楚的：朱標的嫡妻所生的長子已在10年前死去。因此，皇帝隻好找朱標一係的次孫朱允炆——即朱標的活著的最年長的合法兒子——為儲君。這個未經過考驗的男孩被立為皇嗣時不足15歲，他絕不能與他的祖父或他的叔輩相比肩，他的指定隻不過是長子繼承製原則的體現而已。雖然朱棣後來聲稱，他本人可能被入選為嗣君，隻是因為那些儒士們的橫加幹預才未成功，但洪武帝事實上沒有考慮把他的其他兒子立為太子。
在他的祖父死去後幾天，朱允炆於1398年6月30日在南京即位，時年21歲。他確定下一年為建文元年，並尊封他的母親——二皇妃呂氏（1402年死）——為皇太後。關於朱允炆的個性和他在位時的國內發展情況現已無可信材料，因為在他死後，他那一朝的記錄都被篡改或銷毀殆盡。建文帝時期的檔案文獻和起居注全遭毀滅，而幸存的私家記述又概遭禁止。
在建文帝繼任者在位的時期，朝廷史官關於建文帝的行事寫了一些歪曲真象的、極盡批判之能事的報道，想以此證明永樂帝奪權是有理由的。他們譴責建文帝和他的顧問們行為放蕩和品行不端，把建文帝形容為不孝、奸惡和邪淫的人，指責他玩忽職守並犯有大不敬罪。後世同情這位被廢黜皇帝的學者們關於建文之治則寫出了一些與此截然相反的諛詞，說這位皇帝又是孝子，又是仁君，稱之為遵循儒士勸告和緩和明太祖苛烈行政的一位完美無缺的人物。他們譴責燕王大逆不道的篡弑罪行。這些殘缺不全的、互相矛盾的材料要求人們必須進行最細心的審查。建文時期許多方麵的事實真相將始終弄不清楚了。
年輕的建文皇帝書生氣十足而又溫文爾雅，他繼承了他父親的溫和和好思考的脾性。他靦腆，且又毫無國政經驗；且不說和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父們，他也沒有那種自信心和堅強的性格，甚至也沒有那種能力。這位年輕皇帝的溫順性格和儒家教育，使得他真正關心他祖父的高壓行政措施對平民百姓的影響，因此他衷心向往的是實行理想的仁政。因此之故，他在政府的言論和行事上努力實行一些較大的變革，但這些變革卻招致了災難性的後果。
建文帝即位以後，他對這幾位儒家師傅言聽計從，發起了一些政治上和製度上的改革，看來其意圖是大大背離了太祖高皇帝所做的安排。1380年因裁撤中書省而使中央一些行政機關被取消，它們在現在已部分地有所恢複；製度被修改，以加強文職行政功能和減輕政府的專製作風。為了貫徹這些改革，皇帝把黃子澄、齊泰和方孝孺都提升為行政負責官員。1380年裁掉中書省以後，明太祖曾經決定，國家一切事務都必須由他一人作為行政首腦來裁決。因此之故，翰林學士們和六部尚書隻有建議權和在政府中執行命令之權。當新皇帝召集這三位士大夫來“參國政”時，這種局麵就結束了。如果這些重建活動或多或少地不是虛構的話，這些皇帝的顧問們就不是隻領幹薪了，而是實際地在管理政府。這樣做就大大地離開了第一位皇帝所定下的製度，因為皇帝的顧問們現在被置於在六部之上施政的地位。他們現在又製定政策，又執行政策，極像從前某些王朝中的丞相的所作所為；他們僅僅缺少丞相的頭銜。沒有這個頭銜隻是形式上尊重明太祖的《祖訓錄》，因為《祖訓錄》是嚴格禁止任命丞相的。
皇帝還做了一些改革，對帝國政府內部的權力進行重新分配，也使他自己能實施他的新政策。這些發展變化的確切性質至今很難說得清楚，因為大多數改革的記載已被銷毀。但是，例如《皇明典禮》這種關於建文時代典章製度的書（1400年），以及此後另外編訂的幾種書至今仍可見到，它們可以幫助我們大致了解到這個時期政府中已實行和計劃要實行的革新的梗概，並對它們的意義作出評價。1398年末，新皇帝聽了方孝孺的話把六部尚書從二品提到了一品，又在尚書和侍郎之間加了一個侍中之職。這種製度上的改變把六部尚書提到了與都司同級的地位；自從廢除丞相之後都司比任何文官的品級都高。因此，在他有意識地把政府牢牢控製在文官手中時，六部尚書的地位和權威提高了。