在政府官署的大小和數目方麵以及在一整套官員的設置上，也都有了改變。戶部和刑部的所屬司從12個減為4個；都察院中的兩個都禦史合並成了一個；同時，國子監和翰林院的各項職責和人員編製大為提高和擴大。這最後兩項改革表明，重點放在儒家教育上和翰林學士在政府中的顧問作用的加強上。在詹事府也設立了某些新職位，使翰林學士在教育和訓練太子及諸年幼王子方麵能發揮更大的作用。對六部及其下屬司的組織所作的各種改動中，對官員和皇帝侍從的頭銜所作的變動，以及對南京各官署的名稱所作的改革，都是本諸古代的《周禮》行事的。這些變易不單是象征性地恢複古代的模式，也不像朱棣和他的曆史學家們所說的那樣是任意變更祖製。它們都是有目的的變革，意在搞一套新的建製，使權力歸到皇帝信任的顧問的名下，加強文官之治，以削弱將軍們和皇子們的權勢。
為了貫徹他們設計出來的這些政策，黃子澄、齊泰和方孝孺都被擢升，握有空前大權，這就大大地背離了明太祖所定下的製度的模式。他們在國事中起著特殊的作用，簡直就是皇帝的化身。他們即使不對內戰負主要的責任，也要負直接的責任，因為他們對朝廷的控製和他們正在推行的變革給了燕王以發起叛亂的口實。燕王說，對建文的顧問們發動的懲罰性戰役是忠於王朝的行動。⑤隨著建文朝廷的消亡，所有這一切政治改變和製度上的革新都付之流水，它們隻是作為複古和反動的背離祖製的失敗的嚐試留在人們的記憶中——是書呆子皇帝和他的不通世故而迂疏闊大和抱負不凡的，或心懷野心而又有煽動性的顧問們的一個愚不可及的消遣之作。
建文朝廷還有一些國內政策和措施值得注意；它們都偏離了洪武時代的既定安排。第一個措施是改進了明太祖所實行的嚴厲的法律製度。洪武帝曾經頒行了一整套法典，使之成為全帝國的法律準則。他有時用“誥”的形式來給法典做補充，有時又用“榜文”的形式來發布典型的案例。榜文第一次出現在《大誥》中；這種《大誥》在1385年和1387年之間曾經編纂、修訂和擴充。它們出現在1397年版的《大明律》中；《大明律》把這些誥和榜文都收在它的附錄中。建文帝認為他祖父的律令法典的某些部分過於苛嚴，特別是那些在誥和榜文中所定下的懲罰條款更是如此。據說，他在他祖父生前即已敦促洪武帝從他的法典中取消73條這樣的條款。在他即位以後，他禁止以誥文為根據來進行審理和判案，同時停止張貼榜文，這就使他用正式遵守律令的手法，巧妙地掩蓋了他事實上對他祖父的指令的否定。這些變革後來被永樂帝一掃而光；他恢複了太祖的所有嚴厲的誥文和榜文中的法律效力。 在財政方麵，建文朝廷也製定了一些新措施，以減輕前朝某些過重的稅收。
其中最重要的是減少了江南的過度的土地稅，尤其是減少了富庶的蘇州和鬆江這兩個府的土地重稅。這些減稅措施是繼續了洪武朝即已開始的減免政策，但是它們大大超過了以前的辦法。富庶而人口稠密的江南地區自王朝開國以來就被課以重稅，從而使這裏提供了主要的財源。原來的稅款意在實行懲戒。1380年4月洪武帝曾下令減稅20%，但是即令如此，這裏的土地稅仍然過於沉重。例如在1393年，僅蘇州一地就得全年交納281萬石糧米，這就是帝國2940萬石全部土地賦稅的9。5%。這樣是太不平等了：蘇州僅占帝國登記在冊的耕地的1/88。由於這樣過重的苛索，當地人民往往不能交足規定的稅額，特別在凶荒年代更是如此；他們拋荒了土地，變成了遊民，從而更加加重了納稅居民的負擔，同時也減少了每年的稅收。
1400年初，建文帝因有人申訴南直隸和浙江等地區賦稅不公而采取了行動。他下令按每畝地收一石糧的統一標準在這些府裏收土地稅。洪武帝曾經禁止蘇州或鬆江人氏被任命為戶部尚書，借此防範出身於這些富庶州府的人們把持財政，偏私家鄉，從而犧牲了國庫的利益——現在建文帝也解除了這種禁令。很可疑的是，這些新措施是否得到了貫徹；到了1400年，建文朝廷已經深深地卷入了和燕王對陣的軍事行動之中。
另外一項財政改革是限製佛、道二教寺觀所能擁有的免稅土地的數量。這項政策是特別針對佛、道僧侶們在江南富庶州府的情況而發的，因為在洪武帝的庇護下僧道們都攫奪了大量的肥田沃土，從而變成了有權有勢的地主。他們的財富激起了人們的不滿，因為宗教界的僧侶職事們不僅享有免除土地賦稅和徭役的權利，甚至還把不法負擔強加給當地居民，即占用他們的土地，強迫他們給自己服勞役。朝中的官員上了兩份奏疏，請求限製佛教和道教的土地占有數量，建文帝在1401年8月發出的一道詔旨中批準了他們的建議。這一新命令隻準每一名僧道擁有不超過五畝免除賦稅的土地；多餘土地應分給需要土地的人民。